Protein–RNA interactions for Protein: Q04857

Col6a1, Collagen alpha-1(VI) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,025 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a1Q04857 Vegfa-211ENSMUST00000167860 975 ntTSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
Col6a1Q04857 Vegfa-212ENSMUST00000214739 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
Col6a1Q04857 Vegfa-213ENSMUST00000217017 1179 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
Col6a1Q04857 Cyp26a1-201ENSMUST00000025946 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
Col6a1Q04857 Gm8098-201ENSMUST00000146985 1499 ntTSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
Col6a1Q04857 Tlx2-202ENSMUST00000174674 1514 ntTSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
Col6a1Q04857 Apcdd1-202ENSMUST00000163716 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
Col6a1Q04857 C1ql1-201ENSMUST00000057849 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
Col6a1Q04857 Tspan3-201ENSMUST00000034876 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
Col6a1Q04857 Mtch1-201ENSMUST00000095427 1922 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
Col6a1Q04857 1810049J17Rik-201ENSMUST00000180521 462 ntAPPRIS P1 BASIC26.56■■□□□ 1.84
Col6a1Q04857 Fbl-201ENSMUST00000042405 1197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
Col6a1Q04857 Gnas-207ENSMUST00000109085 1789 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
Col6a1Q04857 Adap1-201ENSMUST00000110865 2557 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.54■■□□□ 1.84
Col6a1Q04857 Pdss1-201ENSMUST00000053729 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
Col6a1Q04857 Rnaseh2c-201ENSMUST00000025864 1126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
Col6a1Q04857 Ppa2-203ENSMUST00000122334 1368 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
Col6a1Q04857 Cox4i1-205ENSMUST00000181586 765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
Col6a1Q04857 Syndig1l-204ENSMUST00000222422 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
Col6a1Q04857 Mogs-201ENSMUST00000032114 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
Col6a1Q04857 Rps2-ps13-201ENSMUST00000117295 882 ntBASIC26.51■■□□□ 1.83
Col6a1Q04857 Gm12366-201ENSMUST00000121722 873 ntBASIC26.51■■□□□ 1.83
Col6a1Q04857 Rps2-206ENSMUST00000146867 962 ntTSL 5 BASIC26.51■■□□□ 1.83
Col6a1Q04857 Rps2-ps10-201ENSMUST00000076842 879 ntBASIC26.51■■□□□ 1.83
Col6a1Q04857 Gm5786-201ENSMUST00000085368 882 ntBASIC26.51■■□□□ 1.83
Col6a1Q04857 Fam3c-201ENSMUST00000081288 1487 ntTSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
Col6a1Q04857 Ltb4r1-201ENSMUST00000057569 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
Col6a1Q04857 B230208H11Rik-201ENSMUST00000180529 1112 ntTSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
Col6a1Q04857 Map3k10-204ENSMUST00000138243 1621 ntTSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
Col6a1Q04857 Nelfe-202ENSMUST00000165953 1381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
Col6a1Q04857 Smagp-201ENSMUST00000066068 1132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
Col6a1Q04857 Mrps7-201ENSMUST00000058109 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
Col6a1Q04857 Phf10-201ENSMUST00000024657 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
Col6a1Q04857 Chpt1-204ENSMUST00000117579 1043 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
Col6a1Q04857 Lactb-201ENSMUST00000034929 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
Col6a1Q04857 Dazap1-203ENSMUST00000105362 2081 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
Col6a1Q04857 Tceal3-202ENSMUST00000113100 1148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
Col6a1Q04857 Gm15039-201ENSMUST00000118914 875 ntBASIC26.46■■□□□ 1.83
Col6a1Q04857 Nudt9-201ENSMUST00000031250 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
Col6a1Q04857 Fus-204ENSMUST00000121616 1102 ntTSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
Col6a1Q04857 1700020L24Rik-201ENSMUST00000037378 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
Col6a1Q04857 Zfp131-206ENSMUST00000223813 2561 ntAPPRIS P3 BASIC26.45■■□□□ 1.82
Col6a1Q04857 Tpst1-201ENSMUST00000040721 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
Col6a1Q04857 Thap8-202ENSMUST00000108187 1184 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC26.44■■□□□ 1.82
Col6a1Q04857 D16Ertd472e-201ENSMUST00000114218 1271 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.44■■□□□ 1.82
Col6a1Q04857 Sike1-202ENSMUST00000119450 774 ntTSL 3 BASIC26.43■■□□□ 1.82
Col6a1Q04857 Gli3-204ENSMUST00000141194 466 ntTSL 2 BASIC26.43■■□□□ 1.82
Col6a1Q04857 Yars2-201ENSMUST00000059955 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
Col6a1Q04857 Ube2j2-205ENSMUST00000105583 1434 ntTSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
