Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

Predictions only

Length 1,001 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rnf40Q3U319 Cnnm3-202ENSMUST00000097776 5292 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
Rnf40Q3U319 Gpr12-201ENSMUST00000036211 2219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
Rnf40Q3U319 E2f1-201ENSMUST00000000894 2755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
Rnf40Q3U319 Fam220a-206ENSMUST00000196487 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
Rnf40Q3U319 Mapk3-202ENSMUST00000057669 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
Rnf40Q3U319 Raly-202ENSMUST00000058089 1747 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
Rnf40Q3U319 Atp5a1-202ENSMUST00000114748 2674 ntTSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
Rnf40Q3U319 Fcnaos-201ENSMUST00000127642 1351 ntTSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
Rnf40Q3U319 E2f6-201ENSMUST00000020908 2418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
Rnf40Q3U319 Cited2-203ENSMUST00000219558 2411 ntAPPRIS P1 BASIC26.09■■□□□ 1.77
Rnf40Q3U319 B4galt7-202ENSMUST00000100764 2195 ntTSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
Rnf40Q3U319 Arx-202ENSMUST00000113947 2454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
Rnf40Q3U319 Caap1-201ENSMUST00000030313 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
Rnf40Q3U319 Rundc3a-204ENSMUST00000107105 1861 ntTSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
Rnf40Q3U319 Dda1-209ENSMUST00000147642 1865 ntTSL 2 BASIC26.02■■□□□ 1.76
Rnf40Q3U319 Zswim6-201ENSMUST00000105097 5456 ntTSL 5 BASIC26.01■■□□□ 1.75
Rnf40Q3U319 Nr2f6-201ENSMUST00000002466 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
Rnf40Q3U319 Peg12-201ENSMUST00000094339 2640 ntAPPRIS P1 BASIC26.01■■□□□ 1.75
Rnf40Q3U319 Dtnb-211ENSMUST00000173240 2218 ntTSL 5 BASIC26■■□□□ 1.75
Rnf40Q3U319 Ssbp3-202ENSMUST00000072753 1924 ntTSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
Rnf40Q3U319 Irx4-201ENSMUST00000022095 2589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
Rnf40Q3U319 Shf-201ENSMUST00000048635 1431 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
Rnf40Q3U319 Zfp422-201ENSMUST00000057540 2375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
Rnf40Q3U319 Gm6345-201ENSMUST00000180378 1691 ntBASIC25.98■■□□□ 1.75
Rnf40Q3U319 Clptm1l-201ENSMUST00000022102 2340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
Rnf40Q3U319 Gas2l1-201ENSMUST00000037146 2686 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
Rnf40Q3U319 Snta1-202ENSMUST00000109728 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
Rnf40Q3U319 Snta1-201ENSMUST00000028991 2125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
Rnf40Q3U319 Ctbp1-211ENSMUST00000202868 2436 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
Rnf40Q3U319 Scrt2-201ENSMUST00000064061 3395 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.93■■□□□ 1.74
Rnf40Q3U319 Rnf149-204ENSMUST00000195705 389 ntTSL 3 BASIC25.93■■□□□ 1.74
Rnf40Q3U319 Rexo2-201ENSMUST00000034524 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
Rnf40Q3U319 Smarcc1-203ENSMUST00000197480 1949 ntTSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
Rnf40Q3U319 Agap3-201ENSMUST00000024123 3207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
Rnf40Q3U319 Clk2-201ENSMUST00000090927 2128 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
Rnf40Q3U319 Klhl35-201ENSMUST00000037359 1954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
Rnf40Q3U319 Acvr2b-202ENSMUST00000165044 2093 ntTSL 2 BASIC25.9■■□□□ 1.74
Rnf40Q3U319 Runx3-202ENSMUST00000119564 1855 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
Rnf40Q3U319 Mipep-204ENSMUST00000225043 1548 ntBASIC25.88■■□□□ 1.73
Rnf40Q3U319 Ica1-201ENSMUST00000038403 2075 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
Rnf40Q3U319 Gjc1-201ENSMUST00000068933 1903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
Rnf40Q3U319 Eed-201ENSMUST00000107234 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
Rnf40Q3U319 Rras2-201ENSMUST00000069449 2275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
Rnf40Q3U319 Susd4-202ENSMUST00000153348 1898 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.85■■□□□ 1.73
Rnf40Q3U319 Nhlrc1-201ENSMUST00000052747 2294 ntAPPRIS P1 BASIC25.85■■□□□ 1.73
Rnf40Q3U319 Fam220a-205ENSMUST00000169329 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
Rnf40Q3U319 Dpf1-204ENSMUST00000108231 2040 ntTSL 5 BASIC25.83■■□□□ 1.73
Rnf40Q3U319 Phf23-205ENSMUST00000135814 2214 ntTSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
Rnf40Q3U319 Hoxc13-201ENSMUST00000001700 2461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
Rnf40Q3U319 Otud5-205ENSMUST00000115668 2543 ntTSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
