Protein–RNA interactions for Protein: Q86UA1

PRPF39, Pre-mRNA-processing factor 39, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 669 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PRPF39Q86UA1 FAM120B-204ENST00000625626 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
PRPF39Q86UA1 TBC1D22A-206ENST00000407381 1949 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
PRPF39Q86UA1 PLEKHF1-204ENST00000592810 1357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
PRPF39Q86UA1 PLPP7-202ENST00000372264 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
PRPF39Q86UA1 CT47B1-201ENST00000371311 1328 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
PRPF39Q86UA1 MXRA8-203ENST00000445648 2001 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
PRPF39Q86UA1 GFRA3-202ENST00000378362 1837 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
PRPF39Q86UA1 RBPJL-202ENST00000372741 1636 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
PRPF39Q86UA1 MRPL14-201ENST00000372014 959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
PRPF39Q86UA1 GDNF-203ENST00000381826 778 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
PRPF39Q86UA1 GDNF-204ENST00000427982 856 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
PRPF39Q86UA1 STOML2-202ENST00000452248 1296 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
PRPF39Q86UA1 AP005435.1-201ENST00000529293 1178 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
PRPF39Q86UA1 AL354811.1-201ENST00000610286 706 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
PRPF39Q86UA1 STOML2-205ENST00000619795 1293 ntTSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
PRPF39Q86UA1 MAGIX-207ENST00000615915 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
PRPF39Q86UA1 ADORA2A-AS1-203ENST00000427813 2027 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
PRPF39Q86UA1 AKT2-210ENST00000424901 5170 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
PRPF39Q86UA1 ASAP2-201ENST00000281419 5712 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
PRPF39Q86UA1 RHBDL3-204ENST00000538145 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
PRPF39Q86UA1 AC009506.1-201ENST00000418474 1494 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
PRPF39Q86UA1 DECR2-201ENST00000219481 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
PRPF39Q86UA1 SLC22A31-201ENST00000562855 1909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
PRPF39Q86UA1 SYNGR2-201ENST00000225777 2325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
PRPF39Q86UA1 POLR3GL-201ENST00000369313 818 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
PRPF39Q86UA1 RTCA-202ENST00000370126 538 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
PRPF39Q86UA1 LINC01678-201ENST00000411694 863 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
PRPF39Q86UA1 CKLF-205ENST00000417030 628 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC22.1■■□□□ 1.13
PRPF39Q86UA1 NEBL-AS1-202ENST00000439097 661 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
PRPF39Q86UA1 AC012414.1-201ENST00000556676 535 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
PRPF39Q86UA1 MSL1-204ENST00000578648 2267 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
PRPF39Q86UA1 NOXO1-201ENST00000354249 1618 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
PRPF39Q86UA1 POMZP3-202ENST00000310842 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
PRPF39Q86UA1 CDIPT-210ENST00000570016 1346 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
PRPF39Q86UA1 SAP30L-201ENST00000297109 6226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
PRPF39Q86UA1 AC027612.3-201ENST00000413684 1047 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
PRPF39Q86UA1 FIZ1-205ENST00000592585 489 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
PRPF39Q86UA1 AC068587.7-201ENST00000641602 218 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
PRPF39Q86UA1 AC138028.2-201ENST00000440406 1539 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
PRPF39Q86UA1 TRAF4-205ENST00000444415 1456 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
PRPF39Q86UA1 PEX11G-203ENST00000593942 1345 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
PRPF39Q86UA1 FMNL2-201ENST00000288670 5575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
PRPF39Q86UA1 GTPBP6-201ENST00000326153 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
PRPF39Q86UA1 HMGA2-205ENST00000425208 1444 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
PRPF39Q86UA1 CPNE2-201ENST00000290776 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
PRPF39Q86UA1 RUFY1-201ENST00000319449 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
PRPF39Q86UA1 NINJ1-201ENST00000375446 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
PRPF39Q86UA1 ASPDH-202ENST00000389208 1040 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
