Protein–RNA interactions for Protein: Q9R1R2

Trim3, Tripartite motif-containing protein 3, mousemouse

Predictions only

Length 744 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim3Q9R1R2 Zmynd12-201ENSMUST00000094819 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Trim3Q9R1R2 Uba52-205ENSMUST00000129909 705 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
Trim3Q9R1R2 Ubp1-203ENSMUST00000116492 2111 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Trim3Q9R1R2 Mast2-203ENSMUST00000106485 5705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Trim3Q9R1R2 Mast2-204ENSMUST00000106486 5723 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Trim3Q9R1R2 Lmo2-202ENSMUST00000111140 1706 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Trim3Q9R1R2 Kcmf1-204ENSMUST00000204598 1743 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Trim3Q9R1R2 Det1-201ENSMUST00000032839 2269 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Trim3Q9R1R2 Yrdc-201ENSMUST00000102628 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Trim3Q9R1R2 Clk2-202ENSMUST00000121212 2154 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Trim3Q9R1R2 Cib1-201ENSMUST00000065163 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Trim3Q9R1R2 C1ql1-201ENSMUST00000057849 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Trim3Q9R1R2 Stard3nl-201ENSMUST00000039694 1327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Trim3Q9R1R2 Rpsa-204ENSMUST00000217317 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
Trim3Q9R1R2 Cacfd1-204ENSMUST00000114006 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
Trim3Q9R1R2 Stard10-203ENSMUST00000164479 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
Trim3Q9R1R2 Neurog2-201ENSMUST00000029587 2227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
Trim3Q9R1R2 Hsd17b11-201ENSMUST00000031251 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
Trim3Q9R1R2 Lrfn1-203ENSMUST00000189877 1852 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
Trim3Q9R1R2 Adgrb1-203ENSMUST00000185682 2744 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
Trim3Q9R1R2 Cdc14b-207ENSMUST00000221634 1953 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
Trim3Q9R1R2 Slc35a3-202ENSMUST00000120120 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
Trim3Q9R1R2 Gm9939-201ENSMUST00000067161 1154 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
Trim3Q9R1R2 Smurf1-202ENSMUST00000100461 2725 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
Trim3Q9R1R2 Ryk-201ENSMUST00000035142 2852 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
Trim3Q9R1R2 A530058N18Rik-203ENSMUST00000135729 1405 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Trim3Q9R1R2 Eif5a-201ENSMUST00000043419 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Trim3Q9R1R2 Bckdhb-206ENSMUST00000190637 1477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Trim3Q9R1R2 Yars2-201ENSMUST00000059955 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Trim3Q9R1R2 Msi2-202ENSMUST00000107908 695 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
Trim3Q9R1R2 Rcan1-202ENSMUST00000060005 2324 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
Trim3Q9R1R2 P2rx2-205ENSMUST00000200037 1569 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
Trim3Q9R1R2 Pcf11-205ENSMUST00000208255 1720 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
Trim3Q9R1R2 AY074887-201ENSMUST00000054018 769 ntAPPRIS P1 BASIC22.19■■□□□ 1.14
Trim3Q9R1R2 Marveld2-202ENSMUST00000163163 2187 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Trim3Q9R1R2 Kansl2-201ENSMUST00000023727 2311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
Trim3Q9R1R2 Uba52-207ENSMUST00000140679 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
Trim3Q9R1R2 Isoc1-201ENSMUST00000025503 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Trim3Q9R1R2 Rnf19b-201ENSMUST00000030584 2414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
Trim3Q9R1R2 Bod1-202ENSMUST00000109415 799 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
Trim3Q9R1R2 Fam149b-202ENSMUST00000051915 1981 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
Trim3Q9R1R2 Itpka-201ENSMUST00000028758 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Trim3Q9R1R2 Eed-201ENSMUST00000107234 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Trim3Q9R1R2 Osbpl1a-209ENSMUST00000122175 1203 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
Trim3Q9R1R2 Efna3-201ENSMUST00000029673 2363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
Trim3Q9R1R2 Wdr34-201ENSMUST00000113711 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
Trim3Q9R1R2 Zbtb12-201ENSMUST00000052778 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Trim3Q9R1R2 Gpr137c-205ENSMUST00000227009 771 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
