Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 RAB24-201ENST00000303251 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
CCDC87Q9NVE4 CAMKMT-202ENST00000402247 665 ntTSL 2 BASIC28.5■■■□□ 2.15
CCDC87Q9NVE4 FGF12-AS2-201ENST00000443165 580 ntTSL 4 BASIC28.5■■■□□ 2.15
CCDC87Q9NVE4 PON2-218ENST00000633531 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
CCDC87Q9NVE4 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC28.5■■■□□ 2.15
CCDC87Q9NVE4 RASD1-202ENST00000579152 1404 ntTSL 2 BASIC28.5■■■□□ 2.15
CCDC87Q9NVE4 STMN4-204ENST00000519997 1623 ntTSL 2 BASIC28.5■■■□□ 2.15
CCDC87Q9NVE4 AC144652.1-201ENST00000609974 1624 ntBASIC28.5■■■□□ 2.15
CCDC87Q9NVE4 EIF3J-202ENST00000424492 1550 ntTSL 4 BASIC28.5■■■□□ 2.15
CCDC87Q9NVE4 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
CCDC87Q9NVE4 LINC01529-204ENST00000636474 1715 ntBASIC28.49■■■□□ 2.15
CCDC87Q9NVE4 UBALD1-208ENST00000591401 1305 ntTSL 5 BASIC28.49■■■□□ 2.15
CCDC87Q9NVE4 TLX1-203ENST00000467928 1838 ntTSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
CCDC87Q9NVE4 NFKBIB-201ENST00000313582 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
CCDC87Q9NVE4 PRKCZ-AS1-201ENST00000333854 1253 ntTSL 2 BASIC28.49■■■□□ 2.15
CCDC87Q9NVE4 CLN3-207ENST00000395653 1430 ntTSL 5 BASIC28.49■■■□□ 2.15
CCDC87Q9NVE4 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
CCDC87Q9NVE4 STX4-202ENST00000394998 1498 ntTSL 2 BASIC28.48■■■□□ 2.15
CCDC87Q9NVE4 YIF1B-202ENST00000337679 1257 ntTSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
CCDC87Q9NVE4 TCTEX1D4-201ENST00000339355 763 ntAPPRIS P1 BASIC28.48■■■□□ 2.15
CCDC87Q9NVE4 PGAP3-204ENST00000429199 970 ntTSL 2 BASIC28.48■■■□□ 2.15
CCDC87Q9NVE4 AC145207.2-202ENST00000576554 565 ntTSL 5 BASIC28.48■■■□□ 2.15
CCDC87Q9NVE4 CIRBP-222ENST00000589235 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC28.48■■■□□ 2.15
CCDC87Q9NVE4 NIPSNAP2-205ENST00000446778 1882 ntTSL 2 BASIC28.48■■■□□ 2.15
CCDC87Q9NVE4 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
CCDC87Q9NVE4 SIRT7-201ENST00000328666 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
CCDC87Q9NVE4 IRF3-228ENST00000601291 1556 ntTSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
CCDC87Q9NVE4 GZMM-201ENST00000264553 940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
CCDC87Q9NVE4 OLFM1-206ENST00000371799 961 ntTSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
CCDC87Q9NVE4 ZFAS1-206ENST00000450535 1075 ntTSL 3 BASIC28.47■■■□□ 2.15
CCDC87Q9NVE4 BOP1-205ENST00000569669 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
CCDC87Q9NVE4 PITX1-205ENST00000506438 1305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
CCDC87Q9NVE4 LEF1-AS1-207ENST00000512637 1675 ntTSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
CCDC87Q9NVE4 AC012645.1-201ENST00000515455 1650 ntTSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
CCDC87Q9NVE4 KRT18P61-201ENST00000585825 1298 ntBASIC28.46■■■□□ 2.15
CCDC87Q9NVE4 AL032819.3-201ENST00000640283 925 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.46■■■□□ 2.15
CCDC87Q9NVE4 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
CCDC87Q9NVE4 MYCL-201ENST00000372815 1944 ntTSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.15
CCDC87Q9NVE4 SAMD8-202ENST00000372690 1654 ntTSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.15
CCDC87Q9NVE4 RILP-201ENST00000301336 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.15
CCDC87Q9NVE4 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.45■■■□□ 2.15
CCDC87Q9NVE4 ASMT-202ENST00000381233 989 ntTSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
CCDC87Q9NVE4 AC068385.1-201ENST00000533218 409 ntTSL 3 BASIC28.45■■■□□ 2.14
CCDC87Q9NVE4 GPR35-204ENST00000430267 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.45■■■□□ 2.14
CCDC87Q9NVE4 PRDM13-202ENST00000369215 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
CCDC87Q9NVE4 STYXL1-204ENST00000360591 1127 ntTSL 5 BASIC28.44■■■□□ 2.14
CCDC87Q9NVE4 IDNK-204ENST00000454393 1210 ntTSL 3 BASIC28.44■■■□□ 2.14
CCDC87Q9NVE4 LRRC75A-AS1-202ENST00000470491 1057 ntTSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
CCDC87Q9NVE4 TK2-208ENST00000545043 1120 ntTSL 2 BASIC28.44■■■□□ 2.14
CCDC87Q9NVE4 LINC02136-201ENST00000567469 530 ntTSL 4 BASIC28.44■■■□□ 2.14
CCDC87Q9NVE4 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
