Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 RITA1-202ENST00000549621 2041 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.96■■■■□ 3.19
CUX1P39880 AC027682.4-201ENST00000605277 798 ntTSL 5 BASIC34.96■■■■□ 3.19
CUX1P39880 GGTLC2-204ENST00000613850 973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.96■■■■□ 3.19
CUX1P39880 SNX21-213ENST00000614929 587 ntTSL 5 BASIC34.96■■■■□ 3.19
CUX1P39880 GGTLC2-205ENST00000618722 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.96■■■■□ 3.19
CUX1P39880 LYPLA1-201ENST00000316963 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.96■■■■□ 3.19
CUX1P39880 SNHG7-201ENST00000414282 2357 ntTSL 2 BASIC34.96■■■■□ 3.19
CUX1P39880 C7orf49-213ENST00000617987 1727 ntTSL 5 BASIC34.96■■■■□ 3.19
CUX1P39880 TSTD1-201ENST00000318289 626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.96■■■■□ 3.19
CUX1P39880 RCN1P1-201ENST00000400413 996 ntBASIC34.96■■■■□ 3.19
CUX1P39880 GTF2IRD2B-206ENST00000614064 573 ntTSL 1 (best) BASIC34.96■■■■□ 3.19
CUX1P39880 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.95■■■■□ 3.19
CUX1P39880 BABAM1-213ENST00000601043 1366 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC34.95■■■■□ 3.19
CUX1P39880 HDAC11-203ENST00000402271 1018 ntTSL 3 BASIC34.95■■■■□ 3.19
CUX1P39880 C20orf166-AS1-202ENST00000436101 761 ntTSL 5 BASIC34.95■■■■□ 3.19
CUX1P39880 C16orf90-202ENST00000437192 907 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.95■■■■□ 3.19
CUX1P39880 BX322234.1-201ENST00000444188 980 ntTSL 3 BASIC34.95■■■■□ 3.19
CUX1P39880 STXBP1-203ENST00000476182 566 ntTSL 5 BASIC34.95■■■■□ 3.19
CUX1P39880 AC005829.2-201ENST00000571422 1056 ntBASIC34.95■■■■□ 3.19
CUX1P39880 C16orf74-202ENST00000602583 1237 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.95■■■■□ 3.19
CUX1P39880 VRK2-201ENST00000340157 1888 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.95■■■■□ 3.19
CUX1P39880 ZNF410-206ENST00000540593 1722 ntTSL 2 BASIC34.95■■■■□ 3.18
CUX1P39880 SPAST-204ENST00000621856 1715 ntTSL 1 (best) BASIC34.95■■■■□ 3.18
CUX1P39880 ZNF302-215ENST00000627982 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.95■■■■□ 3.18
CUX1P39880 CLDND1-201ENST00000341181 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.94■■■■□ 3.18
CUX1P39880 AC133065.2-201ENST00000573379 2147 ntTSL 2 BASIC34.94■■■■□ 3.18
CUX1P39880 DDAH1-205ENST00000539042 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.94■■■■□ 3.18
CUX1P39880 P4HA3-201ENST00000331597 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.94■■■■□ 3.18
CUX1P39880 ZNF668-205ENST00000426488 2282 ntTSL 5 BASIC34.94■■■■□ 3.18
CUX1P39880 RBM42-204ENST00000589559 1328 ntTSL 5 BASIC34.94■■■■□ 3.18
CUX1P39880 NTAN1-201ENST00000287706 1204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.94■■■■□ 3.18
CUX1P39880 AC008105.2-201ENST00000420431 579 ntTSL 4 BASIC34.94■■■■□ 3.18
CUX1P39880 C17orf62-238ENST00000585064 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.94■■■■□ 3.18
CUX1P39880 DUSP2-201ENST00000288943 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.94■■■■□ 3.18
CUX1P39880 ANKRD44-204ENST00000409919 1622 ntTSL 1 (best) BASIC34.94■■■■□ 3.18
CUX1P39880 DONSON-202ENST00000303113 2028 ntTSL 5 BASIC34.94■■■■□ 3.18
CUX1P39880 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.94■■■■□ 3.18
CUX1P39880 NEURL3-204ENST00000451794 1461 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.94■■■■□ 3.18
CUX1P39880 SLC25A22-216ENST00000531214 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.93■■■■□ 3.18
CUX1P39880 PLPP7-202ENST00000372264 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.93■■■■□ 3.18
CUX1P39880 NPAS1-201ENST00000439365 1341 ntTSL 2 BASIC34.93■■■■□ 3.18
CUX1P39880 KRASP1-201ENST00000407852 552 ntBASIC34.93■■■■□ 3.18
CUX1P39880 BCL7B-206ENST00000455335 985 ntTSL 3 BASIC34.93■■■■□ 3.18
CUX1P39880 CA3-AS1-201ENST00000517697 559 ntTSL 4 BASIC34.93■■■■□ 3.18
CUX1P39880 AC134349.1-201ENST00000543969 385 ntTSL 3 BASIC34.93■■■■□ 3.18
CUX1P39880 AL353593.2-202ENST00000602947 550 ntTSL 4 BASIC34.93■■■■□ 3.18
CUX1P39880 GCH1-205ENST00000536224 1805 ntTSL 1 (best) BASIC34.93■■■■□ 3.18
CUX1P39880 CXCL14-201ENST00000337225 1971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.93■■■■□ 3.18
CUX1P39880 AC133555.3-201ENST00000549950 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC34.93■■■■□ 3.18
CUX1P39880 AC106782.1-201ENST00000550538 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC34.93■■■■□ 3.18
