Protein–RNA interactions for Protein: A6NC98

CCDC88B, Coiled-coil domain-containing protein 88B, humanhuman

Predictions only

Length 1,476 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC88BA6NC98 ZNF706-204ENST00000518336 501 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC34.72■■■■□ 3.15
CCDC88BA6NC98 EGLN1P1-201ENST00000531623 762 ntBASIC34.72■■■■□ 3.15
CCDC88BA6NC98 HRASLS5-205ENST00000539221 1167 ntTSL 1 (best) BASIC34.72■■■■□ 3.15
CCDC88BA6NC98 AC084032.1-201ENST00000552324 578 ntTSL 4 BASIC34.72■■■■□ 3.15
CCDC88BA6NC98 FFAR4-203ENST00000604414 1142 ntTSL 3 BASIC34.72■■■■□ 3.15
CCDC88BA6NC98 CHRM4-201ENST00000433765 1511 ntAPPRIS P1 BASIC34.72■■■■□ 3.15
CCDC88BA6NC98 GALNT16-204ENST00000553669 1629 ntTSL 1 (best) BASIC34.72■■■■□ 3.15
CCDC88BA6NC98 P2RY11-201ENST00000321826 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.72■■■■□ 3.15
CCDC88BA6NC98 JPT1-206ENST00000476258 2289 ntTSL 1 (best) BASIC34.72■■■■□ 3.15
CCDC88BA6NC98 ITM2C-202ENST00000326427 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.72■■■■□ 3.15
CCDC88BA6NC98 NOL3-204ENST00000564053 1592 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC34.72■■■■□ 3.15
CCDC88BA6NC98 NRN1-203ENST00000616243 1556 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC34.72■■■■□ 3.15
CCDC88BA6NC98 EXOC3L2-201ENST00000252482 1230 ntTSL 1 (best) BASIC34.71■■■■□ 3.15
CCDC88BA6NC98 RASGRP2-205ENST00000377489 583 ntTSL 3 BASIC34.71■■■■□ 3.15
CCDC88BA6NC98 SNCB-202ENST00000393693 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.71■■■■□ 3.15
CCDC88BA6NC98 NCF1B-202ENST00000432102 930 ntTSL 2 BASIC34.71■■■■□ 3.15
CCDC88BA6NC98 MIXL1-202ENST00000542034 839 ntTSL 1 (best) BASIC34.71■■■■□ 3.15
CCDC88BA6NC98 UBE2B-201ENST00000265339 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.71■■■■□ 3.15
CCDC88BA6NC98 UNC93B1-201ENST00000227471 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.71■■■■□ 3.15
CCDC88BA6NC98 ZNF584-202ENST00000322834 1042 ntTSL 2 BASIC34.71■■■■□ 3.15
CCDC88BA6NC98 AC073343.2-203ENST00000366167 564 ntTSL 4 BASIC34.71■■■■□ 3.15
CCDC88BA6NC98 DUSP23-203ENST00000368109 729 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.71■■■■□ 3.15
CCDC88BA6NC98 AC106791.1-202ENST00000508281 1148 ntTSL 2 BASIC34.71■■■■□ 3.15
CCDC88BA6NC98 CLN6-221ENST00000637494 765 ntTSL 5 BASIC34.71■■■■□ 3.15
CCDC88BA6NC98 EEF1A2-202ENST00000298049 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.71■■■■□ 3.15
CCDC88BA6NC98 CCAR2-214ENST00000613179 1421 ntTSL 5 BASIC34.7■■■■□ 3.15
CCDC88BA6NC98 IKBKG-206ENST00000594239 2299 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.7■■■■□ 3.15
CCDC88BA6NC98 AC004890.2-202ENST00000463462 1494 ntTSL 1 (best) BASIC34.7■■■■□ 3.15
CCDC88BA6NC98 CAMKK2-206ENST00000402834 2051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC34.7■■■■□ 3.15
CCDC88BA6NC98 GPBAR1-202ENST00000519574 1382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.7■■■■□ 3.15
CCDC88BA6NC98 RCN3-201ENST00000270645 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.7■■■■□ 3.15
CCDC88BA6NC98 EMC6-201ENST00000248378 653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.7■■■■□ 3.15
