Protein–RNA interactions for Protein: Q53F19

NCBP3, Nuclear cap-binding protein subunit 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 620 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NCBP3Q53F19 AC092384.1-201ENST00000378347 1812 ntTSL 2 BASIC28.24■■■□□ 2.11
NCBP3Q53F19 C6orf136-201ENST00000293604 1978 ntTSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
NCBP3Q53F19 TMEM5-201ENST00000261234 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
NCBP3Q53F19 RHBDD2-201ENST00000006777 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
NCBP3Q53F19 PRR7-201ENST00000323249 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
NCBP3Q53F19 TSPY4-201ENST00000383008 1143 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.23■■■□□ 2.11
NCBP3Q53F19 FAIM-203ENST00000393034 927 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.23■■■□□ 2.11
NCBP3Q53F19 MTURN-203ENST00000409688 843 ntTSL 2 BASIC28.23■■■□□ 2.11
NCBP3Q53F19 C12orf43-208ENST00000539736 1033 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.23■■■□□ 2.11
NCBP3Q53F19 AC006538.2-201ENST00000586572 543 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC28.23■■■□□ 2.11
NCBP3Q53F19 Metazoa_SRP.67-201ENST00000617099 296 ntBASIC28.23■■■□□ 2.11
NCBP3Q53F19 DUSP9-202ENST00000370167 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
NCBP3Q53F19 AC009237.3-201ENST00000393279 1427 ntBASIC28.23■■■□□ 2.11
NCBP3Q53F19 CKMT1B-207ENST00000441322 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
NCBP3Q53F19 GOLGA2P6-201ENST00000340929 2049 ntBASIC28.23■■■□□ 2.11
NCBP3Q53F19 PGF-201ENST00000238607 1693 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC28.23■■■□□ 2.11
NCBP3Q53F19 MPST-204ENST00000404393 1329 ntTSL 5 BASIC28.22■■■□□ 2.11
NCBP3Q53F19 IL17RE-201ENST00000383814 2704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
NCBP3Q53F19 MBNL3-202ENST00000370844 1643 ntTSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
NCBP3Q53F19 IKBKG-212ENST00000617207 1949 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC28.22■■■□□ 2.11
NCBP3Q53F19 PRKCZ-AS1-201ENST00000333854 1253 ntTSL 2 BASIC28.22■■■□□ 2.11
NCBP3Q53F19 HLA-C-203ENST00000383329 1554 ntAPPRIS ALT2 BASIC28.22■■■□□ 2.11
NCBP3Q53F19 ZFAS1-206ENST00000450535 1075 ntTSL 3 BASIC28.22■■■□□ 2.11
NCBP3Q53F19 PRKCQ-AS1-204ENST00000455810 920 ntTSL 2 BASIC28.22■■■□□ 2.11
NCBP3Q53F19 PTP4A3-203ENST00000520105 1866 ntTSL 5 BASIC28.22■■■□□ 2.11
NCBP3Q53F19 MTND2P7-201ENST00000521337 640 ntBASIC28.22■■■□□ 2.11
NCBP3Q53F19 TLE3-216ENST00000559191 1575 ntTSL 5 BASIC28.22■■■□□ 2.11
NCBP3Q53F19 EP400NL-214ENST00000641289 2402 ntBASIC28.22■■■□□ 2.11
NCBP3Q53F19 MIR210HG-201ENST00000500447 1965 ntTSL 2 BASIC28.22■■■□□ 2.11
NCBP3Q53F19 BX005040.4-201ENST00000637145 1518 ntBASIC28.22■■■□□ 2.11
NCBP3Q53F19 DPF1-206ENST00000420980 2227 ntTSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
NCBP3Q53F19 SLC35A3-204ENST00000427993 2062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.22■■■□□ 2.11
NCBP3Q53F19 TSSK1B-201ENST00000390666 2478 ntAPPRIS P1 BASIC28.21■■■□□ 2.11
NCBP3Q53F19 PHLPP1-201ENST00000262719 6390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
NCBP3Q53F19 TANGO2-202ENST00000398042 2011 ntTSL 2 BASIC28.21■■■□□ 2.11
NCBP3Q53F19 ANKHD1-205ENST00000394723 2135 ntTSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
NCBP3Q53F19 ANKRD19P-205ENST00000473204 2370 ntTSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
NCBP3Q53F19 FDX2-202ENST00000393708 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
NCBP3Q53F19 AP004607.7-201ENST00000527152 1677 ntBASIC28.21■■■□□ 2.11
NCBP3Q53F19 ADCK2-203ENST00000476491 2092 ntTSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.11
NCBP3Q53F19 FDFT1-201ENST00000220584 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.11
NCBP3Q53F19 PSMD7-201ENST00000219313 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.11
NCBP3Q53F19 C16orf59-201ENST00000361837 1662 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.11
NCBP3Q53F19 CRB3-202ENST00000356762 733 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
NCBP3Q53F19 ORMDL1-202ENST00000392349 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
NCBP3Q53F19 NUDT14-202ENST00000392568 845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
NCBP3Q53F19 PLPP5-203ENST00000424479 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
NCBP3Q53F19 AC116614.1-201ENST00000456949 539 ntTSL 2 BASIC28.2■■■□□ 2.1
