Protein–RNA interactions for Protein: Q70CQ1

USP49, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 49, humanhuman

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Length 688 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP49Q70CQ1 LRP5L-203ENST00000444995 1714 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
USP49Q70CQ1 MDFI-203ENST00000373051 1622 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
USP49Q70CQ1 DOCK5-208ENST00000481100 2166 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
USP49Q70CQ1 GAL3ST3-201ENST00000312006 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
USP49Q70CQ1 ZDHHC16-205ENST00000370846 1280 ntTSL 3 BASIC24.09■■□□□ 1.45
USP49Q70CQ1 ZNF696-205ENST00000521537 705 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
USP49Q70CQ1 AICDA-202ENST00000537228 667 ntTSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
USP49Q70CQ1 MSANTD1-204ENST00000510580 2039 ntTSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
USP49Q70CQ1 ZNF668-209ENST00000539836 2469 ntTSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
USP49Q70CQ1 SERBP1-202ENST00000370990 1621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
USP49Q70CQ1 TMEM9B-205ENST00000534025 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
USP49Q70CQ1 CERS1-205ENST00000623927 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
USP49Q70CQ1 PIAS2-203ENST00000545673 1590 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
USP49Q70CQ1 OAF-201ENST00000328965 2525 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
USP49Q70CQ1 SCRN2-212ENST00000584123 1745 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
USP49Q70CQ1 MCAT-201ENST00000290429 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
USP49Q70CQ1 TFAP2A-202ENST00000379608 2576 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
USP49Q70CQ1 AP006587.3-201ENST00000525742 1516 ntBASIC24.08■■□□□ 1.45
USP49Q70CQ1 IRX2-201ENST00000302057 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
USP49Q70CQ1 TTYH1-203ENST00000376531 1763 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
USP49Q70CQ1 PRSS33-202ENST00000570702 1676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
USP49Q70CQ1 SLC26A5-209ENST00000393735 1947 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
USP49Q70CQ1 C11orf96-201ENST00000339446 1308 ntTSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.44
USP49Q70CQ1 MFF-203ENST00000349901 1716 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
USP49Q70CQ1 DRAM2-201ENST00000286692 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
USP49Q70CQ1 CDC37L1-202ENST00000381858 1244 ntTSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
USP49Q70CQ1 PLPP5-201ENST00000419686 794 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
USP49Q70CQ1 AC091305.1-201ENST00000479476 895 ntBASIC24.07■■□□□ 1.44
USP49Q70CQ1 AC009097.2-201ENST00000562763 465 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
USP49Q70CQ1 DCTD-202ENST00000438320 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
USP49Q70CQ1 DNAJB11-202ENST00000439351 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
USP49Q70CQ1 TMC6-212ENST00000589553 2389 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
USP49Q70CQ1 NDUFAF1-201ENST00000260361 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
USP49Q70CQ1 GNB2-209ENST00000436220 1479 ntTSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
USP49Q70CQ1 LMTK3-201ENST00000270238 4972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
USP49Q70CQ1 DAZAP2-201ENST00000412716 2598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
USP49Q70CQ1 CDKN1C-204ENST00000440480 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
USP49Q70CQ1 ANAPC4-201ENST00000315368 2685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
USP49Q70CQ1 ST3GAL3-207ENST00000353126 1969 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
USP49Q70CQ1 ZFYVE28-207ENST00000509171 1135 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
USP49Q70CQ1 SSPN-204ENST00000535504 419 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
USP49Q70CQ1 AL034346.1-201ENST00000568244 1277 ntBASIC24.06■■□□□ 1.44
USP49Q70CQ1 CLN3-207ENST00000395653 1430 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
USP49Q70CQ1 C8orf82-201ENST00000313465 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
USP49Q70CQ1 CENPS-CORT-201ENST00000400900 1469 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
USP49Q70CQ1 SMPD2-201ENST00000258052 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
USP49Q70CQ1 PPP3CC-203ENST00000397775 2094 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
USP49Q70CQ1 RGS20-202ENST00000297313 2104 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
