Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 CD99P1-203ENST00000431582 602 ntTSL 4 BASIC21.58■■□□□ 1.05
USP4Q13107 SERTAD4-AS1-201ENST00000437764 726 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
USP4Q13107 AC097658.1-201ENST00000475555 843 ntBASIC21.58■■□□□ 1.05
USP4Q13107 BET1L-207ENST00000529614 560 ntTSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.05
USP4Q13107 JADE2-211ENST00000612830 1251 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
USP4Q13107 TERF1-202ENST00000276603 1677 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
USP4Q13107 PTX4-203ENST00000447419 1516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.04
USP4Q13107 GMDS-202ENST00000380815 1752 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
USP4Q13107 PITX3-201ENST00000370002 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
USP4Q13107 KAT2B-201ENST00000263754 4833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
USP4Q13107 NPDC1-202ENST00000371601 1494 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
USP4Q13107 FUZ-212ENST00000528094 1479 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.04
USP4Q13107 DRAM2-201ENST00000286692 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
USP4Q13107 SYNGR2-201ENST00000225777 2325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
USP4Q13107 MAF1-205ENST00000534585 1754 ntTSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
USP4Q13107 D2HGDH-201ENST00000321264 2617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
USP4Q13107 LOXL1-AS1-210ENST00000567257 2358 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
USP4Q13107 PSPN-201ENST00000245810 471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
USP4Q13107 NUDT22-201ENST00000279206 1094 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
USP4Q13107 ART5-202ENST00000397067 1154 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
USP4Q13107 GNAS-AS1-201ENST00000424094 1156 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
USP4Q13107 NUDT22-204ENST00000441250 986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
USP4Q13107 AC027451.1-201ENST00000530667 553 ntTSL 4 BASIC21.57■■□□□ 1.04
USP4Q13107 AC003102.1-201ENST00000588279 569 ntTSL 4 BASIC21.57■■□□□ 1.04
USP4Q13107 AC009126.1-201ENST00000501338 2245 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
USP4Q13107 ZDHHC5-204ENST00000527985 2817 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
USP4Q13107 TMEM121B-201ENST00000331437 4954 ntAPPRIS P3 BASIC21.57■■□□□ 1.04
USP4Q13107 STK11-205ENST00000586243 2777 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
USP4Q13107 CAPZB-205ENST00000433834 1462 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
USP4Q13107 MXRA8-201ENST00000309212 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
USP4Q13107 STX5-203ENST00000394690 1568 ntTSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
USP4Q13107 PDCD2-203ENST00000443345 1897 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
USP4Q13107 GRK3-203ENST00000619906 2873 ntTSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
USP4Q13107 TM7SF2-201ENST00000279263 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
USP4Q13107 MEA1-201ENST00000244711 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
USP4Q13107 FMR1-202ENST00000334557 1295 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
USP4Q13107 LINC02531-201ENST00000404689 593 ntTSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
USP4Q13107 AL359182.2-201ENST00000457720 606 ntTSL 3 BASIC21.56■■□□□ 1.04
USP4Q13107 CDV3P1-201ENST00000471403 739 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
USP4Q13107 PLK5-204ENST00000588430 900 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
USP4Q13107 NEU4-203ENST00000404257 2352 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
USP4Q13107 UBE2I-205ENST00000402301 1708 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
USP4Q13107 PTGER3-204ENST00000356595 1943 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
USP4Q13107 PTGER3-207ENST00000370931 1914 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
USP4Q13107 CFC1-201ENST00000259216 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
USP4Q13107 CFC1B-201ENST00000281882 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
USP4Q13107 LIPT2-201ENST00000310109 1018 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
USP4Q13107 SERPINH1P1-201ENST00000419794 1249 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
USP4Q13107 CHEK2P2-202ENST00000555186 864 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
USP4Q13107 YIF1B-213ENST00000591755 1077 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
