Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 CA7-201ENST00000338437 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.83■■■□□ 2.69
TCOF1Q13428 TM7SF2-201ENST00000279263 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.83■■■□□ 2.69
TCOF1Q13428 TERT-206ENST00000508104 2486 ntTSL 5 BASIC31.83■■■□□ 2.69
TCOF1Q13428 NCK2-201ENST00000233154 2683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.83■■■□□ 2.69
TCOF1Q13428 MED10-201ENST00000255764 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.83■■■□□ 2.69
TCOF1Q13428 MAGIX-202ENST00000595224 1238 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC31.83■■■□□ 2.69
TCOF1Q13428 ATAD3A-203ENST00000378756 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.83■■■□□ 2.69
TCOF1Q13428 C16orf58-209ENST00000567994 1845 ntTSL 5 BASIC31.83■■■□□ 2.69
TCOF1Q13428 BTBD7-205ENST00000554565 2697 ntTSL 1 (best) BASIC31.82■■■□□ 2.68
TCOF1Q13428 CERS4-209ENST00000559450 1637 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.82■■■□□ 2.68
TCOF1Q13428 RPL13-202ENST00000393099 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.82■■■□□ 2.68
TCOF1Q13428 AC245052.3-201ENST00000450182 901 ntBASIC31.82■■■□□ 2.68
TCOF1Q13428 RARRES1-204ENST00000479756 839 ntTSL 1 (best) BASIC31.82■■■□□ 2.68
TCOF1Q13428 DTNB-210ENST00000407186 2275 ntTSL 5 BASIC31.82■■■□□ 2.68
TCOF1Q13428 SEPT1-201ENST00000321367 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.82■■■□□ 2.68
TCOF1Q13428 TGIF1-207ENST00000407501 1585 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC31.82■■■□□ 2.68
TCOF1Q13428 PIAS2-203ENST00000545673 1590 ntTSL 2 BASIC31.82■■■□□ 2.68
TCOF1Q13428 DMRT1-201ENST00000382276 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.82■■■□□ 2.68
TCOF1Q13428 ATP8A1-207ENST00000510289 2238 ntTSL 1 (best) BASIC31.82■■■□□ 2.68
TCOF1Q13428 SCRN2-212ENST00000584123 1745 ntTSL 1 (best) BASIC31.81■■■□□ 2.68
TCOF1Q13428 C2orf50-202ENST00000405022 980 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.81■■■□□ 2.68
TCOF1Q13428 GCSHP5-201ENST00000443090 522 ntBASIC31.81■■■□□ 2.68
TCOF1Q13428 MAGI2-AS3-211ENST00000451809 707 ntTSL 3 BASIC31.81■■■□□ 2.68
TCOF1Q13428 SNHG6-203ENST00000520944 638 ntTSL 1 (best) BASIC31.81■■■□□ 2.68
TCOF1Q13428 ISCU-212ENST00000547005 795 ntTSL 3 BASIC31.81■■■□□ 2.68
TCOF1Q13428 MIR4758-201ENST00000577688 71 ntBASIC31.81■■■□□ 2.68
TCOF1Q13428 LIMD2-206ENST00000578993 602 ntTSL 3 BASIC31.81■■■□□ 2.68
TCOF1Q13428 HPCAL1-201ENST00000307845 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.81■■■□□ 2.68
TCOF1Q13428 SPHK1-202ENST00000392496 1779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.81■■■□□ 2.68
TCOF1Q13428 RELL2-207ENST00000521367 1780 ntTSL 5 BASIC31.81■■■□□ 2.68
TCOF1Q13428 NAA20-203ENST00000398602 1604 ntTSL 5 BASIC31.81■■■□□ 2.68
TCOF1Q13428 RBM4B-203ENST00000525754 2339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.81■■■□□ 2.68
TCOF1Q13428 HAND1-201ENST00000231121 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.8■■■□□ 2.68
