Protein–RNA interactions for Protein: Q9QXK7

Cpsf3, Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3, mousemouse

Predictions only

Length 684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Cpsf3Q9QXK7 Psen2-202ENSMUST00000111104 1475 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
Cpsf3Q9QXK7 Gas2l1-203ENSMUST00000109895 2530 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
Cpsf3Q9QXK7 Gm15751-201ENSMUST00000134552 1862 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
Cpsf3Q9QXK7 Nhlh1-201ENSMUST00000059794 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
Cpsf3Q9QXK7 Shox2-201ENSMUST00000029422 3079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
Cpsf3Q9QXK7 Cd37-209ENSMUST00000211373 1428 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
Cpsf3Q9QXK7 Pthlh-201ENSMUST00000052296 1603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
Cpsf3Q9QXK7 Gfi1-203ENSMUST00000159164 2648 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
Cpsf3Q9QXK7 Cnbp-208ENSMUST00000204653 2175 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
Cpsf3Q9QXK7 Cnbp-201ENSMUST00000032138 2178 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
Cpsf3Q9QXK7 Meis3-205ENSMUST00000176506 1839 ntTSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
Cpsf3Q9QXK7 Slc35d3-201ENSMUST00000059805 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
Cpsf3Q9QXK7 Ntmt1-201ENSMUST00000041830 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
Cpsf3Q9QXK7 Mapre3-202ENSMUST00000200692 1816 ntTSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
Cpsf3Q9QXK7 Zmiz2-201ENSMUST00000012612 4199 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
Cpsf3Q9QXK7 Cbfb-202ENSMUST00000109392 2891 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
Cpsf3Q9QXK7 Foxi3-202ENSMUST00000163089 1278 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
Cpsf3Q9QXK7 Rell2-204ENSMUST00000163591 1057 ntTSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
Cpsf3Q9QXK7 Gm26971-201ENSMUST00000182423 1072 ntBASIC20.32■□□□□ 0.84
Cpsf3Q9QXK7 Gm44238-201ENSMUST00000203300 353 ntTSL 3 BASIC20.32■□□□□ 0.84
Cpsf3Q9QXK7 Lbx2-201ENSMUST00000041265 817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
Cpsf3Q9QXK7 Foxi3-201ENSMUST00000069634 1206 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
Cpsf3Q9QXK7 Pank2-204ENSMUST00000150843 4266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
Cpsf3Q9QXK7 Rchy1-204ENSMUST00000169948 1417 ntTSL 3 BASIC20.32■□□□□ 0.84
Cpsf3Q9QXK7 Ldb1-201ENSMUST00000026252 1718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
Cpsf3Q9QXK7 Cnn3-201ENSMUST00000029773 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
Cpsf3Q9QXK7 Fam53a-202ENSMUST00000065119 2009 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
Cpsf3Q9QXK7 Lhx2-203ENSMUST00000143783 1696 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
Cpsf3Q9QXK7 Wnt16-201ENSMUST00000031681 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
Cpsf3Q9QXK7 Pafah1b1-201ENSMUST00000021091 5803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
Cpsf3Q9QXK7 E4f1-205ENSMUST00000226941 2642 ntAPPRIS ALT2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
Cpsf3Q9QXK7 Mtg1-201ENSMUST00000036977 1595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
Cpsf3Q9QXK7 Gm30003-201ENSMUST00000200700 1433 ntTSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
Cpsf3Q9QXK7 Acot7-201ENSMUST00000030779 1425 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
Cpsf3Q9QXK7 Tmem203-201ENSMUST00000104998 854 ntAPPRIS P1 BASIC20.31■□□□□ 0.84
Cpsf3Q9QXK7 Gm42555-201ENSMUST00000199304 1039 ntBASIC20.31■□□□□ 0.84
Cpsf3Q9QXK7 Mcrip2-201ENSMUST00000026828 816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
Cpsf3Q9QXK7 Vax2-201ENSMUST00000037807 1242 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
Cpsf3Q9QXK7 Vrk1-202ENSMUST00000072040 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
Cpsf3Q9QXK7 Slc39a5-201ENSMUST00000042666 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
Cpsf3Q9QXK7 Eif2b4-212ENSMUST00000202758 1767 ntTSL 5 BASIC20.31■□□□□ 0.84
Cpsf3Q9QXK7 Stx4a-201ENSMUST00000033075 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
Cpsf3Q9QXK7 Dnaja4-201ENSMUST00000070070 3003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
Cpsf3Q9QXK7 Pias2-202ENSMUST00000114777 4968 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
Cpsf3Q9QXK7 Mgarp-202ENSMUST00000108046 1409 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
Cpsf3Q9QXK7 Rab7-202ENSMUST00000113596 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
Cpsf3Q9QXK7 Cachd1-201ENSMUST00000030257 5765 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
Cpsf3Q9QXK7 Nt5c-201ENSMUST00000021082 858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
Cpsf3Q9QXK7 Nudt14-201ENSMUST00000002881 734 ntTSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
