Protein–RNA interactions for Protein: P17096

HMGA1, High mobility group protein HMG-I/HMG-Y, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 107 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HMGA1P17096 EID2B-201ENST00000326282 1865 ntAPPRIS P1 BASIC22.85■■□□□ 1.25
HMGA1P17096 HOXC8-201ENST00000040584 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
HMGA1P17096 ARSB-202ENST00000396151 2316 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
HMGA1P17096 DNAAF3-203ENST00000524407 2059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
HMGA1P17096 MME-202ENST00000382989 1319 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
HMGA1P17096 RAB28-208ENST00000630951 1679 ntTSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
HMGA1P17096 ACTL10-201ENST00000330271 2028 ntAPPRIS P1 BASIC22.84■■□□□ 1.25
HMGA1P17096 SMAD1-201ENST00000302085 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
HMGA1P17096 MBNL3-202ENST00000370844 1643 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
HMGA1P17096 KRTAP17-1-201ENST00000334202 779 ntAPPRIS P1 BASIC22.84■■□□□ 1.25
HMGA1P17096 C16orf86-201ENST00000403458 1267 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
HMGA1P17096 AL590128.2-201ENST00000442889 415 ntTSL 3 BASIC22.84■■□□□ 1.25
HMGA1P17096 AP001160.5-201ENST00000636508 485 ntAPPRIS P1 BASIC22.84■■□□□ 1.25
HMGA1P17096 BASP1-203ENST00000616743 1711 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.84■■□□□ 1.25
HMGA1P17096 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
HMGA1P17096 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
HMGA1P17096 PCOLCE2-201ENST00000295992 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
HMGA1P17096 ACYP2-201ENST00000303536 789 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
HMGA1P17096 PEBP1-201ENST00000261313 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
HMGA1P17096 TSEN15-201ENST00000361641 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
HMGA1P17096 FNTA-208ENST00000529687 1950 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
HMGA1P17096 SRPK3-204ENST00000370108 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
HMGA1P17096 RAB11FIP1-203ENST00000522727 1866 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
HMGA1P17096 ADAP2-204ENST00000580525 1598 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
HMGA1P17096 ME3-201ENST00000323418 1068 ntTSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
HMGA1P17096 TNFRSF18-202ENST00000379265 705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
HMGA1P17096 GATA3-AS1-204ENST00000438755 675 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
HMGA1P17096 ARHGAP24-206ENST00000503995 1273 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
HMGA1P17096 AC068385.1-201ENST00000533218 409 ntTSL 3 BASIC22.82■■□□□ 1.24
HMGA1P17096 RARRES2P11-201ENST00000635158 484 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
HMGA1P17096 TMEM121-201ENST00000392519 1532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
HMGA1P17096 IGF2-AS-201ENST00000381361 2063 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
HMGA1P17096 ASL-203ENST00000380839 1765 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
HMGA1P17096 KLC3-204ENST00000585434 1764 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
HMGA1P17096 FOSL1-201ENST00000312562 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
HMGA1P17096 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
HMGA1P17096 IGSF21-201ENST00000251296 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
HMGA1P17096 RPS6-203ENST00000380384 1355 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
HMGA1P17096 MELTF-AS1-202ENST00000415244 951 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
HMGA1P17096 GABARAPL2-205ENST00000568455 646 ntTSL 3 BASIC22.81■■□□□ 1.24
HMGA1P17096 AC007773.1-201ENST00000592680 972 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
HMGA1P17096 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
HMGA1P17096 HOXA4-201ENST00000360046 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
HMGA1P17096 AP004607.4-201ENST00000530158 1459 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
HMGA1P17096 RAB24-202ENST00000303270 1385 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
HMGA1P17096 UBE2D3-201ENST00000321805 1087 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
HMGA1P17096 FNDC3B-204ENST00000421757 946 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
HMGA1P17096 FAM66D-201ENST00000434078 918 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
HMGA1P17096 AC092468.1-201ENST00000491321 562 ntTSL 4 BASIC22.8■■□□□ 1.24
