Protein–RNA interactions for Protein: Q9D5Y1

Ccdc39, Coiled-coil domain-containing protein 39, mousemouse

Predictions only

Length 937 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc39Q9D5Y1 Ildr2-205ENSMUST00000193860 2320 ntTSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
Ccdc39Q9D5Y1 Pm20d2-202ENSMUST00000119167 1339 ntTSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
Ccdc39Q9D5Y1 Zfp131-206ENSMUST00000223813 2561 ntAPPRIS P3 BASIC28.52■■■□□ 2.16
Ccdc39Q9D5Y1 Aspscr1-202ENSMUST00000103016 1689 ntTSL 5 BASIC28.51■■■□□ 2.16
Ccdc39Q9D5Y1 Rras2-201ENSMUST00000069449 2275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
Ccdc39Q9D5Y1 1110065P20Rik-201ENSMUST00000106190 968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.5■■■□□ 2.15
Ccdc39Q9D5Y1 Cacfd1-203ENSMUST00000114005 1286 ntTSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
Ccdc39Q9D5Y1 Gm30023-201ENSMUST00000197970 889 ntBASIC28.49■■■□□ 2.15
Ccdc39Q9D5Y1 B230208H11Rik-201ENSMUST00000180529 1112 ntTSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
Ccdc39Q9D5Y1 Ell2-205ENSMUST00000222194 434 ntTSL 3 BASIC28.48■■■□□ 2.15
Ccdc39Q9D5Y1 Ppa2-201ENSMUST00000029644 1226 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
Ccdc39Q9D5Y1 Pcf11-205ENSMUST00000208255 1720 ntBASIC28.48■■■□□ 2.15
Ccdc39Q9D5Y1 Fank1-204ENSMUST00000209511 1392 ntTSL 5 BASIC28.48■■■□□ 2.15
Ccdc39Q9D5Y1 Cetn4-201ENSMUST00000071400 1808 ntTSL 5 BASIC28.48■■■□□ 2.15
Ccdc39Q9D5Y1 Flt3l-211ENSMUST00000211429 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
Ccdc39Q9D5Y1 Zfp787-201ENSMUST00000094870 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
Ccdc39Q9D5Y1 Wt1-209ENSMUST00000213301 1554 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.15
Ccdc39Q9D5Y1 Gm19582-201ENSMUST00000187511 841 ntTSL 2 BASIC28.45■■■□□ 2.14
Ccdc39Q9D5Y1 Snx3-203ENSMUST00000105500 753 ntTSL 5 BASIC28.44■■■□□ 2.14
Ccdc39Q9D5Y1 Hspb1-202ENSMUST00000111155 930 ntTSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
Ccdc39Q9D5Y1 Mxd4-202ENSMUST00000119171 1160 ntTSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
Ccdc39Q9D5Y1 E030037K01Rik-201ENSMUST00000180928 1756 ntBASIC28.43■■■□□ 2.14
Ccdc39Q9D5Y1 Lmo4-201ENSMUST00000120539 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
Ccdc39Q9D5Y1 Ccdc122-201ENSMUST00000048208 1721 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
Ccdc39Q9D5Y1 Dlg1-203ENSMUST00000100001 4711 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.41■■■□□ 2.14
Ccdc39Q9D5Y1 Mogs-201ENSMUST00000032114 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
Ccdc39Q9D5Y1 Tsen34-211ENSMUST00000205287 1375 ntTSL 5 BASIC28.41■■■□□ 2.14
Ccdc39Q9D5Y1 1700003F12Rik-202ENSMUST00000109709 704 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC28.41■■■□□ 2.14
Ccdc39Q9D5Y1 1700003F12Rik-201ENSMUST00000045116 704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
Ccdc39Q9D5Y1 Dyrk1a-202ENSMUST00000119878 5759 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.41■■■□□ 2.14
Ccdc39Q9D5Y1 A030003K21Rik-201ENSMUST00000222600 830 ntAPPRIS P1 BASIC28.4■■■□□ 2.14
Ccdc39Q9D5Y1 Tmem200b-201ENSMUST00000094666 1370 ntAPPRIS P1 BASIC28.39■■■□□ 2.14
Ccdc39Q9D5Y1 Gm7432-201ENSMUST00000210343 879 ntBASIC28.39■■■□□ 2.14
Ccdc39Q9D5Y1 Irx4-201ENSMUST00000022095 2589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
