Protein–RNA interactions for Protein: P35499

SCN4A, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,836 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN4AP35499 CLDND2-203ENST00000601435 575 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.44■■□□□ 1.66
SCN4AP35499 PICK1-202ENST00000404072 2164 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
SCN4AP35499 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
SCN4AP35499 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
SCN4AP35499 DHDH-203ENST00000522614 776 ntTSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
SCN4AP35499 AC009090.2-201ENST00000565829 472 ntTSL 3 BASIC25.43■■□□□ 1.66
SCN4AP35499 CD99-210ENST00000611428 1243 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
SCN4AP35499 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
SCN4AP35499 QPCT-201ENST00000338415 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
SCN4AP35499 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
SCN4AP35499 TRAPPC3-204ENST00000373166 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
SCN4AP35499 PAQR6-205ENST00000368270 1765 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
SCN4AP35499 NABP2-203ENST00000380198 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
SCN4AP35499 REPIN1-214ENST00000489432 2058 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
SCN4AP35499 SYT7-209ENST00000542836 1362 ntTSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
SCN4AP35499 NFKBID-201ENST00000396901 1834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
SCN4AP35499 NFKBID-211ENST00000641389 1834 ntAPPRIS ALT2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
SCN4AP35499 AL357033.1-201ENST00000370520 1933 ntTSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
SCN4AP35499 LRRC26-201ENST00000371542 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
SCN4AP35499 AC108025.1-201ENST00000453678 1058 ntTSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
SCN4AP35499 PAIP2-208ENST00000511706 468 ntTSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
SCN4AP35499 THAP6-213ENST00000514480 1161 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
SCN4AP35499 NIPSNAP2-201ENST00000322090 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
SCN4AP35499 RNF146-206ENST00000480444 843 ntTSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
SCN4AP35499 AC127496.6-201ENST00000576215 338 ntTSL 3 BASIC25.41■■□□□ 1.66
SCN4AP35499 AQP4-AS1-204ENST00000582605 525 ntTSL 4 BASIC25.41■■□□□ 1.66
SCN4AP35499 DDN-AS1-202ENST00000547866 2114 ntTSL 3 BASIC25.41■■□□□ 1.66
SCN4AP35499 CDK6-202ENST00000424848 1465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
SCN4AP35499 NFIX-205ENST00000585575 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.41■■□□□ 1.66
SCN4AP35499 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
SCN4AP35499 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
SCN4AP35499 RCN1P1-201ENST00000400413 996 ntBASIC25.4■■□□□ 1.66
SCN4AP35499 LINC01881-205ENST00000456398 1235 ntTSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
SCN4AP35499 AL162258.1-201ENST00000497086 753 ntTSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
SCN4AP35499 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
SCN4AP35499 AC092368.3-202ENST00000574180 1591 ntBASIC25.4■■□□□ 1.66
SCN4AP35499 AC142381.3-201ENST00000568208 1670 ntBASIC25.4■■□□□ 1.66
SCN4AP35499 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
SCN4AP35499 AC008105.2-201ENST00000420431 579 ntTSL 4 BASIC25.4■■□□□ 1.66
SCN4AP35499 AL109797.1-201ENST00000452501 835 ntTSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
SCN4AP35499 REXO2-216ENST00000544196 452 ntTSL 3 BASIC25.4■■□□□ 1.66
SCN4AP35499 TMEM5-201ENST00000261234 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
SCN4AP35499 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
SCN4AP35499 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
SCN4AP35499 AP000802.1-201ENST00000500537 1934 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
SCN4AP35499 GCHFR-201ENST00000260447 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
SCN4AP35499 DGCR6-201ENST00000331444 1214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
SCN4AP35499 RN7SL471P-201ENST00000580476 299 ntBASIC25.39■■□□□ 1.65
SCN4AP35499 IMPA2-208ENST00000589238 923 ntTSL 3 BASIC25.39■■□□□ 1.65
SCN4AP35499 AC010646.1-201ENST00000594059 515 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC25.39■■□□□ 1.65
SCN4AP35499 AL445228.2-201ENST00000605589 952 ntBASIC25.39■■□□□ 1.65
