Protein–RNA interactions for Protein: Q5NCC9

Trim58, E3 ubiquitin-protein ligase TRIM58, mousemouse

Predictions only

Length 485 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim58Q5NCC9 Pqlc3-201ENSMUST00000054536 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
Trim58Q5NCC9 Wnt10b-201ENSMUST00000023732 2226 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
Trim58Q5NCC9 Gm12821-201ENSMUST00000120022 600 ntBASIC24.45■■□□□ 1.5
Trim58Q5NCC9 Gm27454-201ENSMUST00000185090 204 ntBASIC24.45■■□□□ 1.5
Trim58Q5NCC9 Il17re-205ENSMUST00000203661 2118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
Trim58Q5NCC9 Tmem11-203ENSMUST00000168218 1511 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
Trim58Q5NCC9 Mmp24-201ENSMUST00000029141 4306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
Trim58Q5NCC9 AB124611-202ENSMUST00000086361 1310 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
Trim58Q5NCC9 Smad6-203ENSMUST00000179458 273 ntBASIC24.44■■□□□ 1.5
Trim58Q5NCC9 Relb-202ENSMUST00000094762 2209 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
Trim58Q5NCC9 Relb-203ENSMUST00000098754 2203 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
Trim58Q5NCC9 Cldn23-201ENSMUST00000060128 1848 ntAPPRIS P1 BASIC24.44■■□□□ 1.5
Trim58Q5NCC9 Krt87-201ENSMUST00000081945 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
Trim58Q5NCC9 Ndufaf1-202ENSMUST00000110801 1478 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
Trim58Q5NCC9 Tifa-201ENSMUST00000054483 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
Trim58Q5NCC9 Prss16-201ENSMUST00000006341 2155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
Trim58Q5NCC9 Epb41l4aos-201ENSMUST00000146010 430 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
Trim58Q5NCC9 Hgfac-206ENSMUST00000202573 434 ntTSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
Trim58Q5NCC9 Gtsf1-201ENSMUST00000023129 819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
Trim58Q5NCC9 1700007K13Rik-201ENSMUST00000086370 812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
Trim58Q5NCC9 Arhgap44-202ENSMUST00000093001 2256 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
Trim58Q5NCC9 Cd83-201ENSMUST00000015540 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
Trim58Q5NCC9 Mpg-201ENSMUST00000020528 1737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
Trim58Q5NCC9 Zfp771-201ENSMUST00000052509 1484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
Trim58Q5NCC9 Sphk1-203ENSMUST00000100201 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
Trim58Q5NCC9 Gramd1a-201ENSMUST00000001280 2713 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
Trim58Q5NCC9 March11-202ENSMUST00000140840 1558 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
Trim58Q5NCC9 Clk3-201ENSMUST00000065330 2496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
Trim58Q5NCC9 Rbp4-202ENSMUST00000112335 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
Trim58Q5NCC9 Appbp2os-202ENSMUST00000206972 447 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
Trim58Q5NCC9 Erc1-202ENSMUST00000079582 2304 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
Trim58Q5NCC9 Xkr6-201ENSMUST00000119973 2963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
Trim58Q5NCC9 Cdk5r2-201ENSMUST00000160379 2799 ntAPPRIS P1 BASIC24.42■■□□□ 1.5
Trim58Q5NCC9 Tmem123-201ENSMUST00000052865 2907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
Trim58Q5NCC9 Znrf3-201ENSMUST00000109867 6311 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
Trim58Q5NCC9 Metap1-201ENSMUST00000029804 2686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
Trim58Q5NCC9 Slc11a1-211ENSMUST00000187516 1893 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
Trim58Q5NCC9 Gm18688-201ENSMUST00000204695 1859 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
Trim58Q5NCC9 Lmtk3-201ENSMUST00000072580 4807 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
Trim58Q5NCC9 Hoxa10-202ENSMUST00000125581 2565 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
Trim58Q5NCC9 Bola1-202ENSMUST00000107099 995 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
Trim58Q5NCC9 Cdkn2a-202ENSMUST00000107131 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
Trim58Q5NCC9 Gm12660-201ENSMUST00000123764 664 ntTSL 3 BASIC24.41■■□□□ 1.5
Trim58Q5NCC9 Pkig-204ENSMUST00000126182 762 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
Trim58Q5NCC9 Bola1-201ENSMUST00000016087 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
Trim58Q5NCC9 Bola1-203ENSMUST00000177442 692 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.41■■□□□ 1.5
Trim58Q5NCC9 Gm8493-201ENSMUST00000196881 489 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
Trim58Q5NCC9 Ctf1-204ENSMUST00000206506 784 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
Trim58Q5NCC9 Rras-201ENSMUST00000044111 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
Trim58Q5NCC9 Rapgef1-201ENSMUST00000091146 6212 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
