Protein–RNA interactions for Protein: P53420

COL4A4, Collagen alpha-4(IV) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,690 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A4P53420 OXCT2P1-201ENST00000447263 1535 ntBASIC23.05■■□□□ 1.28
COL4A4P53420 SEC61A2-206ENST00000379051 707 ntTSL 3 BASIC23.05■■□□□ 1.28
COL4A4P53420 BET1L-204ENST00000410108 637 ntTSL 3 BASIC23.05■■□□□ 1.28
COL4A4P53420 AC007405.3-201ENST00000429172 561 ntTSL 3 BASIC23.05■■□□□ 1.28
COL4A4P53420 AC007322.4-201ENST00000509611 723 ntBASIC23.05■■□□□ 1.28
COL4A4P53420 PURG-202ENST00000475541 2875 ntAPPRIS P1 BASIC23.05■■□□□ 1.28
COL4A4P53420 AC233992.2-201ENST00000531225 1596 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
COL4A4P53420 COG8-201ENST00000562081 1731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
COL4A4P53420 TMEM44-211ENST00000473092 1508 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
COL4A4P53420 PPP1R12B-202ENST00000356764 1687 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
COL4A4P53420 TGIF1-206ENST00000405385 1689 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
COL4A4P53420 P2RX2-201ENST00000343948 1494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
COL4A4P53420 SLC35A2-202ENST00000376512 903 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
COL4A4P53420 AC100835.1-201ENST00000565737 498 ntTSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
COL4A4P53420 VGLL2-201ENST00000326274 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
COL4A4P53420 GRK4-206ENST00000504933 1971 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
COL4A4P53420 DHRS4-202ENST00000397074 785 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
COL4A4P53420 EMC6-202ENST00000397133 762 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
COL4A4P53420 BMP1-204ENST00000397814 836 ntTSL 4 BASIC23.03■■□□□ 1.28
COL4A4P53420 MIPEPP3-201ENST00000412105 444 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
COL4A4P53420 AC007285.1-201ENST00000422239 893 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
COL4A4P53420 ELOVL2-AS1-201ENST00000456190 737 ntTSL 3 BASIC23.03■■□□□ 1.28
COL4A4P53420 Z92544.1-201ENST00000567091 730 ntTSL 3 BASIC23.03■■□□□ 1.28
COL4A4P53420 PFKFB3-201ENST00000317350 1999 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
COL4A4P53420 SH3YL1-201ENST00000356150 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
COL4A4P53420 MSRB1-201ENST00000361871 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
COL4A4P53420 AK2-201ENST00000354858 1021 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
COL4A4P53420 GAS7-202ENST00000396115 929 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
COL4A4P53420 EP300-AS1-201ENST00000420537 457 ntTSL 3 BASIC23.03■■□□□ 1.28
COL4A4P53420 FAM131A-208ENST00000453072 1038 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
COL4A4P53420 RARRES1-204ENST00000479756 839 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
COL4A4P53420 CRIP2-202ENST00000483017 1176 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
COL4A4P53420 AC027451.1-201ENST00000530667 553 ntTSL 4 BASIC23.03■■□□□ 1.28
COL4A4P53420 AC092118.2-201ENST00000613495 667 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
COL4A4P53420 MYO19-221ENST00000620640 1186 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
COL4A4P53420 MYC-209ENST00000641252 345 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
COL4A4P53420 FBXW4-201ENST00000331272 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
COL4A4P53420 ZSCAN18-212ENST00000600404 1934 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
COL4A4P53420 CKLF-201ENST00000264001 669 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
COL4A4P53420 LINC01816-201ENST00000414141 662 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
COL4A4P53420 AL596275.1-201ENST00000423464 877 ntBASIC23.02■■□□□ 1.28
COL4A4P53420 ANP32AP1-202ENST00000560832 1074 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
COL4A4P53420 F2RL3-202ENST00000599210 613 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
COL4A4P53420 C17orf50-201ENST00000603305 569 ntTSL 3 BASIC23.02■■□□□ 1.28
COL4A4P53420 C17orf50-203ENST00000605587 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
COL4A4P53420 LACTBL1-201ENST00000426928 1641 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
COL4A4P53420 HMGA2-203ENST00000393578 1993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
COL4A4P53420 HRASLS5-201ENST00000301790 1166 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
COL4A4P53420 AC007040.1-201ENST00000416229 477 ntTSL 3 BASIC23.01■■□□□ 1.27