Ccdc39Q9D5Y1 Mpp6-203ENSMUST00000166318 2222 ntTSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
Ccdc39Q9D5Y1 Arl2bp-201ENSMUST00000034228 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
Ccdc39Q9D5Y1 Clk2-203ENSMUST00000121931 2112 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.37■■■□□ 2.13
Ccdc39Q9D5Y1 Cdkn2b-201ENSMUST00000097981 1393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
Ccdc39Q9D5Y1 E130102H24Rik-201ENSMUST00000144604 741 ntTSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
Ccdc39Q9D5Y1 Arf6-201ENSMUST00000050063 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
Ccdc39Q9D5Y1 Caap1-201ENSMUST00000030313 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
Ccdc39Q9D5Y1 Mpp6-202ENSMUST00000036236 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
Ccdc39Q9D5Y1 Tmem189-201ENSMUST00000006587 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
Ccdc39Q9D5Y1 Cys1-203ENSMUST00000156453 1732 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.31■■■□□ 2.12
Ccdc39Q9D5Y1 Babam2-209ENSMUST00000201352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
Ccdc39Q9D5Y1 Snrpe-202ENSMUST00000164574 597 ntTSL 3 BASIC28.29■■■□□ 2.12
Ccdc39Q9D5Y1 Bcl7b-202ENSMUST00000111187 564 ntTSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
Ccdc39Q9D5Y1 Map3k10-204ENSMUST00000138243 1621 ntTSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
Ccdc39Q9D5Y1 Kdm2a-203ENSMUST00000116571 2413 ntTSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
Ccdc39Q9D5Y1 Gsk3a-201ENSMUST00000071739 2260 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28.27■■■□□ 2.12
Ccdc39Q9D5Y1 Lrfn1-203ENSMUST00000189877 1852 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.27■■■□□ 2.12
Ccdc39Q9D5Y1 Otulin-201ENSMUST00000059662 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
Ccdc39Q9D5Y1 Gm27021-201ENSMUST00000181333 758 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC28.25■■■□□ 2.11
Ccdc39Q9D5Y1 Eci1-201ENSMUST00000024946 1091 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
Ccdc39Q9D5Y1 Mtor-201ENSMUST00000057580 1003 ntTSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
Ccdc39Q9D5Y1 Hmx3-201ENSMUST00000046093 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
Ccdc39Q9D5Y1 Grb2-202ENSMUST00000106495 2041 ntTSL 5 BASIC28.25■■■□□ 2.11
Ccdc39Q9D5Y1 Rtn2-201ENSMUST00000032559 1990 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
Ccdc39Q9D5Y1 Gm11599-201ENSMUST00000118720 878 ntBASIC28.24■■■□□ 2.11
Ccdc39Q9D5Y1 Cnnm3-201ENSMUST00000001166 5193 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
Ccdc39Q9D5Y1 Eed-201ENSMUST00000107234 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
Ccdc39Q9D5Y1 6330420H09Rik-201ENSMUST00000211371 1316 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
Ccdc39Q9D5Y1 Mospd3-201ENSMUST00000037620 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
Ccdc39Q9D5Y1 Rexo2-210ENSMUST00000217037 609 ntTSL 3 BASIC28.23■■■□□ 2.11
Ccdc39Q9D5Y1 Basp1-201ENSMUST00000058845 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
Ccdc39Q9D5Y1 C2cd4b-201ENSMUST00000171652 1327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
Ccdc39Q9D5Y1 Nr2f6-201ENSMUST00000002466 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
