Protein–RNA interactions for Protein: Q969F9

HPS3, Hermansky-Pudlak syndrome 3 protein, humanhuman

Predictions only

Length 1,004 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HPS3Q969F9 VGF-202ENST00000445482 2477 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
HPS3Q969F9 RAB24-201ENST00000303251 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
HPS3Q969F9 PPP2R5E-204ENST00000555899 2164 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
HPS3Q969F9 CCDC115-202ENST00000409127 1247 ntTSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
HPS3Q969F9 MPST-208ENST00000628507 698 ntTSL 5 BASIC23.83■■□□□ 1.41
HPS3Q969F9 LAYN-201ENST00000375614 2066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
HPS3Q969F9 RNF166-202ENST00000537718 1525 ntTSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
HPS3Q969F9 UBALD1-201ENST00000283474 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.4
HPS3Q969F9 P2RY2-203ENST00000393597 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.4
HPS3Q969F9 HSPB2-201ENST00000304298 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.4
HPS3Q969F9 UBALD1-208ENST00000591401 1305 ntTSL 5 BASIC23.83■■□□□ 1.4
HPS3Q969F9 SERTAD3-201ENST00000322354 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
HPS3Q969F9 RASA4CP-201ENST00000424092 1398 ntBASIC23.82■■□□□ 1.4
HPS3Q969F9 POTEC-204ENST00000620346 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
HPS3Q969F9 C19orf12-201ENST00000323670 2464 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
HPS3Q969F9 P4HTM-202ENST00000383729 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
HPS3Q969F9 RNF208-201ENST00000391553 1077 ntAPPRIS P1 BASIC23.82■■□□□ 1.4
HPS3Q969F9 SLC26A1-203ENST00000398520 1111 ntTSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
HPS3Q969F9 OTUB1-212ENST00000543988 1259 ntTSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
HPS3Q969F9 DIRAS1-202ENST00000585334 774 ntAPPRIS P1 BASIC23.82■■□□□ 1.4
HPS3Q969F9 MADCAM1-208ENST00000621286 1203 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.82■■□□□ 1.4
HPS3Q969F9 HMBS-201ENST00000278715 1501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
HPS3Q969F9 KCTD13-202ENST00000561540 1773 ntTSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
HPS3Q969F9 BAALC-205ENST00000438105 2662 ntTSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
HPS3Q969F9 LOXL1-AS1-210ENST00000567257 2358 ntTSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
HPS3Q969F9 PHLDB2-210ENST00000478922 1861 ntTSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
HPS3Q969F9 FBXL22-201ENST00000360587 1526 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
HPS3Q969F9 TMEM9B-201ENST00000309134 1659 ntTSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
HPS3Q969F9 AP004607.7-201ENST00000527152 1677 ntBASIC23.81■■□□□ 1.4
HPS3Q969F9 ZDHHC16-205ENST00000370846 1280 ntTSL 3 BASIC23.81■■□□□ 1.4
HPS3Q969F9 GADD45G-202ENST00000375769 977 ntTSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
HPS3Q969F9 AC091305.1-201ENST00000479476 895 ntBASIC23.81■■□□□ 1.4
HPS3Q969F9 AC005837.3-201ENST00000612163 286 ntBASIC23.81■■□□□ 1.4
HPS3Q969F9 ANKRD11-217ENST00000613312 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
HPS3Q969F9 GPR27-201ENST00000304411 2447 ntAPPRIS P1 BASIC23.81■■□□□ 1.4
HPS3Q969F9 CITED2-202ENST00000536159 1797 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.8■■□□□ 1.4
HPS3Q969F9 CITED2-203ENST00000537332 1780 ntTSL 3 BASIC23.8■■□□□ 1.4
HPS3Q969F9 PRPSAP2-201ENST00000268835 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
HPS3Q969F9 PAQR6-202ENST00000335852 2117 ntTSL 2 BASIC23.8■■□□□ 1.4
HPS3Q969F9 SH2B2-202ENST00000536178 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
HPS3Q969F9 CSNK1G2-201ENST00000255641 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
HPS3Q969F9 ARRB2-201ENST00000269260 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
HPS3Q969F9 GRK4-201ENST00000345167 2013 ntTSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
HPS3Q969F9 MIR638-201ENST00000385237 100 ntBASIC23.8■■□□□ 1.4
HPS3Q969F9 FBXW11-203ENST00000393802 2181 ntTSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
HPS3Q969F9 STOX2-205ENST00000513034 807 ntTSL 3 BASIC23.8■■□□□ 1.4
HPS3Q969F9 LINC02136-201ENST00000567469 530 ntTSL 4 BASIC23.8■■□□□ 1.4
HPS3Q969F9 SEC22C-207ENST00000423701 1458 ntTSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
HPS3Q969F9 TPST1-201ENST00000304842 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
HPS3Q969F9 AKR7A2-201ENST00000235835 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
