Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 FOXD4L3-201ENST00000342833 2039 ntAPPRIS P1 BASIC24.15■■□□□ 1.46
USP28Q96RU2 DHRS2-202ENST00000344777 1678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
USP28Q96RU2 ZDHHC7-203ENST00000564466 1488 ntTSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.46
USP28Q96RU2 CBR3-201ENST00000290354 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
USP28Q96RU2 NDUFAF3-202ENST00000326925 2012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
USP28Q96RU2 AC009237.3-201ENST00000393279 1427 ntBASIC24.14■■□□□ 1.45
USP28Q96RU2 TPM1-208ENST00000404484 1568 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
USP28Q96RU2 ZFAS1-206ENST00000450535 1075 ntTSL 3 BASIC24.14■■□□□ 1.45
USP28Q96RU2 AL031432.3-201ENST00000607698 485 ntBASIC24.14■■□□□ 1.45
USP28Q96RU2 SYNGR3-206ENST00000618464 1213 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
USP28Q96RU2 IFNGR2-203ENST00000405436 1684 ntTSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
USP28Q96RU2 HNRNPLL-204ENST00000409328 1908 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
USP28Q96RU2 PGAM5-204ENST00000543955 1773 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
USP28Q96RU2 SAMD10-201ENST00000369886 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
USP28Q96RU2 NGLY1-204ENST00000396649 2024 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
USP28Q96RU2 ARL6IP4-220ENST00000543566 1591 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
USP28Q96RU2 EDA-201ENST00000338901 1233 ntBASIC24.13■■□□□ 1.45
USP28Q96RU2 YTHDF1-201ENST00000370334 747 ntTSL 3 BASIC24.13■■□□□ 1.45
USP28Q96RU2 ZFYVE28-207ENST00000509171 1135 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
USP28Q96RU2 CDKN3-207ENST00000543789 610 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
USP28Q96RU2 AF213884.3-201ENST00000563833 479 ntBASIC24.13■■□□□ 1.45
USP28Q96RU2 ZNF622-201ENST00000308683 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
USP28Q96RU2 LRRC3B-201ENST00000396641 1696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
USP28Q96RU2 ALG1-201ENST00000262374 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
USP28Q96RU2 STX5-203ENST00000394690 1568 ntTSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
USP28Q96RU2 OLFM1-204ENST00000371793 2444 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.12■■□□□ 1.45
USP28Q96RU2 AC005224.4-201ENST00000583262 1652 ntBASIC24.12■■□□□ 1.45
USP28Q96RU2 SH3BP2-204ENST00000452765 2265 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
USP28Q96RU2 USP39-203ENST00000409470 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
USP28Q96RU2 URAD-201ENST00000332715 931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
USP28Q96RU2 HES3-201ENST00000377898 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
USP28Q96RU2 PCGF3-202ENST00000400151 1175 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
USP28Q96RU2 MIR939-201ENST00000401314 82 ntBASIC24.12■■□□□ 1.45
USP28Q96RU2 AC104564.5-201ENST00000584986 278 ntTSL 3 BASIC24.12■■□□□ 1.45
USP28Q96RU2 AKT2-210ENST00000424901 5170 ntTSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
USP28Q96RU2 CHRNA10-204ENST00000534359 1474 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
USP28Q96RU2 GRB10-206ENST00000402497 2289 ntTSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
USP28Q96RU2 LRRC45-201ENST00000306688 2701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
USP28Q96RU2 MAF1-205ENST00000534585 1754 ntTSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
USP28Q96RU2 TMEM129-201ENST00000303277 2678 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
USP28Q96RU2 MANEAL-202ENST00000373045 2685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
USP28Q96RU2 ELOA3B-201ENST00000611323 1641 ntAPPRIS P1 BASIC24.11■■□□□ 1.45
USP28Q96RU2 ELOA3D-201ENST00000620881 1641 ntAPPRIS P1 BASIC24.11■■□□□ 1.45
USP28Q96RU2 GAS2-202ENST00000454584 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
USP28Q96RU2 AC012313.1-203ENST00000597980 570 ntTSL 4 BASIC24.11■■□□□ 1.45
USP28Q96RU2 NAAA-201ENST00000286733 1900 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
USP28Q96RU2 KBTBD13-201ENST00000432196 1377 ntAPPRIS P1 BASIC24.11■■□□□ 1.45
USP28Q96RU2 KLF9-201ENST00000377126 5175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
USP28Q96RU2 SYT8-201ENST00000341958 1556 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
USP28Q96RU2 AP006284.1-201ENST00000527620 2210 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
