Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 SNUPN-205ENST00000564644 1931 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.62■□□□□ 0.89
USP4Q13107 ZIM2-206ENST00000599935 2226 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.62■□□□□ 0.89
USP4Q13107 FP700111.2-201ENST00000619190 1892 ntBASIC20.62■□□□□ 0.89
USP4Q13107 MTA1-207ENST00000435036 2888 ntTSL 5 BASIC20.62■□□□□ 0.89
USP4Q13107 IL17RC-205ENST00000413608 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
USP4Q13107 OXER1-201ENST00000378661 1781 ntAPPRIS P1 BASIC20.62■□□□□ 0.89
USP4Q13107 KRT8P17-201ENST00000453110 1448 ntBASIC20.61■□□□□ 0.89
USP4Q13107 MZF1-203ENST00000594234 2385 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
USP4Q13107 KCNK17-202ENST00000453413 1706 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
USP4Q13107 C22orf39-206ENST00000611555 1977 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
USP4Q13107 CYP27A1-201ENST00000258415 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
USP4Q13107 LYN-202ENST00000519728 2297 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
USP4Q13107 LGALS9C-212ENST00000583322 1602 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
USP4Q13107 TXNL1-211ENST00000590954 1339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
USP4Q13107 RAB34-201ENST00000301043 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
USP4Q13107 DPF1-209ENST00000456296 1562 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
USP4Q13107 PTS-201ENST00000280362 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
USP4Q13107 RAP1B-203ENST00000378985 1017 ntTSL 2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
USP4Q13107 ABCC5-211ENST00000446941 883 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
USP4Q13107 RAP1B-221ENST00000540209 1264 ntTSL 2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
USP4Q13107 LHX9-206ENST00000561173 2144 ntTSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
USP4Q13107 AC009093.4-201ENST00000567984 561 ntTSL 4 BASIC20.61■□□□□ 0.89
USP4Q13107 ANAPC11-207ENST00000572639 578 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.61■□□□□ 0.89
USP4Q13107 CDKN2A-213ENST00000579122 666 ntTSL 3 BASIC20.61■□□□□ 0.89
USP4Q13107 UBL5-202ENST00000586895 432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
USP4Q13107 KLHL26-205ENST00000599006 989 ntTSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
USP4Q13107 AC020913.2-201ENST00000601929 629 ntTSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
USP4Q13107 LINC01023-201ENST00000606054 436 ntBASIC20.61■□□□□ 0.89
USP4Q13107 AC004264.1-201ENST00000608354 794 ntBASIC20.61■□□□□ 0.89
USP4Q13107 NTMT1-210ENST00000613644 1501 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.61■□□□□ 0.89
USP4Q13107 PKMYT1-204ENST00000440027 2061 ntTSL 2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
USP4Q13107 ADAM9-203ENST00000466936 2053 ntTSL 2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
USP4Q13107 CAPN1-226ENST00000533820 3083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
USP4Q13107 AOC3-204ENST00000591562 2522 ntTSL 2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
USP4Q13107 EIF4E3-201ENST00000295612 2764 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
USP4Q13107 ST3GAL4-204ENST00000444328 1812 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.6■□□□□ 0.89
USP4Q13107 KCNMB4-201ENST00000258111 4731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
USP4Q13107 MGARP-201ENST00000398955 1339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
USP4Q13107 SAAL1-204ENST00000529318 1503 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.6■□□□□ 0.89
USP4Q13107 KIAA1522-201ENST00000294521 878 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
USP4Q13107 VMO1-201ENST00000328739 766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
USP4Q13107 COL11A2-204ENST00000395194 1194 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
USP4Q13107 BABAM1-202ENST00000447614 930 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.6■□□□□ 0.89
USP4Q13107 FDX2-207ENST00000494368 584 ntTSL 4 BASIC20.6■□□□□ 0.89
USP4Q13107 PHF11-218ENST00000496623 1173 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
USP4Q13107 AF131216.3-201ENST00000525867 1099 ntTSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
USP4Q13107 MTFP1-206ENST00000629597 482 ntTSL 5 BASIC20.6■□□□□ 0.89
USP4Q13107 OGG1-205ENST00000344629 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
USP4Q13107 MEDAG-201ENST00000380482 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