NCBP3Q53F19 AC025164.2-201ENST00000501008 1898 ntTSL 5 BASIC28.2■■■□□ 2.1
NCBP3Q53F19 RAB24-201ENST00000303251 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
NCBP3Q53F19 SLC30A2-201ENST00000374276 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
NCBP3Q53F19 ASL-203ENST00000380839 1765 ntTSL 5 BASIC28.19■■■□□ 2.1
NCBP3Q53F19 PFKFB3-216ENST00000625260 1752 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.19■■■□□ 2.1
NCBP3Q53F19 QPCT-201ENST00000338415 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
NCBP3Q53F19 KRTAP17-1-201ENST00000334202 779 ntAPPRIS P1 BASIC28.19■■■□□ 2.1
NCBP3Q53F19 AL355877.1-204ENST00000451482 1078 ntTSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
NCBP3Q53F19 HERC2P4-206ENST00000568097 1062 ntTSL 5 BASIC28.19■■■□□ 2.1
NCBP3Q53F19 AC012313.1-203ENST00000597980 570 ntTSL 4 BASIC28.19■■■□□ 2.1
NCBP3Q53F19 TPRG1LP1-201ENST00000598702 760 ntBASIC28.19■■■□□ 2.1
NCBP3Q53F19 C16orf58-209ENST00000567994 1845 ntTSL 5 BASIC28.19■■■□□ 2.1
NCBP3Q53F19 MTX2-201ENST00000249442 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
NCBP3Q53F19 LINC00454-202ENST00000430978 1327 ntTSL 5 BASIC28.18■■■□□ 2.1
NCBP3Q53F19 NABP2-202ENST00000341463 1411 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.18■■■□□ 2.1
NCBP3Q53F19 AC027612.3-201ENST00000413684 1047 ntBASIC28.18■■■□□ 2.1
NCBP3Q53F19 LINC01167-201ENST00000423232 604 ntTSL 3 BASIC28.18■■■□□ 2.1
NCBP3Q53F19 AC005775.1-201ENST00000592413 850 ntTSL 5 BASIC28.18■■■□□ 2.1
NCBP3Q53F19 PIAS2-203ENST00000545673 1590 ntTSL 2 BASIC28.18■■■□□ 2.1
NCBP3Q53F19 FAM99A-202ENST00000538190 1989 ntBASIC28.18■■■□□ 2.1
NCBP3Q53F19 SHMT1-202ENST00000352886 2437 ntTSL 2 BASIC28.18■■■□□ 2.1
NCBP3Q53F19 HAUS4-201ENST00000206474 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
NCBP3Q53F19 CHRAC1-203ENST00000519533 1678 ntTSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
NCBP3Q53F19 FAM107B-211ENST00000468747 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
NCBP3Q53F19 AC055733.4-201ENST00000638462 1354 ntBASIC28.17■■■□□ 2.1
NCBP3Q53F19 ZNF707-222ENST00000532158 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
NCBP3Q53F19 FAM66D-201ENST00000434078 918 ntTSL 5 BASIC28.17■■■□□ 2.1
NCBP3Q53F19 CDKN2A-210ENST00000530628 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.17■■■□□ 2.1
NCBP3Q53F19 AL355102.2-201ENST00000553811 600 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.17■■■□□ 2.1
NCBP3Q53F19 C17orf74-202ENST00000574034 1287 ntTSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
NCBP3Q53F19 SLC26A5-209ENST00000393735 1947 ntTSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
NCBP3Q53F19 PIP5KL1-202ENST00000388747 2198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.17■■■□□ 2.1
NCBP3Q53F19 LINC02175-201ENST00000571219 1875 ntTSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
NCBP3Q53F19 NAA35-202ENST00000376040 1797 ntTSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
NCBP3Q53F19 CBWD6-201ENST00000377391 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
NCBP3Q53F19 BCL11B-203ENST00000443726 2599 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.16■■■□□ 2.1
NCBP3Q53F19 NFKBIL1-203ENST00000376148 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
NCBP3Q53F19 LBX2-202ENST00000377566 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
NCBP3Q53F19 STOX2-205ENST00000513034 807 ntTSL 3 BASIC28.16■■■□□ 2.1
NCBP3Q53F19 PTGDR-202ENST00000553372 1216 ntTSL 3 BASIC28.16■■■□□ 2.1
NCBP3Q53F19 AL138963.3-201ENST00000610057 588 ntTSL 4 BASIC28.16■■■□□ 2.1
NCBP3Q53F19 TRIM54-202ENST00000380075 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
NCBP3Q53F19 AP006587.3-201ENST00000525742 1516 ntBASIC28.16■■■□□ 2.1
NCBP3Q53F19 MPST-202ENST00000397225 2116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
NCBP3Q53F19 TBR1-202ENST00000410035 1454 ntTSL 2 BASIC28.15■■■□□ 2.1
NCBP3Q53F19 SERBP1-202ENST00000370990 1621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
NCBP3Q53F19 SDR39U1-208ENST00000554698 1364 ntTSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
NCBP3Q53F19 GLTPD2-201ENST00000331264 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
NCBP3Q53F19 PRSS22-203ENST00000571228 1037 ntTSL 2 BASIC28.15■■■□□ 2.1
NCBP3Q53F19 AC010999.2-201ENST00000621974 596 ntTSL 2 BASIC28.15■■■□□ 2.1
NCBP3Q53F19 CPT2-209ENST00000636935 803 ntTSL 5 BASIC28.15■■■□□ 2.1
NCBP3Q53F19 SPN-202ENST00000395389 1935 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.8 ms