Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 BIN1-202ENST00000316724 2693 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
USP28Q96RU2 PWWP2A-205ENST00000523662 1819 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
USP28Q96RU2 TRH-201ENST00000302649 1978 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
USP28Q96RU2 IQCJ-SCHIP1-203ENST00000476809 1780 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
USP28Q96RU2 HAGHL-212ENST00000564537 1667 ntTSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
USP28Q96RU2 SDC3-202ENST00000339394 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
USP28Q96RU2 AL117332.1-201ENST00000622628 974 ntBASIC25.1■■□□□ 1.61
USP28Q96RU2 HNRNPAB-201ENST00000355836 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
USP28Q96RU2 TRIM54-202ENST00000380075 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
USP28Q96RU2 AC090377.1-201ENST00000585691 1762 ntTSL 3 BASIC25.1■■□□□ 1.61
USP28Q96RU2 POLR2J3-220ENST00000613744 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
USP28Q96RU2 FAM47E-201ENST00000424749 1484 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
USP28Q96RU2 NUDT18-201ENST00000611621 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
USP28Q96RU2 MXRA8-203ENST00000445648 2001 ntTSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
USP28Q96RU2 LRRC75A-201ENST00000409083 2656 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
USP28Q96RU2 SPAG16-201ENST00000272898 1059 ntTSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
USP28Q96RU2 ZNF302-211ENST00000509528 577 ntTSL 4 BASIC25.09■■□□□ 1.61
USP28Q96RU2 CFD-202ENST00000592860 809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
USP28Q96RU2 GFRA4-201ENST00000290417 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
USP28Q96RU2 GPR6-202ENST00000414000 1945 ntTSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
USP28Q96RU2 CNTFR-202ENST00000378980 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
USP28Q96RU2 AC080112.2-201ENST00000578774 2094 ntTSL 4 BASIC25.08■■□□□ 1.61
USP28Q96RU2 LENG1-201ENST00000222224 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
USP28Q96RU2 GTSE1-AS1-202ENST00000623117 1518 ntBASIC25.08■■□□□ 1.61
USP28Q96RU2 AC092490.1-203ENST00000514568 1972 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
USP28Q96RU2 LIMS2-201ENST00000324938 2111 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
USP28Q96RU2 CLYBL-202ENST00000376354 1127 ntTSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
USP28Q96RU2 PICSAR-201ENST00000615826 733 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
USP28Q96RU2 TUBBP5-204ENST00000635438 565 ntTSL 4 BASIC25.08■■□□□ 1.61
USP28Q96RU2 ST3GAL4-213ENST00000530591 1459 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.6
USP28Q96RU2 NKIRAS2-204ENST00000393880 1644 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.6
USP28Q96RU2 FBXW4P1-201ENST00000426721 2239 ntBASIC25.08■■□□□ 1.6
USP28Q96RU2 HOXB7-201ENST00000239165 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
USP28Q96RU2 SDSL-202ENST00000403593 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
USP28Q96RU2 KRT16P3-201ENST00000439127 1283 ntBASIC25.07■■□□□ 1.6
USP28Q96RU2 TIE1-210ENST00000538015 1140 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
USP28Q96RU2 CA15P2-201ENST00000611168 834 ntBASIC25.07■■□□□ 1.6
USP28Q96RU2 SCUBE1-208ENST00000615096 1119 ntTSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
USP28Q96RU2 YY1AP1-214ENST00000407221 2705 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
USP28Q96RU2 MIR222HG-202ENST00000602507 1758 ntTSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
USP28Q96RU2 ANKRD44-204ENST00000409919 1622 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
USP28Q96RU2 POLD2-218ENST00000610533 1619 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
USP28Q96RU2 KPTN-201ENST00000338134 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
USP28Q96RU2 TOP2B-204ENST00000435706 5389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
USP28Q96RU2 AC138028.2-201ENST00000440406 1539 ntTSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
USP28Q96RU2 DOC2A-218ENST00000616445 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
USP28Q96RU2 OAZ2-201ENST00000326005 1934 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
USP28Q96RU2 PHACTR3-202ENST00000359926 2252 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
USP28Q96RU2 MAGIX-207ENST00000615915 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
USP28Q96RU2 BAD-203ENST00000394532 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
