Protein–RNA interactions for Protein: Q96BD8

SKA1, Spindle and kinetochore-associated protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA1Q96BD8 ENTPD4-203ENST00000417069 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SKA1Q96BD8 LINC01529-204ENST00000636474 1715 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
SKA1Q96BD8 LMF1-202ENST00000543238 2103 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
SKA1Q96BD8 D2HGDH-201ENST00000321264 2617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
SKA1Q96BD8 KCNN4-201ENST00000262888 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
SKA1Q96BD8 SHMT1-203ENST00000354098 1656 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
SKA1Q96BD8 AC139530.1-201ENST00000575312 1977 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
SKA1Q96BD8 MPC1-202ENST00000360961 962 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
SKA1Q96BD8 LHPP-203ENST00000392757 840 ntTSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.12
SKA1Q96BD8 MPST-202ENST00000397225 2116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
SKA1Q96BD8 JARID2-AS1-201ENST00000441978 455 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
SKA1Q96BD8 PRKCQ-AS1-204ENST00000455810 920 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
SKA1Q96BD8 MRM1-203ENST00000612760 1284 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
SKA1Q96BD8 EFCAB1-202ENST00000433756 2286 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
SKA1Q96BD8 IRF3-228ENST00000601291 1556 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
SKA1Q96BD8 CCKBR-206ENST00000532715 1734 ntTSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.12
SKA1Q96BD8 TBC1D22A-202ENST00000355704 1886 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
SKA1Q96BD8 AVPR2-203ENST00000370049 1307 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
SKA1Q96BD8 NMI-201ENST00000243346 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
SKA1Q96BD8 C11orf63-201ENST00000227349 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
SKA1Q96BD8 DTNB-207ENST00000405222 2273 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SKA1Q96BD8 SOHLH1-201ENST00000298466 1987 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SKA1Q96BD8 LAYN-209ENST00000533265 1703 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SKA1Q96BD8 GJD4-201ENST00000321660 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SKA1Q96BD8 C2orf82-201ENST00000331342 465 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SKA1Q96BD8 POLR2H-204ENST00000438240 994 ntTSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SKA1Q96BD8 AC080013.1-202ENST00000465477 674 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SKA1Q96BD8 MLF2-206ENST00000539187 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SKA1Q96BD8 CLDN5-203ENST00000413119 1760 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SKA1Q96BD8 B3GAT3-201ENST00000265471 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SKA1Q96BD8 ASRGL1-201ENST00000301776 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SKA1Q96BD8 MEF2A-207ENST00000558812 2186 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SKA1Q96BD8 SAMD8-202ENST00000372690 1654 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SKA1Q96BD8 RUNDC3B-207ENST00000493037 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SKA1Q96BD8 GAS2L1-206ENST00000610653 2238 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SKA1Q96BD8 SPATA22-214ENST00000575375 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SKA1Q96BD8 RNPEP-201ENST00000295640 2427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SKA1Q96BD8 ZNF568-208ENST00000586353 1902 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SKA1Q96BD8 AC144652.1-201ENST00000609974 1624 ntBASIC22■■□□□ 1.11
SKA1Q96BD8 YIF1B-202ENST00000337679 1257 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SKA1Q96BD8 PRELID2-204ENST00000505416 738 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC22■■□□□ 1.11
SKA1Q96BD8 TUNAR-203ENST00000554321 767 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22■■□□□ 1.11
SKA1Q96BD8 AL583722.4-201ENST00000555524 716 ntTSL 3 BASIC22■■□□□ 1.11
SKA1Q96BD8 UBALD1-208ENST00000591401 1305 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
SKA1Q96BD8 PTP4A3-204ENST00000521578 1717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
SKA1Q96BD8 RAD9A-201ENST00000307980 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SKA1Q96BD8 PRELID2-201ENST00000334744 2140 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
SKA1Q96BD8 LINC02228-203ENST00000641970 1355 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
SKA1Q96BD8 TRIM54-202ENST00000380075 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SKA1Q96BD8 ARF1-213ENST00000540651 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