Trim3Q9R1R2 Zswim5-201ENSMUST00000044823 5582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Trim3Q9R1R2 Cops6-202ENSMUST00000110951 1098 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Trim3Q9R1R2 Gm8503-201ENSMUST00000118131 455 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
Trim3Q9R1R2 Gm42809-201ENSMUST00000198429 1138 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
Trim3Q9R1R2 Bcl7c-207ENSMUST00000207019 654 ntTSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
Trim3Q9R1R2 Tm6sf1-201ENSMUST00000041890 2226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Trim3Q9R1R2 Gm6821-201ENSMUST00000107540 542 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
Trim3Q9R1R2 Ablim1-208ENSMUST00000111544 2231 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
Trim3Q9R1R2 E2f5-202ENSMUST00000165922 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
Trim3Q9R1R2 Syndig1l-204ENSMUST00000222422 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Trim3Q9R1R2 E2f5-201ENSMUST00000029069 1779 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Trim3Q9R1R2 Ppp4c-211ENSMUST00000206570 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Trim3Q9R1R2 Ier5l-201ENSMUST00000065134 2683 ntAPPRIS P1 BASIC22.09■■□□□ 1.13
Trim3Q9R1R2 Bckdhb-201ENSMUST00000034801 1472 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
Trim3Q9R1R2 Fam220a-206ENSMUST00000196487 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
Trim3Q9R1R2 Prr3-201ENSMUST00000055454 2727 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
Trim3Q9R1R2 E2f6-201ENSMUST00000020908 2418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
Trim3Q9R1R2 Clptm1l-201ENSMUST00000022102 2340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
Trim3Q9R1R2 Kcna7-201ENSMUST00000107774 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
Trim3Q9R1R2 Zfp422-201ENSMUST00000057540 2375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
Trim3Q9R1R2 Pon2-201ENSMUST00000057792 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
Trim3Q9R1R2 Endog-201ENSMUST00000015481 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
Trim3Q9R1R2 Gm31266-201ENSMUST00000192060 656 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
Trim3Q9R1R2 Tceal5-201ENSMUST00000066819 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
Trim3Q9R1R2 Nkain2-201ENSMUST00000092602 558 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
Trim3Q9R1R2 Ccdc50-202ENSMUST00000096127 1096 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
Trim3Q9R1R2 St7-208ENSMUST00000115419 2194 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
Trim3Q9R1R2 Cadps-201ENSMUST00000067491 5421 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
Trim3Q9R1R2 Pcgf5-210ENSMUST00000225411 1626 ntAPPRIS P5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
Trim3Q9R1R2 Pdss1-201ENSMUST00000053729 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Trim3Q9R1R2 Bcl7b-201ENSMUST00000031692 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Trim3Q9R1R2 Fam3c-201ENSMUST00000081288 1487 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Trim3Q9R1R2 Gpr12-201ENSMUST00000036211 2219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Trim3Q9R1R2 Fam168b-201ENSMUST00000047534 5030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Trim3Q9R1R2 AC163623.1-201ENSMUST00000213738 727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
Trim3Q9R1R2 Gna13-202ENSMUST00000106702 914 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
Trim3Q9R1R2 Dnajb2-202ENSMUST00000082158 1253 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
Trim3Q9R1R2 Fam220a-205ENSMUST00000169329 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
Trim3Q9R1R2 Gm20402-201ENSMUST00000174738 687 ntTSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
Trim3Q9R1R2 Gm29254-202ENSMUST00000189302 883 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
Trim3Q9R1R2 Gm9887-201ENSMUST00000053451 624 ntAPPRIS P1 BASIC22.01■■□□□ 1.11
Trim3Q9R1R2 E2f1-201ENSMUST00000000894 2755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
Trim3Q9R1R2 Panx2-202ENSMUST00000161372 2314 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
Trim3Q9R1R2 Mapk1-203ENSMUST00000115731 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
Trim3Q9R1R2 Ctnnd2-201ENSMUST00000081728 5944 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
Trim3Q9R1R2 Mnx1-201ENSMUST00000001608 2018 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
Trim3Q9R1R2 Maz-204ENSMUST00000206254 2282 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
Trim3Q9R1R2 Babam2-209ENSMUST00000201352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
Trim3Q9R1R2 Mtch1-202ENSMUST00000118366 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
Trim3Q9R1R2 Ube2e2-205ENSMUST00000150727 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
Trim3Q9R1R2 4930542C12Rik-201ENSMUST00000171096 1203 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
Trim3Q9R1R2 Arx-202ENSMUST00000113947 2454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 36.7 ms