Ccdc39Q9D5Y1 Ppp1r3e-201ENSMUST00000168622 1852 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.21■■■□□ 2.11
Ccdc39Q9D5Y1 Tada2b-202ENSMUST00000119916 1321 ntTSL 5 BASIC28.2■■■□□ 2.11
Ccdc39Q9D5Y1 C130046K22Rik-201ENSMUST00000129780 727 ntTSL 5 BASIC28.2■■■□□ 2.1
Ccdc39Q9D5Y1 Amer2-203ENSMUST00000225247 2662 ntBASIC28.2■■■□□ 2.1
Ccdc39Q9D5Y1 Map2k7-207ENSMUST00000110999 1578 ntTSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
Ccdc39Q9D5Y1 Lmo2-203ENSMUST00000111143 1654 ntTSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
Ccdc39Q9D5Y1 Ccnd3-205ENSMUST00000182209 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
Ccdc39Q9D5Y1 Ssx2ip-202ENSMUST00000106149 2416 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
Ccdc39Q9D5Y1 6430548M08Rik-202ENSMUST00000108948 1762 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
Ccdc39Q9D5Y1 Hmgn3-202ENSMUST00000162246 983 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
Ccdc39Q9D5Y1 Mtch1-202ENSMUST00000118366 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
Ccdc39Q9D5Y1 Zdhhc2-202ENSMUST00000128166 1547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
Ccdc39Q9D5Y1 St7-202ENSMUST00000052113 2046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
Ccdc39Q9D5Y1 Terf2-203ENSMUST00000116425 2471 ntTSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
Ccdc39Q9D5Y1 Pcbd2-201ENSMUST00000021958 544 ntTSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
Ccdc39Q9D5Y1 Fam89b-202ENSMUST00000116558 1189 ntTSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
Ccdc39Q9D5Y1 Gm13889-202ENSMUST00000148314 1240 ntAPPRIS P1 BASIC28.12■■■□□ 2.09
Ccdc39Q9D5Y1 AC131739.1-201ENSMUST00000221692 1245 ntBASIC28.11■■■□□ 2.09
Ccdc39Q9D5Y1 Rcor3-207ENSMUST00000192866 1844 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.1■■■□□ 2.09
Ccdc39Q9D5Y1 Nelfe-201ENSMUST00000097343 1607 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.1■■■□□ 2.09
Ccdc39Q9D5Y1 Particl-201ENSMUST00000205370 1560 ntBASIC28.09■■■□□ 2.09
Ccdc39Q9D5Y1 Ptpn18-206ENSMUST00000188972 414 ntTSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
Ccdc39Q9D5Y1 Tdp2-201ENSMUST00000038039 1957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
Ccdc39Q9D5Y1 Gsk3a-202ENSMUST00000108411 2248 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.08■■■□□ 2.09
Ccdc39Q9D5Y1 Mypop-203ENSMUST00000131087 1951 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.08■■■□□ 2.09
Ccdc39Q9D5Y1 Fam89a-201ENSMUST00000055257 1338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
Ccdc39Q9D5Y1 Gm960-202ENSMUST00000177696 2262 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.08■■■□□ 2.09
Ccdc39Q9D5Y1 Gm15156-201ENSMUST00000148217 417 ntTSL 3 BASIC28.07■■■□□ 2.08
Ccdc39Q9D5Y1 Det1-201ENSMUST00000032839 2269 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
Ccdc39Q9D5Y1 2310014F06Rik-201ENSMUST00000146145 1567 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
Ccdc39Q9D5Y1 Hdgf-201ENSMUST00000005017 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
Ccdc39Q9D5Y1 Acot5-201ENSMUST00000046422 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
Ccdc39Q9D5Y1 Gemin7-202ENSMUST00000117222 1023 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.03■■■□□ 2.08
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 12.9 ms