Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

Predictions only

Length 1,001 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rnf40Q3U319 Lmo2-202ENSMUST00000111140 1706 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
Rnf40Q3U319 Spats2-201ENSMUST00000063517 3065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
Rnf40Q3U319 Gm8066-201ENSMUST00000197762 485 ntTSL 3 BASIC24.67■■□□□ 1.54
Rnf40Q3U319 Epop-201ENSMUST00000052281 2314 ntAPPRIS P1 BASIC24.67■■□□□ 1.54
Rnf40Q3U319 Efna2-201ENSMUST00000003154 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
Rnf40Q3U319 Actr3b-202ENSMUST00000128727 2031 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
Rnf40Q3U319 Grk2-210ENSMUST00000171123 1439 ntTSL 5 BASIC24.65■■□□□ 1.54
Rnf40Q3U319 Egr4-201ENSMUST00000095759 2148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
Rnf40Q3U319 Tor1a-201ENSMUST00000028200 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
Rnf40Q3U319 Rnf130-202ENSMUST00000102776 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
Rnf40Q3U319 Evl-201ENSMUST00000021689 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
Rnf40Q3U319 Gsx2-202ENSMUST00000160104 1182 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
Rnf40Q3U319 Ccdc9-201ENSMUST00000041010 2379 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
Rnf40Q3U319 Gm7334-201ENSMUST00000061681 1356 ntAPPRIS P1 BASIC24.62■■□□□ 1.53
Rnf40Q3U319 Foxk2-201ENSMUST00000106113 5029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
Rnf40Q3U319 Crk-202ENSMUST00000093115 965 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
Rnf40Q3U319 Pcf11-205ENSMUST00000208255 1720 ntBASIC24.61■■□□□ 1.53
Rnf40Q3U319 Insc-208ENSMUST00000169913 2321 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
Rnf40Q3U319 Ptpn4-203ENSMUST00000163435 2365 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
Rnf40Q3U319 Capns1-201ENSMUST00000001845 1600 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
Rnf40Q3U319 Micu2-201ENSMUST00000022543 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
Rnf40Q3U319 Ubl4a-207ENSMUST00000178691 1038 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
Rnf40Q3U319 Pom121-201ENSMUST00000111171 5580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
Rnf40Q3U319 Ctnnd2-201ENSMUST00000081728 5944 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
Rnf40Q3U319 Tmem143-201ENSMUST00000069772 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
Rnf40Q3U319 Orai1-201ENSMUST00000051016 1482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
Rnf40Q3U319 Klhl22-201ENSMUST00000117192 2754 ntTSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
Rnf40Q3U319 Rundc3b-202ENSMUST00000115378 1891 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
Rnf40Q3U319 Fam181b-201ENSMUST00000051179 2003 ntAPPRIS P1 BASIC24.57■■□□□ 1.52
Rnf40Q3U319 Slc35a3-202ENSMUST00000120120 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
Rnf40Q3U319 Dvl1-208ENSMUST00000168552 2776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
Rnf40Q3U319 1700026D11Rik-201ENSMUST00000126910 2033 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
Rnf40Q3U319 Qk-202ENSMUST00000097414 4658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
Rnf40Q3U319 Tmem260-210ENSMUST00000227440 2222 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
Rnf40Q3U319 Syt7-201ENSMUST00000073899 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
Rnf40Q3U319 Ctage5-203ENSMUST00000170992 2785 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
Rnf40Q3U319 Vdac1-202ENSMUST00000102758 2022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
Rnf40Q3U319 Evl-202ENSMUST00000077735 2121 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
Rnf40Q3U319 Fam120aos-201ENSMUST00000180775 1780 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
Rnf40Q3U319 Msl2-202ENSMUST00000189616 2612 ntTSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
Rnf40Q3U319 Slc25a33-201ENSMUST00000105686 1887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
Rnf40Q3U319 Popdc3-201ENSMUST00000019994 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
Rnf40Q3U319 Igfbp3-201ENSMUST00000020702 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
Rnf40Q3U319 Ube2q1-201ENSMUST00000038356 3077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
Rnf40Q3U319 Irx1-201ENSMUST00000077337 2373 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
Rnf40Q3U319 Impdh1-201ENSMUST00000078155 2437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
Rnf40Q3U319 Lsm14b-201ENSMUST00000055485 2534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
Rnf40Q3U319 Rhou-201ENSMUST00000045487 3371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
Rnf40Q3U319 Gm5814-201ENSMUST00000177586 378 ntAPPRIS P1 BASIC24.51■■□□□ 1.51
Rnf40Q3U319 Trim3-202ENSMUST00000106789 2841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