HMGA1P17096 C17orf49-202ENST00000546495 996 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
HMGA1P17096 AC012414.4-201ENST00000560839 1074 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
HMGA1P17096 AC060814.5-201ENST00000630916 1074 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
HMGA1P17096 RASL12-202ENST00000421977 1523 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
HMGA1P17096 VSX1-205ENST00000429762 1977 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
HMGA1P17096 STAP2-206ENST00000600324 1508 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
HMGA1P17096 NFKBIB-201ENST00000313582 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
HMGA1P17096 AC004911.1-201ENST00000416316 871 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
HMGA1P17096 CIRBP-222ENST00000589235 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
HMGA1P17096 C1orf122-202ENST00000373043 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
HMGA1P17096 GOLGA6L9-202ENST00000618348 1710 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
HMGA1P17096 MSANTD3-207ENST00000622639 1748 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.79■■□□□ 1.24
HMGA1P17096 WT1-AS-205ENST00000494911 1320 ntTSL 4 BASIC22.79■■□□□ 1.24
HMGA1P17096 ILKAP-211ENST00000612675 1335 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
HMGA1P17096 TMCC2-209ENST00000637895 1455 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
HMGA1P17096 SPAG7-205ENST00000573366 1668 ntTSL 3 BASIC22.78■■□□□ 1.24
HMGA1P17096 BCKDHB-203ENST00000369760 743 ntTSL 3 BASIC22.78■■□□□ 1.24
HMGA1P17096 MPRIP-203ENST00000395806 527 ntTSL 3 BASIC22.78■■□□□ 1.24
HMGA1P17096 GRPEL2-202ENST00000416916 1006 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
HMGA1P17096 AC080013.1-202ENST00000465477 674 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
HMGA1P17096 AC090192.1-201ENST00000517740 490 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
HMGA1P17096 ASRGL1-210ENST00000534571 639 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
HMGA1P17096 LINC01960-201ENST00000563759 1884 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
HMGA1P17096 AC243773.2-201ENST00000616341 490 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
HMGA1P17096 FAIM-201ENST00000338446 1622 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
HMGA1P17096 ZBTB45-205ENST00000600990 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
HMGA1P17096 PGF-206ENST00000555567 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
HMGA1P17096 AC004854.2-201ENST00000608450 1441 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
HMGA1P17096 P4HA3-201ENST00000331597 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
HMGA1P17096 RCN2-201ENST00000320963 1750 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
HMGA1P17096 CD47-202ENST00000361309 1285 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
HMGA1P17096 COX20-201ENST00000366528 568 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
HMGA1P17096 ADAMTS13-204ENST00000371911 1155 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
HMGA1P17096 CAMKMT-202ENST00000402247 665 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
HMGA1P17096 IDNK-204ENST00000454393 1210 ntTSL 3 BASIC22.77■■□□□ 1.24
HMGA1P17096 AP003071.3-201ENST00000562506 366 ntTSL 3 BASIC22.77■■□□□ 1.24
HMGA1P17096 GALNS-213ENST00000569433 723 ntTSL 3 BASIC22.77■■□□□ 1.24
HMGA1P17096 AC127029.2-201ENST00000577329 502 ntTSL 3 BASIC22.77■■□□□ 1.24
HMGA1P17096 TMEM44-211ENST00000473092 1508 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
HMGA1P17096 SAXO1-201ENST00000380530 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.23
HMGA1P17096 SYT6-209ENST00000610222 1707 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.23
HMGA1P17096 NPY4R-201ENST00000374312 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
HMGA1P17096 NPY4R2-201ENST00000576178 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
HMGA1P17096 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
HMGA1P17096 C7orf25-203ENST00000431882 1645 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
HMGA1P17096 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
HMGA1P17096 MLNR-201ENST00000218721 1239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
HMGA1P17096 JSRP1-201ENST00000300961 1138 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
HMGA1P17096 AC062017.1-203ENST00000413029 455 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
HMGA1P17096 DLX3-202ENST00000512495 834 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
HMGA1P17096 CPT2-209ENST00000636935 803 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.5 ms