Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 AC009947.2-201ENST00000444014 672 ntBASIC26.79■■□□□ 1.88
CCDC9Q9Y3X0 CDKN2AIPNL-202ENST00000458198 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
CCDC9Q9Y3X0 PP7080-204ENST00000510714 601 ntTSL 3 BASIC26.79■■□□□ 1.88
CCDC9Q9Y3X0 TRAF7-205ENST00000567653 666 ntTSL 2 BASIC26.79■■□□□ 1.88
CCDC9Q9Y3X0 AL031985.4-201ENST00000642138 673 ntBASIC26.79■■□□□ 1.88
CCDC9Q9Y3X0 TMEM234-203ENST00000373593 1411 ntTSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
CCDC9Q9Y3X0 LETM2-208ENST00000524874 1459 ntTSL 5 BASIC26.79■■□□□ 1.88
CCDC9Q9Y3X0 SNRPA-201ENST00000243563 1621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
CCDC9Q9Y3X0 ST7L-201ENST00000343210 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
CCDC9Q9Y3X0 ELOB-202ENST00000409477 997 ntTSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
CCDC9Q9Y3X0 AL050404.1-201ENST00000424566 802 ntTSL 2 BASIC26.78■■□□□ 1.88
CCDC9Q9Y3X0 KLHL21-204ENST00000467612 1056 ntTSL 3 BASIC26.78■■□□□ 1.88
CCDC9Q9Y3X0 AC128688.1-201ENST00000487626 519 ntBASIC26.78■■□□□ 1.88
CCDC9Q9Y3X0 AC011445.1-201ENST00000601911 877 ntTSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
CCDC9Q9Y3X0 AP000550.4-202ENST00000639755 178 ntBASIC26.78■■□□□ 1.88
CCDC9Q9Y3X0 SETD7-202ENST00000404104 1590 ntTSL 2 BASIC26.78■■□□□ 1.88
CCDC9Q9Y3X0 SMIM11B-205ENST00000624304 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
CCDC9Q9Y3X0 STOML1-201ENST00000316900 2169 ntTSL 2 BASIC26.78■■□□□ 1.88
CCDC9Q9Y3X0 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
CCDC9Q9Y3X0 MAL2-204ENST00000614891 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
CCDC9Q9Y3X0 SLC39A14-202ENST00000289952 2137 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.77■■□□□ 1.88
CCDC9Q9Y3X0 IQCJ-SCHIP1-201ENST00000412423 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
CCDC9Q9Y3X0 ACAA1-202ENST00000333167 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
CCDC9Q9Y3X0 LRP5-201ENST00000294304 5159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
CCDC9Q9Y3X0 S1PR5-204ENST00000617721 1698 ntTSL 5 BASIC26.77■■□□□ 1.88
CCDC9Q9Y3X0 TSPY14P-201ENST00000303979 915 ntBASIC26.77■■□□□ 1.88
CCDC9Q9Y3X0 UBE2E1-AS1-201ENST00000426702 778 ntTSL 3 BASIC26.77■■□□□ 1.88
CCDC9Q9Y3X0 AP006284.1-202ENST00000527113 527 ntTSL 4 BASIC26.77■■□□□ 1.88
CCDC9Q9Y3X0 AC012366.1-201ENST00000615411 473 ntTSL 5 BASIC26.77■■□□□ 1.88
CCDC9Q9Y3X0 AC093458.2-201ENST00000623150 629 ntBASIC26.77■■□□□ 1.88
CCDC9Q9Y3X0 C2orf72-201ENST00000373640 3657 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.77■■□□□ 1.88
CCDC9Q9Y3X0 DONSON-201ENST00000303071 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
CCDC9Q9Y3X0 DLL3-202ENST00000356433 2055 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.77■■□□□ 1.88
CCDC9Q9Y3X0 MYH7B-209ENST00000618182 6197 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.77■■□□□ 1.88
CCDC9Q9Y3X0 UGDH-206ENST00000507089 1712 ntTSL 2 BASIC26.76■■□□□ 1.88
CCDC9Q9Y3X0 ZNF410-206ENST00000540593 1722 ntTSL 2 BASIC26.76■■□□□ 1.88
CCDC9Q9Y3X0 TCP11-203ENST00000373974 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.76■■□□□ 1.87
CCDC9Q9Y3X0 GPR20-201ENST00000377741 1515 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.76■■□□□ 1.87
CCDC9Q9Y3X0 AEBP2-204ENST00000398864 5099 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
CCDC9Q9Y3X0 SLC25A3-211ENST00000548847 1369 ntTSL 5 BASIC26.76■■□□□ 1.87
CCDC9Q9Y3X0 NDUFS6-201ENST00000274137 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
CCDC9Q9Y3X0 TMEM234-201ENST00000309777 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
CCDC9Q9Y3X0 CCT7-202ENST00000398422 1234 ntTSL 2 BASIC26.76■■□□□ 1.87
CCDC9Q9Y3X0 AC007731.5-201ENST00000429594 644 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.76■■□□□ 1.87
CCDC9Q9Y3X0 SAPCD2P2-201ENST00000431719 1174 ntBASIC26.76■■□□□ 1.87
CCDC9Q9Y3X0 LY6E-211ENST00000521699 1256 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.76■■□□□ 1.87
CCDC9Q9Y3X0 CERS5-201ENST00000317551 2051 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.76■■□□□ 1.87
CCDC9Q9Y3X0 TMEM9B-205ENST00000534025 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
CCDC9Q9Y3X0 PFDN6-206ENST00000463584 1915 ntTSL 3 BASIC26.76■■□□□ 1.87
CCDC9Q9Y3X0 DEDD2-201ENST00000336034 1882 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