Trim58Q5NCC9 Nkx2-3-201ENSMUST00000057178 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
Trim58Q5NCC9 Ascl1-201ENSMUST00000020243 2481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
Trim58Q5NCC9 Rasgef1a-201ENSMUST00000164960 3284 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
Trim58Q5NCC9 Eif5a-202ENSMUST00000070996 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
Trim58Q5NCC9 Slc39a5-202ENSMUST00000167859 2025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
Trim58Q5NCC9 AC126028.2-201ENSMUST00000228100 1833 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
Trim58Q5NCC9 Crh-201ENSMUST00000061294 1320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
Trim58Q5NCC9 Nudt19-201ENSMUST00000040962 2298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
Trim58Q5NCC9 D030056L22Rik-201ENSMUST00000055792 1631 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
Trim58Q5NCC9 Vim-206ENSMUST00000193675 1777 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
Trim58Q5NCC9 Shisa4-201ENSMUST00000041240 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
Trim58Q5NCC9 Zfp36l1-204ENSMUST00000219642 545 ntTSL 3 BASIC24.4■■□□□ 1.5
Trim58Q5NCC9 D830025C05Rik-201ENSMUST00000059474 976 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
Trim58Q5NCC9 Snx5-202ENSMUST00000110030 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
Trim58Q5NCC9 Khk-204ENSMUST00000201621 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
Trim58Q5NCC9 Dhx15-205ENSMUST00000199321 2550 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
Trim58Q5NCC9 Chd3os-201ENSMUST00000129321 2081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
Trim58Q5NCC9 Acot2-201ENSMUST00000021649 2196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
Trim58Q5NCC9 Nags-201ENSMUST00000055409 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
Trim58Q5NCC9 Gm11762-201ENSMUST00000135630 1705 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
Trim58Q5NCC9 Paip2-204ENSMUST00000115736 857 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.39■■□□□ 1.49
Trim58Q5NCC9 Erh-201ENSMUST00000021559 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
Trim58Q5NCC9 Hira-201ENSMUST00000004222 4218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
Trim58Q5NCC9 Tmem179-201ENSMUST00000066791 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
Trim58Q5NCC9 Fgfr3-202ENSMUST00000087820 2630 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.49
Trim58Q5NCC9 Etnk1-203ENSMUST00000204947 1791 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
Trim58Q5NCC9 Rhoa-201ENSMUST00000007959 2197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
Trim58Q5NCC9 Olfm2-204ENSMUST00000217198 2005 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.39■■□□□ 1.49
Trim58Q5NCC9 Ldb1-201ENSMUST00000026252 1718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
Trim58Q5NCC9 Runx2-210ENSMUST00000162373 1565 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
Trim58Q5NCC9 Gmpr-201ENSMUST00000000260 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
Trim58Q5NCC9 Tmem9-202ENSMUST00000117950 847 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
Trim58Q5NCC9 Sox8-202ENSMUST00000173447 928 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
Trim58Q5NCC9 Rab1a-203ENSMUST00000109602 2626 ntTSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
Trim58Q5NCC9 Tmem64-201ENSMUST00000062684 4670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
Trim58Q5NCC9 E030030I06Rik-202ENSMUST00000179054 2081 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
Trim58Q5NCC9 Eif4h-205ENSMUST00000202622 2726 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
Trim58Q5NCC9 Them6-201ENSMUST00000070923 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
Trim58Q5NCC9 R3hdm4-201ENSMUST00000045628 1898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
Trim58Q5NCC9 Gm6139-201ENSMUST00000079261 882 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
Trim58Q5NCC9 Dnpep-204ENSMUST00000185797 2510 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
Trim58Q5NCC9 Gabarapl1-201ENSMUST00000032264 1820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
Trim58Q5NCC9 Hoxd3-201ENSMUST00000047830 2292 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
Trim58Q5NCC9 Gm12524-201ENSMUST00000143109 1583 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
Trim58Q5NCC9 Mrpl3-205ENSMUST00000149243 2309 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
Trim58Q5NCC9 Neurl4-213ENSMUST00000177476 4952 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
Trim58Q5NCC9 Hcn4-201ENSMUST00000034889 6118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
Trim58Q5NCC9 Frmd4a-201ENSMUST00000075767 6761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
Trim58Q5NCC9 1700028E10Rik-201ENSMUST00000181114 2034 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
Trim58Q5NCC9 Psmg4-202ENSMUST00000147632 555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 23 ms