Protein–RNA interactions for Protein: Q5NCC3

Trim41, E3 ubiquitin-protein ligase TRIM41, mousemouse

Predictions only

Length 630 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim41Q5NCC3 Hsd17b11-201ENSMUST00000031251 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.41■■■■■ 4.38
Trim41Q5NCC3 Snx3-203ENSMUST00000105500 753 ntTSL 5 BASIC42.41■■■■■ 4.38
Trim41Q5NCC3 Hs3st6-201ENSMUST00000044922 1219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.4■■■■■ 4.38
Trim41Q5NCC3 Fank1-204ENSMUST00000209511 1392 ntTSL 5 BASIC42.39■■■■■ 4.38
Trim41Q5NCC3 Slc39a13-203ENSMUST00000111436 1291 ntTSL 1 (best) BASIC42.39■■■■■ 4.38
Trim41Q5NCC3 Fam89b-202ENSMUST00000116558 1189 ntTSL 1 (best) BASIC42.39■■■■■ 4.38
Trim41Q5NCC3 Pxmp2-201ENSMUST00000031472 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.39■■■■■ 4.38
Trim41Q5NCC3 Gm27021-201ENSMUST00000181333 758 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC42.38■■■■■ 4.37
Trim41Q5NCC3 Tspan33-201ENSMUST00000046750 1994 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC42.38■■■■■ 4.37
Trim41Q5NCC3 Otulin-201ENSMUST00000059662 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.37■■■■■ 4.37
Trim41Q5NCC3 Apcdd1-202ENSMUST00000163716 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.37■■■■■ 4.37
Trim41Q5NCC3 Gm45051-201ENSMUST00000206838 963 ntTSL 1 (best) BASIC42.37■■■■■ 4.37
Trim41Q5NCC3 Tmem200b-201ENSMUST00000094666 1370 ntAPPRIS P1 BASIC42.37■■■■■ 4.37
Trim41Q5NCC3 B230208H11Rik-201ENSMUST00000180529 1112 ntTSL 1 (best) BASIC42.36■■■■■ 4.37
Trim41Q5NCC3 Ddrgk1-201ENSMUST00000089559 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.36■■■■■ 4.37
Trim41Q5NCC3 Sys1-201ENSMUST00000072452 1606 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.35■■■■■ 4.37
Trim41Q5NCC3 Kcmf1-204ENSMUST00000204598 1743 ntTSL 1 (best) BASIC42.34■■■■■ 4.37
Trim41Q5NCC3 Rpl38-203ENSMUST00000106599 457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.34■■■■■ 4.37
Trim41Q5NCC3 Gm13889-202ENSMUST00000148314 1240 ntAPPRIS P1 BASIC42.34■■■■■ 4.37
Trim41Q5NCC3 Aspscr1-202ENSMUST00000103016 1689 ntTSL 5 BASIC42.34■■■■■ 4.37
Trim41Q5NCC3 Galnt10-202ENSMUST00000108846 1745 ntTSL 1 (best) BASIC42.34■■■■■ 4.37
Trim41Q5NCC3 Fam120aos-201ENSMUST00000180775 1780 ntTSL 1 (best) BASIC42.34■■■■■ 4.37
Trim41Q5NCC3 Gpr25-201ENSMUST00000086395 1077 ntAPPRIS P1 BASIC42.33■■■■■ 4.37
Trim41Q5NCC3 Tor1a-201ENSMUST00000028200 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.31■■■■■ 4.36
Trim41Q5NCC3 A730013G03Rik-202ENSMUST00000195012 2097 ntBASIC42.29■■■■■ 4.36
Trim41Q5NCC3 Stau2-210ENSMUST00000149320 2214 ntTSL 5 BASIC42.28■■■■■ 4.36
Trim41Q5NCC3 Itpka-201ENSMUST00000028758 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.28■■■■■ 4.36
Trim41Q5NCC3 C130046K22Rik-201ENSMUST00000129780 727 ntTSL 5 BASIC42.28■■■■■ 4.36
Trim41Q5NCC3 E2f5-202ENSMUST00000165922 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC42.28■■■■■ 4.36
Trim41Q5NCC3 Gm8098-201ENSMUST00000146985 1499 ntTSL 1 (best) BASIC42.28■■■■■ 4.36
Trim41Q5NCC3 Fam89b-203ENSMUST00000161368 1160 ntTSL 1 (best) BASIC42.27■■■■■ 4.36
Trim41Q5NCC3 Tpst1-201ENSMUST00000040721 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.26■■■■■ 4.36
Trim41Q5NCC3 Mtor-201ENSMUST00000057580 1003 ntTSL 1 (best) BASIC42.26■■■■■ 4.36
