Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 CCSAP-201ENST00000284617 5121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC3Q9BQI4 HIST2H2AC-201ENST00000331380 390 ntAPPRIS P1 BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC3Q9BQI4 RASGRP2-203ENST00000377486 667 ntTSL 3 BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC3Q9BQI4 TNFRSF18-202ENST00000379265 705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC3Q9BQI4 MOSPD3-202ENST00000379527 1016 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC3Q9BQI4 ITGA9-AS1-210ENST00000457661 738 ntTSL 4 BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC3Q9BQI4 LRRC75A-AS1-202ENST00000470491 1057 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC3Q9BQI4 BRD2-214ENST00000496118 735 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC3Q9BQI4 LGI4-206ENST00000591633 1113 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC3Q9BQI4 SLC35A3-213ENST00000638988 1286 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC3Q9BQI4 TNFRSF11A-207ENST00000639222 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC3Q9BQI4 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC3Q9BQI4 LYRM1-201ENST00000219168 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC3Q9BQI4 GALNT12-201ENST00000375011 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC3Q9BQI4 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC3Q9BQI4 LRRC73-201ENST00000372441 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC3Q9BQI4 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC3Q9BQI4 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC3Q9BQI4 POLD2-207ENST00000452185 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC3Q9BQI4 RAB24-201ENST00000303251 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC3Q9BQI4 AKT1S1-204ENST00000391832 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC3Q9BQI4 AC004528.2-201ENST00000610701 440 ntTSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC3Q9BQI4 SPON2-222ENST00000617421 2156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC3Q9BQI4 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC3Q9BQI4 EML2-209ENST00000587152 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC3Q9BQI4 TRIM14-202ENST00000342043 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC3Q9BQI4 AL391650.1-201ENST00000448923 1468 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC3Q9BQI4 NIPSNAP2-201ENST00000322090 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC3Q9BQI4 PARD3-207ENST00000374788 5996 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC3Q9BQI4 AC096541.1-201ENST00000445070 1807 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC3Q9BQI4 TPSG1-201ENST00000234798 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC3Q9BQI4 NDUFS3-201ENST00000263774 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC3Q9BQI4 IL15RA-201ENST00000379971 588 ntTSL 3 BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC3Q9BQI4 ASRGL1-210ENST00000534571 639 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC3Q9BQI4 FBXL22-201ENST00000360587 1526 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC3Q9BQI4 UCHL5-201ENST00000367448 1534 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC3Q9BQI4 SEPT4-205ENST00000426861 1906 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC3Q9BQI4 FZD9-201ENST00000344575 2338 ntAPPRIS P1 BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC3Q9BQI4 ZDHHC16-203ENST00000353979 1647 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC3Q9BQI4 MCUB-201ENST00000394650 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC3Q9BQI4 TALDO1-201ENST00000319006 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC3Q9BQI4 C5orf49-201ENST00000399810 2385 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC3Q9BQI4 AIDA-202ENST00000355727 1072 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC3Q9BQI4 PPA1-202ENST00000373232 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC3Q9BQI4 DLX3-202ENST00000512495 834 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC3Q9BQI4 LINC02136-201ENST00000567469 530 ntTSL 4 BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC3Q9BQI4 RABGGTA-202ENST00000399409 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC3Q9BQI4 PARD3-214ENST00000545693 5962 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC3Q9BQI4 RELL2-205ENST00000518856 1419 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC3Q9BQI4 RASD1-202ENST00000579152 1404 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC3Q9BQI4 FAM167A-204ENST00000528897 1620 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC3Q9BQI4 ZNF517-207ENST00000531720 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC3Q9BQI4 AC079630.1-202ENST00000618127 1840 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC3Q9BQI4 C7orf26-202ENST00000359073 1762 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC3Q9BQI4 EIF3J-202ENST00000424492 1550 ntTSL 4 BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC3Q9BQI4 RAD21L1-202ENST00000402452 1707 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC3Q9BQI4 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC3Q9BQI4 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC3Q9BQI4 RARA-203ENST00000394086 2008 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC3Q9BQI4 GZMM-201ENST00000264553 940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC3Q9BQI4 UCN-201ENST00000296099 795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC3Q9BQI4 ASMT-202ENST00000381233 989 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC3Q9BQI4 POLR2F-203ENST00000407936 582 ntTSL 3 BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC3Q9BQI4 AC062017.1-203ENST00000413029 455 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC3Q9BQI4 POLR2F-207ENST00000460648 518 ntTSL 4 BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC3Q9BQI4 AC145207.2-202ENST00000576554 565 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC3Q9BQI4 TMEM185B-201ENST00000426077 2131 ntAPPRIS P1 BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC3Q9BQI4 PACRGL-201ENST00000295290 1937 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC3Q9BQI4 GRK4-202ENST00000398051 2068 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC3Q9BQI4 BTBD17-201ENST00000375366 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC3Q9BQI4 GSR-204ENST00000537535 1323 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC3Q9BQI4 TMEM102-201ENST00000323206 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC3Q9BQI4 TMEM102-202ENST00000396568 1962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC3Q9BQI4 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC3Q9BQI4 MFF-208ENST00000409616 1247 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC3Q9BQI4 AC092675.2-201ENST00000413274 541 ntTSL 4 BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC3Q9BQI4 CIRBP-222ENST00000589235 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC3Q9BQI4 FIZ1-205ENST00000592585 489 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC3Q9BQI4 DTNB-206ENST00000404103 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC3Q9BQI4 DACT3-202ENST00000391916 2834 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC3Q9BQI4 UPF1-207ENST00000599848 5311 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC3Q9BQI4 ZFP91-CNTF-201ENST00000389919 2319 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC3Q9BQI4 PDIA2-201ENST00000219406 1698 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC3Q9BQI4 ADARB2-202ENST00000381310 1810 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC3Q9BQI4 HMGA2-206ENST00000536545 1788 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
CCDC3Q9BQI4 CPLX1-203ENST00000505203 2011 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
CCDC3Q9BQI4 TCTEX1D4-201ENST00000339355 763 ntAPPRIS P1 BASIC21.33■■□□□ 1.01
CCDC3Q9BQI4 AC061979.1-201ENST00000532061 434 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
CCDC3Q9BQI4 DISC1-224ENST00000639374 1071 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
CCDC3Q9BQI4 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC21.33■■□□□ 1.01
CCDC3Q9BQI4 IMPA2-201ENST00000269159 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
CCDC3Q9BQI4 MMP21-201ENST00000368808 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
CCDC3Q9BQI4 NRXN2-204ENST00000377559 6413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC3Q9BQI4 ENTPD5-206ENST00000556242 1437 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC3Q9BQI4 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC3Q9BQI4 NFKBIB-201ENST00000313582 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC3Q9BQI4 AC007773.1-201ENST00000592680 972 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC3Q9BQI4 ZNF837-202ENST00000597582 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC3Q9BQI4 WT1-210ENST00000639563 1494 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC3Q9BQI4 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.1 ms