CUX1P39880 POLR2J3-220ENST00000613744 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.92■■■■□ 3.18
CUX1P39880 CCDC74B-204ENST00000409234 871 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.92■■■■□ 3.18
CUX1P39880 AC097493.4-201ENST00000641197 219 ntBASIC34.92■■■■□ 3.18
CUX1P39880 MOK-233ENST00000524214 1539 ntTSL 2 BASIC34.92■■■■□ 3.18
CUX1P39880 CCNG2-204ENST00000502280 1459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.92■■■■□ 3.18
CUX1P39880 CEBPE-201ENST00000206513 1554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.92■■■■□ 3.18
CUX1P39880 CCDC106-207ENST00000591578 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.92■■■■□ 3.18
CUX1P39880 C1QBP-201ENST00000225698 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.91■■■■□ 3.18
CUX1P39880 LRR1-202ENST00000318317 957 ntTSL 1 (best) BASIC34.91■■■■□ 3.18
CUX1P39880 HGNC:18790-208ENST00000506380 798 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC34.91■■■■□ 3.18
CUX1P39880 AQP4-AS1-204ENST00000582605 525 ntTSL 4 BASIC34.91■■■■□ 3.18
CUX1P39880 AC022211.2-202ENST00000582668 546 ntTSL 4 BASIC34.91■■■■□ 3.18
CUX1P39880 LSM14B-201ENST00000279068 2548 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.91■■■■□ 3.18
CUX1P39880 RBPMS2-201ENST00000300069 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.91■■■■□ 3.18
CUX1P39880 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC34.91■■■■□ 3.18
CUX1P39880 CCDC63-201ENST00000308208 1993 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC34.91■■■■□ 3.18
CUX1P39880 CASP6-201ENST00000265164 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.91■■■■□ 3.18
CUX1P39880 CIRBP-215ENST00000588030 1509 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC34.91■■■■□ 3.18
CUX1P39880 MZB1-201ENST00000302125 825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.91■■■■□ 3.18
CUX1P39880 AC079145.1-201ENST00000416575 541 ntTSL 2 BASIC34.91■■■■□ 3.18
CUX1P39880 ADAMTS19-AS1-201ENST00000502827 786 ntTSL 4 BASIC34.91■■■■□ 3.18
CUX1P39880 AC007993.2-201ENST00000592842 521 ntTSL 4 BASIC34.91■■■■□ 3.18
CUX1P39880 THOC3-201ENST00000265097 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.9■■■■□ 3.18
CUX1P39880 CUTC-202ENST00000370476 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.9■■■■□ 3.18
CUX1P39880 EIPR1-206ENST00000443925 1771 ntTSL 3 BASIC34.9■■■■□ 3.18
CUX1P39880 KCTD8-201ENST00000360029 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.9■■■■□ 3.18
CUX1P39880 THEM4-205ENST00000489410 643 ntTSL 2 BASIC34.9■■■■□ 3.18
CUX1P39880 PPOX-219ENST00000544598 813 ntTSL 2 BASIC34.9■■■■□ 3.18
CUX1P39880 MIR4785-201ENST00000585005 73 ntBASIC34.9■■■■□ 3.18
CUX1P39880 MRGPRE-201ENST00000389832 1409 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.9■■■■□ 3.18
CUX1P39880 ST6GAL2-203ENST00000409087 1657 ntTSL 1 (best) BASIC34.89■■■■□ 3.18
CUX1P39880 AC009014.1-201ENST00000607574 1667 ntAPPRIS P1 BASIC34.89■■■■□ 3.18
CUX1P39880 ARRDC1-AS1-203ENST00000623970 2210 ntTSL 5 BASIC34.89■■■■□ 3.18
CUX1P39880 SEPT7-206ENST00000435235 1584 ntTSL 2 BASIC34.89■■■■□ 3.18
CUX1P39880 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.89■■■■□ 3.18
CUX1P39880 HAS3-201ENST00000219322 1163 ntTSL 1 (best) BASIC34.89■■■■□ 3.18
CUX1P39880 TRAPPC3-204ENST00000373166 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.89■■■■□ 3.18
CUX1P39880 AL109797.1-201ENST00000452501 835 ntTSL 2 BASIC34.89■■■■□ 3.18
CUX1P39880 AC004080.6-201ENST00000467897 919 ntTSL 5 BASIC34.89■■■■□ 3.18
CUX1P39880 CAMLG-202ENST00000514518 895 ntTSL 1 (best) BASIC34.89■■■■□ 3.18
CUX1P39880 PENK-204ENST00000518770 863 ntTSL 2 BASIC34.89■■■■□ 3.18
CUX1P39880 AC007786.1-201ENST00000587859 709 ntTSL 2 BASIC34.89■■■■□ 3.18
CUX1P39880 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.89■■■■□ 3.18
CUX1P39880 ZNF622-201ENST00000308683 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.89■■■■□ 3.18
CUX1P39880 GRK4-201ENST00000345167 2013 ntTSL 1 (best) BASIC34.89■■■■□ 3.18
CUX1P39880 RFT1-202ENST00000394738 1800 ntTSL 5 BASIC34.88■■■■□ 3.17
CUX1P39880 FBXW4-201ENST00000331272 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.88■■■■□ 3.17
CUX1P39880 MEF2B-203ENST00000410050 1429 ntTSL 5 BASIC34.88■■■■□ 3.17
CUX1P39880 C5orf38-206ENST00000505778 509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.88■■■■□ 3.17
CUX1P39880 SLC39A13-212ENST00000531974 856 ntTSL 2 BASIC34.88■■■■□ 3.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 58.7 ms