Protein–RNA interactions for Protein: A6NC98

CCDC88B, Coiled-coil domain-containing protein 88B, humanhuman

Predictions only

Length 1,476 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC88BA6NC98 AVPR2-203ENST00000370049 1307 ntTSL 1 (best) BASIC39.19■■■■□ 3.86
CCDC88BA6NC98 BBC3-203ENST00000439096 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.19■■■■□ 3.86
CCDC88BA6NC98 LINC02136-201ENST00000567469 530 ntTSL 4 BASIC39.19■■■■□ 3.86
CCDC88BA6NC98 AC004528.2-201ENST00000610701 440 ntTSL 5 BASIC39.19■■■■□ 3.86
CCDC88BA6NC98 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.19■■■■□ 3.86
CCDC88BA6NC98 P2RX4-211ENST00000543171 1777 ntTSL 5 BASIC39.19■■■■□ 3.86
CCDC88BA6NC98 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC39.19■■■■□ 3.86
CCDC88BA6NC98 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC39.19■■■■□ 3.86
CCDC88BA6NC98 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC39.18■■■■□ 3.86
CCDC88BA6NC98 PHLDA3-201ENST00000367309 896 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC39.18■■■■□ 3.86
CCDC88BA6NC98 LGI4-206ENST00000591633 1113 ntTSL 1 (best) BASIC39.18■■■■□ 3.86
CCDC88BA6NC98 AP001160.5-201ENST00000636508 485 ntAPPRIS P1 BASIC39.18■■■■□ 3.86
CCDC88BA6NC98 FBRSL1-201ENST00000434748 5568 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC39.18■■■■□ 3.86
CCDC88BA6NC98 RILP-201ENST00000301336 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.18■■■■□ 3.86
CCDC88BA6NC98 STX4-202ENST00000394998 1498 ntTSL 2 BASIC39.18■■■■□ 3.86
CCDC88BA6NC98 TLX1-203ENST00000467928 1838 ntTSL 1 (best) BASIC39.18■■■■□ 3.86
CCDC88BA6NC98 YIF1B-202ENST00000337679 1257 ntTSL 1 (best) BASIC39.17■■■■□ 3.86
CCDC88BA6NC98 VIM-AS1-202ENST00000605833 918 ntTSL 3 BASIC39.17■■■■□ 3.86
CCDC88BA6NC98 MPRIP-203ENST00000395806 527 ntTSL 3 BASIC39.17■■■■□ 3.86
CCDC88BA6NC98 NDUFB2-207ENST00000465506 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.17■■■■□ 3.86
CCDC88BA6NC98 GNAO1-211ENST00000570235 568 ntTSL 2 BASIC39.17■■■■□ 3.86
CCDC88BA6NC98 AC105233.4-201ENST00000642045 216 ntBASIC39.17■■■■□ 3.86
CCDC88BA6NC98 TMEM41B-207ENST00000611268 1440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.17■■■■□ 3.86
CCDC88BA6NC98 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC39.16■■■■□ 3.86
CCDC88BA6NC98 TTC34-202ENST00000637179 1775 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC39.16■■■■□ 3.86
CCDC88BA6NC98 UQCR11-202ENST00000589880 504 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC39.16■■■■□ 3.86
CCDC88BA6NC98 GNAS-201ENST00000265620 1866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC39.15■■■■□ 3.86
CCDC88BA6NC98 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC39.15■■■■□ 3.86
CCDC88BA6NC98 LINC00969-219ENST00000453324 1439 ntTSL 1 (best) BASIC39.15■■■■□ 3.86
CCDC88BA6NC98 ZFAS1-206ENST00000450535 1075 ntTSL 3 BASIC39.15■■■■□ 3.86
CCDC88BA6NC98 SLC25A39-201ENST00000225308 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC39.15■■■■□ 3.86
CCDC88BA6NC98 IDNK-204ENST00000454393 1210 ntTSL 3 BASIC39.14■■■■□ 3.86