TCOF1Q13428 NR2F2-204ENST00000453270 1712 ntTSL 1 (best) BASIC31.8■■■□□ 2.68
TCOF1Q13428 PAQR6-205ENST00000368270 1765 ntTSL 1 (best) BASIC31.8■■■□□ 2.68
TCOF1Q13428 AC027451.1-201ENST00000530667 553 ntTSL 4 BASIC31.8■■■□□ 2.68
TCOF1Q13428 PTGES2-202ENST00000338961 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.8■■■□□ 2.68
TCOF1Q13428 GJB6-203ENST00000400065 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.8■■■□□ 2.68
TCOF1Q13428 CD247-201ENST00000362089 1609 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC31.8■■■□□ 2.68
TCOF1Q13428 EIF4E3-203ENST00000421769 777 ntTSL 1 (best) BASIC31.79■■■□□ 2.68
TCOF1Q13428 LINC01637-201ENST00000444039 684 ntTSL 2 BASIC31.79■■■□□ 2.68
TCOF1Q13428 EPS8L1-205ENST00000586329 2130 ntTSL 5 BASIC31.79■■■□□ 2.68
TCOF1Q13428 AC016588.1-201ENST00000591533 542 ntTSL 4 BASIC31.79■■■□□ 2.68
TCOF1Q13428 SLC12A5-AS1-202ENST00000535913 1957 ntTSL 2 BASIC31.79■■■□□ 2.68
TCOF1Q13428 ARL13B-205ENST00000471138 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.79■■■□□ 2.68
TCOF1Q13428 ZNF568-208ENST00000586353 1902 ntTSL 1 (best) BASIC31.79■■■□□ 2.68
TCOF1Q13428 RTCA-201ENST00000260563 1534 ntTSL 1 (best) BASIC31.78■■■□□ 2.68
TCOF1Q13428 BX276092.2-201ENST00000417668 665 ntBASIC31.78■■■□□ 2.68
TCOF1Q13428 PBX1-209ENST00000485769 834 ntTSL 2 BASIC31.78■■■□□ 2.68
TCOF1Q13428 PLEKHJ1-205ENST00000587394 937 ntTSL 2 BASIC31.78■■■□□ 2.68
TCOF1Q13428 AC093762.2-201ENST00000641700 291 ntAPPRIS P1 BASIC31.78■■■□□ 2.68
TCOF1Q13428 RNF38-205ENST00000377877 1974 ntTSL 2 BASIC31.78■■■□□ 2.68
TCOF1Q13428 WDR88-201ENST00000355868 1718 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC31.78■■■□□ 2.68
TCOF1Q13428 TPD52L1-201ENST00000304877 1468 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC31.78■■■□□ 2.68
TCOF1Q13428 TARSL2-207ENST00000615656 2356 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.78■■■□□ 2.68
TCOF1Q13428 CNN3-201ENST00000370206 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.78■■■□□ 2.68
TCOF1Q13428 CLN8-213ENST00000637156 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.78■■■□□ 2.68
TCOF1Q13428 GRTP1-201ENST00000326039 1294 ntTSL 1 (best) BASIC31.78■■■□□ 2.68
TCOF1Q13428 LINC02531-201ENST00000404689 593 ntTSL 5 BASIC31.78■■■□□ 2.68
TCOF1Q13428 PTPA-214ENST00000423100 988 ntTSL 2 BASIC31.78■■■□□ 2.68
TCOF1Q13428 AL596275.1-201ENST00000423464 877 ntBASIC31.78■■■□□ 2.68
TCOF1Q13428 AL359182.2-201ENST00000457720 606 ntTSL 3 BASIC31.78■■■□□ 2.68
TCOF1Q13428 AC000035.1-201ENST00000634116 343 ntTSL 5 BASIC31.78■■■□□ 2.68
TCOF1Q13428 AC008694.1-202ENST00000636953 945 ntBASIC31.78■■■□□ 2.68
TCOF1Q13428 TMEM165-201ENST00000381334 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.78■■■□□ 2.68
TCOF1Q13428 ZNF622-201ENST00000308683 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.77■■■□□ 2.68
TCOF1Q13428 MAF1-205ENST00000534585 1754 ntTSL 5 BASIC31.77■■■□□ 2.68