Cpsf3Q9QXK7 Tceanc2-201ENSMUST00000030362 935 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.3■□□□□ 0.84
Cpsf3Q9QXK7 1700065D16Rik-204ENSMUST00000189348 1540 ntTSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
Cpsf3Q9QXK7 Arhgap44-202ENSMUST00000093001 2256 ntTSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
Cpsf3Q9QXK7 Lefty1-201ENSMUST00000037361 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
Cpsf3Q9QXK7 Chtf8-201ENSMUST00000169312 2730 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
Cpsf3Q9QXK7 Anks3-201ENSMUST00000023157 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
Cpsf3Q9QXK7 Sptssa-201ENSMUST00000056228 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
Cpsf3Q9QXK7 AC131586.2-201ENSMUST00000228370 1512 ntBASIC20.29■□□□□ 0.84
Cpsf3Q9QXK7 Cdo1-201ENSMUST00000035804 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
Cpsf3Q9QXK7 Myd88-201ENSMUST00000035092 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
Cpsf3Q9QXK7 4930467K11Rik-201ENSMUST00000180831 723 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
Cpsf3Q9QXK7 Map1lc3b-203ENSMUST00000181521 775 ntTSL 3 BASIC20.29■□□□□ 0.84
Cpsf3Q9QXK7 Krtcap3-205ENSMUST00000201625 902 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
Cpsf3Q9QXK7 Rpl21-203ENSMUST00000099272 1067 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.29■□□□□ 0.84
Cpsf3Q9QXK7 H2afx-201ENSMUST00000052686 1384 ntAPPRIS P1 BASIC20.29■□□□□ 0.84
Cpsf3Q9QXK7 Ift57-201ENSMUST00000046777 2601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
Cpsf3Q9QXK7 AC126028.2-201ENSMUST00000228100 1833 ntBASIC20.29■□□□□ 0.84
Cpsf3Q9QXK7 Sort1-203ENSMUST00000135636 6836 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
Cpsf3Q9QXK7 Mgat1-213ENSMUST00000167400 3151 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
Cpsf3Q9QXK7 Cpne7-201ENSMUST00000037900 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
Cpsf3Q9QXK7 Hoxc6-201ENSMUST00000001711 1581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
Cpsf3Q9QXK7 1700028E10Rik-201ENSMUST00000181114 2034 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
Cpsf3Q9QXK7 Baiap2l2-201ENSMUST00000165408 2100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
Cpsf3Q9QXK7 Ak2-202ENSMUST00000102604 1781 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
Cpsf3Q9QXK7 Wdr37-203ENSMUST00000164183 1780 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
Cpsf3Q9QXK7 Eid2b-201ENSMUST00000094651 1751 ntAPPRIS P1 BASIC20.29■□□□□ 0.84
Cpsf3Q9QXK7 C1qtnf12-201ENSMUST00000024338 1315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
Cpsf3Q9QXK7 Akr1a1-201ENSMUST00000030455 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
Cpsf3Q9QXK7 Nt5c3b-204ENSMUST00000107398 1635 ntTSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
Cpsf3Q9QXK7 Qrich1-206ENSMUST00000193258 2291 ntTSL 2 BASIC20.28■□□□□ 0.84
Cpsf3Q9QXK7 Capzb-203ENSMUST00000102507 1702 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
Cpsf3Q9QXK7 Smarcd3-208ENSMUST00000195943 1712 ntTSL 5 BASIC20.28■□□□□ 0.84
Cpsf3Q9QXK7 Smarcd3-201ENSMUST00000030791 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
Cpsf3Q9QXK7 Notumos-201ENSMUST00000151998 2659 ntBASIC20.28■□□□□ 0.84
Cpsf3Q9QXK7 Hsp25-ps1-201ENSMUST00000109187 630 ntBASIC20.28■□□□□ 0.84
Cpsf3Q9QXK7 Ctf1-201ENSMUST00000047393 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
Cpsf3Q9QXK7 Sbspon-201ENSMUST00000040695 2748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
Cpsf3Q9QXK7 Zfp777-202ENSMUST00000114583 3111 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.28■□□□□ 0.84
Cpsf3Q9QXK7 Ppm1m-203ENSMUST00000140761 1846 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
Cpsf3Q9QXK7 Gatad1-201ENSMUST00000007559 2545 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
Cpsf3Q9QXK7 Dcbld1-201ENSMUST00000069004 3024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
Cpsf3Q9QXK7 Wdr41-202ENSMUST00000159647 2289 ntTSL 5 BASIC20.27■□□□□ 0.84
Cpsf3Q9QXK7 Wdr41-206ENSMUST00000167155 2289 ntTSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
Cpsf3Q9QXK7 Gnpda1-201ENSMUST00000063814 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
Cpsf3Q9QXK7 Kirrel-201ENSMUST00000041732 2160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
Cpsf3Q9QXK7 Rpusd3-202ENSMUST00000113092 1269 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
Cpsf3Q9QXK7 Gm12933-201ENSMUST00000120203 872 ntBASIC20.27■□□□□ 0.84
Cpsf3Q9QXK7 Atraid-201ENSMUST00000013766 966 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
Cpsf3Q9QXK7 Gm30085-201ENSMUST00000209694 594 ntTSL 3 BASIC20.27■□□□□ 0.84
Cpsf3Q9QXK7 Pts-208ENSMUST00000215416 439 ntTSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.84
Cpsf3Q9QXK7 Gucd1-211ENSMUST00000219774 806 ntTSL 3 BASIC20.27■□□□□ 0.84
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 11.2 ms