Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 Gm8668-201ENSMUST00000120559 1447 ntBASIC29.95■■■□□ 2.38
Ccdc88bQ4QRL3 Prpf19-201ENSMUST00000025642 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.95■■■□□ 2.38
Ccdc88bQ4QRL3 Agpat3-202ENSMUST00000105387 1316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.94■■■□□ 2.38
Ccdc88bQ4QRL3 Minpp1-201ENSMUST00000025827 2619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.94■■■□□ 2.38
Ccdc88bQ4QRL3 Espn-203ENSMUST00000070018 1618 ntTSL 1 (best) BASIC29.94■■■□□ 2.38
Ccdc88bQ4QRL3 Nrn1-202ENSMUST00000122286 691 ntTSL 3 BASIC29.94■■■□□ 2.38
Ccdc88bQ4QRL3 Prr23a1-201ENSMUST00000170349 883 ntAPPRIS P1 BASIC29.94■■■□□ 2.38
Ccdc88bQ4QRL3 Kiz-201ENSMUST00000099278 2183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.94■■■□□ 2.38
Ccdc88bQ4QRL3 Zswim5-201ENSMUST00000044823 5582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.94■■■□□ 2.38
Ccdc88bQ4QRL3 Pcbp1-201ENSMUST00000053015 1830 ntAPPRIS P1 BASIC29.94■■■□□ 2.38
Ccdc88bQ4QRL3 Hes3-201ENSMUST00000094438 1829 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.94■■■□□ 2.38
Ccdc88bQ4QRL3 Ctla2a-201ENSMUST00000021880 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.94■■■□□ 2.38
Ccdc88bQ4QRL3 Prkra-201ENSMUST00000002808 1614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.94■■■□□ 2.38
Ccdc88bQ4QRL3 Mgat1-213ENSMUST00000167400 3151 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.94■■■□□ 2.38
Ccdc88bQ4QRL3 Mrpl21-202ENSMUST00000025745 1138 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.93■■■□□ 2.38
Ccdc88bQ4QRL3 Gm7712-202ENSMUST00000222331 1510 ntBASIC29.93■■■□□ 2.38
Ccdc88bQ4QRL3 Smap1-201ENSMUST00000027339 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.93■■■□□ 2.38
Ccdc88bQ4QRL3 Anapc5-205ENSMUST00000197074 2413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.93■■■□□ 2.38
Ccdc88bQ4QRL3 Anapc5-212ENSMUST00000199406 2413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.93■■■□□ 2.38
Ccdc88bQ4QRL3 Foxp1-220ENSMUST00000176565 3727 ntTSL 1 (best) BASIC29.93■■■□□ 2.38
Ccdc88bQ4QRL3 Fgf23-201ENSMUST00000000186 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.93■■■□□ 2.38
Ccdc88bQ4QRL3 Rabgap1l-201ENSMUST00000028049 2748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.93■■■□□ 2.38
Ccdc88bQ4QRL3 Ptges3-201ENSMUST00000052798 2000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.93■■■□□ 2.38
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp428-203ENSMUST00000177205 1159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.93■■■□□ 2.38
Ccdc88bQ4QRL3 Gm9987-201ENSMUST00000069768 567 ntBASIC29.93■■■□□ 2.38
Ccdc88bQ4QRL3 Gm7856-201ENSMUST00000117514 1493 ntBASIC29.93■■■□□ 2.38
Ccdc88bQ4QRL3 Actl6b-205ENSMUST00000139395 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.92■■■□□ 2.38
Ccdc88bQ4QRL3 Cyp4f15-201ENSMUST00000008801 2095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.92■■■□□ 2.38
Ccdc88bQ4QRL3 Thumpd2-201ENSMUST00000025093 1856 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.92■■■□□ 2.38
Ccdc88bQ4QRL3 Krcc1-203ENSMUST00000204436 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.92■■■□□ 2.38
Ccdc88bQ4QRL3 Hist1h2bh-201ENSMUST00000224359 1679 ntAPPRIS P1 BASIC29.92■■■□□ 2.38