Trim41Q5NCC3 Dnajc19-202ENSMUST00000108195 659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.25■■■■■ 4.35
Trim41Q5NCC3 Dmwd-201ENSMUST00000032570 2494 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC42.25■■■■■ 4.35
Trim41Q5NCC3 Ppa2-203ENSMUST00000122334 1368 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC42.24■■■■■ 4.35
Trim41Q5NCC3 St3gal5-201ENSMUST00000069994 2258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC42.23■■■■■ 4.35
Trim41Q5NCC3 Dda1-209ENSMUST00000147642 1865 ntTSL 2 BASIC42.21■■■■■ 4.35
Trim41Q5NCC3 Eci1-201ENSMUST00000024946 1091 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.21■■■■■ 4.35
Trim41Q5NCC3 Gm6311-201ENSMUST00000073790 878 ntBASIC42.21■■■■■ 4.35
Trim41Q5NCC3 Raly-201ENSMUST00000029120 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC42.2■■■■■ 4.35
Trim41Q5NCC3 Nrg3-202ENSMUST00000168810 2175 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC42.2■■■■■ 4.35
Trim41Q5NCC3 Wt1-209ENSMUST00000213301 1554 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC42.19■■■■■ 4.34
Trim41Q5NCC3 Cldn10-203ENSMUST00000100314 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.19■■■■■ 4.34
Trim41Q5NCC3 Aspscr1-201ENSMUST00000026135 1820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.19■■■■■ 4.34
Trim41Q5NCC3 Gm30023-201ENSMUST00000197970 889 ntBASIC42.19■■■■■ 4.34
Trim41Q5NCC3 E130102H24Rik-201ENSMUST00000144604 741 ntTSL 1 (best) BASIC42.18■■■■■ 4.34
Trim41Q5NCC3 Pfdn2-202ENSMUST00000135941 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.17■■■■■ 4.34
Trim41Q5NCC3 Ccdc122-201ENSMUST00000048208 1721 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC42.17■■■■■ 4.34
Trim41Q5NCC3 Ppp1r35-201ENSMUST00000031739 956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.15■■■■■ 4.34
Trim41Q5NCC3 Asph-201ENSMUST00000038564 1174 ntTSL 1 (best) BASIC42.15■■■■■ 4.34
Trim41Q5NCC3 Asph-205ENSMUST00000098275 1007 ntTSL 5 BASIC42.15■■■■■ 4.34
Trim41Q5NCC3 Unc119-203ENSMUST00000108295 1371 ntTSL 3 BASIC42.14■■■■■ 4.34
Trim41Q5NCC3 Dpf1-204ENSMUST00000108231 2040 ntTSL 5 BASIC42.14■■■■■ 4.34
Trim41Q5NCC3 Cox4i1-205ENSMUST00000181586 765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.14■■■■■ 4.34
Trim41Q5NCC3 Dapk3-201ENSMUST00000047665 1676 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC42.14■■■■■ 4.34
Trim41Q5NCC3 Slc16a6-203ENSMUST00000070872 2354 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC42.13■■■■■ 4.33
Trim41Q5NCC3 Znrf1-207ENSMUST00000173506 1238 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC42.12■■■■■ 4.33
Trim41Q5NCC3 B4galt7-202ENSMUST00000100764 2195 ntTSL 1 (best) BASIC42.12■■■■■ 4.33
Trim41Q5NCC3 Pcf11-205ENSMUST00000208255 1720 ntBASIC42.12■■■■■ 4.33
Trim41Q5NCC3 Map3k10-204ENSMUST00000138243 1621 ntTSL 1 (best) BASIC42.11■■■■■ 4.33
Trim41Q5NCC3 AC131739.1-201ENSMUST00000221692 1245 ntBASIC42.11■■■■■ 4.33
Trim41Q5NCC3 Zcrb1-201ENSMUST00000076070 877 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC42.11■■■■■ 4.33
Trim41Q5NCC3 Gjd3-201ENSMUST00000062931 837 ntAPPRIS P1 BASIC42.09■■■■■ 4.33
Trim41Q5NCC3 Cdkn2b-201ENSMUST00000097981 1393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.09■■■■■ 4.33
Trim41Q5NCC3 Trappc6b-207ENSMUST00000218686 785 ntTSL 3 BASIC42.08■■■■■ 4.33
