Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 ZDHHC17-201ENST00000426126 5259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
VPS39Q96JC1 RAB11FIP4-211ENST00000621161 8628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
VPS39Q96JC1 KCNMB4-201ENST00000258111 4731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
VPS39Q96JC1 TCF7L1-201ENST00000282111 2968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
VPS39Q96JC1 AKR7A2-201ENST00000235835 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
VPS39Q96JC1 PYGO2-201ENST00000368456 1306 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
VPS39Q96JC1 C12orf75-208ENST00000612117 1329 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
VPS39Q96JC1 MAPK9-206ENST00000425491 2266 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
VPS39Q96JC1 LAMC3-202ENST00000361069 6133 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
VPS39Q96JC1 STOX1-202ENST00000399162 935 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
VPS39Q96JC1 STOX1-203ENST00000399165 1135 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
VPS39Q96JC1 SLC47A1P1-202ENST00000449666 945 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
VPS39Q96JC1 SERGEF-219ENST00000532265 1124 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
VPS39Q96JC1 AC104564.3-201ENST00000582367 638 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
VPS39Q96JC1 ZNF264-206ENST00000600531 774 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
VPS39Q96JC1 TCEA1-214ENST00000640382 1234 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
VPS39Q96JC1 SYNGR2-203ENST00000588282 1553 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
VPS39Q96JC1 DOK3-202ENST00000357198 1729 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
VPS39Q96JC1 D2HGDH-201ENST00000321264 2617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
VPS39Q96JC1 WDR86-203ENST00000469830 1691 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
VPS39Q96JC1 ZDHHC5-204ENST00000527985 2817 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
VPS39Q96JC1 B4GALNT1-203ENST00000449184 1633 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
VPS39Q96JC1 CCDC166-201ENST00000542437 1320 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
VPS39Q96JC1 ZNF668-209ENST00000539836 2469 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
VPS39Q96JC1 ZNF510-203ENST00000375231 5616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
VPS39Q96JC1 HLA-C-203ENST00000383329 1554 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
VPS39Q96JC1 SMUG1-215ENST00000508394 1697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1
VPS39Q96JC1 OSR1-201ENST00000272223 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
VPS39Q96JC1 FRMD3-204ENST00000376438 2198 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1
VPS39Q96JC1 ITPKC-201ENST00000263370 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
VPS39Q96JC1 MSANTD1-204ENST00000510580 2039 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1
VPS39Q96JC1 PITX1-201ENST00000265340 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
VPS39Q96JC1 SCRN2-212ENST00000584123 1745 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
VPS39Q96JC1 ACP4-201ENST00000270593 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
VPS39Q96JC1 RHBDL3-204ENST00000538145 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
VPS39Q96JC1 MEF2A-202ENST00000354410 5824 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
VPS39Q96JC1 SOX12-201ENST00000342665 4630 ntAPPRIS P1 BASIC21.32■■□□□ 1
VPS39Q96JC1 FEM1AP4-201ENST00000443167 1987 ntBASIC21.32■■□□□ 1
VPS39Q96JC1 ACSL1-205ENST00000504900 1583 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
VPS39Q96JC1 KIAA0895-204ENST00000415803 2865 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
VPS39Q96JC1 TANGO2-212ENST00000434570 2180 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
VPS39Q96JC1 HMBS-201ENST00000278715 1501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
VPS39Q96JC1 TNFAIP8L3-202ENST00000637513 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
VPS39Q96JC1 TPM1-204ENST00000334895 1637 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
VPS39Q96JC1 CTNND2-201ENST00000304623 5481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
VPS39Q96JC1 TNKS2-201ENST00000371627 6157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
VPS39Q96JC1 MFF-203ENST00000349901 1716 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
VPS39Q96JC1 EEF1D-201ENST00000317198 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
VPS39Q96JC1 AF106564.1-201ENST00000607058 2553 ntBASIC21.32■■□□□ 1