Ccdc88bQ4QRL3 Pitx2-201ENSMUST00000029657 1680 ntTSL 5 BASIC29.92■■■□□ 2.38
Ccdc88bQ4QRL3 Zdhhc12-202ENSMUST00000102865 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.92■■■□□ 2.38
Ccdc88bQ4QRL3 Gm10819-201ENSMUST00000099988 561 ntBASIC29.92■■■□□ 2.38
Ccdc88bQ4QRL3 Clcn4-206ENSMUST00000210594 2539 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.92■■■□□ 2.38
Ccdc88bQ4QRL3 P2rx2-201ENSMUST00000058016 1895 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.91■■■□□ 2.38
Ccdc88bQ4QRL3 Notumos-201ENSMUST00000151998 2659 ntBASIC29.91■■■□□ 2.38
Ccdc88bQ4QRL3 9530080O11Rik-201ENSMUST00000137239 1475 ntTSL 2 BASIC29.91■■■□□ 2.38
Ccdc88bQ4QRL3 Stac2-201ENSMUST00000017544 3050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.91■■■□□ 2.38
Ccdc88bQ4QRL3 Shox2-201ENSMUST00000029422 3079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.91■■■□□ 2.38
Ccdc88bQ4QRL3 AC121961.1-201ENSMUST00000218594 1779 ntBASIC29.91■■■□□ 2.38
Ccdc88bQ4QRL3 Gmcl1-202ENSMUST00000113679 960 ntTSL 1 (best) BASIC29.91■■■□□ 2.38
Ccdc88bQ4QRL3 Gm10231-201ENSMUST00000181584 441 ntBASIC29.91■■■□□ 2.38
Ccdc88bQ4QRL3 Atp5g2-202ENSMUST00000185641 731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.91■■■□□ 2.38
Ccdc88bQ4QRL3 Gm10175-202ENSMUST00000208752 441 ntBASIC29.91■■■□□ 2.38
Ccdc88bQ4QRL3 Atp5g2-201ENSMUST00000075630 441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.91■■■□□ 2.38
Ccdc88bQ4QRL3 AC124581.1-201ENSMUST00000225416 1399 ntBASIC29.91■■■□□ 2.38
Ccdc88bQ4QRL3 2210408F21Rik-208ENSMUST00000144612 450 ntTSL 3 BASIC29.9■■■□□ 2.38
Ccdc88bQ4QRL3 A730015C16Rik-201ENSMUST00000164855 1221 ntAPPRIS P1 BASIC29.9■■■□□ 2.38
Ccdc88bQ4QRL3 AC122465.1-201ENSMUST00000220813 1209 ntTSL 1 (best) BASIC29.9■■■□□ 2.38
Ccdc88bQ4QRL3 Pdp1-206ENSMUST00000108302 2525 ntTSL 3 BASIC29.9■■■□□ 2.38
Ccdc88bQ4QRL3 Gm11747-201ENSMUST00000142751 1648 ntTSL 1 (best) BASIC29.9■■■□□ 2.38
Ccdc88bQ4QRL3 Actr3-201ENSMUST00000027579 2554 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.89■■■□□ 2.38
Ccdc88bQ4QRL3 Impa1-204ENSMUST00000191670 1100 ntTSL 2 BASIC29.89■■■□□ 2.38
Ccdc88bQ4QRL3 Btg1-202ENSMUST00000218953 668 ntTSL 2 BASIC29.89■■■□□ 2.38
Ccdc88bQ4QRL3 Tm2d1-201ENSMUST00000030292 952 ntTSL 1 (best) BASIC29.89■■■□□ 2.38
Ccdc88bQ4QRL3 Tollip-202ENSMUST00000055819 1100 ntTSL 1 (best) BASIC29.89■■■□□ 2.38
Ccdc88bQ4QRL3 Cyb5a-204ENSMUST00000160180 1363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.89■■■□□ 2.38
Ccdc88bQ4QRL3 Tpd52l1-201ENSMUST00000000305 1308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.89■■■□□ 2.37
Ccdc88bQ4QRL3 Gm9194-201ENSMUST00000220749 1447 ntBASIC29.88■■■□□ 2.37
Ccdc88bQ4QRL3 Fzr1-205ENSMUST00000140901 3057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.88■■■□□ 2.37
Ccdc88bQ4QRL3 Rcbtb2-217ENSMUST00000167401 868 ntTSL 5 BASIC29.88■■■□□ 2.37
Ccdc88bQ4QRL3 Odf3b-204ENSMUST00000227834 930 ntBASIC29.88■■■□□ 2.37
Ccdc88bQ4QRL3 Rps28-201ENSMUST00000087342 392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.88■■■□□ 2.37
Ccdc88bQ4QRL3 4930519A11Rik-201ENSMUST00000181381 1523 ntTSL 1 (best) BASIC29.88■■■□□ 2.37
Ccdc88bQ4QRL3 C030014I23Rik-201ENSMUST00000080911 1810 ntBASIC29.88■■■□□ 2.37
Ccdc88bQ4QRL3 Sct-202ENSMUST00000167790 507 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.87■■■□□ 2.37