USP4Q13107 VRK2-207ENST00000440705 1676 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
USP4Q13107 FBXO31-207ENST00000618298 1871 ntTSL 5 BASIC20.6■□□□□ 0.89
USP4Q13107 GRINA-201ENST00000313269 1968 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
USP4Q13107 SACM1L-202ENST00000418611 2164 ntTSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
USP4Q13107 SUSD1-203ENST00000374264 2754 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
USP4Q13107 HDAC2-201ENST00000368632 2084 ntTSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
USP4Q13107 ETV7-203ENST00000373737 1488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
USP4Q13107 PRSS3-201ENST00000342836 1144 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
USP4Q13107 ACVR1C-203ENST00000348328 1270 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
USP4Q13107 CALM3-202ENST00000391918 702 ntTSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
USP4Q13107 HPF1-201ENST00000393381 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
USP4Q13107 AC108025.1-201ENST00000453678 1058 ntTSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
USP4Q13107 STXBP1-203ENST00000476182 566 ntTSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
USP4Q13107 ANK1-211ENST00000522231 1060 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
USP4Q13107 ANK1-212ENST00000522543 1160 ntTSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
USP4Q13107 AKIP1-206ENST00000525005 1128 ntTSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
USP4Q13107 C12orf76-208ENST00000551185 496 ntTSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
USP4Q13107 C17orf97-203ENST00000571106 736 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
USP4Q13107 CD177P1-201ENST00000606252 935 ntBASIC20.59■□□□□ 0.89
USP4Q13107 FP475955.1-201ENST00000624937 553 ntTSL 4 BASIC20.59■□□□□ 0.89
USP4Q13107 DNAAF3-207ENST00000527223 2228 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
USP4Q13107 ING1-201ENST00000333219 5119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
USP4Q13107 CD8B-203ENST00000390655 1417 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
USP4Q13107 EPS8L1-201ENST00000201647 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
USP4Q13107 ODF3L2-202ENST00000382696 1393 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
USP4Q13107 TCIRG1-213ENST00000532635 2457 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
USP4Q13107 CTDSP2-204ENST00000548823 1368 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
USP4Q13107 DLG3-201ENST00000194900 6112 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
USP4Q13107 MEN1-202ENST00000315422 3148 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.58■□□□□ 0.89
USP4Q13107 MLST8-202ENST00000382450 1861 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.89
USP4Q13107 MLST8-215ENST00000564088 1861 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.89
USP4Q13107 SRI-203ENST00000419179 1307 ntTSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.89
USP4Q13107 LETM2-208ENST00000524874 1459 ntTSL 5 BASIC20.58■□□□□ 0.89
USP4Q13107 PDLIM2-221ENST00000622702 1490 ntTSL 5 BASIC20.58■□□□□ 0.89
USP4Q13107 ARMC9-201ENST00000349938 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
USP4Q13107 SHCBP1L-201ENST00000367547 2317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
USP4Q13107 GAMT-201ENST00000252288 1121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
USP4Q13107 AC087499.1-201ENST00000418141 1075 ntBASIC20.58■□□□□ 0.89
USP4Q13107 DLEU2-203ENST00000425586 1267 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
USP4Q13107 METTL21A-206ENST00000432416 869 ntTSL 3 BASIC20.58■□□□□ 0.89
USP4Q13107 TMEM263-208ENST00000551489 621 ntTSL 4 BASIC20.58■□□□□ 0.89
USP4Q13107 AP003071.4-201ENST00000562276 1284 ntBASIC20.58■□□□□ 0.89
USP4Q13107 AC073195.1-201ENST00000607241 877 ntBASIC20.58■□□□□ 0.89
USP4Q13107 AL353708.3-201ENST00000610272 989 ntBASIC20.58■□□□□ 0.89
USP4Q13107 ALDOA-221ENST00000566897 2448 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.88
USP4Q13107 NCKAP1-201ENST00000360982 4989 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
USP4Q13107 C3orf33-201ENST00000340171 1884 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
USP4Q13107 CDHR5-201ENST00000349570 2318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
USP4Q13107 DPP3P2-201ENST00000416030 1696 ntBASIC20.58■□□□□ 0.88
USP4Q13107 FICD-201ENST00000361549 1816 ntTSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
USP4Q13107 KRTAP5-AS1-201ENST00000424148 2265 ntTSL 2 BASIC20.57■□□□□ 0.88
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