Rnf40Q3U319 Isoc1-201ENSMUST00000025503 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
Rnf40Q3U319 Slc39a13-201ENSMUST00000073575 2469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
Rnf40Q3U319 Fcho2-204ENSMUST00000179563 1586 ntTSL 5 BASIC25.8■■□□□ 1.72
Rnf40Q3U319 Sh3rf1-201ENSMUST00000034060 5479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
Rnf40Q3U319 Crlf1-201ENSMUST00000008032 1644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
Rnf40Q3U319 Gm17494-201ENSMUST00000072769 1800 ntTSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
Rnf40Q3U319 Gnas-207ENSMUST00000109085 1789 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
Rnf40Q3U319 Hnrnpd-203ENSMUST00000112939 1670 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.77■■□□□ 1.72
Rnf40Q3U319 St7-202ENSMUST00000052113 2046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
Rnf40Q3U319 Plpp2-201ENSMUST00000063879 1654 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
Rnf40Q3U319 Gm20732-201ENSMUST00000175699 686 ntTSL 3 BASIC25.75■■□□□ 1.71
Rnf40Q3U319 Efemp2-201ENSMUST00000070118 1781 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
Rnf40Q3U319 Eya2-202ENSMUST00000088132 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
Rnf40Q3U319 Gm15688-201ENSMUST00000161394 2418 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
Rnf40Q3U319 Tnfsfm13-202ENSMUST00000174159 1470 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.73■■□□□ 1.71
Rnf40Q3U319 Guf1-201ENSMUST00000031113 1769 ntTSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
Rnf40Q3U319 Tm6sf1-201ENSMUST00000041890 2226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
Rnf40Q3U319 Ier5l-201ENSMUST00000065134 2683 ntAPPRIS P1 BASIC25.71■■□□□ 1.71
Rnf40Q3U319 Lpcat4-201ENSMUST00000028554 2275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
Rnf40Q3U319 Mbd3-204ENSMUST00000105349 1566 ntTSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
Rnf40Q3U319 Spata1-201ENSMUST00000029839 1920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
Rnf40Q3U319 Nans-201ENSMUST00000030018 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
Rnf40Q3U319 Mfsd5-201ENSMUST00000051341 1742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
Rnf40Q3U319 Mpp6-209ENSMUST00000204545 2418 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
Rnf40Q3U319 Irf2bp2-201ENSMUST00000054960 5080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.68■■□□□ 1.7
Rnf40Q3U319 Uhrf2-202ENSMUST00000112552 1464 ntTSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
Rnf40Q3U319 Pkig-201ENSMUST00000064703 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
Rnf40Q3U319 Tmem260-208ENSMUST00000226400 2281 ntAPPRIS ALT2 BASIC25.67■■□□□ 1.7
Rnf40Q3U319 Kcnq5-206ENSMUST00000173404 2775 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.67■■□□□ 1.7
Rnf40Q3U319 Mnx1-201ENSMUST00000001608 2018 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.66■■□□□ 1.7
Rnf40Q3U319 Aes-201ENSMUST00000002518 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
Rnf40Q3U319 Gnaq-201ENSMUST00000025541 5644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
Rnf40Q3U319 Gm12339-201ENSMUST00000127424 728 ntTSL 3 BASIC25.64■■□□□ 1.7
Rnf40Q3U319 Fam220a-204ENSMUST00000119488 2202 ntTSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
Rnf40Q3U319 Fam220a-209ENSMUST00000200267 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
Rnf40Q3U319 Fgf2-204ENSMUST00000138563 1240 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.63■■□□□ 1.69
Rnf40Q3U319 Ei24-202ENSMUST00000163192 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
Rnf40Q3U319 Gm25238-201ENSMUST00000174914 89 ntBASIC25.62■■□□□ 1.69
Rnf40Q3U319 Nisch-222ENSMUST00000172142 2780 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
Rnf40Q3U319 Tbx1-201ENSMUST00000009241 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
Rnf40Q3U319 Aspscr1-201ENSMUST00000026135 1820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
Rnf40Q3U319 Zfp358-201ENSMUST00000061508 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
Rnf40Q3U319 Ankrd28-201ENSMUST00000014640 6712 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
Rnf40Q3U319 Ppp2cb-201ENSMUST00000009774 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
Rnf40Q3U319 Rnf149-201ENSMUST00000062525 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
Rnf40Q3U319 Fus-201ENSMUST00000077609 1831 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
Rnf40Q3U319 Dazap1-201ENSMUST00000092305 1994 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
Rnf40Q3U319 Tnfsfm13-203ENSMUST00000180587 2235 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.59■■□□□ 1.69
Rnf40Q3U319 Slc22a17-201ENSMUST00000050772 2290 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
Rnf40Q3U319 Lrrc4b-201ENSMUST00000058667 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 24.7 ms