Ccdc88bQ4QRL3 Sct-201ENSMUST00000046156 534 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.87■■■□□ 2.37
Ccdc88bQ4QRL3 Syngr1-202ENSMUST00000009728 819 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.87■■■□□ 2.37
Ccdc88bQ4QRL3 Neurl4-201ENSMUST00000061837 5188 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC29.87■■■□□ 2.37
Ccdc88bQ4QRL3 Gm42922-201ENSMUST00000195887 2078 ntBASIC29.87■■■□□ 2.37
Ccdc88bQ4QRL3 Tekt1-203ENSMUST00000108503 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.87■■■□□ 2.37
Ccdc88bQ4QRL3 Rpl18-ps2-201ENSMUST00000118863 567 ntBASIC29.87■■■□□ 2.37
Ccdc88bQ4QRL3 Gm11539-201ENSMUST00000119837 557 ntBASIC29.87■■■□□ 2.37
Ccdc88bQ4QRL3 Gm13436-201ENSMUST00000120418 567 ntBASIC29.87■■■□□ 2.37
Ccdc88bQ4QRL3 Tcta-202ENSMUST00000192886 1094 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.87■■■□□ 2.37
Ccdc88bQ4QRL3 Gm42884-202ENSMUST00000202523 423 ntTSL 3 BASIC29.87■■■□□ 2.37
Ccdc88bQ4QRL3 AC121577.1-201ENSMUST00000227302 707 ntBASIC29.87■■■□□ 2.37
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp91-201ENSMUST00000038627 5531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.86■■■□□ 2.37
Ccdc88bQ4QRL3 Slc25a26-201ENSMUST00000061118 1922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.86■■■□□ 2.37
Ccdc88bQ4QRL3 Pwwp2b-201ENSMUST00000093993 3057 ntTSL 1 (best) BASIC29.86■■■□□ 2.37
Ccdc88bQ4QRL3 Plk3-201ENSMUST00000076859 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.86■■■□□ 2.37
Ccdc88bQ4QRL3 Ttpal-202ENSMUST00000109408 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.86■■■□□ 2.37
Ccdc88bQ4QRL3 Gata5os-201ENSMUST00000069943 1678 ntTSL 2 BASIC29.86■■■□□ 2.37
Ccdc88bQ4QRL3 Fam3c-205ENSMUST00000165576 2826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.86■■■□□ 2.37
Ccdc88bQ4QRL3 0610010K14Rik-207ENSMUST00000108577 659 ntTSL 5 BASIC29.86■■■□□ 2.37
Ccdc88bQ4QRL3 Epo-203ENSMUST00000111039 706 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.86■■■□□ 2.37
Ccdc88bQ4QRL3 Cib1-207ENSMUST00000206084 772 ntTSL 3 BASIC29.86■■■□□ 2.37
Ccdc88bQ4QRL3 Gm35240-201ENSMUST00000218335 661 ntTSL 2 BASIC29.86■■■□□ 2.37
Ccdc88bQ4QRL3 Cib1-202ENSMUST00000071457 702 ntTSL 1 (best) BASIC29.86■■■□□ 2.37
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp3-201ENSMUST00000060444 2061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.86■■■□□ 2.37
Ccdc88bQ4QRL3 Trim14-201ENSMUST00000046897 1429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.85■■■□□ 2.37
Ccdc88bQ4QRL3 Clk3-201ENSMUST00000065330 2496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.85■■■□□ 2.37
Ccdc88bQ4QRL3 Larp4b-204ENSMUST00000188939 2658 ntTSL 1 (best) BASIC29.85■■■□□ 2.37
Ccdc88bQ4QRL3 Gm6433-201ENSMUST00000118634 875 ntBASIC29.85■■■□□ 2.37
Ccdc88bQ4QRL3 Tax1bp3-201ENSMUST00000040687 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.85■■■□□ 2.37
Ccdc88bQ4QRL3 Usf2-201ENSMUST00000058860 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.85■■■□□ 2.37
Ccdc88bQ4QRL3 Hoxd13-201ENSMUST00000001872 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.84■■■□□ 2.37
Ccdc88bQ4QRL3 Serf1-205ENSMUST00000152286 465 ntTSL 3 BASIC29.84■■■□□ 2.37
Ccdc88bQ4QRL3 Gm26709-202ENSMUST00000223049 819 ntTSL 5 BASIC29.84■■■□□ 2.37
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 22.7 ms