CCDC9Q9Y3X0 DES-201ENST00000373960 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
CCDC9Q9Y3X0 ARL6IP4-220ENST00000543566 1591 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
CCDC9Q9Y3X0 NTMT1-210ENST00000613644 1501 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.75■■□□□ 1.87
CCDC9Q9Y3X0 FSCN1P1-201ENST00000568912 1481 ntBASIC26.75■■□□□ 1.87
CCDC9Q9Y3X0 ABHD17C-201ENST00000258884 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
CCDC9Q9Y3X0 DONSON-210ENST00000453626 2332 ntTSL 5 BASIC26.75■■□□□ 1.87
CCDC9Q9Y3X0 CHCHD6-201ENST00000290913 1006 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
CCDC9Q9Y3X0 MRPL52-201ENST00000311892 1042 ntTSL 3 BASIC26.75■■□□□ 1.87
CCDC9Q9Y3X0 CD7-201ENST00000312648 1281 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
CCDC9Q9Y3X0 INGX-201ENST00000359239 846 ntBASIC26.75■■□□□ 1.87
CCDC9Q9Y3X0 PRR31-201ENST00000371629 978 ntTSL 2 BASIC26.75■■□□□ 1.87
CCDC9Q9Y3X0 DUSP5P1-201ENST00000441325 1139 ntBASIC26.75■■□□□ 1.87
CCDC9Q9Y3X0 AC007563.2-201ENST00000447289 552 ntTSL 5 BASIC26.75■■□□□ 1.87
CCDC9Q9Y3X0 RPH3AL-203ENST00000536489 1235 ntTSL 2 BASIC26.75■■□□□ 1.87
CCDC9Q9Y3X0 SYNGR4-202ENST00000595322 533 ntTSL 3 BASIC26.75■■□□□ 1.87
CCDC9Q9Y3X0 AC139887.4-201ENST00000607877 719 ntBASIC26.75■■□□□ 1.87
CCDC9Q9Y3X0 AC005906.2-206ENST00000638180 1029 ntTSL 5 BASIC26.75■■□□□ 1.87
CCDC9Q9Y3X0 MYC-208ENST00000641036 567 ntBASIC26.75■■□□□ 1.87
CCDC9Q9Y3X0 MCEMP1-201ENST00000333598 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
CCDC9Q9Y3X0 PCGF3-208ENST00000470161 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
CCDC9Q9Y3X0 MXRA7-201ENST00000355797 5661 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC26.75■■□□□ 1.87
CCDC9Q9Y3X0 ST8SIA1-204ENST00000404299 1920 ntTSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
CCDC9Q9Y3X0 EFCC1-201ENST00000436022 2691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.74■■□□□ 1.87
CCDC9Q9Y3X0 MFSD14C-208ENST00000637864 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.74■■□□□ 1.87
CCDC9Q9Y3X0 GTF3A-201ENST00000381140 1383 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
CCDC9Q9Y3X0 HSD11B1L-221ENST00000583928 1319 ntTSL 5 BASIC26.74■■□□□ 1.87
CCDC9Q9Y3X0 EXOC3-AS1-202ENST00000623673 1663 ntBASIC26.74■■□□□ 1.87
CCDC9Q9Y3X0 COMMD1-201ENST00000311832 911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
CCDC9Q9Y3X0 NPY-202ENST00000405982 565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
CCDC9Q9Y3X0 LINC00421-201ENST00000413833 1054 ntTSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
CCDC9Q9Y3X0 AL450487.1-201ENST00000426799 995 ntBASIC26.74■■□□□ 1.87
CCDC9Q9Y3X0 ASRGL1-211ENST00000628829 1161 ntTSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
CCDC9Q9Y3X0 AC092384.1-201ENST00000378347 1812 ntTSL 2 BASIC26.74■■□□□ 1.87
CCDC9Q9Y3X0 NTN4-207ENST00000553059 1818 ntTSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
CCDC9Q9Y3X0 SPEG-203ENST00000396688 1457 ntTSL 3 BASIC26.74■■□□□ 1.87
CCDC9Q9Y3X0 LINC02361-201ENST00000538731 1484 ntTSL 2 BASIC26.74■■□□□ 1.87
CCDC9Q9Y3X0 NDUFA10-214ENST00000620965 1489 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.74■■□□□ 1.87
CCDC9Q9Y3X0 AC133065.2-201ENST00000573379 2147 ntTSL 2 BASIC26.74■■□□□ 1.87
CCDC9Q9Y3X0 TRIM73-205ENST00000450434 1425 ntTSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
CCDC9Q9Y3X0 ASAP2-201ENST00000281419 5712 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
CCDC9Q9Y3X0 PLPP5-209ENST00000529359 2185 ntTSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
CCDC9Q9Y3X0 THRA-209ENST00000584985 2421 ntTSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
CCDC9Q9Y3X0 MED30-201ENST00000297347 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
CCDC9Q9Y3X0 CHAC1-203ENST00000487220 853 ntTSL 3 BASIC26.73■■□□□ 1.87
CCDC9Q9Y3X0 LINC00636-201ENST00000494231 1264 ntTSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
CCDC9Q9Y3X0 ULK4P3-205ENST00000568486 1158 ntTSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
CCDC9Q9Y3X0 DBP-204ENST00000599385 709 ntTSL 3 BASIC26.73■■□□□ 1.87
CCDC9Q9Y3X0 FAM87A-204ENST00000613235 858 ntBASIC26.73■■□□□ 1.87
CCDC9Q9Y3X0 CHRM4-201ENST00000433765 1511 ntAPPRIS P1 BASIC26.73■■□□□ 1.87
CCDC9Q9Y3X0 PTPRJ-201ENST00000418331 5122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 57.3 ms