Protein–RNA interactions for Protein: Q9NY46

SCN3A, Sodium channel protein type 3 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 2,000 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN3AQ9NY46 ZNF444-201ENST00000337080 2042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
SCN3AQ9NY46 MRGBP-201ENST00000370487 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
SCN3AQ9NY46 FOSL1-201ENST00000312562 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
SCN3AQ9NY46 IKBKG-212ENST00000617207 1949 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC20.46■□□□□ 0.87
SCN3AQ9NY46 ZNF584-203ENST00000593920 2187 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
SCN3AQ9NY46 IRX4-207ENST00000613726 2403 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
SCN3AQ9NY46 FRAT1-201ENST00000371021 2649 ntAPPRIS P1 BASIC20.45■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 BEST2-204ENST00000553030 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 GPR35-204ENST00000430267 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 KCTD13-202ENST00000561540 1773 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 MIR222HG-202ENST00000602507 1758 ntTSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 PIP5KL1-202ENST00000388747 2198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 CCDC160-201ENST00000370809 1299 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 EIF6-203ENST00000374450 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 BHLHA9-201ENST00000391429 902 ntAPPRIS P1 BASIC20.45■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 BCAP29-209ENST00000465919 942 ntTSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 RAB43-208ENST00000615093 783 ntTSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 EIF3J-202ENST00000424492 1550 ntTSL 4 BASIC20.45■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 ONECUT3-201ENST00000382349 8318 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 SOX10-201ENST00000360880 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 SOX10-202ENST00000396884 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 MFF-208ENST00000409616 1247 ntTSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 CTAG1A-201ENST00000593606 993 ntTSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 MPST-205ENST00000404802 1453 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.44■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 GNB2-209ENST00000436220 1479 ntTSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 PEX11G-203ENST00000593942 1345 ntTSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 CD6-203ENST00000352009 1809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 RALGPS1-207ENST00000394022 1672 ntTSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 CHST7-201ENST00000276055 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 DNAJC25-201ENST00000313525 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 NXT1-201ENST00000254998 1123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 RTCA-202ENST00000370126 538 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 GADD45A-201ENST00000370985 803 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 TPM1-204ENST00000334895 1637 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 ZBTB46-202ENST00000302995 2335 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 RNF39-201ENST00000244360 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 RPS6-203ENST00000380384 1355 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 TLX2-201ENST00000233638 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 SMARCD2-201ENST00000225742 1800 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 UCHL5-205ENST00000367454 1815 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 AK1-201ENST00000223836 736 ntTSL 3 BASIC20.43■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 AC093817.1-201ENST00000507296 812 ntTSL 3 BASIC20.43■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 DUX4L2-201ENST00000561772 1275 ntBASIC20.43■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 AP2S1-203ENST00000593442 636 ntTSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 DUX4-206ENST00000616166 1275 ntAPPRIS P2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 DUX4L6-201ENST00000626483 1275 ntBASIC20.43■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 DUX4L1-201ENST00000627662 1275 ntBASIC20.43■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 DUX4L8-201ENST00000629013 1275 ntBASIC20.43■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 DUX4L3-201ENST00000630187 1275 ntBASIC20.43■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 DUX4L7-201ENST00000630678 1275 ntBASIC20.43■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 DUX4L5-201ENST00000630834 1275 ntBASIC20.43■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 AC005224.4-201ENST00000583262 1652 ntBASIC20.43■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 HMBS-201ENST00000278715 1501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 GSR-204ENST00000537535 1323 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 FDFT1-201ENST00000220584 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 ATP8A1-207ENST00000510289 2238 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 SOCS7-202ENST00000613678 1827 ntTSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 STK25-234ENST00000535007 2459 ntTSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 ANKRD19P-205ENST00000473204 2370 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 TSPAN2-201ENST00000369515 793 ntTSL 3 BASIC20.43■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 AC123595.1-201ENST00000440769 1046 ntBASIC20.43■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 AL355877.1-204ENST00000451482 1078 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 RYK-208ENST00000620660 2942 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 DPH1-203ENST00000570477 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 TANGO2-202ENST00000398042 2011 ntTSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 IL15RA-206ENST00000397248 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 RHCE-204ENST00000349320 1810 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 AC092384.1-201ENST00000378347 1812 ntTSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 CAPNS1-205ENST00000588780 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.42■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 UQCR11-203ENST00000591899 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 AC026471.6-201ENST00000622954 1905 ntBASIC20.42■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 NKX6-2-201ENST00000368592 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 HMCES-203ENST00000417226 1490 ntTSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 DUSP26-201ENST00000256261 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 OXCT2P1-201ENST00000447263 1535 ntBASIC20.41■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 NDUFS3-201ENST00000263774 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 FRMD8-208ENST00000531296 366 ntTSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 CCDC92B-201ENST00000575506 885 ntBASIC20.41■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 AC145207.2-202ENST00000576554 565 ntTSL 5 BASIC20.41■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 ELANE-202ENST00000590230 1028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.41■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 HIST1H2AL-201ENST00000613174 393 ntAPPRIS P1 BASIC20.41■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 ANKRD53-204ENST00000457410 1671 ntTSL 5 BASIC20.41■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 CERS5-201ENST00000317551 2051 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 QPCT-201ENST00000338415 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 CREG1-201ENST00000370509 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 GPR137B-202ENST00000366592 2042 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 PPP5C-201ENST00000012443 2109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 ANKRD63-201ENST00000434396 1143 ntAPPRIS P1 BASIC20.41■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 MYB-221ENST00000527615 2381 ntTSL 5 BASIC20.41■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 FAM99A-202ENST00000538190 1989 ntBASIC20.4■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 PAXBP1-201ENST00000290178 2564 ntTSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 SLC35A3-204ENST00000427993 2062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.4■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 TDRKH-206ENST00000440583 2296 ntTSL 5 BASIC20.4■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 MAP3K5-201ENST00000359015 5197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 CBWD6-213ENST00000613716 1820 ntTSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 LINC02175-201ENST00000571219 1875 ntTSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 PCSK1N-201ENST00000218230 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 MRPL14-201ENST00000372014 959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 KLRG2-202ENST00000393039 1148 ntTSL 5 BASIC20.4■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 AIPL1-206ENST00000571740 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.8 ms