Protein–RNA interactions for Protein: Q3L8U1

CHD9, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 9, humanhuman

Predictions only

Length 2,897 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD9Q3L8U1 AC005521.1-201ENST00000393351 872 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 CCDC103-202ENST00000410006 921 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 AC002094.1-201ENST00000591482 1050 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 MMEL1-206ENST00000502556 1943 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 CAB39-203ENST00000410084 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 SPAG16-209ENST00000447990 1330 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 ILK-203ENST00000420936 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 CYP2D8P-201ENST00000433633 1490 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 IRF3-221ENST00000598808 1468 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 METTL21A-204ENST00000425132 869 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 LINC01184-202ENST00000501173 949 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 AC008443.1-203ENST00000505151 886 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 CDKN3-209ENST00000556102 938 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 LINC02175-201ENST00000571219 1875 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 TOR2A-203ENST00000373284 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 PDLIM2-207ENST00000409417 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 CYP26A1-201ENST00000224356 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 SUGCT-202ENST00000401647 1369 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 BX890604.1-205ENST00000425492 856 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 AP001458.2-201ENST00000528405 577 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 Six3os1_6.1-201ENST00000620790 196 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 ZSCAN18-212ENST00000600404 1934 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 SMOX-212ENST00000621355 2322 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 SLC25A11-201ENST00000225665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 GCH1-205ENST00000536224 1805 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 MMP23A-201ENST00000234610 1017 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 AC009487.1-202ENST00000437683 402 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 HES2-206ENST00000489730 730 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 NCAM1-AS1-201ENST00000526229 1081 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 RMI2-205ENST00000576027 818 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 AC003005.1-201ENST00000601674 582 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 C12orf76-203ENST00000546651 1755 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 AC134772.1-201ENST00000438872 885 ntTSL 3 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 ZNRF2P2-202ENST00000442865 590 ntTSL 4 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 ABCC5-211ENST00000446941 883 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 CHCHD6-204ENST00000508789 1159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 AC016582.3-201ENST00000589653 561 ntTSL 4 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 TBC1D22A-206ENST00000407381 1949 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 LHFPL3-202ENST00000424859 1852 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 GAMT-201ENST00000252288 1121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 AL513320.1-201ENST00000435049 622 ntTSL 3 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 TSPAN14-209ENST00000481124 808 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 AC020922.2-201ENST00000596786 359 ntTSL 4 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 AC110285.5-201ENST00000611501 352 ntBASIC21.97■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 FBXW4-201ENST00000331272 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 RNH1-206ENST00000438658 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 HOXA4-202ENST00000428284 1595 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 RFT1-202ENST00000394738 1800 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 ZNF668-205ENST00000426488 2282 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 MRPS24-201ENST00000317534 707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 AC010947.1-201ENST00000623454 693 ntBASIC21.97■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 ST3GAL5-202ENST00000377332 2165 ntTSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 AC138028.2-201ENST00000440406 1539 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 NAA35-202ENST00000376040 1797 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 NELFE-202ENST00000375429 1584 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 FAM228B-210ENST00000615575 1357 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 RBM38-203ENST00000356208 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 PGF-201ENST00000238607 1693 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 TIMP4-201ENST00000287814 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 ZNF32-201ENST00000374433 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 UBE2F-203ENST00000409633 837 ntTSL 3 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 NELFE-206ENST00000444811 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 MOK-226ENST00000522874 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 COPS7A-208ENST00000538410 1610 ntTSL 3 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 CNTFR-201ENST00000351266 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 NUDT8-201ENST00000301490 809 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 DISC1-223ENST00000628350 2363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 IGFBP7-AS1-201ENST00000499667 1389 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 SNCA-203ENST00000394986 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 CYHR1-202ENST00000403000 1477 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 LAG3-202ENST00000441671 1576 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
CHD9Q3L8U1 NBPF14-202ENST00000593495 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
CHD9Q3L8U1 KRT18P22-201ENST00000402024 1347 ntBASIC21.95■■□□□ 1.1
CHD9Q3L8U1 IQCD-203ENST00000546692 1872 ntTSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
CHD9Q3L8U1 DUX4-203ENST00000565211 1710 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
CHD9Q3L8U1 CRTAC1-202ENST00000370591 2348 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
CHD9Q3L8U1 RNF5-203ENST00000375094 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
CHD9Q3L8U1 EFTUD1P1-201ENST00000558187 596 ntTSL 4 BASIC21.95■■□□□ 1.1
CHD9Q3L8U1 LINC00605-201ENST00000514902 1558 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
CHD9Q3L8U1 AC124283.5-201ENST00000624661 1809 ntBASIC21.95■■□□□ 1.1
CHD9Q3L8U1 HSF2BP-201ENST00000291560 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
CHD9Q3L8U1 TSEN15-201ENST00000361641 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
CHD9Q3L8U1 KLC1-201ENST00000246489 2294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
CHD9Q3L8U1 KLC1-224ENST00000557450 2265 ntTSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
CHD9Q3L8U1 METTL5-201ENST00000260953 1010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
CHD9Q3L8U1 FAM86B2-202ENST00000309608 806 ntTSL 3 BASIC21.94■■□□□ 1.1
CHD9Q3L8U1 GPSM1-203ENST00000392944 1111 ntTSL 3 BASIC21.94■■□□□ 1.1
CHD9Q3L8U1 PTPA-214ENST00000423100 988 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
CHD9Q3L8U1 IAH1-215ENST00000497473 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
CHD9Q3L8U1 ROPN1L-202ENST00000503804 1291 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
CHD9Q3L8U1 AF131216.3-201ENST00000525867 1099 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
CHD9Q3L8U1 LTBR-211ENST00000543190 785 ntTSL 3 BASIC21.94■■□□□ 1.1
CHD9Q3L8U1 KRTAP5-11-203ENST00000617152 558 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
CHD9Q3L8U1 MIF-AS1-201ENST00000406213 1476 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
CHD9Q3L8U1 FAM197Y1-201ENST00000421178 764 ntBASIC21.94■■□□□ 1.1
CHD9Q3L8U1 RPS15-203ENST00000586096 570 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
CHD9Q3L8U1 MRPL4-204ENST00000588502 827 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
CHD9Q3L8U1 EPS8L2-230ENST00000610855 1633 ntTSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.3 ms