CCDC87Q9NVE4 AP002761.3-201ENST00000546324 1695 ntTSL 2 BASIC28.44■■■□□ 2.14
CCDC87Q9NVE4 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
CCDC87Q9NVE4 NAAA-204ENST00000507187 1750 ntTSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
CCDC87Q9NVE4 ERI3-201ENST00000372257 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
CCDC87Q9NVE4 PHLDA3-201ENST00000367309 896 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.43■■■□□ 2.14
CCDC87Q9NVE4 MPRIP-203ENST00000395806 527 ntTSL 3 BASIC28.43■■■□□ 2.14
CCDC87Q9NVE4 TNIP2-206ENST00000510267 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.43■■■□□ 2.14
CCDC87Q9NVE4 SLC25A5-AS1-202ENST00000445759 1616 ntTSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
CCDC87Q9NVE4 FBXL22-201ENST00000360587 1526 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
CCDC87Q9NVE4 MME-202ENST00000382989 1319 ntTSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
CCDC87Q9NVE4 TRIM14-202ENST00000342043 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
CCDC87Q9NVE4 GAS2L1-201ENST00000406549 1803 ntTSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
CCDC87Q9NVE4 NDUFB2-207ENST00000465506 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
CCDC87Q9NVE4 TMEM41B-205ENST00000533723 723 ntTSL 2 BASIC28.42■■■□□ 2.14
CCDC87Q9NVE4 TMEM182-210ENST00000639249 1025 ntTSL 5 BASIC28.42■■■□□ 2.14
CCDC87Q9NVE4 ZNF517-207ENST00000531720 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
CCDC87Q9NVE4 ESR2-202ENST00000341099 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
CCDC87Q9NVE4 BIN1-201ENST00000259238 2338 ntTSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
CCDC87Q9NVE4 TMEM41B-207ENST00000611268 1440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
CCDC87Q9NVE4 PPP1R1B-201ENST00000254079 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
CCDC87Q9NVE4 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
CCDC87Q9NVE4 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
CCDC87Q9NVE4 SMCO4-201ENST00000298966 1104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
CCDC87Q9NVE4 MFF-208ENST00000409616 1247 ntTSL 5 BASIC28.41■■■□□ 2.14
CCDC87Q9NVE4 TMEM121-201ENST00000392519 1532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
CCDC87Q9NVE4 KRT72-201ENST00000293745 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
CCDC87Q9NVE4 RELL2-205ENST00000518856 1419 ntTSL 5 BASIC28.41■■■□□ 2.14
CCDC87Q9NVE4 ZDHHC16-203ENST00000353979 1647 ntTSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
CCDC87Q9NVE4 NEDD8-201ENST00000250495 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
CCDC87Q9NVE4 NXNL2-201ENST00000375854 805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.4■■■□□ 2.14
CCDC87Q9NVE4 ADAD2-202ENST00000315906 1995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
CCDC87Q9NVE4 NMI-201ENST00000243346 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
CCDC87Q9NVE4 P2RX4-211ENST00000543171 1777 ntTSL 5 BASIC28.39■■■□□ 2.14
CCDC87Q9NVE4 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.39■■■□□ 2.14
CCDC87Q9NVE4 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.39■■■□□ 2.14
CCDC87Q9NVE4 UBE2D3-201ENST00000321805 1087 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.39■■■□□ 2.14
CCDC87Q9NVE4 PXK-202ENST00000356151 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
CCDC87Q9NVE4 SCAND1-202ENST00000373991 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
CCDC87Q9NVE4 IFNGR2-202ENST00000381995 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.39■■■□□ 2.14
CCDC87Q9NVE4 POLR2F-203ENST00000407936 582 ntTSL 3 BASIC28.39■■■□□ 2.14
CCDC87Q9NVE4 DALRD3-206ENST00000441576 1706 ntTSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
CCDC87Q9NVE4 LINC00969-219ENST00000453324 1439 ntTSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
CCDC87Q9NVE4 POLR2F-207ENST00000460648 518 ntTSL 4 BASIC28.39■■■□□ 2.14
CCDC87Q9NVE4 AC080038.1-201ENST00000611274 1154 ntBASIC28.39■■■□□ 2.14
CCDC87Q9NVE4 STK19-202ENST00000375333 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
CCDC87Q9NVE4 AC099681.3-201ENST00000421500 939 ntTSL 4 BASIC28.38■■■□□ 2.13
CCDC87Q9NVE4 AC006015.1-201ENST00000429970 570 ntBASIC28.38■■■□□ 2.13
CCDC87Q9NVE4 AC061979.1-201ENST00000532061 434 ntTSL 5 BASIC28.38■■■□□ 2.13
CCDC87Q9NVE4 NDUFA6-AS1-207ENST00000595777 833 ntTSL 5 BASIC28.38■■■□□ 2.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17 ms