Protein–RNA interactions for Protein: Q2UY11

Col28a1, Collagen alpha-1(XXVIII) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,141 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col28a1Q2UY11 Phospho1-201ENSMUST00000054173 1910 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.65
Col28a1Q2UY11 Ankrd33b-202ENSMUST00000076942 1641 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
Col28a1Q2UY11 Bnc2-214ENSMUST00000176612 3963 ntTSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.65
Col28a1Q2UY11 Hdgfl3-202ENSMUST00000107305 5887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
Col28a1Q2UY11 Gm10653-201ENSMUST00000132250 1232 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
Col28a1Q2UY11 Gm10653-203ENSMUST00000156423 1232 ntTSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.64
Col28a1Q2UY11 Tpm1-212ENSMUST00000113696 1714 ntTSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.64
Col28a1Q2UY11 Cstf2-202ENSMUST00000113286 2717 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
Col28a1Q2UY11 Sema6d-202ENSMUST00000076335 6276 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
Col28a1Q2UY11 Tsen54-202ENSMUST00000106481 1862 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
Col28a1Q2UY11 Mtmr9-201ENSMUST00000058679 2570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
Col28a1Q2UY11 Slc9a2-203ENSMUST00000192345 2507 ntTSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
Col28a1Q2UY11 Ankrd40-203ENSMUST00000107818 3487 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.07■□□□□ 0.64
Col28a1Q2UY11 Hoxd11-202ENSMUST00000142312 1111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
Col28a1Q2UY11 Baiap2l2-201ENSMUST00000165408 2100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
Col28a1Q2UY11 Nlgn2-201ENSMUST00000056484 5003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
Col28a1Q2UY11 Foxj3-206ENSMUST00000138845 1530 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
Col28a1Q2UY11 Rhov-201ENSMUST00000037360 1703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
Col28a1Q2UY11 Rasgef1a-201ENSMUST00000164960 3284 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
Col28a1Q2UY11 Tmem196-202ENSMUST00000183694 845 ntTSL 3 BASIC19.06■□□□□ 0.64
Col28a1Q2UY11 Gm9748-202ENSMUST00000194881 783 ntTSL 2 BASIC19.06■□□□□ 0.64
Col28a1Q2UY11 Gm35065-201ENSMUST00000199206 428 ntTSL 3 BASIC19.06■□□□□ 0.64
Col28a1Q2UY11 Slc37a3-211ENSMUST00000202749 434 ntTSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
Col28a1Q2UY11 Gadd45a-207ENSMUST00000204369 716 ntTSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
Col28a1Q2UY11 Btbd6-206ENSMUST00000222209 644 ntTSL 3 BASIC19.06■□□□□ 0.64
Col28a1Q2UY11 Pde1b-201ENSMUST00000023132 3218 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
Col28a1Q2UY11 Sco1-202ENSMUST00000108690 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
Col28a1Q2UY11 Matr3-209ENSMUST00000188275 1951 ntTSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
Col28a1Q2UY11 Gab2-201ENSMUST00000004622 6168 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
Col28a1Q2UY11 Adpgk-201ENSMUST00000026266 2464 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
Col28a1Q2UY11 Sec24b-201ENSMUST00000001079 5128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
Col28a1Q2UY11 Cgrrf1-201ENSMUST00000068532 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
Col28a1Q2UY11 Igf2bp2-201ENSMUST00000100052 3899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
Col28a1Q2UY11 Kras-202ENSMUST00000111710 1194 ntTSL 5 BASIC19.05■□□□□ 0.64
Col28a1Q2UY11 Hoxd3os1-204ENSMUST00000156342 796 ntTSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
Col28a1Q2UY11 Plekhj1-201ENSMUST00000036805 1260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
Col28a1Q2UY11 Gm13241-201ENSMUST00000094493 780 ntBASIC19.05■□□□□ 0.64
Col28a1Q2UY11 Syt17-203ENSMUST00000203485 1932 ntTSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
Col28a1Q2UY11 Kcnip2-209ENSMUST00000162528 2395 ntTSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
Col28a1Q2UY11 Uckl1os-201ENSMUST00000122831 2018 ntTSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
Col28a1Q2UY11 Usf2-201ENSMUST00000058860 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
Col28a1Q2UY11 Slc22a23-201ENSMUST00000040336 6251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
Col28a1Q2UY11 Rgs10-205ENSMUST00000145739 564 ntTSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
Col28a1Q2UY11 Gfi1-203ENSMUST00000159164 2648 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
Col28a1Q2UY11 Fbxo4-201ENSMUST00000022791 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
Col28a1Q2UY11 Ube2k-204ENSMUST00000201292 1529 ntTSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
Col28a1Q2UY11 Ovol2-201ENSMUST00000037423 1539 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
Col28a1Q2UY11 Sept7-202ENSMUST00000165594 2516 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.04■□□□□ 0.64
Col28a1Q2UY11 Cdk5r2-201ENSMUST00000160379 2799 ntAPPRIS P1 BASIC19.04■□□□□ 0.64
