Protein–RNA interactions for Protein: Q3ULL6

Upf3b, UPF3 regulator of nonsense transcripts homolog B (yeast), mousemouse

Predictions only

Length 472 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Upf3bQ3ULL6 Gnpda1-201ENSMUST00000063814 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
Upf3bQ3ULL6 Nr2f1-201ENSMUST00000091458 3207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
Upf3bQ3ULL6 Fgfr3-202ENSMUST00000087820 2630 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
Upf3bQ3ULL6 Hnrnpl-211ENSMUST00000174548 2679 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
Upf3bQ3ULL6 Myd88-201ENSMUST00000035092 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
Upf3bQ3ULL6 Slc35f4-202ENSMUST00000123534 2748 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
Upf3bQ3ULL6 Dlx6-203ENSMUST00000171311 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
Upf3bQ3ULL6 Cck-203ENSMUST00000215228 783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
Upf3bQ3ULL6 Cpne7-201ENSMUST00000037900 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
Upf3bQ3ULL6 Gas2l1-203ENSMUST00000109895 2530 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
Upf3bQ3ULL6 Gpc3-202ENSMUST00000114857 1880 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
Upf3bQ3ULL6 AI115009-201ENSMUST00000181093 1853 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
Upf3bQ3ULL6 Cachd1-201ENSMUST00000030257 5765 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
Upf3bQ3ULL6 9430060I03Rik-201ENSMUST00000191563 1689 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
Upf3bQ3ULL6 Coq9-201ENSMUST00000034234 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
Upf3bQ3ULL6 Nudt14-202ENSMUST00000221397 1241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
Upf3bQ3ULL6 Lbx2-201ENSMUST00000041265 817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
Upf3bQ3ULL6 Vrk1-202ENSMUST00000072040 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
Upf3bQ3ULL6 Gabbr1-201ENSMUST00000025338 5248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
Upf3bQ3ULL6 Pianp-201ENSMUST00000032479 2250 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
Upf3bQ3ULL6 Krt87-201ENSMUST00000081945 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
Upf3bQ3ULL6 Gfra4-205ENSMUST00000110239 810 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
Upf3bQ3ULL6 2510002D24Rik-202ENSMUST00000123146 361 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
Upf3bQ3ULL6 Mpc1-208ENSMUST00000155364 958 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
Upf3bQ3ULL6 Gfra4-201ENSMUST00000028787 909 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
Upf3bQ3ULL6 Tmtc1-202ENSMUST00000100772 8269 ntTSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
Upf3bQ3ULL6 Bend3-202ENSMUST00000167488 6337 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
Upf3bQ3ULL6 Snx5-202ENSMUST00000110030 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
Upf3bQ3ULL6 Neurog1-201ENSMUST00000058475 1686 ntAPPRIS P1 BASIC20.16■□□□□ 0.82
Upf3bQ3ULL6 Golga7-201ENSMUST00000051094 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
Upf3bQ3ULL6 Lgmn-202ENSMUST00000110020 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
Upf3bQ3ULL6 1700028E10Rik-201ENSMUST00000181114 2034 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
Upf3bQ3ULL6 Cd83-201ENSMUST00000015540 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
Upf3bQ3ULL6 Gpx4-202ENSMUST00000105372 959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
Upf3bQ3ULL6 Polr2j-202ENSMUST00000111127 900 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
Upf3bQ3ULL6 Gm45121-201ENSMUST00000205396 1153 ntTSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
Upf3bQ3ULL6 Cd37-209ENSMUST00000211373 1428 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
Upf3bQ3ULL6 Fam53a-202ENSMUST00000065119 2009 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
Upf3bQ3ULL6 Wnt10b-203ENSMUST00000226610 2217 ntAPPRIS P1 BASIC20.15■□□□□ 0.82
Upf3bQ3ULL6 H19-202ENSMUST00000136359 2286 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
Upf3bQ3ULL6 Cpne2-201ENSMUST00000048653 2342 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
Upf3bQ3ULL6 Cdk11b-202ENSMUST00000105598 2673 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.82
Upf3bQ3ULL6 Cnn3-201ENSMUST00000029773 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
Upf3bQ3ULL6 Rnf146-203ENSMUST00000160372 1948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
Upf3bQ3ULL6 Rad1-201ENSMUST00000022856 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
Upf3bQ3ULL6 Unc50-201ENSMUST00000027285 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
Upf3bQ3ULL6 Kcnd3os-201ENSMUST00000130683 1091 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
Upf3bQ3ULL6 Prcd-205ENSMUST00000178875 1227 ntTSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
Upf3bQ3ULL6 Fam228b-205ENSMUST00000218575 1281 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
