Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBP4

DKK3, Dickkopf-related protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 350 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DKK3Q9UBP4 SMOX-212ENST00000621355 2322 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 P4HTM-201ENST00000343546 2268 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 B3GNT6-202ENST00000622824 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 TLX2-201ENST00000233638 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 ECEL1P1-201ENST00000373592 1742 ntBASIC21.32■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 FAM99A-202ENST00000538190 1989 ntBASIC21.32■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 U2AF2-202ENST00000450554 3022 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 TRIM28-202ENST00000341753 2709 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 SOCS1-201ENST00000332029 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 YBEY-204ENST00000397692 433 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 C19orf24-201ENST00000409293 983 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 AC080013.1-202ENST00000465477 674 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 ABCC6P2-202ENST00000542005 706 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 SNAP23-214ENST00000567094 834 ntTSL 3 BASIC21.32■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 ABCC6-204ENST00000575728 714 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 KLK9-202ENST00000594211 754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 FP565260.3-201ENST00000612610 1162 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 GMDS-202ENST00000380815 1752 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 SPAST-204ENST00000621856 1715 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 C3orf18-205ENST00000441239 1490 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 GABBR2-201ENST00000259455 5788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 AC092384.1-201ENST00000378347 1812 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 CDKN1C-204ENST00000440480 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 ST3GAL4-215ENST00000532243 1825 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 MRPL37-206ENST00000605337 1582 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 AC005906.2-202ENST00000638821 2168 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 CMPK2-202ENST00000404168 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 NAA35-202ENST00000376040 1797 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 ASCL2-201ENST00000331289 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 UTF1-201ENST00000304477 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 PPA1-202ENST00000373232 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 SNRNP25-202ENST00000383018 1085 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 LINC01816-201ENST00000414141 662 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 ABHD14A-204ENST00000491470 674 ntTSL 3 BASIC21.31■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 SPI1-203ENST00000533030 661 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 AC092143.4-201ENST00000570217 559 ntTSL 4 BASIC21.31■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 HAS1-203ENST00000594621 760 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 BID-214ENST00000617586 542 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 UBE2Q2P2-204ENST00000618775 648 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 RARRES2P11-201ENST00000635158 484 ntBASIC21.31■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 MEIS3-212ENST00000561293 1918 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 SAP30L-201ENST00000297109 6226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 LOXL1-201ENST00000261921 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 GPSM1-201ENST00000291775 2114 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 ZNF354A-201ENST00000335815 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 CYB5R4-201ENST00000369679 768 ntTSL 3 BASIC21.3■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 PLAC9-202ENST00000372267 472 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.3■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 VSX1-201ENST00000376707 943 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 CDKN3-204ENST00000442975 727 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 VSX1-206ENST00000444511 1197 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 TRIQK-221ENST00000524107 737 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.3■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 BEX2-204ENST00000536889 1077 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 TMEM230-210ENST00000612323 1231 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 RNF39-201ENST00000244360 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 NEURL4-202ENST00000399464 5200 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 PFKFB3-216ENST00000625260 1752 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 KAT5-201ENST00000341318 2296 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 USP45-202ENST00000329966 1444 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 SMARCD2-201ENST00000225742 1800 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 FAHD1-202ENST00000382668 1845 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 BAZ1A-201ENST00000358716 5920 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 SEPT5-210ENST00000455784 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 LINC01184-201ENST00000499346 1380 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 DTYMK-201ENST00000305784 1232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 MT1M-201ENST00000379818 829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 DM1-AS-203ENST00000590076 730 ntTSL 4 BASIC21.29■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 AC080038.1-201ENST00000611274 1154 ntBASIC21.29■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 SLC35A2-211ENST00000634461 533 ntTSL 4 BASIC21.29■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 RUFY1-201ENST00000319449 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 MGAT4D-208ENST00000515354 1806 ntTSL 3 BASIC21.29■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 TMEM259-201ENST00000333175 2581 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 TMEM235-205ENST00000586400 2272 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 RAX-201ENST00000256852 2935 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 GCH1-202ENST00000395514 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 ARHGAP5-203ENST00000396582 5786 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 NIPSNAP1-201ENST00000216121 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 ANKHD1-205ENST00000394723 2135 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 CASTOR1-201ENST00000404953 1460 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 GPR137B-202ENST00000366592 2042 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 MXRA8-203ENST00000445648 2001 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 OIP5-AS1-202ENST00000501665 1384 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 AC026471.6-201ENST00000622954 1905 ntBASIC21.28■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 ANKRD19P-205ENST00000473204 2370 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 AKT1S1-206ENST00000391834 1849 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 RHBDD2-201ENST00000006777 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 ZNF302-209ENST00000507959 854 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 MVB12A-212ENST00000543795 1154 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 SLC7A5P1-201ENST00000568957 537 ntBASIC21.28■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 AC016888.1-201ENST00000585285 565 ntTSL 3 BASIC21.28■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 UBE2DNL-204ENST00000602536 740 ntBASIC21.28■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 ZNF76-203ENST00000373953 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 SELENOO-201ENST00000380903 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 SELENOO-203ENST00000611222 2311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 LRRC75A-201ENST00000409083 2656 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 CDIPT-201ENST00000219789 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 ZNF568-208ENST00000586353 1902 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 CCDC106-207ENST00000591578 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 DCPS-201ENST00000263579 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 ARID1B-220ENST00000636930 8246 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 ZBTB22-208ENST00000431845 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25 ms