Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE5

USP40, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 40, humanhuman

Predictions only

Length 1,235 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP40Q9NVE5 DCTPP1-205ENST00000568973 878 ntTSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.66
USP40Q9NVE5 PET100-202ENST00000594797 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
USP40Q9NVE5 AC008175.2-201ENST00000612840 297 ntBASIC25.39■■□□□ 1.66
USP40Q9NVE5 HSD11B1L-201ENST00000301382 1457 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
USP40Q9NVE5 CAMKK2-208ENST00000412367 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
USP40Q9NVE5 TMEM198B-205ENST00000487582 1581 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
USP40Q9NVE5 SLC39A14-202ENST00000289952 2137 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.65
USP40Q9NVE5 ALDH5A1-204ENST00000491546 1699 ntTSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.65
USP40Q9NVE5 GADD45GIP1-201ENST00000316939 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
USP40Q9NVE5 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
USP40Q9NVE5 AC092490.1-203ENST00000514568 1972 ntTSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
USP40Q9NVE5 ATG101-201ENST00000336854 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
USP40Q9NVE5 FHL3-201ENST00000373016 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
USP40Q9NVE5 DPH7-201ENST00000277540 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
USP40Q9NVE5 CREB1-205ENST00000430624 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
USP40Q9NVE5 MT3-201ENST00000200691 569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
USP40Q9NVE5 BHLHA15-201ENST00000314018 706 ntAPPRIS P1 BASIC25.38■■□□□ 1.65
USP40Q9NVE5 ZNF644-203ENST00000361321 1253 ntTSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
USP40Q9NVE5 DHRS4-202ENST00000397074 785 ntTSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
USP40Q9NVE5 AGAP1-IT1-201ENST00000440498 664 ntTSL 3 BASIC25.38■■□□□ 1.65
USP40Q9NVE5 ULK4P1-204ENST00000565949 721 ntTSL 4 BASIC25.38■■□□□ 1.65
USP40Q9NVE5 PAQR4-205ENST00000576565 842 ntTSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
USP40Q9NVE5 BHLHA15-202ENST00000609256 796 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.38■■□□□ 1.65
USP40Q9NVE5 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
USP40Q9NVE5 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
USP40Q9NVE5 SNX24-211ENST00000513881 1563 ntTSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
USP40Q9NVE5 IRX5-201ENST00000320990 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
USP40Q9NVE5 FOXP4-203ENST00000373060 5948 ntTSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
USP40Q9NVE5 FOXP4-204ENST00000373063 5910 ntTSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
USP40Q9NVE5 C11orf63-201ENST00000227349 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
USP40Q9NVE5 TMEM159-201ENST00000233047 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
USP40Q9NVE5 ADSS-201ENST00000366535 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
USP40Q9NVE5 ASPSCR1-201ENST00000306729 2123 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
USP40Q9NVE5 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
USP40Q9NVE5 UCHL5-205ENST00000367454 1815 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
USP40Q9NVE5 BID-202ENST00000342111 854 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
USP40Q9NVE5 MGST3-205ENST00000367889 1015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
USP40Q9NVE5 NOXO1-203ENST00000397280 1147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
USP40Q9NVE5 SNHG6-203ENST00000520944 638 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
USP40Q9NVE5 KRT18P6-201ENST00000555540 1265 ntBASIC25.36■■□□□ 1.65
USP40Q9NVE5 PLLP-204ENST00000569059 665 ntTSL 3 BASIC25.36■■□□□ 1.65
USP40Q9NVE5 CIRBP-214ENST00000587896 1081 ntTSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
USP40Q9NVE5 MYO19-221ENST00000620640 1186 ntTSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
USP40Q9NVE5 AC120498.10-201ENST00000621827 505 ntBASIC25.36■■□□□ 1.65
USP40Q9NVE5 BIN1-209ENST00000393040 2293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
USP40Q9NVE5 NEURL3-201ENST00000310865 1710 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
USP40Q9NVE5 FASTK-217ENST00000540185 1609 ntTSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
USP40Q9NVE5 BRD3-202ENST00000371834 2529 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
USP40Q9NVE5 CCDC74A-201ENST00000295171 1543 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