USP4Q13107 ADD3-AS1-204ENST00000627565 388 ntTSL 3 BASIC21.55■■□□□ 1.04
USP4Q13107 AC000035.1-201ENST00000634116 343 ntTSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
USP4Q13107 GSEC-202ENST00000629441 1572 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
USP4Q13107 TMEM204-201ENST00000253934 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
USP4Q13107 MAGIX-207ENST00000615915 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
USP4Q13107 PEX5-204ENST00000412720 2105 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
USP4Q13107 RHBDD2-201ENST00000006777 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
USP4Q13107 CELF2-213ENST00000633077 1733 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
USP4Q13107 RTCA-201ENST00000260563 1534 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
USP4Q13107 WEE1-202ENST00000450114 2799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
USP4Q13107 PTPN18-202ENST00000347849 2472 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
USP4Q13107 ANKRD19P-205ENST00000473204 2370 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
USP4Q13107 RBM34-201ENST00000408888 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
USP4Q13107 LCK-214ENST00000619559 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
USP4Q13107 DTNBP1-201ENST00000338950 1880 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
USP4Q13107 EFS-202ENST00000351354 2704 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
USP4Q13107 PTOV1-212ENST00000599732 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
USP4Q13107 TPD52L1-201ENST00000304877 1468 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
USP4Q13107 GNB4-204ENST00000468623 1360 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
USP4Q13107 DESI2-201ENST00000263831 859 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
USP4Q13107 MAL-201ENST00000309988 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
USP4Q13107 CCDC74B-203ENST00000409128 789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
USP4Q13107 FAM229A-204ENST00000432622 699 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
USP4Q13107 DDN-AS1-201ENST00000547395 858 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
USP4Q13107 AC100791.3-201ENST00000617619 330 ntBASIC21.54■■□□□ 1.04
USP4Q13107 ITM2C-210ENST00000620962 501 ntBASIC21.54■■□□□ 1.04
USP4Q13107 AL391422.3-201ENST00000603791 2761 ntBASIC21.54■■□□□ 1.04
USP4Q13107 GTPBP6-201ENST00000326153 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
USP4Q13107 KIF12-207ENST00000640217 2194 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
USP4Q13107 AC083805.3-201ENST00000619560 1315 ntTSL 3 BASIC21.54■■□□□ 1.04
USP4Q13107 DTWD2-203ENST00000510708 2307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
USP4Q13107 PAQR6-202ENST00000335852 2117 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
USP4Q13107 FOXN3-209ENST00000555353 1595 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
USP4Q13107 FADS6-204ENST00000614223 2044 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
USP4Q13107 AC026310.3-201ENST00000625186 2373 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
USP4Q13107 JUNB-201ENST00000302754 1820 ntAPPRIS P1 BASIC21.53■■□□□ 1.04
USP4Q13107 SCRN2-212ENST00000584123 1745 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
USP4Q13107 ZNF580-201ENST00000325333 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
USP4Q13107 FTCDNL1-202ENST00000420128 1021 ntTSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
USP4Q13107 OR2A1-AS1-201ENST00000462305 773 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
USP4Q13107 AC004889.1-204ENST00000474656 773 ntTSL 3 BASIC21.53■■□□□ 1.04
USP4Q13107 TMEM9-209ENST00000485839 938 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
USP4Q13107 ZNF580-203ENST00000545125 1025 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.53■■□□□ 1.04
USP4Q13107 LINC01578-208ENST00000557147 490 ntTSL 3 BASIC21.53■■□□□ 1.04
USP4Q13107 ANO8-201ENST00000159087 4152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
USP4Q13107 KRT17P1-201ENST00000399211 1546 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
USP4Q13107 NAGPA-202ENST00000381955 2100 ntTSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
USP4Q13107 RELL2-207ENST00000521367 1780 ntTSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
USP4Q13107 KATNAL2-208ENST00000592005 1348 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
USP4Q13107 BCAT2-208ENST00000598162 1329 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
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