VPS39Q96JC1 B4GAT1-201ENST00000311181 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
VPS39Q96JC1 C1QL4-201ENST00000334221 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
VPS39Q96JC1 TAF4-201ENST00000252996 4628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
VPS39Q96JC1 PPP1R12B-212ENST00000480184 1808 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
VPS39Q96JC1 LSM14A-202ENST00000540746 2152 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
VPS39Q96JC1 FAM20C-201ENST00000313766 2751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
VPS39Q96JC1 ULK2-202ENST00000395544 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
VPS39Q96JC1 ZBTB7A-201ENST00000322357 5422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
VPS39Q96JC1 VRK2-201ENST00000340157 1888 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
VPS39Q96JC1 PRICKLE4-201ENST00000394259 939 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
VPS39Q96JC1 AP005435.1-201ENST00000529293 1178 ntBASIC21.31■■□□□ 1
VPS39Q96JC1 TMEM218-215ENST00000532407 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
VPS39Q96JC1 RAB6A-204ENST00000536566 1267 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
VPS39Q96JC1 AC090241.2-201ENST00000602329 432 ntTSL 4 BASIC21.31■■□□□ 1
VPS39Q96JC1 AL445237.1-202ENST00000604581 425 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
VPS39Q96JC1 TFAP2A-202ENST00000379608 2576 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
VPS39Q96JC1 UNC119-201ENST00000301032 1653 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
VPS39Q96JC1 KCNN4-201ENST00000262888 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
VPS39Q96JC1 PPP1R3F-203ENST00000466508 1885 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
VPS39Q96JC1 ZNF446-208ENST00000622313 1884 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
VPS39Q96JC1 ZNF467-201ENST00000302017 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
VPS39Q96JC1 AC243965.2-201ENST00000612576 2671 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
VPS39Q96JC1 AC004707.1-201ENST00000511627 715 ntTSL 3 BASIC21.3■■□□□ 1
VPS39Q96JC1 AP006621.3-202ENST00000530083 765 ntTSL 3 BASIC21.3■■□□□ 1
VPS39Q96JC1 HIC1-207ENST00000619757 6711 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
VPS39Q96JC1 SRP68-201ENST00000307877 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
VPS39Q96JC1 CIZ1-206ENST00000372954 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
VPS39Q96JC1 DBX2-201ENST00000332700 2806 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
VPS39Q96JC1 TRABD2A-203ENST00000409520 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
VPS39Q96JC1 LMAN2-201ENST00000303127 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
VPS39Q96JC1 ORAI3-201ENST00000318663 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
VPS39Q96JC1 INAFM2-202ENST00000638170 3052 ntAPPRIS P1 BASIC21.29■■□□□ 1
VPS39Q96JC1 FBXO25-203ENST00000352684 2360 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
VPS39Q96JC1 HTATIP2-201ENST00000419348 1477 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
VPS39Q96JC1 WT1-210ENST00000639563 1494 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
VPS39Q96JC1 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
VPS39Q96JC1 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
VPS39Q96JC1 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
VPS39Q96JC1 AL034346.1-201ENST00000568244 1277 ntBASIC21.29■■□□□ 1
VPS39Q96JC1 Z98883.1-202ENST00000635107 1289 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
VPS39Q96JC1 CPEB1-AS1-201ENST00000560650 2138 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
VPS39Q96JC1 SETD6-202ENST00000310682 2042 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
VPS39Q96JC1 EPHX3-204ENST00000602233 1805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
VPS39Q96JC1 HERC2P8-204ENST00000567073 1988 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
VPS39Q96JC1 SLC16A10-202ENST00000368851 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
VPS39Q96JC1 SLC1A6-203ENST00000544886 2420 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
VPS39Q96JC1 RFXAP-201ENST00000255476 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
VPS39Q96JC1 TRIM14-202ENST00000342043 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
VPS39Q96JC1 CENPH-201ENST00000283006 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
VPS39Q96JC1 CLTB-201ENST00000310418 1215 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
VPS39Q96JC1 CLTB-202ENST00000345807 1161 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.3 ms