Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 SAPCD2P4-201ENST00000424595 1171 ntBASIC19.39■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 RNF135-204ENST00000443677 1261 ntTSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 LEF1-AS1-203ENST00000507799 459 ntTSL 3 BASIC19.39■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 KRT18P21-201ENST00000515767 1272 ntBASIC19.39■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 AF186192.3-201ENST00000583427 947 ntBASIC19.39■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 AC026471.5-201ENST00000615068 467 ntBASIC19.39■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 AL121906.2-201ENST00000621597 723 ntBASIC19.39■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 BACE1-203ENST00000428381 1333 ntTSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 ANKRD2-201ENST00000298808 1350 ntTSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 MPV17L2-204ENST00000599612 1408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 TLE3-201ENST00000317509 5207 ntTSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 NR1D2-201ENST00000312521 5258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 TMEM206-205ENST00000535273 2119 ntTSL 2 BASIC19.39■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 DNAAF3-201ENST00000391720 2169 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.39■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 TNIP1-205ENST00000518977 2200 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 GRB10-201ENST00000335866 5032 ntTSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 H2AFY-217ENST00000511689 2789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.38■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 IRS2-201ENST00000375856 8138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.38■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 SGTA-201ENST00000221566 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.38■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 PHF7-201ENST00000327906 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.38■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 FAM26F-202ENST00000368605 1117 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.38■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 METTL21A-206ENST00000432416 869 ntTSL 3 BASIC19.38■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 MAEA-213ENST00000510794 1607 ntTSL 2 BASIC19.38■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 RPH3AL-203ENST00000536489 1235 ntTSL 2 BASIC19.38■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 ARF3-208ENST00000541959 807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.38■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 PNN-205ENST00000556530 601 ntTSL 2 BASIC19.38■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 AQP4-AS1-204ENST00000582605 525 ntTSL 4 BASIC19.38■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 RPS15-203ENST00000586096 570 ntTSL 2 BASIC19.38■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 TXNL1-211ENST00000590954 1339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.38■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 SLC35A3-210ENST00000638371 2298 ntTSL 5 BASIC19.38■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 TCF7L1-201ENST00000282111 2968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.38■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 KIF12-207ENST00000640217 2194 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC19.37■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 C22orf39-206ENST00000611555 1977 ntTSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 FAM151B-201ENST00000282226 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 DTWD1-202ENST00000403028 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 ZNF561-AS1-201ENST00000585797 1593 ntTSL 2 BASIC19.37■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 DCBLD2-201ENST00000326840 6122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 AC027031.2-201ENST00000521369 1318 ntTSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 SULT1A1-202ENST00000350842 1282 ntTSL 3 BASIC19.37■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 GPSM1-203ENST00000392944 1111 ntTSL 3 BASIC19.37■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 F2R-202ENST00000505600 442 ntTSL 2 BASIC19.37■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 PDCD6-206ENST00000507528 1088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 NAT8L-201ENST00000331662 5571 ntTSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 MACROD2-201ENST00000217246 4994 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.37■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 LAYN-202ENST00000375615 1836 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 AC007225.1-201ENST00000566331 1836 ntBASIC19.37■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 EGFL7-201ENST00000308874 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 SOCS2-210ENST00000551556 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 FMN2-201ENST00000319653 6434 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.36■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 SORCS3-201ENST00000369699 5530 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.36■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 NXN-201ENST00000336868 3036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 TERF2IP-201ENST00000300086 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 ADAMTS2-202ENST00000274609 2044 ntTSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 MRGPRG-201ENST00000332314 870 ntAPPRIS P1 BASIC19.36■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 AKR1A1-201ENST00000351829 1166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 AL353807.1-201ENST00000427475 662 ntBASIC19.36■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 AL355355.2-201ENST00000442321 338 ntBASIC19.36■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 ABCC5-211ENST00000446941 883 ntTSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 PHF11-218ENST00000496623 1173 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.36■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 AC069185.1-201ENST00000531395 811 ntTSL 3 BASIC19.36■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 EFTUD1P1-201ENST00000558187 596 ntTSL 4 BASIC19.36■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 AP003071.4-201ENST00000562276 1284 ntBASIC19.36■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 ZNF134-203ENST00000600344 483 ntTSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 SACM1L-202ENST00000418611 2164 ntTSL 2 BASIC19.36■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 OSCAR-208ENST00000611261 2061 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC19.36■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 AC245041.2-204ENST00000610809 1962 ntTSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 CRHR1-214ENST00000619154 2370 ntTSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 ZFP92-201ENST00000338647 6105 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.35■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 SMPDL3A-203ENST00000539041 1755 ntTSL 2 BASIC19.35■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 BRD9-202ENST00000467963 2156 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.35■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 OSR2-202ENST00000435298 1736 ntTSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 PLPP2-201ENST00000269812 1228 ntTSL 3 BASIC19.35■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 PFN3-201ENST00000358571 530 ntAPPRIS P1 BASIC19.35■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 HLA-G-202ENST00000376815 851 ntBASIC19.35■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 HLA-G-203ENST00000376818 1127 ntBASIC19.35■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 YBEY-205ENST00000397694 534 ntTSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 FOSL1-204ENST00000532401 1132 ntTSL 2 BASIC19.35■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 LHX9-206ENST00000561173 2144 ntTSL 5 BASIC19.35■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 YPEL3-207ENST00000566134 761 ntTSL 5 BASIC19.35■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 GRAP-204ENST00000573099 846 ntTSL 3 BASIC19.35■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 CLDND2-203ENST00000601435 575 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.35■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 CD177P1-201ENST00000606252 935 ntBASIC19.35■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 SCRT1-201ENST00000569446 3779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 ZNF821-202ENST00000425432 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.35■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 ASPHD1-201ENST00000308748 1584 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 CIZ1-206ENST00000372954 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 MSL1-204ENST00000578648 2267 ntTSL 5 BASIC19.35■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 U2AF2-202ENST00000450554 3022 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 DAZAP2-201ENST00000412716 2598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 BID-215ENST00000622694 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 NRXN1-208ENST00000405472 5724 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.34■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 FAM3A-208ENST00000419205 1763 ntTSL 2 BASIC19.34■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 MFSD10-211ENST00000514800 1776 ntTSL 5 BASIC19.34■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 ADCY5-202ENST00000462833 7311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 PITX1-201ENST00000265340 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 MATK-215ENST00000619596 1740 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC19.34■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 TMC6-212ENST00000589553 2389 ntTSL 2 BASIC19.34■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 NDUFAF3-202ENST00000326925 2012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 C19orf84-202ENST00000574814 1318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 SMTNL2-202ENST00000389313 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.2 ms