USP28Q96RU2 AC007128.1-201ENST00000424460 1853 ntTSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
USP28Q96RU2 KIRREL2-201ENST00000262625 1969 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
USP28Q96RU2 C11orf96-201ENST00000339446 1308 ntTSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
USP28Q96RU2 AC073130.3-201ENST00000624389 2278 ntBASIC24.1■■□□□ 1.45
USP28Q96RU2 CEL-201ENST00000372080 2384 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
USP28Q96RU2 PHACTR2-203ENST00000367584 2490 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
USP28Q96RU2 TRIM15-210ENST00000619857 2217 ntTSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
USP28Q96RU2 VEGFA-204ENST00000372064 2909 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
USP28Q96RU2 PRKCZ-AS1-201ENST00000333854 1253 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
USP28Q96RU2 FGF8-204ENST00000347978 823 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
USP28Q96RU2 NINJ1-201ENST00000375446 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
USP28Q96RU2 AL355001.2-201ENST00000620617 1191 ntBASIC24.1■■□□□ 1.45
USP28Q96RU2 GSG1L-202ENST00000395724 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
USP28Q96RU2 PRR7-201ENST00000323249 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
USP28Q96RU2 JADE2-204ENST00000402835 2797 ntTSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
USP28Q96RU2 MTMR9LP-204ENST00000441044 2624 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
USP28Q96RU2 DMRTB1-201ENST00000371445 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
USP28Q96RU2 TM7SF2-201ENST00000279263 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
USP28Q96RU2 VPS13B-204ENST00000441350 1626 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
USP28Q96RU2 ECHDC2-221ENST00000536120 1446 ntTSL 3 BASIC24.1■■□□□ 1.45
USP28Q96RU2 ADGRB1-202ENST00000517894 6241 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
USP28Q96RU2 DOK3-201ENST00000312943 2292 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
USP28Q96RU2 COCH-205ENST00000475087 1997 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
USP28Q96RU2 RASA4CP-201ENST00000424092 1398 ntBASIC24.09■■□□□ 1.45
USP28Q96RU2 OIP5-AS1-202ENST00000501665 1384 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
USP28Q96RU2 KRTAP17-1-201ENST00000334202 779 ntAPPRIS P1 BASIC24.09■■□□□ 1.45
USP28Q96RU2 ZDHHC16-205ENST00000370846 1280 ntTSL 3 BASIC24.09■■□□□ 1.45
USP28Q96RU2 MIR572-201ENST00000384983 95 ntBASIC24.09■■□□□ 1.45
USP28Q96RU2 OSR2-203ENST00000457907 2126 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
USP28Q96RU2 AL390816.2-201ENST00000554252 737 ntTSL 3 BASIC24.09■■□□□ 1.45
USP28Q96RU2 AL136967.2-201ENST00000623968 743 ntBASIC24.09■■□□□ 1.45
USP28Q96RU2 TMEM161A-202ENST00000450333 1930 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
USP28Q96RU2 TMEM204-202ENST00000566264 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
USP28Q96RU2 CREB3-201ENST00000353704 1832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
USP28Q96RU2 VKORC1L1-202ENST00000434382 1541 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
USP28Q96RU2 ADRM1-204ENST00000491935 1530 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
USP28Q96RU2 BX005040.4-201ENST00000637145 1518 ntBASIC24.09■■□□□ 1.45
USP28Q96RU2 NPNT-204ENST00000453617 2419 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
USP28Q96RU2 GABRA2-214ENST00000515082 2366 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
USP28Q96RU2 NNT-AS1-206ENST00000606697 1945 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
USP28Q96RU2 SDR39U1-208ENST00000554698 1364 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
USP28Q96RU2 UBE2I-205ENST00000402301 1708 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
USP28Q96RU2 LAMTOR1-201ENST00000278671 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
USP28Q96RU2 AL355102.2-201ENST00000553811 600 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
USP28Q96RU2 PAQR6-215ENST00000623241 1961 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
USP28Q96RU2 SPATA5L1-201ENST00000305560 2570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
USP28Q96RU2 FFAR1-201ENST00000246553 2311 ntAPPRIS P1 BASIC24.07■■□□□ 1.44
USP28Q96RU2 MTX2-201ENST00000249442 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
USP28Q96RU2 FDFT1-210ENST00000525954 1890 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
USP28Q96RU2 HDAC11-211ENST00000433119 2043 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 67.3 ms