HPS3Q969F9 SDSL-201ENST00000345635 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
HPS3Q969F9 TMEM64-203ENST00000458549 4997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
HPS3Q969F9 FAM83D-202ENST00000619850 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
HPS3Q969F9 FAM66C-208ENST00000541558 2087 ntTSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
HPS3Q969F9 PGRMC2-201ENST00000296425 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
HPS3Q969F9 ASL-203ENST00000380839 1765 ntTSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
HPS3Q969F9 PXK-203ENST00000383715 1756 ntTSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
HPS3Q969F9 HES3-201ENST00000377898 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
HPS3Q969F9 CDC37L1-202ENST00000381858 1244 ntTSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
HPS3Q969F9 PLPP5-201ENST00000419686 794 ntTSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
HPS3Q969F9 FOSL1-201ENST00000312562 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
HPS3Q969F9 C11orf96-201ENST00000339446 1308 ntTSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
HPS3Q969F9 PABPC1L2A-201ENST00000373519 2237 ntAPPRIS P1 BASIC23.79■■□□□ 1.4
HPS3Q969F9 QPCT-201ENST00000338415 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
HPS3Q969F9 GGA2-211ENST00000567468 1713 ntTSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
HPS3Q969F9 RFLNA-201ENST00000324038 2148 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
HPS3Q969F9 FBXL14-201ENST00000339235 2111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
HPS3Q969F9 CTU2-202ENST00000453996 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
HPS3Q969F9 SERPINB5-201ENST00000382771 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
HPS3Q969F9 FNDC11-204ENST00000615526 2954 ntAPPRIS P1 BASIC23.78■■□□□ 1.4
HPS3Q969F9 GJB6-203ENST00000400065 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
HPS3Q969F9 MFSD14C-208ENST00000637864 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
HPS3Q969F9 FBXO25-202ENST00000350302 2229 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
HPS3Q969F9 YIF1B-202ENST00000337679 1257 ntTSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
HPS3Q969F9 AP003419.1-201ENST00000535922 470 ntTSL 3 BASIC23.78■■□□□ 1.4
HPS3Q969F9 FBXO33-202ENST00000554190 534 ntTSL 3 BASIC23.78■■□□□ 1.4
HPS3Q969F9 AC142381.2-201ENST00000566120 298 ntBASIC23.78■■□□□ 1.4
HPS3Q969F9 TMCC2-209ENST00000637895 1455 ntTSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
HPS3Q969F9 SLC22A31-201ENST00000562855 1909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
HPS3Q969F9 ST3GAL4-201ENST00000227495 1790 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
HPS3Q969F9 SPHK1-202ENST00000392496 1779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
HPS3Q969F9 CRHR1-201ENST00000293493 2621 ntTSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
HPS3Q969F9 ZNF419-203ENST00000354197 1569 ntTSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
HPS3Q969F9 AL137060.1-201ENST00000618151 2648 ntBASIC23.78■■□□□ 1.4
HPS3Q969F9 GAS2L1-207ENST00000611648 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
HPS3Q969F9 HAUS4-201ENST00000206474 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
HPS3Q969F9 AC084757.3-201ENST00000558061 1943 ntTSL 3 BASIC23.77■■□□□ 1.4
HPS3Q969F9 LRRC75A-AS1-202ENST00000470491 1057 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
HPS3Q969F9 LINC01574-201ENST00000512115 560 ntTSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
HPS3Q969F9 AICDA-202ENST00000537228 667 ntTSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
HPS3Q969F9 VPS9D1-AS1-202ENST00000562866 1753 ntTSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
HPS3Q969F9 FOXP4-203ENST00000373060 5948 ntTSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
HPS3Q969F9 FOXP4-204ENST00000373063 5910 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
HPS3Q969F9 CENPB-201ENST00000379751 2840 ntAPPRIS P1 BASIC23.77■■□□□ 1.4
HPS3Q969F9 VDAC1-203ENST00000395047 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
HPS3Q969F9 NEU4-204ENST00000405370 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
HPS3Q969F9 PGF-201ENST00000238607 1693 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.76■■□□□ 1.39
HPS3Q969F9 PSIP1-201ENST00000380715 1966 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
HPS3Q969F9 STK11-205ENST00000586243 2777 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
HPS3Q969F9 DACT1-204ENST00000541264 2610 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.9 ms