PRPF39Q86UA1 BHLHA9-201ENST00000391429 902 ntAPPRIS P1 BASIC22.08■■□□□ 1.13
PRPF39Q86UA1 LINC01942-201ENST00000521373 513 ntTSL 4 BASIC22.08■■□□□ 1.13
PRPF39Q86UA1 FRMD8-208ENST00000531296 366 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
PRPF39Q86UA1 TUNAR-203ENST00000554321 767 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.08■■□□□ 1.13
PRPF39Q86UA1 LRRC37A17P-202ENST00000570478 572 ntTSL 4 BASIC22.08■■□□□ 1.13
PRPF39Q86UA1 ATP8A1-207ENST00000510289 2238 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
PRPF39Q86UA1 ILDR2-204ENST00000525740 2242 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
PRPF39Q86UA1 CERS1-205ENST00000623927 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
PRPF39Q86UA1 GNA11-201ENST00000078429 4147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
PRPF39Q86UA1 AC080112.2-201ENST00000578774 2094 ntTSL 4 BASIC22.08■■□□□ 1.12
PRPF39Q86UA1 KIF12-202ENST00000468460 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.12
PRPF39Q86UA1 LGR4-201ENST00000379214 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
PRPF39Q86UA1 ANKLE2-201ENST00000357997 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
PRPF39Q86UA1 STIM2-204ENST00000467087 5154 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
PRPF39Q86UA1 RUNDC3B-207ENST00000493037 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
PRPF39Q86UA1 LTK-201ENST00000263800 3046 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
PRPF39Q86UA1 SSUH2-217ENST00000544814 1636 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
PRPF39Q86UA1 LGALS9C-201ENST00000328114 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
PRPF39Q86UA1 AC123595.1-201ENST00000440769 1046 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
PRPF39Q86UA1 H1FX-AS1-204ENST00000511998 917 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
PRPF39Q86UA1 GALNS-211ENST00000568311 703 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
PRPF39Q86UA1 NKX3-2-201ENST00000382438 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
PRPF39Q86UA1 PKD1P6-201ENST00000343738 4769 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
PRPF39Q86UA1 EXOG-203ENST00000422077 1317 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
PRPF39Q86UA1 MAGI2-202ENST00000419488 6800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
PRPF39Q86UA1 MESP1-201ENST00000300057 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
PRPF39Q86UA1 LOXL1-AS1-210ENST00000567257 2358 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
PRPF39Q86UA1 AL024507.2-201ENST00000606070 2574 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
PRPF39Q86UA1 ANKRD44-204ENST00000409919 1622 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
PRPF39Q86UA1 GOLGA6L9-202ENST00000618348 1710 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
PRPF39Q86UA1 GRK3-203ENST00000619906 2873 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
PRPF39Q86UA1 GSX2-201ENST00000326902 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
PRPF39Q86UA1 PTGER3-204ENST00000356595 1943 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
PRPF39Q86UA1 PTGER3-207ENST00000370931 1914 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
PRPF39Q86UA1 GPR6-202ENST00000414000 1945 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
PRPF39Q86UA1 CARM1-201ENST00000327064 3330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
PRPF39Q86UA1 LHPP-203ENST00000392757 840 ntTSL 3 BASIC22.06■■□□□ 1.12
PRPF39Q86UA1 SPOCK2-203ENST00000412663 1284 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
PRPF39Q86UA1 JARID2-AS1-201ENST00000441978 455 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
PRPF39Q86UA1 RAB43-208ENST00000615093 783 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
PRPF39Q86UA1 MAIP1-201ENST00000295079 1495 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
PRPF39Q86UA1 KPTN-201ENST00000338134 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
PRPF39Q86UA1 ICAM5-201ENST00000221980 3000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
PRPF39Q86UA1 AC010542.4-201ENST00000563151 1910 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
PRPF39Q86UA1 BARX2-201ENST00000281437 1813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
PRPF39Q86UA1 CCSAP-201ENST00000284617 5121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
PRPF39Q86UA1 LY6K-201ENST00000292430 2671 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
PRPF39Q86UA1 CHST7-201ENST00000276055 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
PRPF39Q86UA1 LRRC45-201ENST00000306688 2701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
PRPF39Q86UA1 CRB3-202ENST00000356762 733 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
PRPF39Q86UA1 PYY-201ENST00000360085 1053 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
PRPF39Q86UA1 MFSD14C-201ENST00000375223 619 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.3 ms