CCDC88BA6NC98 SIRT7-201ENST00000328666 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.14■■■■□ 3.86
CCDC88BA6NC98 C4orf19-202ENST00000381980 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.13■■■■□ 3.85
CCDC88BA6NC98 TNIP2-206ENST00000510267 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC39.13■■■■□ 3.85
CCDC88BA6NC98 HLA-L-209ENST00000420110 1011 ntBASIC39.13■■■■□ 3.85
CCDC88BA6NC98 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC39.13■■■■□ 3.85
CCDC88BA6NC98 TRIM14-202ENST00000342043 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.13■■■■□ 3.85
CCDC88BA6NC98 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC39.13■■■■□ 3.85
CCDC88BA6NC98 UBALD1-208ENST00000591401 1305 ntTSL 5 BASIC39.13■■■■□ 3.85
CCDC88BA6NC98 GAS2L1-201ENST00000406549 1803 ntTSL 1 (best) BASIC39.13■■■■□ 3.85
CCDC88BA6NC98 ERI3-201ENST00000372257 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.12■■■■□ 3.85
CCDC88BA6NC98 ACYP2-201ENST00000303536 789 ntTSL 2 BASIC39.12■■■■□ 3.85
CCDC88BA6NC98 UBE2D3-201ENST00000321805 1087 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC39.12■■■■□ 3.85
CCDC88BA6NC98 AL032819.3-201ENST00000640283 925 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC39.12■■■■□ 3.85
CCDC88BA6NC98 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.12■■■■□ 3.85
CCDC88BA6NC98 SAMD8-202ENST00000372690 1654 ntTSL 1 (best) BASIC39.12■■■■□ 3.85
CCDC88BA6NC98 IRF3-228ENST00000601291 1556 ntTSL 1 (best) BASIC39.12■■■■□ 3.85
CCDC88BA6NC98 PPP1R1B-201ENST00000254079 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.11■■■■□ 3.85
CCDC88BA6NC98 TPSG1-201ENST00000234798 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.11■■■■□ 3.85
CCDC88BA6NC98 GZMM-201ENST00000264553 940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.11■■■■□ 3.85
CCDC88BA6NC98 UBE2J2-203ENST00000360466 1047 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC39.11■■■■□ 3.85
CCDC88BA6NC98 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.11■■■■□ 3.85
CCDC88BA6NC98 ZNF517-207ENST00000531720 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.11■■■■□ 3.85
CCDC88BA6NC98 AL021707.1-201ENST00000416406 500 ntTSL 3 BASIC39.11■■■■□ 3.85
CCDC88BA6NC98 AL590128.2-201ENST00000442889 415 ntTSL 3 BASIC39.11■■■■□ 3.85
CCDC88BA6NC98 ABHD14A-202ENST00000458031 1113 ntTSL 5 BASIC39.11■■■■□ 3.85
CCDC88BA6NC98 FBXL22-201ENST00000360587 1526 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC39.1■■■■□ 3.85
CCDC88BA6NC98 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC39.1■■■■□ 3.85
CCDC88BA6NC98 TMEM191B-201ENST00000612978 1220 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC39.1■■■■□ 3.85
CCDC88BA6NC98 RNF114-202ENST00000622920 1284 ntTSL 5 BASIC39.1■■■■□ 3.85
CCDC88BA6NC98 STK19-202ENST00000375333 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC39.1■■■■□ 3.85
CCDC88BA6NC98 LRRC73-201ENST00000372441 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.1■■■■□ 3.85
CCDC88BA6NC98 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC39.09■■■■□ 3.85
CCDC88BA6NC98 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.09■■■■□ 3.85