TCOF1Q13428 PYURF-201ENST00000273968 1361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.77■■■□□ 2.68
TCOF1Q13428 DONSON-210ENST00000453626 2332 ntTSL 5 BASIC31.76■■■□□ 2.68
TCOF1Q13428 MTAP-204ENST00000460874 1434 ntTSL 2 BASIC31.76■■■□□ 2.68
TCOF1Q13428 SMUG1-202ENST00000337581 1571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.76■■■□□ 2.68
TCOF1Q13428 ARL2BP-201ENST00000219204 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.76■■■□□ 2.68
TCOF1Q13428 TPST1-201ENST00000304842 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.76■■■□□ 2.68
TCOF1Q13428 NRSN1-204ENST00000378491 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.76■■■□□ 2.67
TCOF1Q13428 CFC1-201ENST00000259216 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.76■■■□□ 2.67
TCOF1Q13428 CFC1B-201ENST00000281882 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.76■■■□□ 2.67
TCOF1Q13428 LGALS7-201ENST00000378626 466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.76■■■□□ 2.67
TCOF1Q13428 CD99P1-203ENST00000431582 602 ntTSL 4 BASIC31.76■■■□□ 2.67
TCOF1Q13428 CASP6-205ENST00000505486 538 ntTSL 4 BASIC31.76■■■□□ 2.67
TCOF1Q13428 RAP1B-220ENST00000539091 977 ntTSL 2 BASIC31.76■■■□□ 2.67
TCOF1Q13428 AL160396.2-202ENST00000636692 566 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.76■■■□□ 2.67
TCOF1Q13428 GPR137B-202ENST00000366592 2042 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.76■■■□□ 2.67
TCOF1Q13428 AC233723.2-201ENST00000623798 2106 ntBASIC31.76■■■□□ 2.67
TCOF1Q13428 TMEM235-205ENST00000586400 2272 ntTSL 1 (best) BASIC31.76■■■□□ 2.67
TCOF1Q13428 DPF1-201ENST00000355526 1632 ntTSL 1 (best) BASIC31.75■■■□□ 2.67
TCOF1Q13428 DTNBP1-201ENST00000338950 1880 ntTSL 1 (best) BASIC31.75■■■□□ 2.67
TCOF1Q13428 OLIG3-201ENST00000367734 2049 ntAPPRIS P1 BASIC31.75■■■□□ 2.67
TCOF1Q13428 ZSWIM7-201ENST00000399277 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.75■■■□□ 2.67
TCOF1Q13428 CCSER2-202ENST00000359979 2066 ntTSL 1 (best) BASIC31.75■■■□□ 2.67
TCOF1Q13428 HTT-AS-201ENST00000503893 515 ntTSL 4 BASIC31.75■■■□□ 2.67
TCOF1Q13428 RNA5SP413-201ENST00000516373 109 ntBASIC31.75■■■□□ 2.67
TCOF1Q13428 C17orf107-202ENST00000521575 1275 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.75■■■□□ 2.67
TCOF1Q13428 BEAN1-AS1-201ENST00000564618 533 ntTSL 4 BASIC31.75■■■□□ 2.67
TCOF1Q13428 PPP2R3B-202ENST00000390665 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.75■■■□□ 2.67
TCOF1Q13428 CHST7-201ENST00000276055 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.75■■■□□ 2.67
TCOF1Q13428 C19orf68-201ENST00000328759 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.74■■■□□ 2.67
TCOF1Q13428 KAT5-201ENST00000341318 2296 ntTSL 1 (best) BASIC31.74■■■□□ 2.67
TCOF1Q13428 RAMP1-202ENST00000403885 650 ntTSL 3 BASIC31.74■■■□□ 2.67
TCOF1Q13428 AC091874.3-201ENST00000512672 1195 ntBASIC31.74■■■□□ 2.67
TCOF1Q13428 CHRNA10-204ENST00000534359 1474 ntTSL 1 (best) BASIC31.74■■■□□ 2.67
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