Col6a1Q04857 Hexdc-202ENSMUST00000106117 2149 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
Col6a1Q04857 Scarna2-201ENSMUST00000157560 414 ntBASIC26.4■■□□□ 1.82
Col6a1Q04857 Stbd1-202ENSMUST00000200941 523 ntTSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
Col6a1Q04857 Gadd45a-201ENSMUST00000043098 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
Col6a1Q04857 Particl-201ENSMUST00000205370 1560 ntBASIC26.4■■□□□ 1.82
Col6a1Q04857 Traf4-201ENSMUST00000017530 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
Col6a1Q04857 Ddrgk1-201ENSMUST00000089559 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
Col6a1Q04857 Klhl15-202ENSMUST00000113908 1235 ntTSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
Col6a1Q04857 AC153366.1-201ENSMUST00000218132 1056 ntTSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
Col6a1Q04857 Dcun1d5-201ENSMUST00000034499 1122 ntTSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
Col6a1Q04857 Tmem192-202ENSMUST00000079896 916 ntTSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
Col6a1Q04857 Galnt12-201ENSMUST00000045041 2288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
Col6a1Q04857 Crct1-201ENSMUST00000029521 718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
Col6a1Q04857 Rbms1-202ENSMUST00000112509 1806 ntTSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
Col6a1Q04857 Zxdc-201ENSMUST00000045740 1612 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
Col6a1Q04857 Gm6206-201ENSMUST00000133472 2199 ntBASIC26.36■■□□□ 1.81
Col6a1Q04857 Rp9-201ENSMUST00000034763 1134 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
Col6a1Q04857 Wt1-209ENSMUST00000213301 1554 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
Col6a1Q04857 Gm11687-201ENSMUST00000118911 886 ntBASIC26.35■■□□□ 1.81
Col6a1Q04857 Gm45716-202ENSMUST00000134929 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
Col6a1Q04857 Fcnaos-201ENSMUST00000127642 1351 ntTSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
Col6a1Q04857 Gm9806-201ENSMUST00000051080 552 ntBASIC26.34■■□□□ 1.81
Col6a1Q04857 Aspscr1-202ENSMUST00000103016 1689 ntTSL 5 BASIC26.34■■□□□ 1.81
Col6a1Q04857 Ccdc122-201ENSMUST00000048208 1721 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
Col6a1Q04857 Gas7-203ENSMUST00000108681 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.33■■□□□ 1.81
Col6a1Q04857 Ric1-206ENSMUST00000162184 2157 ntTSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
Col6a1Q04857 Gm9905-201ENSMUST00000065740 1845 ntBASIC26.33■■□□□ 1.81
Col6a1Q04857 Erf-202ENSMUST00000116343 690 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.33■■□□□ 1.81
Col6a1Q04857 Ppp1r35-201ENSMUST00000031739 956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
Col6a1Q04857 Guf1-201ENSMUST00000031113 1769 ntTSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.8
Col6a1Q04857 Gm43573-201ENSMUST00000196445 570 ntTSL 5 BASIC26.32■■□□□ 1.8
Col6a1Q04857 Gm4799-201ENSMUST00000095396 657 ntBASIC26.32■■□□□ 1.8
Col6a1Q04857 Nek6-202ENSMUST00000112895 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
Col6a1Q04857 Map2k7-207ENSMUST00000110999 1578 ntTSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
Col6a1Q04857 Rcor3-207ENSMUST00000192866 1844 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.3■■□□□ 1.8
Col6a1Q04857 E130102H24Rik-201ENSMUST00000144604 741 ntTSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
Col6a1Q04857 Tmem240-202ENSMUST00000147721 817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
Col6a1Q04857 Mpped1-208ENSMUST00000163723 1064 ntTSL 5 BASIC26.3■■□□□ 1.8
Col6a1Q04857 Terf2-203ENSMUST00000116425 2471 ntTSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
Col6a1Q04857 Ywhah-201ENSMUST00000019109 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
Col6a1Q04857 Slc39a13-203ENSMUST00000111436 1291 ntTSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
Col6a1Q04857 Krtap17-1-201ENSMUST00000105049 761 ntAPPRIS P1 BASIC26.28■■□□□ 1.8
Col6a1Q04857 Gm16049-201ENSMUST00000155166 616 ntTSL 3 BASIC26.28■■□□□ 1.8
Col6a1Q04857 Klhl15-203ENSMUST00000113911 1227 ntTSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
Col6a1Q04857 Mrps15-201ENSMUST00000030675 937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
Col6a1Q04857 Pdia5-201ENSMUST00000023550 1808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
Col6a1Q04857 Ebag9-203ENSMUST00000227691 1945 ntAPPRIS P1 BASIC26.26■■□□□ 1.79
Col6a1Q04857 Smad7-202ENSMUST00000168918 1882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
Col6a1Q04857 Ppp1r3e-202ENSMUST00000177403 1957 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.26■■□□□ 1.79
Col6a1Q04857 Gm27040-201ENSMUST00000181984 504 ntTSL 2 BASIC26.25■■□□□ 1.79
Col6a1Q04857 Fam69b-201ENSMUST00000074240 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 19.1 ms