SCN4AP35499 ACYP2-207ENST00000606082 713 ntTSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.65
SCN4AP35499 MRPL40-201ENST00000333130 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
SCN4AP35499 SYNGR2-203ENST00000588282 1553 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
SCN4AP35499 LINC00526-201ENST00000581067 1875 ntBASIC25.39■■□□□ 1.65
SCN4AP35499 FAHD1-201ENST00000382666 1964 ntTSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.65
SCN4AP35499 LHPP-202ENST00000368842 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
SCN4AP35499 GPR161-203ENST00000367836 1983 ntTSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
SCN4AP35499 TTC39A-203ENST00000371747 1876 ntTSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
SCN4AP35499 WDR74-201ENST00000278856 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
SCN4AP35499 UBB-203ENST00000395839 1012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
SCN4AP35499 C20orf166-AS1-202ENST00000436101 761 ntTSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
SCN4AP35499 NDUFS6-202ENST00000469176 550 ntTSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
SCN4AP35499 AC026412.1-201ENST00000507290 1033 ntTSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
SCN4AP35499 HAGHL-213ENST00000564545 663 ntTSL 3 BASIC25.38■■□□□ 1.65
SCN4AP35499 MCRIP1-206ENST00000573478 1123 ntTSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
SCN4AP35499 KLF2-202ENST00000592003 564 ntTSL 3 BASIC25.38■■□□□ 1.65
SCN4AP35499 IRF3-222ENST00000599144 1117 ntTSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
SCN4AP35499 DUSP9-202ENST00000370167 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
SCN4AP35499 COG8-201ENST00000562081 1731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
SCN4AP35499 ANK1-211ENST00000522231 1060 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
SCN4AP35499 ANK1-212ENST00000522543 1160 ntTSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
SCN4AP35499 AL356020.1-201ENST00000554235 1076 ntTSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
SCN4AP35499 AC233702.5-201ENST00000584107 538 ntBASIC25.37■■□□□ 1.65
SCN4AP35499 AC012306.2-201ENST00000609350 630 ntBASIC25.37■■□□□ 1.65
SCN4AP35499 AC100791.3-201ENST00000617619 330 ntBASIC25.37■■□□□ 1.65
SCN4AP35499 HOMER2-201ENST00000304231 1990 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
SCN4AP35499 MSX2-201ENST00000239243 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
SCN4AP35499 ARNTL2-209ENST00000546179 1861 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
SCN4AP35499 SPATA2L-202ENST00000335360 1001 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
SCN4AP35499 ISG20-202ENST00000379224 540 ntTSL 3 BASIC25.37■■□□□ 1.65
SCN4AP35499 POM121L13P-201ENST00000422362 380 ntBASIC25.37■■□□□ 1.65
SCN4AP35499 PTTG1-205ENST00000520452 895 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.37■■□□□ 1.65
SCN4AP35499 RRAS2-203ENST00000526063 970 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
SCN4AP35499 RRAS2-208ENST00000532814 982 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
SCN4AP35499 TNNT1-208ENST00000587465 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
SCN4AP35499 PRKACA-209ENST00000590853 1101 ntTSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
SCN4AP35499 D2HGDH-203ENST00000403782 2208 ntTSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
SCN4AP35499 DUSP18-205ENST00000404885 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
SCN4AP35499 NOXO1-201ENST00000354249 1618 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
SCN4AP35499 FLOT1-201ENST00000376389 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
SCN4AP35499 TCTEX1D2-201ENST00000325318 673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
SCN4AP35499 SPINK2-202ENST00000504762 659 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
SCN4AP35499 ASGR1-204ENST00000572879 797 ntTSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
SCN4AP35499 SMIM8-209ENST00000608868 815 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
SCN4AP35499 ACSL1-205ENST00000504900 1583 ntTSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
SCN4AP35499 PRR16-202ENST00000407149 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
SCN4AP35499 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
SCN4AP35499 COL11A2-204ENST00000395194 1194 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
SCN4AP35499 RPS2P55-201ENST00000397318 883 ntBASIC25.35■■□□□ 1.65
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.4 ms