Col28a1Q2UY11 Prss50-201ENSMUST00000051097 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
Col28a1Q2UY11 Hgsnat-201ENSMUST00000037609 2694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
Col28a1Q2UY11 AC166356.1-201ENSMUST00000228236 1426 ntBASIC19.03■□□□□ 0.64
Col28a1Q2UY11 Prkar2b-201ENSMUST00000003079 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
Col28a1Q2UY11 Amh-201ENSMUST00000036016 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
Col28a1Q2UY11 E2f1-202ENSMUST00000103145 2732 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
Col28a1Q2UY11 Rbm38-201ENSMUST00000029014 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
Col28a1Q2UY11 Zyg11a-202ENSMUST00000106690 2421 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.03■□□□□ 0.64
Col28a1Q2UY11 Gm43034-201ENSMUST00000198678 1364 ntBASIC19.03■□□□□ 0.64
Col28a1Q2UY11 Cobll1-202ENSMUST00000102726 5031 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
Col28a1Q2UY11 Cobll1-203ENSMUST00000112429 5045 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.03■□□□□ 0.64
Col28a1Q2UY11 Timmdc1-201ENSMUST00000002925 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
Col28a1Q2UY11 Pnldc1-201ENSMUST00000163394 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
Col28a1Q2UY11 Mtus2-205ENSMUST00000110515 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
Col28a1Q2UY11 Sp5-201ENSMUST00000100043 2100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
Col28a1Q2UY11 Nectin3-201ENSMUST00000023334 3062 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
Col28a1Q2UY11 Hpse-202ENSMUST00000112908 1958 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
Col28a1Q2UY11 Cryzl1-203ENSMUST00000117644 1727 ntTSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.63
Col28a1Q2UY11 Zcchc24-201ENSMUST00000069180 4556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.63
Col28a1Q2UY11 Lacc1-201ENSMUST00000062789 2444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.63
Col28a1Q2UY11 Cerk-201ENSMUST00000044332 4518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.63
Col28a1Q2UY11 Carm1-202ENSMUST00000115394 3320 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.02■□□□□ 0.63
Col28a1Q2UY11 Tspan17-201ENSMUST00000026993 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.63
Col28a1Q2UY11 Irx3-202ENSMUST00000175795 2748 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.63
Col28a1Q2UY11 Sos2-206ENSMUST00000183277 4512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.01■□□□□ 0.63
Col28a1Q2UY11 Slc35f4-202ENSMUST00000123534 2748 ntTSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
Col28a1Q2UY11 Ostc-201ENSMUST00000043937 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
Col28a1Q2UY11 Tmem74b-202ENSMUST00000109872 1399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
Col28a1Q2UY11 Rnf146-203ENSMUST00000160372 1948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
Col28a1Q2UY11 6330403K07Rik-201ENSMUST00000156068 1494 ntTSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
Col28a1Q2UY11 Paics-203ENSMUST00000120912 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
Col28a1Q2UY11 Mark2-206ENSMUST00000164205 3104 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
Col28a1Q2UY11 Zfp335os-201ENSMUST00000129364 1127 ntTSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
Col28a1Q2UY11 Sumf1-203ENSMUST00000167338 1044 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19■□□□□ 0.63
Col28a1Q2UY11 Nfe2-201ENSMUST00000075192 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
Col28a1Q2UY11 Tmem250-ps-201ENSMUST00000133808 2483 ntTSL 2 BASIC19■□□□□ 0.63
Col28a1Q2UY11 Foxj2-201ENSMUST00000003238 5283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
Col28a1Q2UY11 Cnr1-201ENSMUST00000057188 5807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
Col28a1Q2UY11 Cpsf4-202ENSMUST00000160422 1756 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.99■□□□□ 0.63
Col28a1Q2UY11 Pomgnt1-203ENSMUST00000106498 2719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
Col28a1Q2UY11 Gm572-201ENSMUST00000105698 1385 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.99■□□□□ 0.63
Col28a1Q2UY11 Ssbp1-205ENSMUST00000121360 1188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
Col28a1Q2UY11 A030005L19Rik-201ENSMUST00000220768 806 ntAPPRIS P1 BASIC18.99■□□□□ 0.63
Col28a1Q2UY11 Map1lc3a-201ENSMUST00000029128 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
Col28a1Q2UY11 H2-Q2-201ENSMUST00000074806 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
Col28a1Q2UY11 Meis3-201ENSMUST00000002495 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
Col28a1Q2UY11 Tmem123-201ENSMUST00000052865 2907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
Col28a1Q2UY11 Hs3st4-201ENSMUST00000106437 3189 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.99■□□□□ 0.63
Col28a1Q2UY11 Zmym3-207ENSMUST00000120201 1859 ntTSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
Col28a1Q2UY11 Gas2-203ENSMUST00000107591 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
Col28a1Q2UY11 Cep57-209ENSMUST00000148086 2467 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 219 ms