COL4A4P53420 TMEM240-202ENST00000425828 717 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
COL4A4P53420 AC093787.1-201ENST00000450396 207 ntBASIC23.01■■□□□ 1.27
COL4A4P53420 CCDC7-201ENST00000277657 1899 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
COL4A4P53420 AK4-208ENST00000546702 1335 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
COL4A4P53420 CNTD2-202ENST00000430325 1817 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
COL4A4P53420 FPGS-204ENST00000393706 2230 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
COL4A4P53420 AMZ2-202ENST00000359904 2402 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
COL4A4P53420 TRA2B-203ENST00000382191 976 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
COL4A4P53420 SYT6-209ENST00000610222 1707 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
COL4A4P53420 AL158047.1-201ENST00000445918 881 ntBASIC23■■□□□ 1.27
COL4A4P53420 RHEB-204ENST00000472642 900 ntTSL 3 BASIC23■■□□□ 1.27
COL4A4P53420 DECR2-201ENST00000219481 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
COL4A4P53420 PRELID2-201ENST00000334744 2140 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
COL4A4P53420 KCNQ4-204ENST00000509682 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
COL4A4P53420 PTGER2-202ENST00000557436 643 ntTSL 3 BASIC22.99■■□□□ 1.27
COL4A4P53420 AC142381.4-202ENST00000563973 229 ntBASIC22.99■■□□□ 1.27
COL4A4P53420 PRMT1-221ENST00000610806 1192 ntTSL 3 BASIC22.99■■□□□ 1.27
COL4A4P53420 AL772284.2-201ENST00000620151 1147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
COL4A4P53420 MRPL37-206ENST00000605337 1582 ntTSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
COL4A4P53420 KLHL36-201ENST00000258157 1974 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
COL4A4P53420 CD151-213ENST00000528011 1369 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
COL4A4P53420 AC055733.4-201ENST00000638462 1354 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
COL4A4P53420 PANK2-201ENST00000316562 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
COL4A4P53420 CLDN5-203ENST00000413119 1760 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
COL4A4P53420 C4orf48-201ENST00000409248 433 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
COL4A4P53420 AL391244.2-201ENST00000428932 543 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
COL4A4P53420 FAM71E1-204ENST00000600100 1281 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
COL4A4P53420 C18orf65-201ENST00000622985 2076 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
COL4A4P53420 HSF1-201ENST00000400780 2105 ntTSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
COL4A4P53420 DDN-AS1-202ENST00000547866 2114 ntTSL 3 BASIC22.98■■□□□ 1.27
COL4A4P53420 SLC41A3-201ENST00000315891 1797 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
COL4A4P53420 INS-203ENST00000397262 639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
COL4A4P53420 AKAIN1-201ENST00000434239 575 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
COL4A4P53420 AC096537.1-201ENST00000437416 684 ntTSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
COL4A4P53420 UNC93B4-201ENST00000505679 747 ntBASIC22.97■■□□□ 1.27
COL4A4P53420 DHRS4L2-204ENST00000537912 918 ntTSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
COL4A4P53420 CLN6-207ENST00000566347 981 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
COL4A4P53420 AVPI1-201ENST00000370626 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
COL4A4P53420 IL15RA-204ENST00000379977 1626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
COL4A4P53420 ELOA3B-201ENST00000611323 1641 ntAPPRIS P1 BASIC22.97■■□□□ 1.27
COL4A4P53420 ELOA3D-201ENST00000620881 1641 ntAPPRIS P1 BASIC22.97■■□□□ 1.27
COL4A4P53420 FNTA-208ENST00000529687 1950 ntTSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
COL4A4P53420 CEBPD-201ENST00000408965 2178 ntAPPRIS P1 BASIC22.97■■□□□ 1.27
COL4A4P53420 PSPN-201ENST00000245810 471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
COL4A4P53420 ZNF580-201ENST00000325333 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
COL4A4P53420 HOXD12-201ENST00000404162 841 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
COL4A4P53420 BX276092.2-201ENST00000417668 665 ntBASIC22.97■■□□□ 1.27
COL4A4P53420 NDUFB2-203ENST00000461457 559 ntTSL 3 BASIC22.97■■□□□ 1.27
COL4A4P53420 CASP6-205ENST00000505486 538 ntTSL 4 BASIC22.97■■□□□ 1.27
COL4A4P53420 FAM213B-215ENST00000537325 1096 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
COL4A4P53420 ZNF580-203ENST00000545125 1025 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.97■■□□□ 1.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.8 ms