USP49Q70CQ1 PPP1R12B-212ENST00000480184 1808 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
USP49Q70CQ1 TEAD2-201ENST00000311227 2164 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
USP49Q70CQ1 PPP1R3F-203ENST00000466508 1885 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
USP49Q70CQ1 SPOP-206ENST00000504102 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
USP49Q70CQ1 LOXL1-201ENST00000261921 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
USP49Q70CQ1 ICAM5-201ENST00000221980 3000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
USP49Q70CQ1 LHPP-203ENST00000392757 840 ntTSL 3 BASIC24.05■■□□□ 1.44
USP49Q70CQ1 LINC01574-201ENST00000512115 560 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
USP49Q70CQ1 FBXO33-202ENST00000554190 534 ntTSL 3 BASIC24.05■■□□□ 1.44
USP49Q70CQ1 RALB-208ENST00000631312 311 ntTSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
USP49Q70CQ1 AC105233.4-201ENST00000642045 216 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
USP49Q70CQ1 PXYLP1-203ENST00000502783 2066 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
USP49Q70CQ1 BCL11B-203ENST00000443726 2599 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
USP49Q70CQ1 EML2-201ENST00000245925 2264 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
USP49Q70CQ1 MBNL3-202ENST00000370844 1643 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
USP49Q70CQ1 GSR-204ENST00000537535 1323 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
USP49Q70CQ1 HSF2BP-201ENST00000291560 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
USP49Q70CQ1 SDSL-201ENST00000345635 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
USP49Q70CQ1 FEM1AP4-201ENST00000443167 1987 ntBASIC24.04■■□□□ 1.44
USP49Q70CQ1 LSM14A-202ENST00000540746 2152 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
USP49Q70CQ1 NINJ1-201ENST00000375446 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
USP49Q70CQ1 C16orf86-201ENST00000403458 1267 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
USP49Q70CQ1 ZFAS1-206ENST00000450535 1075 ntTSL 3 BASIC24.04■■□□□ 1.44
USP49Q70CQ1 MGAT4D-208ENST00000515354 1806 ntTSL 3 BASIC24.04■■□□□ 1.44
USP49Q70CQ1 EFHD1-201ENST00000264059 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
USP49Q70CQ1 TMEM259-202ENST00000356663 2748 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
USP49Q70CQ1 CIZ1-203ENST00000357558 2907 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
USP49Q70CQ1 ZFAND2B-202ENST00000409097 1765 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
USP49Q70CQ1 UBE2J2-201ENST00000347370 2387 ntTSL 3 BASIC24.03■■□□□ 1.44
USP49Q70CQ1 SETD6-202ENST00000310682 2042 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
USP49Q70CQ1 GRTP1-202ENST00000375430 1834 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
USP49Q70CQ1 SLC35A3-210ENST00000638371 2298 ntTSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
USP49Q70CQ1 SPRTN-201ENST00000008440 1667 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
USP49Q70CQ1 MIR572-201ENST00000384983 95 ntBASIC24.03■■□□□ 1.44
USP49Q70CQ1 ORMDL1-202ENST00000392349 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
USP49Q70CQ1 MED14OS-201ENST00000456333 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
USP49Q70CQ1 STOX2-205ENST00000513034 807 ntTSL 3 BASIC24.03■■□□□ 1.44
USP49Q70CQ1 OSR1-201ENST00000272223 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
USP49Q70CQ1 UPF3A-202ENST00000375299 2387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
USP49Q70CQ1 C10orf55-202ENST00000412307 2360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
USP49Q70CQ1 HABP4-201ENST00000375249 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
USP49Q70CQ1 UQCR11-203ENST00000591899 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
USP49Q70CQ1 SLC25A27-202ENST00000411689 2526 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
USP49Q70CQ1 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
USP49Q70CQ1 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
USP49Q70CQ1 PHF7-201ENST00000327906 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
USP49Q70CQ1 PALM-208ENST00000592155 2272 ntTSL 4 BASIC24.02■■□□□ 1.44
USP49Q70CQ1 STX10-202ENST00000343587 1128 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
USP49Q70CQ1 AC008443.4-201ENST00000503314 456 ntTSL 4 BASIC24.02■■□□□ 1.44
USP49Q70CQ1 C12orf43-208ENST00000539736 1033 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
USP49Q70CQ1 TRAPPC6A-205ENST00000592647 514 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
USP49Q70CQ1 AC005837.3-201ENST00000612163 286 ntBASIC24.02■■□□□ 1.44
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