Protein–RNA interactions for Protein: Q9NZC9

SMARCAL1, SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A-like protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 954 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCAL1Q9NZC9 UBE2J2-203ENST00000360466 1047 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SMARCAL1Q9NZC9 RAB32-201ENST00000367495 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SMARCAL1Q9NZC9 CFD-202ENST00000592860 809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SMARCAL1Q9NZC9 TUBBP5-204ENST00000635438 565 ntTSL 4 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SMARCAL1Q9NZC9 GRK4-203ENST00000398052 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SMARCAL1Q9NZC9 KCNQ5-205ENST00000370398 6345 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SMARCAL1Q9NZC9 LRR1-201ENST00000298288 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SMARCAL1Q9NZC9 SCRN2-212ENST00000584123 1745 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SMARCAL1Q9NZC9 IRX4-208ENST00000622814 2398 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SMARCAL1Q9NZC9 AP006284.1-201ENST00000527620 2210 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
SMARCAL1Q9NZC9 PAQR6-215ENST00000623241 1961 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SMARCAL1Q9NZC9 TGFBR1-202ENST00000374994 6516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SMARCAL1Q9NZC9 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.42■■□□□ 1.18
SMARCAL1Q9NZC9 TMEM151B-201ENST00000438774 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.42■■□□□ 1.18
SMARCAL1Q9NZC9 KREMEN2-201ENST00000303746 2326 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SMARCAL1Q9NZC9 PARD3-213ENST00000545260 5740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SMARCAL1Q9NZC9 T-202ENST00000366871 2250 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SMARCAL1Q9NZC9 MAPK9-206ENST00000425491 2266 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
SMARCAL1Q9NZC9 HNRNPAB-208ENST00000515193 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
SMARCAL1Q9NZC9 AC133637.1-201ENST00000624115 1537 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
SMARCAL1Q9NZC9 TXNDC5-201ENST00000379757 2964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SMARCAL1Q9NZC9 RBKS-201ENST00000302188 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SMARCAL1Q9NZC9 ITGB1BP1-202ENST00000355346 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SMARCAL1Q9NZC9 EEF1D-203ENST00000419152 1452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SMARCAL1Q9NZC9 UBALD1-206ENST00000590965 1462 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SMARCAL1Q9NZC9 TMEM5-201ENST00000261234 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SMARCAL1Q9NZC9 OR7E47P-201ENST00000546390 1422 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
SMARCAL1Q9NZC9 XBP1-207ENST00000611155 1794 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SMARCAL1Q9NZC9 AC092667.1-201ENST00000434301 2586 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
SMARCAL1Q9NZC9 IPO9-AS1-201ENST00000413035 839 ntTSL 3 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SMARCAL1Q9NZC9 DTWD2-204ENST00000515439 1275 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SMARCAL1Q9NZC9 GRAMD4P7-201ENST00000578182 1232 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
SMARCAL1Q9NZC9 MIR6724-1-201ENST00000616420 92 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
SMARCAL1Q9NZC9 MIR6724-2-201ENST00000616483 92 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
SMARCAL1Q9NZC9 MIR6724-4-201ENST00000617390 92 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
SMARCAL1Q9NZC9 MIR6724-3-201ENST00000622482 92 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
SMARCAL1Q9NZC9 CCDC194-202ENST00000636079 705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SMARCAL1Q9NZC9 ERI3-201ENST00000372257 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SMARCAL1Q9NZC9 NDUFAF3-202ENST00000326925 2012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SMARCAL1Q9NZC9 ACSL1-205ENST00000504900 1583 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SMARCAL1Q9NZC9 ST3GAL5-222ENST00000638572 4431 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SMARCAL1Q9NZC9 C19orf35-201ENST00000342063 2574 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SMARCAL1Q9NZC9 AC010616.1-201ENST00000597630 2078 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SMARCAL1Q9NZC9 CCKBR-206ENST00000532715 1734 ntTSL 3 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SMARCAL1Q9NZC9 WHAMM-201ENST00000286760 5101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SMARCAL1Q9NZC9 ASCL5-201ENST00000449188 2026 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SMARCAL1Q9NZC9 LHPP-202ENST00000368842 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SMARCAL1Q9NZC9 SHKBP1-225ENST00000600733 2284 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SMARCAL1Q9NZC9 AC103702.2-201ENST00000433510 1270 