CCDC88BA6NC98 PAX3-201ENST00000258387 958 ntTSL 1 (best) BASIC34.7■■■■□ 3.15
CCDC88BA6NC98 UBE2C-204ENST00000356455 850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.7■■■■□ 3.15
CCDC88BA6NC98 GUK1-204ENST00000366721 689 ntTSL 3 BASIC34.7■■■■□ 3.15
CCDC88BA6NC98 AL445645.1-201ENST00000451318 1019 ntTSL 2 BASIC34.7■■■■□ 3.15
CCDC88BA6NC98 FDX2-206ENST00000492239 773 ntTSL 2 BASIC34.7■■■■□ 3.15
CCDC88BA6NC98 LAYN-204ENST00000525126 1763 ntTSL 5 BASIC34.7■■■■□ 3.14
CCDC88BA6NC98 KLHDC4-204ENST00000353170 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.7■■■■□ 3.14
CCDC88BA6NC98 VRK2-207ENST00000440705 1676 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.7■■■■□ 3.14
CCDC88BA6NC98 PCGF3-208ENST00000470161 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.7■■■■□ 3.14
CCDC88BA6NC98 GJC2-201ENST00000366714 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.69■■■■□ 3.14
CCDC88BA6NC98 EGFL7-201ENST00000308874 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.69■■■■□ 3.14
CCDC88BA6NC98 CCZ1B-201ENST00000316731 2885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.69■■■■□ 3.14
CCDC88BA6NC98 TREX2-206ENST00000370232 1864 ntTSL 1 (best) BASIC34.69■■■■□ 3.14
CCDC88BA6NC98 SPTBN4-203ENST00000392023 2419 ntTSL 1 (best) BASIC34.69■■■■□ 3.14
CCDC88BA6NC98 MIEN1-201ENST00000394231 1006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.69■■■■□ 3.14
CCDC88BA6NC98 NFU1-202ENST00000394305 1058 ntTSL 5 BASIC34.69■■■■□ 3.14
CCDC88BA6NC98 CHAC1-203ENST00000487220 853 ntTSL 3 BASIC34.69■■■■□ 3.14
CCDC88BA6NC98 TARBP2-220ENST00000552857 916 ntTSL 5 BASIC34.69■■■■□ 3.14
CCDC88BA6NC98 MYC-208ENST00000641036 567 ntBASIC34.69■■■■□ 3.14
CCDC88BA6NC98 ALG1-201ENST00000262374 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.69■■■■□ 3.14
CCDC88BA6NC98 FBXO31-207ENST00000618298 1871 ntTSL 5 BASIC34.69■■■■□ 3.14
CCDC88BA6NC98 AC018553.1-201ENST00000616682 1458 ntBASIC34.69■■■■□ 3.14
CCDC88BA6NC98 P4HA2-202ENST00000360568 2313 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC34.68■■■■□ 3.14
CCDC88BA6NC98 DPP3P2-201ENST00000416030 1696 ntBASIC34.68■■■■□ 3.14
CCDC88BA6NC98 EDARADD-201ENST00000334232 858 ntTSL 1 (best) BASIC34.68■■■■□ 3.14
CCDC88BA6NC98 SLC25A15-201ENST00000338625 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.68■■■■□ 3.14
CCDC88BA6NC98 HDAC11-AS1-201ENST00000424112 515 ntTSL 2 BASIC34.68■■■■□ 3.14
CCDC88BA6NC98 PRKCB-209ENST00000498058 480 ntTSL 3 BASIC34.68■■■■□ 3.14
CCDC88BA6NC98 LY6E-211ENST00000521699 1256 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC34.68■■■■□ 3.14
CCDC88BA6NC98 AC103746.1-201ENST00000617440 1133 ntTSL 3 BASIC34.68■■■■□ 3.14
CCDC88BA6NC98 ILDR2-205ENST00000526687 2299 ntTSL 5 BASIC34.68■■■■□ 3.14
CCDC88BA6NC98 IMMP2L-202ENST00000405709 1522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.68■■■■□ 3.14
CCDC88BA6NC98 POLR1D-203ENST00000399697 2036 ntTSL 1 (best) BASIC34.67■■■■□ 3.14
CCDC88BA6NC98 E4F1-206ENST00000565090 2028 ntTSL 1 (best) BASIC34.67■■■■□ 3.14
CCDC88BA6NC98 IL17RE-201ENST00000383814 2704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.67■■■■□ 3.14
