Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 RPS2P52-201ENST00000469610 820 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 TMEM191C-212ENST00000536718 480 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 FXYD6-211ENST00000539526 2132 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 TNNI3-207ENST00000588882 669 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 HIBADH-201ENST00000265395 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 SHF-201ENST00000290894 2500 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 RHOT1-202ENST00000354266 2919 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 SMPD3-203ENST00000563226 2093 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 AC069544.2-201ENST00000640019 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 NAAA-206ENST00000507956 1300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 CENPH-206ENST00000515001 1305 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 RASGRP1-201ENST00000310803 5023 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 RASGRP1-204ENST00000539159 5021 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 EIF4E3-201ENST00000295612 2764 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 AHRR-204ENST00000506456 2350 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 AC008060.1-201ENST00000401499 1551 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 RAB7A-201ENST00000265062 2244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 DBNL-210ENST00000448521 1808 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 ABHD1-201ENST00000316470 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 LINC00315-201ENST00000441947 2323 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 TAF9-201ENST00000217893 1283 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 PSPN-201ENST00000245810 471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 SLC29A4P1-201ENST00000398760 971 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 GATS-209ENST00000454084 1030 ntTSL 3 BASIC22.34■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 RHEB-204ENST00000472642 900 ntTSL 3 BASIC22.34■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 CKLF-CMTM1-204ENST00000532838 587 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC22.34■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 AC090527.2-201ENST00000564080 1060 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.34■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 UBE2H-201ENST00000355621 5151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 DIP2A-203ENST00000435722 2760 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 TCTA-201ENST00000273590 2146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 BABAM1-213ENST00000601043 1366 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 NR2F2-201ENST00000394166 5275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 LINC01356-201ENST00000401018 1819 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 SLC25A3-201ENST00000188376 1909 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 ALDH7A1-215ENST00000553117 1935 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 TMSB15B-201ENST00000419165 1666 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 SKOR2-202ENST00000425639 3899 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 LAMP1-201ENST00000332556 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 TRIM7-205ENST00000422067 1954 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 MED10-201ENST00000255764 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 METTL21A-207ENST00000442521 1003 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 ZNF696-204ENST00000520333 605 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 ZNF688-205ENST00000563707 244 ntTSL 3 BASIC22.33■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 GAMT-205ENST00000640762 751 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 TCERG1L-201ENST00000368642 2618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 GGT2-201ENST00000401924 2366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 SYN2-206ENST00000621198 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 IL4I1-201ENST00000341114 2349 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 CORO1B-201ENST00000341356 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 CEP78-201ENST00000277082 2542 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 INAVA-202ENST00000413687 2197 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 ETV4-204ENST00000545089 1628 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 MCIDAS-201ENST00000513312 1736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 MAP3K11-210ENST00000532507 1812 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 TRAPPC5-204ENST00000596148 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 SPATA20-226ENST00000619622 2769 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 AC012146.1-202ENST00000413077 474 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 AC007285.1-201ENST00000422239 893 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 SLC29A4P2-201ENST00000504749 1089 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 OCIAD2-205ENST00000508632 1163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 TMEM41B-205ENST00000533723 723 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 AL138781.1-201ENST00000566567 1274 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 FA2H-201ENST00000219368 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 NDUFA10-203ENST00000404554 1557 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 FDFT1-209ENST00000525900 1596 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 AC004982.2-201ENST00000609497 1578 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 TSPAN15-201ENST00000373290 1698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 TEX21P-204ENST00000641479 1693 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 COL15A1-205ENST00000610452 5422 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 GRM5-202ENST00000305447 4571 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 AC007383.3-201ENST00000453039 1411 ntTSL 3 BASIC22.31■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 CCAR2-214ENST00000613179 1421 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 LAD1-202ENST00000391967 2906 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 FDFT1-226ENST00000623368 2368 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 KLHDC2-201ENST00000298307 5514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 NENF-201ENST00000366988 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 HAGLR-207ENST00000452365 661 ntTSL 4 BASIC22.31■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 EGFEM1P-209ENST00000502332 728 ntTSL 3 BASIC22.31■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 CTBP1-AS2-203ENST00000507044 739 ntTSL 3 BASIC22.31■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 AC138028.5-201ENST00000566114 558 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 AC105020.4-201ENST00000569467 563 ntTSL 4 BASIC22.31■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 GOSR2-208ENST00000573224 1115 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 MIR4758-201ENST00000577688 71 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 AC027307.1-201ENST00000590252 457 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 ERCC2-203ENST00000391944 2334 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 CDK18-217ENST00000506784 2143 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 CFAP77-203ENST00000393216 1638 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 RBM42-204ENST00000589559 1328 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 DLG3-201ENST00000194900 6112 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 AC092368.3-202ENST00000574180 1591 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 CAMKMT-201ENST00000378494 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 TMEM70-201ENST00000312184 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 ZNF394-203ENST00000426306 2017 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 MB21D1-202ENST00000370318 1917 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 TMEM129-202ENST00000382936 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 HOXA6-201ENST00000222728 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 IFI27L2-201ENST00000238609 511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 NDUFB1-201ENST00000329559 528 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 PPP1R14A-202ENST00000347262 637 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 HCFC1R1-202ENST00000354679 765 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.1 ms