USP28Q96RU2 TRADD-202ENST00000486556 1833 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
USP28Q96RU2 FAM66C-208ENST00000541558 2087 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
USP28Q96RU2 EPCAM-202ENST00000405271 1530 ntTSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
USP28Q96RU2 ASRGL1-201ENST00000301776 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
USP28Q96RU2 FNDC11-204ENST00000615526 2954 ntAPPRIS P1 BASIC25.05■■□□□ 1.6
USP28Q96RU2 RAP2A-201ENST00000245304 5487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
USP28Q96RU2 IRF3-207ENST00000593922 1494 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
USP28Q96RU2 GPX4-213ENST00000622390 1002 ntTSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
USP28Q96RU2 HOXA4-201ENST00000360046 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
USP28Q96RU2 ATP8A1-207ENST00000510289 2238 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
USP28Q96RU2 FXYD3-201ENST00000344013 1404 ntTSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
USP28Q96RU2 RNPEP-201ENST00000295640 2427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
USP28Q96RU2 ABHD16B-201ENST00000369916 1491 ntAPPRIS P1 BASIC25.04■■□□□ 1.6
USP28Q96RU2 BID-212ENST00000614949 1988 ntTSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
USP28Q96RU2 PEMT-202ENST00000395781 1050 ntTSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
USP28Q96RU2 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC25.04■■□□□ 1.6
USP28Q96RU2 AC006455.2-201ENST00000429931 906 ntBASIC25.04■■□□□ 1.6
USP28Q96RU2 AC103702.2-201ENST00000433510 1270 ntTSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
USP28Q96RU2 AK3-203ENST00000447596 705 ntTSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
USP28Q96RU2 LRRK1-208ENST00000532029 1241 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
USP28Q96RU2 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
USP28Q96RU2 PLEKHJ1-206ENST00000587962 1311 ntTSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
USP28Q96RU2 MEF2A-207ENST00000558812 2186 ntTSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
USP28Q96RU2 TOP1MT-201ENST00000329245 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
USP28Q96RU2 THOC6-202ENST00000326266 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
USP28Q96RU2 POC1B-209ENST00000549035 2038 ntTSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
USP28Q96RU2 GPR27-201ENST00000304411 2447 ntAPPRIS P1 BASIC25.03■■□□□ 1.6
USP28Q96RU2 CLPSL2-202ENST00000403376 405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
USP28Q96RU2 AC004540.2-202ENST00000451264 508 ntTSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
USP28Q96RU2 MFSD7-203ENST00000404286 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
USP28Q96RU2 TMEM54-201ENST00000329151 871 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
USP28Q96RU2 PRSS21-201ENST00000005995 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
USP28Q96RU2 RASSF1-AS1-201ENST00000629828 790 ntBASIC25.02■■□□□ 1.6
USP28Q96RU2 PEX7-201ENST00000318471 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
USP28Q96RU2 WDR86-207ENST00000621812 1542 ntTSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
USP28Q96RU2 SERPINB5-201ENST00000382771 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
USP28Q96RU2 CHST7-201ENST00000276055 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
USP28Q96RU2 SELENOO-201ENST00000380903 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
USP28Q96RU2 SELENOO-203ENST00000611222 2311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
USP28Q96RU2 AC092384.1-201ENST00000378347 1812 ntTSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
USP28Q96RU2 ST3GAL4-215ENST00000532243 1825 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
USP28Q96RU2 C16orf58-209ENST00000567994 1845 ntTSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
USP28Q96RU2 ARPC4-208ENST00000498623 942 ntTSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
USP28Q96RU2 ADORA2A-AS1-203ENST00000427813 2027 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
USP28Q96RU2 NR2F1-AS1-210ENST00000606739 1431 ntTSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
USP28Q96RU2 STX4-201ENST00000313843 1481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
USP28Q96RU2 HIRA-201ENST00000263208 4053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
USP28Q96RU2 NR5A1-204ENST00000620110 2975 ntTSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
USP28Q96RU2 TMEM64-203ENST00000458549 4997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
USP28Q96RU2 RASGRP2-207ENST00000377497 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 84.4 ms