CCDC88BA6NC98 OSR1-201ENST00000272223 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.67■■■■□ 3.14
CCDC88BA6NC98 NDUFB9-206ENST00000522532 1319 ntTSL 2 BASIC34.67■■■■□ 3.14
CCDC88BA6NC98 ART5-203ENST00000397068 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.67■■■■□ 3.14
CCDC88BA6NC98 IKZF1-209ENST00000438033 1748 ntTSL 2 BASIC34.67■■■■□ 3.14
CCDC88BA6NC98 DTNB-207ENST00000405222 2273 ntTSL 1 (best) BASIC34.67■■■■□ 3.14
CCDC88BA6NC98 FAM212A-201ENST00000333323 1040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.66■■■■□ 3.14
CCDC88BA6NC98 TBC1D7-201ENST00000343141 1027 ntTSL 1 (best) BASIC34.66■■■■□ 3.14
CCDC88BA6NC98 FGF8-202ENST00000344255 707 ntTSL 1 (best) BASIC34.66■■■■□ 3.14
CCDC88BA6NC98 TSPO2-202ENST00000373161 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.66■■■■□ 3.14
CCDC88BA6NC98 ICAM1-202ENST00000423829 1296 ntTSL 2 BASIC34.66■■■■□ 3.14
CCDC88BA6NC98 TSPO2-203ENST00000470917 699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.66■■■■□ 3.14
CCDC88BA6NC98 ETV7-203ENST00000373737 1488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.66■■■■□ 3.14
CCDC88BA6NC98 RNF224-201ENST00000445101 1798 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC34.66■■■■□ 3.14
CCDC88BA6NC98 EP400NL-214ENST00000641289 2402 ntBASIC34.66■■■■□ 3.14
CCDC88BA6NC98 NAGK-229ENST00000613852 1801 ntTSL 1 (best) BASIC34.66■■■■□ 3.14
CCDC88BA6NC98 AC010616.1-201ENST00000597630 2078 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.66■■■■□ 3.14
CCDC88BA6NC98 PLCG1-AS1-201ENST00000454626 1462 ntTSL 1 (best) BASIC34.66■■■■□ 3.14
CCDC88BA6NC98 AC022616.7-201ENST00000525383 220 ntBASIC34.65■■■■□ 3.14
CCDC88BA6NC98 SLC2A8-215ENST00000610552 1763 ntTSL 3 BASIC34.65■■■■□ 3.14
CCDC88BA6NC98 RCC2P6-201ENST00000526625 1557 ntBASIC34.65■■■■□ 3.14
CCDC88BA6NC98 NR1H2-204ENST00000593926 1828 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC34.65■■■■□ 3.14
CCDC88BA6NC98 C17orf58-201ENST00000334461 1535 ntTSL 2 BASIC34.65■■■■□ 3.14
CCDC88BA6NC98 AL050404.1-201ENST00000424566 802 ntTSL 2 BASIC34.65■■■■□ 3.14
CCDC88BA6NC98 AL139246.2-201ENST00000456687 1297 ntTSL 5 BASIC34.65■■■■□ 3.14
CCDC88BA6NC98 AC012213.1-202ENST00000523422 449 ntTSL 3 BASIC34.65■■■■□ 3.14
CCDC88BA6NC98 GRAMD4P8-201ENST00000605465 1115 ntBASIC34.65■■■■□ 3.14
CCDC88BA6NC98 GNB3-201ENST00000229264 1923 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC34.64■■■■□ 3.14
CCDC88BA6NC98 PCED1A-202ENST00000360652 2016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.64■■■■□ 3.14
CCDC88BA6NC98 TRAK2-202ENST00000430254 1436 ntTSL 2 BASIC34.64■■■■□ 3.14
CCDC88BA6NC98 AMDHD2-201ENST00000293971 1459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.64■■■■□ 3.14
CCDC88BA6NC98 C19orf12-201ENST00000323670 2464 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.64■■■■□ 3.14
CCDC88BA6NC98 GAS1-201ENST00000298743 2827 ntAPPRIS P1 BASIC34.64■■■■□ 3.14
CCDC88BA6NC98 SNAPC2-201ENST00000221573 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.64■■■■□ 3.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.1 ms