Upf3bQ3ULL6 1700081N11Rik-202ENSMUST00000221447 569 ntTSL 3 BASIC20.14■□□□□ 0.81
Upf3bQ3ULL6 Dtnbp1-208ENSMUST00000222805 1231 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
Upf3bQ3ULL6 Faim-201ENSMUST00000035038 1019 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
Upf3bQ3ULL6 Cdkn2a-201ENSMUST00000060501 852 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
Upf3bQ3ULL6 Cd37-204ENSMUST00000209779 2541 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
Upf3bQ3ULL6 Donson-202ENSMUST00000114031 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
Upf3bQ3ULL6 Matn4-203ENSMUST00000109358 2056 ntTSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
Upf3bQ3ULL6 AC126028.2-201ENSMUST00000228100 1833 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
Upf3bQ3ULL6 Mtg1-201ENSMUST00000036977 1595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
Upf3bQ3ULL6 Smc6-201ENSMUST00000020931 5603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
Upf3bQ3ULL6 Anapc5-205ENSMUST00000197074 2413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
Upf3bQ3ULL6 Anapc5-212ENSMUST00000199406 2413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
Upf3bQ3ULL6 Carm1-202ENSMUST00000115394 3320 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
Upf3bQ3ULL6 Arl4d-201ENSMUST00000039388 1382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
Upf3bQ3ULL6 Ccdc50-201ENSMUST00000039443 2192 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
Upf3bQ3ULL6 Gm26571-201ENSMUST00000181399 666 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
Upf3bQ3ULL6 AV356131-201ENSMUST00000206201 750 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
Upf3bQ3ULL6 Wnk2-204ENSMUST00000110096 6534 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
Upf3bQ3ULL6 Gm18688-201ENSMUST00000204695 1859 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
Upf3bQ3ULL6 Twist2-202ENSMUST00000186075 2525 ntAPPRIS P1 BASIC20.13■□□□□ 0.81
Upf3bQ3ULL6 Wdr37-203ENSMUST00000164183 1780 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
Upf3bQ3ULL6 Cdk5r2-201ENSMUST00000160379 2799 ntAPPRIS P1 BASIC20.12■□□□□ 0.81
Upf3bQ3ULL6 Pde1b-201ENSMUST00000023132 3218 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
Upf3bQ3ULL6 Patz1-203ENSMUST00000094471 2930 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
Upf3bQ3ULL6 Gm29442-201ENSMUST00000188725 724 ntTSL 3 BASIC20.12■□□□□ 0.81
Upf3bQ3ULL6 Fabp3-201ENSMUST00000070532 823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
Upf3bQ3ULL6 Ralgps2-205ENSMUST00000185198 2229 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
Upf3bQ3ULL6 Lamp1-201ENSMUST00000033824 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
Upf3bQ3ULL6 Coq10b-201ENSMUST00000027125 1733 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
Upf3bQ3ULL6 Arpc5-202ENSMUST00000097536 1737 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
Upf3bQ3ULL6 Rbm15b-201ENSMUST00000055843 6511 ntAPPRIS P1 BASIC20.12■□□□□ 0.81
Upf3bQ3ULL6 Khdc3-201ENSMUST00000034737 1681 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
Upf3bQ3ULL6 Rab1a-203ENSMUST00000109602 2626 ntTSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
Upf3bQ3ULL6 Psmd3-201ENSMUST00000017365 2148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
Upf3bQ3ULL6 Htr7-201ENSMUST00000099505 1606 ntTSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
Upf3bQ3ULL6 Brpf3-201ENSMUST00000004985 5766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
Upf3bQ3ULL6 Myef2-209ENSMUST00000152367 2071 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
Upf3bQ3ULL6 Diablo-203ENSMUST00000111587 1576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
Upf3bQ3ULL6 Runx1-203ENSMUST00000168195 1985 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
Upf3bQ3ULL6 Scn1b-203ENSMUST00000211945 1501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
Upf3bQ3ULL6 R3hdm4-201ENSMUST00000045628 1898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
Upf3bQ3ULL6 Acot7-201ENSMUST00000030779 1425 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
Upf3bQ3ULL6 H2-Q7-201ENSMUST00000071951 1406 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
Upf3bQ3ULL6 H2-Q7-203ENSMUST00000078205 1419 ntTSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
Upf3bQ3ULL6 Tbc1d25-204ENSMUST00000172020 2441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
Upf3bQ3ULL6 Ccdc84-211ENSMUST00000217270 681 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
Upf3bQ3ULL6 Arv1-201ENSMUST00000034463 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
Upf3bQ3ULL6 Lsm2-201ENSMUST00000007266 873 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
Upf3bQ3ULL6 Xkr4-201ENSMUST00000070533 3634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
Upf3bQ3ULL6 Nhlh1-201ENSMUST00000059794 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
Upf3bQ3ULL6 Oxct2a-201ENSMUST00000102640 1760 ntAPPRIS P1 BASIC20.11■□□□□ 0.81
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 29 ms