Protein–RNA interactions for Protein: Q12234

RUD3, GRIP domain-containing protein RUD3, yeast

Known RBP Predictions only

Length 484 aa.

Protein		RNA				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	UniProt Accession	Gene	Ensembl Transcript ID	Length	Transcript Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
RUD3	Q12234	HMRA2	YCR096C	360 nt		-0.06	□□□□□ -2.42
RUD3	Q12234	YAR047C	YAR047C	321 nt		-0.06	□□□□□ -2.42
RUD3	Q12234	YOR186C-A	YOR186C-A	210 nt		-0.06	□□□□□ -2.42
RUD3	Q12234	COG8	YML071C	1824 nt		-0.06	□□□□□ -2.42
RUD3	Q12234	NNF2	YGR089W	2811 nt		-0.08	□□□□□ -2.42
RUD3	Q12234	tR(UCU)Q1	tR(UCU)Q1	73 nt		-0.08	□□□□□ -2.42
RUD3	Q12234	SGF11	YPL047W	300 nt		-0.08	□□□□□ -2.42
RUD3	Q12234	snR54	snR54	86 nt		-0.08	□□□□□ -2.42
RUD3	Q12234	PCF11	YDR228C	1881 nt		-0.08	□□□□□ -2.42
RUD3	Q12234	SSS1	YDR086C	243 nt		-0.09	□□□□□ -2.42
RUD3	Q12234	YNL146W	YNL146W	303 nt		-0.09	□□□□□ -2.42
RUD3	Q12234	snR190	snR190	190 nt		-0.09	□□□□□ -2.42
RUD3	Q12234	YDL185C-A	YDL185C-A	228 nt		-0.1	□□□□□ -2.43
RUD3	Q12234	YDR426C	YDR426C	378 nt		-0.1	□□□□□ -2.43
RUD3	Q12234	tN(GUU)Q	tN(GUU)Q	71 nt		-0.1	□□□□□ -2.43
RUD3	Q12234	snR45	snR45	172 nt		-0.1	□□□□□ -2.43
RUD3	Q12234	CBS1	YDL069C	690 nt		-0.11	□□□□□ -2.43
RUD3	Q12234	YCR018C-A	YCR018C-A	255 nt		-0.12	□□□□□ -2.43
RUD3	Q12234	STE18	YJR086W	333 nt		-0.12	□□□□□ -2.43
RUD3	Q12234	YMR307C-A	YMR307C-A	195 nt		-0.12	□□□□□ -2.43
RUD3	Q12234	BUL2	YML111W	2763 nt		-0.12	□□□□□ -2.43
RUD3	Q12234	RPL35A	YDL191W	363 nt		-0.13	□□□□□ -2.43
RUD3	Q12234	BI2	Q0110	1272 nt		-0.13	□□□□□ -2.43
RUD3	Q12234	ECL1	YGR146C	636 nt		-0.13	□□□□□ -2.43
RUD3	Q12234	TAR1	YLR154W-C	375 nt		-0.13	□□□□□ -2.43
RUD3	Q12234	YLR232W	YLR232W	348 nt		-0.13	□□□□□ -2.43
RUD3	Q12234	PCC1	YKR095W-A	267 nt		-0.14	□□□□□ -2.43
RUD3	Q12234	YPL225W	YPL225W	441 nt		-0.14	□□□□□ -2.43
RUD3	Q12234	ULI1	YFR026C	510 nt		-0.15	□□□□□ -2.43
RUD3	Q12234	FYV7	YLR068W	456 nt		-0.15	□□□□□ -2.43
RUD3	Q12234	YNL303W	YNL303W	348 nt		-0.15	□□□□□ -2.43
RUD3	Q12234	MRPL50	YNR022C	420 nt		-0.15	□□□□□ -2.43
RUD3	Q12234	NIP1	YMR309C	2439 nt		-0.15	□□□□□ -2.43
RUD3	Q12234	YLR456W	YLR456W	615 nt		-0.16	□□□□□ -2.44
RUD3	Q12234	YPL068C	YPL068C	882 nt		-0.16	□□□□□ -2.44
RUD3	Q12234	COY1	YKL179C	2040 nt		-0.16	□□□□□ -2.44
RUD3	Q12234	YER006C-A	YER006C-A	318 nt		-0.17	□□□□□ -2.44
RUD3	Q12234	YLR334C	YLR334C	381 nt		-0.18	□□□□□ -2.44
RUD3	Q12234	RPS25B	YLR333C	327 nt		-0.2	□□□□□ -2.44
RUD3	Q12234	YKU70	YMR284W	1809 nt		-0.2	□□□□□ -2.44
RUD3	Q12234	YHR131W-A	YHR131W-A	246 nt		-0.21	□□□□□ -2.44
RUD3	Q12234	YNL122C	YNL122C	348 nt		-0.21	□□□□□ -2.44
RUD3	Q12234	SOV1	YMR066W	2697 nt		-0.22	□□□□□ -2.44
RUD3	Q12234	YHR007C-A	YHR007C-A	216 nt		-0.22	□□□□□ -2.44
RUD3	Q12234	YLR101C	YLR101C	396 nt		-0.22	□□□□□ -2.44
RUD3	Q12234	YNR025C	YNR025C	360 nt		-0.22	□□□□□ -2.44
RUD3	Q12234	YPR092W	YPR092W	306 nt		-0.22	□□□□□ -2.44
RUD3	Q12234	YLL006W-A	YLL006W-A	177 nt		-0.23	□□□□□ -2.45