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SMARCAL1Q9NZC9 AL117209.1-201ENST00000560931 828 ntTSL 3 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SMARCAL1Q9NZC9 UQCR11-202ENST00000589880 504 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SMARCAL1Q9NZC9 MFSD7-209ENST00000515118 1556 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SMARCAL1Q9NZC9 RPUSD1-202ENST00000561734 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SMARCAL1Q9NZC9 GAL3ST3-201ENST00000312006 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SMARCAL1Q9NZC9 TMPO-204ENST00000393053 2374 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SMARCAL1Q9NZC9 RBM34-201ENST00000408888 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SMARCAL1Q9NZC9 SAMD10-201ENST00000369886 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
SMARCAL1Q9NZC9 BCAM-201ENST00000270233 2402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
SMARCAL1Q9NZC9 FBLN5-202ENST00000342058 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
SMARCAL1Q9NZC9 SYNGR2-203ENST00000588282 1553 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
SMARCAL1Q9NZC9 NAPEPLD-208ENST00000427257 1822 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
SMARCAL1Q9NZC9 LRP5-201ENST00000294304 5159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
SMARCAL1Q9NZC9 NARF-202ENST00000345415 1487 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
SMARCAL1Q9NZC9 ARRDC1-AS1-201ENST00000371417 1409 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
SMARCAL1Q9NZC9 CA9-204ENST00000617161 1374 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SMARCAL1Q9NZC9 EPHX3-201ENST00000221730 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SMARCAL1Q9NZC9 LGI3-202ENST00000424267 3114 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SMARCAL1Q9NZC9 PGAM5-203ENST00000498926 2834 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SMARCAL1Q9NZC9 DNAJB5-201ENST00000312316 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SMARCAL1Q9NZC9 CRYAA-201ENST00000291554 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SMARCAL1Q9NZC9 KISS1-201ENST00000367194 709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SMARCAL1Q9NZC9 ATP6V0E2-204ENST00000464662 513 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SMARCAL1Q9NZC9 ACYP1-205ENST00000555463 789 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SMARCAL1Q9NZC9 pRNA.6-201ENST00000610482 90 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
SMARCAL1Q9NZC9 pRNA.5-201ENST00000612139 90 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
SMARCAL1Q9NZC9 pRNA.11-201ENST00000618423 90 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
SMARCAL1Q9NZC9 pRNA.13-201ENST00000619112 90 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
SMARCAL1Q9NZC9 CHST1-201ENST00000308064 2718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SMARCAL1Q9NZC9 JAKMIP1-201ENST00000282924 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SMARCAL1Q9NZC9 ZC3HAV1L-201ENST00000275766 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SMARCAL1Q9NZC9 FAM120B-204ENST00000625626 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SMARCAL1Q9NZC9 ARHGAP11A-205ENST00000563864 2279 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SMARCAL1Q9NZC9 LRRC4B-201ENST00000389201 2958 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SMARCAL1Q9NZC9 STX4-202ENST00000394998 1498 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SMARCAL1Q9NZC9 MAPRE3-203ENST00000405074 1801 ntTSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SMARCAL1Q9NZC9 SPAG16-201ENST00000272898 1059 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SMARCAL1Q9NZC9 TSPAN17-204ENST00000503045 1019 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SMARCAL1Q9NZC9 AC104564.3-201ENST00000582367 638 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
SMARCAL1Q9NZC9 SLC16A10-206ENST00000612036 1231 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SMARCAL1Q9NZC9 HAUS7-211ENST00000626181 414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SMARCAL1Q9NZC9 SNX3-201ENST00000230085 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SMARCAL1Q9NZC9 INTS11-208ENST00000435064 2148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SMARCAL1Q9NZC9 AC110285.2-201ENST00000571724 1565 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SMARCAL1Q9NZC9 ASAP2-201ENST00000281419 5712 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SMARCAL1Q9NZC9 IQCJ-SCHIP1-204ENST00000485419 2445 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SMARCAL1Q9NZC9 PTP4A3-203ENST00000520105 1866 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SMARCAL1Q9NZC9 FARSA-201ENST00000314606 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SMARCAL1Q9NZC9 IRX5-202ENST00000394636 2401 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SMARCAL1Q9NZC9 ERLEC1-203ENST00000405123 1756 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SMARCAL1Q9NZC9 B3GAT3-202ENST00000531383 2056 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36 ms