Protein–RNA interactions for Protein: P11260

Lire1, LINE-1 retrotransposable element ORF1 protein, mousemouse

Predictions only

Length 357 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Lire1P11260 Nsmf-213ENSMUST00000140737 862 ntTSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
Lire1P11260 4933406I18Rik-202ENSMUST00000163996 904 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
Lire1P11260 Gm20548-204ENSMUST00000174528 791 ntTSL 3 BASIC18.52■□□□□ 0.56
Lire1P11260 Tex30-208ENSMUST00000147571 1360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
Lire1P11260 Txn2-204ENSMUST00000109748 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
Lire1P11260 E130311K13Rik-201ENSMUST00000061706 1640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
Lire1P11260 Pcf11-201ENSMUST00000119954 5995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
Lire1P11260 Atad2b-201ENSMUST00000045664 8035 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.55
Lire1P11260 Glp1r-201ENSMUST00000114574 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
Lire1P11260 Srm-201ENSMUST00000006611 1338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Lire1P11260 Snrnp40-201ENSMUST00000105994 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Lire1P11260 Ccdc50-201ENSMUST00000039443 2192 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Lire1P11260 Dleu2-203ENSMUST00000182259 1437 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Lire1P11260 Smim19-201ENSMUST00000033935 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Lire1P11260 Adssl1-201ENSMUST00000021726 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Lire1P11260 Cyb5r4-201ENSMUST00000168529 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Lire1P11260 Ints11-201ENSMUST00000030901 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Lire1P11260 Gm13620-201ENSMUST00000131198 511 ntTSL 3 BASIC18.51■□□□□ 0.55
Lire1P11260 Tcte2-201ENSMUST00000053376 1105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Lire1P11260 Sirt1-201ENSMUST00000020257 3905 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Lire1P11260 4732440D04Rik-203ENSMUST00000191825 5428 ntBASIC18.51■□□□□ 0.55
Lire1P11260 Ptov1-201ENSMUST00000046575 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Lire1P11260 Ccnd3-201ENSMUST00000037333 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Lire1P11260 Raph1-202ENSMUST00000090293 2409 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
Lire1P11260 Sugct-201ENSMUST00000068545 1701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Lire1P11260 Uap1-203ENSMUST00000111351 2287 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Lire1P11260 Uap1-201ENSMUST00000027981 2283 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Lire1P11260 Gclm-206ENSMUST00000178826 1002 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
Lire1P11260 5930403N24Rik-204ENSMUST00000217338 337 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
Lire1P11260 Gm9780-202ENSMUST00000184915 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Lire1P11260 Tnrc18-201ENSMUST00000151477 6487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Lire1P11260 Hirip3-201ENSMUST00000037248 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Lire1P11260 Hmbox1-204ENSMUST00000175905 1715 ntTSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
Lire1P11260 Anapc5-203ENSMUST00000196640 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Lire1P11260 D630002J18Rik-201ENSMUST00000181854 1115 ntBASIC18.49■□□□□ 0.55
Lire1P11260 Ttc39b-201ENSMUST00000030205 842 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Lire1P11260 Trmt112-201ENSMUST00000088257 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Lire1P11260 Fam118b-201ENSMUST00000059057 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Lire1P11260 Zfp579-201ENSMUST00000108572 2157 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
Lire1P11260 Larp1-201ENSMUST00000071487 6614 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
Lire1P11260 Mbnl3-203ENSMUST00000114876 2243 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Lire1P11260 Zc3h8-201ENSMUST00000028866 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Lire1P11260 Htra2-202ENSMUST00000113962 1305 ntTSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
Lire1P11260 Six3-203ENSMUST00000176081 3680 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
Lire1P11260 Rps6ka2-201ENSMUST00000024575 5404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
Lire1P11260 Ezh2-204ENSMUST00000114618 2775 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
Lire1P11260 Klf15-201ENSMUST00000032174 2373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
Lire1P11260 Matn4-203ENSMUST00000109358 2056 ntTSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
Lire1P11260 Inhbb-201ENSMUST00000038765 4255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