USP40Q9NVE5 CCDC74B-201ENST00000310463 1549 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
USP40Q9NVE5 SIAH2-201ENST00000312960 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
USP40Q9NVE5 FAM160B1-201ENST00000369246 666 ntTSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
USP40Q9NVE5 CT47A12-201ENST00000419982 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
USP40Q9NVE5 CYP2T1P-201ENST00000432607 1285 ntBASIC25.35■■□□□ 1.65
USP40Q9NVE5 AC069152.1-201ENST00000438030 544 ntBASIC25.35■■□□□ 1.65
USP40Q9NVE5 AC007322.4-201ENST00000509611 723 ntBASIC25.35■■□□□ 1.65
USP40Q9NVE5 TMEM179B-205ENST00000533861 797 ntTSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
USP40Q9NVE5 ATP5A1-220ENST00000593152 2258 ntTSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
USP40Q9NVE5 CFAP99-206ENST00000616117 1941 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
USP40Q9NVE5 HOXA10-206ENST00000613671 2175 ntTSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
USP40Q9NVE5 PKM-201ENST00000319622 2717 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
USP40Q9NVE5 TTLL11-202ENST00000373776 2012 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
USP40Q9NVE5 ZNF395-210ENST00000523095 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
USP40Q9NVE5 TBC1D22A-206ENST00000407381 1949 ntTSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
USP40Q9NVE5 PEX10-204ENST00000507596 1941 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
USP40Q9NVE5 POU5F1P4-201ENST00000413175 1085 ntBASIC25.34■■□□□ 1.65
USP40Q9NVE5 RGMA-211ENST00000557420 989 ntTSL 3 BASIC25.34■■□□□ 1.65
USP40Q9NVE5 IGFBP3-211ENST00000615754 792 ntTSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
USP40Q9NVE5 GDF6-203ENST00000621429 1179 ntTSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
USP40Q9NVE5 SLC35A3-218ENST00000639994 1114 ntTSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
USP40Q9NVE5 PDK3-201ENST00000379162 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
USP40Q9NVE5 AKT1S1-206ENST00000391834 1849 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
USP40Q9NVE5 HAUS4-203ENST00000347758 1428 ntTSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
USP40Q9NVE5 STEAP1-201ENST00000297205 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
USP40Q9NVE5 SPR-201ENST00000234454 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
USP40Q9NVE5 H2AFX-202ENST00000530167 1614 ntAPPRIS P1 BASIC25.34■■□□□ 1.65
USP40Q9NVE5 RARG-201ENST00000338561 1836 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
USP40Q9NVE5 FAHD1-202ENST00000382668 1845 ntTSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
USP40Q9NVE5 AP004608.1-202ENST00000533390 1863 ntTSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
USP40Q9NVE5 AC098934.4-201ENST00000564127 592 ntBASIC25.33■■□□□ 1.65
USP40Q9NVE5 ARRDC1-AS1-203ENST00000623970 2210 ntTSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.65
USP40Q9NVE5 AC098864.1-205ENST00000315302 2260 ntTSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.64
USP40Q9NVE5 ZNF668-205ENST00000426488 2282 ntTSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.64
USP40Q9NVE5 MIR210HG-201ENST00000500447 1965 ntTSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.64
USP40Q9NVE5 MBOAT7-205ENST00000431666 2471 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
USP40Q9NVE5 SMAGP-205ENST00000603864 1518 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
USP40Q9NVE5 SIMC1-202ENST00000341199 2056 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
USP40Q9NVE5 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
USP40Q9NVE5 MMEL1-206ENST00000502556 1943 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
USP40Q9NVE5 OIP5-201ENST00000220514 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
USP40Q9NVE5 BET1L-204ENST00000410108 637 ntTSL 3 BASIC25.32■■□□□ 1.64
USP40Q9NVE5 TSPY20P-201ENST00000450910 630 ntBASIC25.32■■□□□ 1.64
USP40Q9NVE5 CIRBP-246ENST00000628979 1043 ntTSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
USP40Q9NVE5 AC133041.1-202ENST00000642053 222 ntBASIC25.32■■□□□ 1.64
USP40Q9NVE5 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
USP40Q9NVE5 CERS4-208ENST00000559336 1515 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
USP40Q9NVE5 GRTP1-203ENST00000375431 1384 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
USP40Q9NVE5 RALB-201ENST00000272519 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
USP40Q9NVE5 RARG-204ENST00000543726 1779 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
USP40Q9NVE5 SNX21-212ENST00000491381 1607 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 71.7 ms