Rnf40Q3U319 Ltk-201ENSMUST00000028759 3080 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
Rnf40Q3U319 Adra1d-201ENSMUST00000103184 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
Rnf40Q3U319 AC166822.3-201ENSMUST00000227394 661 ntBASIC24.5■■□□□ 1.51
Rnf40Q3U319 D030046N08Rik-201ENSMUST00000162318 1570 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
Rnf40Q3U319 Ctage5-211ENSMUST00000176322 2649 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
Rnf40Q3U319 Cln6-201ENSMUST00000034776 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
Rnf40Q3U319 St6galnac6-205ENSMUST00000113290 2402 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
Rnf40Q3U319 Trafd1-201ENSMUST00000042312 2503 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
Rnf40Q3U319 Phf14-203ENSMUST00000115511 3336 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
Rnf40Q3U319 Ip6k1-208ENSMUST00000176854 2251 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
Rnf40Q3U319 Smox-201ENSMUST00000028806 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
Rnf40Q3U319 Mcat-201ENSMUST00000061882 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
Rnf40Q3U319 Foxo6-201ENSMUST00000102656 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
Rnf40Q3U319 Pgbd5-204ENSMUST00000140012 3222 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
Rnf40Q3U319 Tmpo-204ENSMUST00000099355 1953 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
Rnf40Q3U319 Drd4-201ENSMUST00000026569 2799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
Rnf40Q3U319 Tbc1d25-203ENSMUST00000143984 2184 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
Rnf40Q3U319 Bok-201ENSMUST00000027499 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
Rnf40Q3U319 Slc17a7-201ENSMUST00000085374 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
Rnf40Q3U319 Ptx3-201ENSMUST00000029421 1898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
Rnf40Q3U319 B3gat1-201ENSMUST00000115269 1665 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
Rnf40Q3U319 Cadps-201ENSMUST00000067491 5421 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
Rnf40Q3U319 Sdccag3-202ENSMUST00000077983 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
Rnf40Q3U319 Smurf1-203ENSMUST00000110677 5420 ntTSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
Rnf40Q3U319 Mgrn1-201ENSMUST00000023159 3293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
Rnf40Q3U319 Mgrn1-202ENSMUST00000070658 3290 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
Rnf40Q3U319 Usp12-201ENSMUST00000085614 4327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
Rnf40Q3U319 Kcnc3-203ENSMUST00000207493 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
Rnf40Q3U319 Onecut3-201ENSMUST00000051773 4776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
Rnf40Q3U319 Ppp1r3e-201ENSMUST00000168622 1852 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
Rnf40Q3U319 Slc16a8-201ENSMUST00000039752 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
Rnf40Q3U319 Dact1-202ENSMUST00000150639 2448 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.42■■□□□ 1.5
Rnf40Q3U319 Camsap1-212ENSMUST00000183461 5090 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
Rnf40Q3U319 Armc10-201ENSMUST00000072896 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
Rnf40Q3U319 Tdp2-201ENSMUST00000038039 1957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
Rnf40Q3U319 Ccna1-202ENSMUST00000197238 1719 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
Rnf40Q3U319 Kat2b-201ENSMUST00000000724 4653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
Rnf40Q3U319 Upf3a-201ENSMUST00000043767 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
Rnf40Q3U319 Bok-205ENSMUST00000201863 883 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
Rnf40Q3U319 Bcl7c-201ENSMUST00000061468 1132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
Rnf40Q3U319 Tcf4-246ENSMUST00000202116 2986 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
Rnf40Q3U319 Pitpna-205ENSMUST00000179445 1665 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.49
Rnf40Q3U319 Strn3-202ENSMUST00000169503 2791 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
Rnf40Q3U319 Mkrn1-202ENSMUST00000051671 1511 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
Rnf40Q3U319 Wt1-209ENSMUST00000213301 1554 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
Rnf40Q3U319 Hdac1-201ENSMUST00000102597 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
Rnf40Q3U319 Hoxc8-201ENSMUST00000001703 1868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
Rnf40Q3U319 Mapk15-201ENSMUST00000089669 1929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
Rnf40Q3U319 Cacfd1-204ENSMUST00000114006 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
Rnf40Q3U319 Kcmf1-204ENSMUST00000204598 1743 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 64.8 ms