SKA1Q96BD8 ZSCAN18-217ENST00000601144 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SKA1Q96BD8 AKT1S1-206ENST00000391834 1849 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
SKA1Q96BD8 SH3RF3-AS1-201ENST00000567491 1604 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
SKA1Q96BD8 POLD2-218ENST00000610533 1619 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SKA1Q96BD8 AC012645.1-201ENST00000515455 1650 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SKA1Q96BD8 POMZP3-202ENST00000310842 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SKA1Q96BD8 BCL2L12-201ENST00000246784 990 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SKA1Q96BD8 LIMS2-201ENST00000324938 2111 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SKA1Q96BD8 HACD1-201ENST00000326961 773 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
SKA1Q96BD8 GXYLT1P2-201ENST00000433312 1230 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
SKA1Q96BD8 DUX4L2-201ENST00000561772 1275 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
SKA1Q96BD8 DUX4-206ENST00000616166 1275 ntAPPRIS P2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
SKA1Q96BD8 MIR6084-201ENST00000622012 110 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
SKA1Q96BD8 IMPA2-212ENST00000625802 500 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
SKA1Q96BD8 DUX4L6-201ENST00000626483 1275 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
SKA1Q96BD8 DUX4L1-201ENST00000627662 1275 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
SKA1Q96BD8 DUX4L8-201ENST00000629013 1275 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
SKA1Q96BD8 DUX4L3-201ENST00000630187 1275 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
SKA1Q96BD8 DUX4L7-201ENST00000630678 1275 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
SKA1Q96BD8 DUX4L5-201ENST00000630834 1275 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
SKA1Q96BD8 RHBDL3-204ENST00000538145 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SKA1Q96BD8 KCNIP1-201ENST00000328939 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SKA1Q96BD8 MESP2-201ENST00000341735 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SKA1Q96BD8 C11orf96-202ENST00000528572 1834 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
SKA1Q96BD8 XBP1-201ENST00000216037 1850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
SKA1Q96BD8 SLC12A2-201ENST00000262461 6885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
SKA1Q96BD8 GFI1-203ENST00000427103 2693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
SKA1Q96BD8 TRAF4-205ENST00000444415 1456 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
SKA1Q96BD8 AL606970.3-201ENST00000446811 2246 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
SKA1Q96BD8 ILDR2-204ENST00000525740 2242 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
SKA1Q96BD8 PXK-202ENST00000356151 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
SKA1Q96BD8 TNFRSF18-202ENST00000379265 705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
SKA1Q96BD8 KRTAP5-2-201ENST00000412090 1118 ntAPPRIS P1 BASIC21.98■■□□□ 1.11
SKA1Q96BD8 AC093817.1-201ENST00000507296 812 ntTSL 3 BASIC21.98■■□□□ 1.11
SKA1Q96BD8 ATOX1-207ENST00000524142 749 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
SKA1Q96BD8 ZFPL1-203ENST00000525509 478 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
SKA1Q96BD8 EDA-209ENST00000525810 843 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
SKA1Q96BD8 RARRES2P11-201ENST00000635158 484 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
SKA1Q96BD8 IRX4-206ENST00000513692 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
SKA1Q96BD8 MPST-204ENST00000404393 1329 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
SKA1Q96BD8 MTURN-201ENST00000324453 5937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
SKA1Q96BD8 RNF149-201ENST00000295317 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
SKA1Q96BD8 AC009126.1-201ENST00000501338 2245 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
SKA1Q96BD8 C1QTNF4-201ENST00000302514 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
SKA1Q96BD8 CABLES1-201ENST00000256925 5002 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
SKA1Q96BD8 AL121749.1-201ENST00000635993 1768 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
SKA1Q96BD8 PLPP5-203ENST00000424479 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
SKA1Q96BD8 SDC3-202ENST00000339394 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
SKA1Q96BD8 FAM219A-202ENST00000379078 770 ntTSL 3 BASIC21.97■■□□□ 1.11
SKA1Q96BD8 FAM219A-205ENST00000379084 893 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.1 ms