Lire1P11260 Dcbld1-203ENSMUST00000218582 2795 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
Lire1P11260 Ndufs2-201ENSMUST00000013737 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
Lire1P11260 Oser1-201ENSMUST00000046908 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
Lire1P11260 Cacul1-203ENSMUST00000166712 5700 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
Lire1P11260 Morf4l1-201ENSMUST00000085248 1882 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
Lire1P11260 Hgsnat-201ENSMUST00000037609 2694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
Lire1P11260 Gnas-206ENSMUST00000109084 1695 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
Lire1P11260 Prpf19-201ENSMUST00000025642 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
Lire1P11260 Mtmr9-201ENSMUST00000058679 2570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
Lire1P11260 Tmem230-202ENSMUST00000110163 1551 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.47■□□□□ 0.55
Lire1P11260 D030062O11Rik-201ENSMUST00000192660 2806 ntBASIC18.47■□□□□ 0.55
Lire1P11260 Hrh3-201ENSMUST00000056480 2706 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
Lire1P11260 1700008J07Rik-201ENSMUST00000185351 2432 ntBASIC18.47■□□□□ 0.55
Lire1P11260 5730507C01Rik-201ENSMUST00000063216 2431 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
Lire1P11260 9530036O11Rik-201ENSMUST00000180878 876 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
Lire1P11260 Bag1-201ENSMUST00000030125 1295 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
Lire1P11260 Dusp15-201ENSMUST00000037715 715 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
Lire1P11260 Ccdc74a-201ENSMUST00000056962 1273 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
Lire1P11260 Fmnl2-201ENSMUST00000049483 5461 ntTSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
Lire1P11260 Hyal2-201ENSMUST00000010191 1893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
Lire1P11260 Cdkl3-207ENSMUST00000109080 2749 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
Lire1P11260 Rnf26-201ENSMUST00000056328 2724 ntAPPRIS P2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
Lire1P11260 Sh2b3-203ENSMUST00000118580 2393 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
Lire1P11260 Cebpa-201ENSMUST00000042985 2626 ntAPPRIS P1 BASIC18.47■□□□□ 0.55
Lire1P11260 Psmd11-214ENSMUST00000173938 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
Lire1P11260 AC158990.1-201ENSMUST00000221450 2016 ntBASIC18.46■□□□□ 0.55
Lire1P11260 Ube2b-201ENSMUST00000020657 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
Lire1P11260 Klhl8-201ENSMUST00000031254 3193 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
Lire1P11260 Gm17324-201ENSMUST00000165499 922 ntAPPRIS P1 BASIC18.46■□□□□ 0.55
Lire1P11260 6330562C20Rik-201ENSMUST00000098867 784 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
Lire1P11260 Lipt2-201ENSMUST00000032967 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
Lire1P11260 Olig3-201ENSMUST00000053225 2072 ntAPPRIS P1 BASIC18.46■□□□□ 0.55
Lire1P11260 Ebf3-201ENSMUST00000033378 4838 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
Lire1P11260 Chml-203ENSMUST00000210367 1324 ntTSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
Lire1P11260 Rasgrf2-206ENSMUST00000216219 2115 ntTSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
Lire1P11260 Mgea5-201ENSMUST00000026243 5024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
Lire1P11260 Txnrd2-213ENSMUST00000178093 1785 ntTSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
Lire1P11260 Gng12-202ENSMUST00000114222 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
Lire1P11260 Cep57-209ENSMUST00000148086 2467 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
Lire1P11260 Cd83-201ENSMUST00000015540 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
Lire1P11260 Whrn-208ENSMUST00000119294 2632 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
Lire1P11260 Mcoln1-201ENSMUST00000004683 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
Lire1P11260 Tmem59-202ENSMUST00000106753 1148 ntTSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
Lire1P11260 E130307A14Rik-202ENSMUST00000133302 438 ntTSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
Lire1P11260 Psmg4-202ENSMUST00000147632 555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
Lire1P11260 Sumf1-206ENSMUST00000172188 723 ntTSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
Lire1P11260 1700051O22Rik-202ENSMUST00000195451 638 ntBASIC18.45■□□□□ 0.54
Lire1P11260 Gm45417-201ENSMUST00000209533 758 ntBASIC18.45■□□□□ 0.54
Lire1P11260 Kmt5b-201ENSMUST00000005518 1283 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
Lire1P11260 Nfkbil1-201ENSMUST00000048994 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
Lire1P11260 Mmadhc-201ENSMUST00000102769 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 16.2 ms