CCDC88BA6NC98 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC39.09■■■■□ 3.85
CCDC88BA6NC98 MYCL-201ENST00000372815 1944 ntTSL 1 (best) BASIC39.09■■■■□ 3.85
CCDC88BA6NC98 NUDT14-202ENST00000392568 845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.09■■■■□ 3.85
CCDC88BA6NC98 LRRC75A-AS1-202ENST00000470491 1057 ntTSL 1 (best) BASIC39.09■■■■□ 3.85
CCDC88BA6NC98 RELL2-205ENST00000518856 1419 ntTSL 5 BASIC39.09■■■■□ 3.85
CCDC88BA6NC98 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.09■■■■□ 3.85
CCDC88BA6NC98 ADAD2-202ENST00000315906 1995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC39.08■■■■□ 3.85
CCDC88BA6NC98 IFNGR2-202ENST00000381995 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC39.08■■■■□ 3.85
CCDC88BA6NC98 PRDM13-202ENST00000369215 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.08■■■■□ 3.85
CCDC88BA6NC98 ASMT-202ENST00000381233 989 ntTSL 1 (best) BASIC39.08■■■■□ 3.85
CCDC88BA6NC98 AC073343.2-201ENST00000413182 548 ntTSL 4 BASIC39.08■■■■□ 3.85
CCDC88BA6NC98 VGLL4-208ENST00000424529 1025 ntTSL 1 (best) BASIC39.08■■■■□ 3.85
CCDC88BA6NC98 FGF12-AS2-201ENST00000443165 580 ntTSL 4 BASIC39.08■■■■□ 3.85
CCDC88BA6NC98 IDH2-203ENST00000559482 1278 ntTSL 5 BASIC39.08■■■■□ 3.85
CCDC88BA6NC98 RNASEH2B-206ENST00000611510 1257 ntTSL 5 BASIC39.08■■■■□ 3.85
CCDC88BA6NC98 STMN4-204ENST00000519997 1623 ntTSL 2 BASIC39.08■■■■□ 3.85
CCDC88BA6NC98 BIN1-201ENST00000259238 2338 ntTSL 1 (best) BASIC39.08■■■■□ 3.85
CCDC88BA6NC98 DALRD3-206ENST00000441576 1706 ntTSL 1 (best) BASIC39.08■■■■□ 3.85
CCDC88BA6NC98 NAAA-204ENST00000507187 1750 ntTSL 1 (best) BASIC39.07■■■■□ 3.85
CCDC88BA6NC98 PXK-202ENST00000356151 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.07■■■■□ 3.85
CCDC88BA6NC98 STYXL1-204ENST00000360591 1127 ntTSL 5 BASIC39.07■■■■□ 3.85
CCDC88BA6NC98 AC061979.1-201ENST00000532061 434 ntTSL 5 BASIC39.07■■■■□ 3.85
CCDC88BA6NC98 SPRED3-202ENST00000586301 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC39.07■■■■□ 3.84
CCDC88BA6NC98 LINC01529-204ENST00000636474 1715 ntBASIC39.06■■■■□ 3.84
CCDC88BA6NC98 AC012414.4-201ENST00000560839 1074 ntTSL 5 BASIC39.06■■■■□ 3.84
CCDC88BA6NC98 AC060814.5-201ENST00000630916 1074 ntTSL 2 BASIC39.06■■■■□ 3.84
CCDC88BA6NC98 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC39.06■■■■□ 3.84
CCDC88BA6NC98 TNFRSF18-202ENST00000379265 705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC39.05■■■■□ 3.84
CCDC88BA6NC98 MFF-208ENST00000409616 1247 ntTSL 5 BASIC39.05■■■■□ 3.84
CCDC88BA6NC98 AC092468.1-201ENST00000491321 562 ntTSL 4 BASIC39.05■■■■□ 3.84
CCDC88BA6NC98 SLC25A5-AS1-202ENST00000445759 1616 ntTSL 1 (best) BASIC39.05■■■■□ 3.84
CCDC88BA6NC98 IMPA2-201ENST00000269159 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.05■■■■□ 3.84
CCDC88BA6NC98 UCHL5-201ENST00000367448 1534 ntTSL 1 (best) BASIC39.05■■■■□ 3.84
CCDC88BA6NC98 NXT1-201ENST00000254998 1123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.05■■■■□ 3.84
CCDC88BA6NC98 BCKDHB-203ENST00000369760 743 ntTSL 3 BASIC39.05■■■■□ 3.84
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.9 ms