RUD3	Q12234	YJL120W	YJL120W	324 nt		-0.24	□□□□□ -2.45
RUD3	Q12234	YAR053W	YAR053W	297 nt		-0.25	□□□□□ -2.45
RUD3	Q12234	YEL073C	YEL073C	324 nt		-0.26	□□□□□ -2.45
RUD3	Q12234	YHR138C	YHR138C	345 nt		-0.26	□□□□□ -2.45
RUD3	Q12234	snR41	snR41	95 nt		-0.26	□□□□□ -2.45
RUD3	Q12234	TOM22	YNL131W	459 nt		-0.27	□□□□□ -2.45
RUD3	Q12234	YCR022C	YCR022C	345 nt		-0.28	□□□□□ -2.45
RUD3	Q12234	YKL136W	YKL136W	399 nt		-0.28	□□□□□ -2.45
RUD3	Q12234	YLR282C	YLR282C	342 nt		-0.28	□□□□□ -2.45
RUD3	Q12234	snR128	snR128	126 nt		-0.29	□□□□□ -2.46
RUD3	Q12234	snR8	snR8	190 nt		-0.3	□□□□□ -2.46
RUD3	Q12234	YDR354C-A	YDR354C-A	144 nt		-0.3	□□□□□ -2.46
RUD3	Q12234	YDR210W	YDR210W	228 nt		-0.32	□□□□□ -2.46
RUD3	Q12234	VPS20	YMR077C	666 nt		-0.33	□□□□□ -2.46
RUD3	Q12234	YOL013W-B	YOL013W-B	291 nt		-0.33	□□□□□ -2.46
RUD3	Q12234	YAR029W	YAR029W	225 nt		-0.34	□□□□□ -2.46
RUD3	Q12234	PRP39	YML046W	1890 nt		-0.34	□□□□□ -2.46
RUD3	Q12234	YOR161W-A	YOR161W-A	81 nt		-0.36	□□□□□ -2.47
RUD3	Q12234	CSN9	YDR179C	489 nt		-0.37	□□□□□ -2.47
RUD3	Q12234	TFB5	YDR079C-A	219 nt		-0.39	□□□□□ -2.47
RUD3	Q12234	SBH2	YER019C-A	267 nt		-0.39	□□□□□ -2.47
RUD3	Q12234	YJL026C-A	YJL026C-A	222 nt		-0.39	□□□□□ -2.47
RUD3	Q12234	SNU13	YEL026W	381 nt		-0.41	□□□□□ -2.48
RUD3	Q12234	BLI1	YKL061W	342 nt		-0.41	□□□□□ -2.48
RUD3	Q12234	YKL100W-A	YKL100W-A	90 nt		-0.41	□□□□□ -2.48
RUD3	Q12234	PRM3	YPL192C	402 nt		-0.41	□□□□□ -2.48
RUD3	Q12234	YEL050W-A	YEL050W-A	192 nt		-0.42	□□□□□ -2.48
RUD3	Q12234	YDR366C	YDR366C	399 nt		-0.43	□□□□□ -2.48
RUD3	Q12234	YGL123C-A	YGL123C-A	231 nt		-0.43	□□□□□ -2.48
RUD3	Q12234	HTB2	YBL002W	396 nt		-0.43	□□□□□ -2.48
RUD3	Q12234	UTP8	YGR128C	2142 nt		-0.43	□□□□□ -2.48
RUD3	Q12234	CSE1	YGL238W	2883 nt		-0.44	□□□□□ -2.48
RUD3	Q12234	YEL020C-B	YEL020C-B	198 nt		-0.44	□□□□□ -2.48
RUD3	Q12234	YLR434C	YLR434C	384 nt		-0.44	□□□□□ -2.48
RUD3	Q12234	YBR072C-A	YBR072C-A	162 nt		-0.44	□□□□□ -2.48
RUD3	Q12234	YLR041W	YLR041W	321 nt		-0.46	□□□□□ -2.48
RUD3	Q12234	YJL007C	YJL007C	315 nt		-0.47	□□□□□ -2.48
RUD3	Q12234	YMR158W-B	YMR158W-B	321 nt		-0.47	□□□□□ -2.48
RUD3	Q12234	CSE2	YNR010W	450 nt		-0.47	□□□□□ -2.48
RUD3	Q12234	YGR164W	YGR164W	336 nt		-0.48	□□□□□ -2.49
RUD3	Q12234	RPS27B	YHR021C	249 nt		-0.48	□□□□□ -2.49
RUD3	Q12234	YPL205C	YPL205C	345 nt		-0.49	□□□□□ -2.49
RUD3	Q12234	YBR099C	YBR099C	384 nt		-0.49	□□□□□ -2.49
RUD3	Q12234	YIL115W-A	YIL115W-A	372 nt		-0.52	□□□□□ -2.49
RUD3	Q12234	EST1	YLR233C	2100 nt		-0.52	□□□□□ -2.49
RUD3	Q12234	YFL063W	YFL063W	456 nt		-0.54	□□□□□ -2.5
RUD3	Q12234	RAD61	YDR014W	1944 nt		-0.54	□□□□□ -2.5
RUD3	Q12234	ATP19	YOL077W-A	207 nt		-0.55	□□□□□ -2.5
RUD3	Q12234	YDL158C	YDL158C	309 nt		-0.56	□□□□□ -2.5
RUD3	Q12234	YLR406C-A	YLR406C-A	150 nt		-0.56	□□□□□ -2.5
RUD3	Q12234	YKL063C	YKL063C	504 nt		-0.57	□□□□□ -2.5
RUD3	Q12234	YLR202C	YLR202C	327 nt		-0.57	□□□□□ -2.5

Retrieved 100 of 7,029 protein–RNA pairs in 45.4 ms