Trim41Q5NCC3 Traf4-201ENSMUST00000017530 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.07■■■■■ 4.33
Trim41Q5NCC3 Eva1b-202ENSMUST00000106150 1144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.06■■■■■ 4.32
Trim41Q5NCC3 Mat2b-201ENSMUST00000040167 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.06■■■■■ 4.32
Trim41Q5NCC3 Rundc3a-204ENSMUST00000107105 1861 ntTSL 1 (best) BASIC42.06■■■■■ 4.32
Trim41Q5NCC3 Cacfd1-204ENSMUST00000114006 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.04■■■■■ 4.32
Trim41Q5NCC3 Map2k7-207ENSMUST00000110999 1578 ntTSL 1 (best) BASIC42.02■■■■■ 4.32
Trim41Q5NCC3 Terf2-201ENSMUST00000068388 1915 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC42.01■■■■■ 4.32
Trim41Q5NCC3 Paqr6-203ENSMUST00000147948 837 ntTSL 2 BASIC41.98■■■■■ 4.31
Trim41Q5NCC3 Lmo4-201ENSMUST00000120539 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.98■■■■■ 4.31
Trim41Q5NCC3 Slc35a3-202ENSMUST00000120120 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.97■■■■■ 4.31
Trim41Q5NCC3 Rnaset2b-201ENSMUST00000089119 1013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.96■■■■■ 4.31
Trim41Q5NCC3 Rnf220-212ENSMUST00000221654 1949 ntTSL 1 (best) BASIC41.95■■■■■ 4.31
Trim41Q5NCC3 Rnaseh2c-201ENSMUST00000025864 1126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.95■■■■■ 4.31
Trim41Q5NCC3 Rtn4r-201ENSMUST00000059589 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.95■■■■■ 4.31
Trim41Q5NCC3 Galnt12-202ENSMUST00000107744 2077 ntTSL 1 (best) BASIC41.94■■■■■ 4.3
Trim41Q5NCC3 Kansl2-202ENSMUST00000116400 2110 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC41.94■■■■■ 4.3
Trim41Q5NCC3 Gm15156-201ENSMUST00000148217 417 ntTSL 3 BASIC41.94■■■■■ 4.3
Trim41Q5NCC3 Arf6-201ENSMUST00000050063 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.94■■■■■ 4.3
Trim41Q5NCC3 Odc1-201ENSMUST00000171737 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.92■■■■■ 4.3
Trim41Q5NCC3 Gm43573-201ENSMUST00000196445 570 ntTSL 5 BASIC41.91■■■■■ 4.3
Trim41Q5NCC3 1700020L24Rik-201ENSMUST00000037378 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.91■■■■■ 4.3
Trim41Q5NCC3 Tceal3-201ENSMUST00000060904 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.91■■■■■ 4.3
Trim41Q5NCC3 Rps2-ps13-201ENSMUST00000117295 882 ntBASIC41.9■■■■■ 4.3
Trim41Q5NCC3 Gm12366-201ENSMUST00000121722 873 ntBASIC41.9■■■■■ 4.3
Trim41Q5NCC3 Rps2-206ENSMUST00000146867 962 ntTSL 5 BASIC41.9■■■■■ 4.3
Trim41Q5NCC3 Ptpn18-206ENSMUST00000188972 414 ntTSL 1 (best) BASIC41.9■■■■■ 4.3
Trim41Q5NCC3 Rps2-ps10-201ENSMUST00000076842 879 ntBASIC41.9■■■■■ 4.3
Trim41Q5NCC3 Gm5786-201ENSMUST00000085368 882 ntBASIC41.9■■■■■ 4.3
Trim41Q5NCC3 Mospd3-201ENSMUST00000037620 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.9■■■■■ 4.3
Trim41Q5NCC3 Card19-201ENSMUST00000048946 804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.89■■■■■ 4.3
Trim41Q5NCC3 Smagp-201ENSMUST00000066068 1132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.87■■■■■ 4.29
Trim41Q5NCC3 Particl-201ENSMUST00000205370 1560 ntBASIC41.87■■■■■ 4.29
Trim41Q5NCC3 Gm28513-201ENSMUST00000191474 613 ntTSL 3 BASIC41.86■■■■■ 4.29
Trim41Q5NCC3 Cited4-201ENSMUST00000094814 1249 ntAPPRIS P1 BASIC41.86■■■■■ 4.29
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 61.4 ms