Protein–RNA interactions for Protein: Q9UGP4

LIMD1, LIM domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 676 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMD1Q9UGP4 UBXN2A-202ENST00000404924 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
LIMD1Q9UGP4 SMOX-203ENST00000339123 2074 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
LIMD1Q9UGP4 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
LIMD1Q9UGP4 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
LIMD1Q9UGP4 FAM53B-201ENST00000280780 1568 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
LIMD1Q9UGP4 RASGRP2-203ENST00000377486 667 ntTSL 3 BASIC23.41■■□□□ 1.34
LIMD1Q9UGP4 FGF12-AS2-201ENST00000443165 580 ntTSL 4 BASIC23.41■■□□□ 1.34
LIMD1Q9UGP4 LRRK1-208ENST00000532029 1241 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
LIMD1Q9UGP4 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
LIMD1Q9UGP4 MAP3K5-201ENST00000359015 5197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
LIMD1Q9UGP4 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
LIMD1Q9UGP4 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
LIMD1Q9UGP4 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
LIMD1Q9UGP4 NINJ1-201ENST00000375446 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
LIMD1Q9UGP4 MPV17L-202ENST00000396385 1037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
LIMD1Q9UGP4 CAMKMT-202ENST00000402247 665 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
LIMD1Q9UGP4 CCDC115-202ENST00000409127 1247 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
LIMD1Q9UGP4 PRKCQ-AS1-204ENST00000455810 920 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
LIMD1Q9UGP4 VIM-AS1-202ENST00000605833 918 ntTSL 3 BASIC23.4■■□□□ 1.34
LIMD1Q9UGP4 TNFRSF11A-207ENST00000639222 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
LIMD1Q9UGP4 GALK1-201ENST00000225614 1445 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
LIMD1Q9UGP4 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
LIMD1Q9UGP4 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
LIMD1Q9UGP4 BICDL2-203ENST00000572449 1984 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
LIMD1Q9UGP4 IQCJ-SCHIP1-203ENST00000476809 1780 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
LIMD1Q9UGP4 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
LIMD1Q9UGP4 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
LIMD1Q9UGP4 LENG1-201ENST00000222224 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
LIMD1Q9UGP4 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.34
LIMD1Q9UGP4 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.34
LIMD1Q9UGP4 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.34
LIMD1Q9UGP4 MIR31HG-201ENST00000304425 745 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
LIMD1Q9UGP4 HES6-202ENST00000409002 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
LIMD1Q9UGP4 POLR2H-204ENST00000438240 994 ntTSL 3 BASIC23.39■■□□□ 1.33
LIMD1Q9UGP4 MIR6089-201ENST00000616698 64 ntBASIC23.39■■□□□ 1.33
LIMD1Q9UGP4 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
LIMD1Q9UGP4 SLC35C1-202ENST00000442528 1756 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
LIMD1Q9UGP4 TARBP1-201ENST00000040877 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
LIMD1Q9UGP4 AC141586.4-201ENST00000624558 1573 ntBASIC23.39■■□□□ 1.33
LIMD1Q9UGP4 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
LIMD1Q9UGP4 CPSF4-204ENST00000436336 1738 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
LIMD1Q9UGP4 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC23.39■■□□□ 1.33
LIMD1Q9UGP4 FAM47E-201ENST00000424749 1484 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
LIMD1Q9UGP4 LMTK3-201ENST00000270238 4972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
LIMD1Q9UGP4 NUDT16L1-204ENST00000586536 1406 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
LIMD1Q9UGP4 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
LIMD1Q9UGP4 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
LIMD1Q9UGP4 YWHAH-202ENST00000397492 1879 ntTSL 3 BASIC23.38■■□□□ 1.33
LIMD1Q9UGP4 LINC02228-203ENST00000641970 1355 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
LIMD1Q9UGP4 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
LIMD1Q9UGP4 MADCAM1-206ENST00000617201 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
LIMD1Q9UGP4 MADCAM1-207ENST00000619333 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
LIMD1Q9UGP4 MADCAM1-210ENST00000622462 1461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
LIMD1Q9UGP4 EXOG-203ENST00000422077 1317 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
LIMD1Q9UGP4 KRTAP5-7-201ENST00000398536 1408 ntAPPRIS P1 BASIC23.37■■□□□ 1.33
LIMD1Q9UGP4 ME3-201ENST00000323418 1068 ntTSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
LIMD1Q9UGP4 BRD2-214ENST00000496118 735 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
LIMD1Q9UGP4 TERF1P2-201ENST00000583350 1212 ntBASIC23.37■■□□□ 1.33
LIMD1Q9UGP4 CIRBP-222ENST00000589235 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
LIMD1Q9UGP4 AC007773.1-201ENST00000592680 972 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
LIMD1Q9UGP4 POLR2E-214ENST00000619917 932 ntTSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
LIMD1Q9UGP4 FCRLB-205ENST00000367948 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
LIMD1Q9UGP4 SLC52A2-202ENST00000402965 1777 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
LIMD1Q9UGP4 AL353743.1-201ENST00000637846 1769 ntTSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
LIMD1Q9UGP4 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
LIMD1Q9UGP4 CAPG-201ENST00000263867 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
LIMD1Q9UGP4 ENTPD5-206ENST00000556242 1437 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
LIMD1Q9UGP4 TPSG1-201ENST00000234798 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
LIMD1Q9UGP4 NFKBIB-201ENST00000313582 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
LIMD1Q9UGP4 OLFM1-206ENST00000371799 961 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
LIMD1Q9UGP4 AL355877.1-204ENST00000451482 1078 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
LIMD1Q9UGP4 LGI4-206ENST00000591633 1113 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
LIMD1Q9UGP4 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
LIMD1Q9UGP4 MED25-211ENST00000617849 1548 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
LIMD1Q9UGP4 ODF3L2-201ENST00000315489 1604 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
LIMD1Q9UGP4 LSR-205ENST00000427250 1606 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
LIMD1Q9UGP4 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
LIMD1Q9UGP4 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
LIMD1Q9UGP4 MTMR14-206ENST00000420925 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
LIMD1Q9UGP4 ACP1-201ENST00000272065 1549 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
LIMD1Q9UGP4 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
LIMD1Q9UGP4 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
LIMD1Q9UGP4 SNUPN-201ENST00000308588 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
LIMD1Q9UGP4 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
LIMD1Q9UGP4 UCN-201ENST00000296099 795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
LIMD1Q9UGP4 RNF208-201ENST00000391553 1077 ntAPPRIS P1 BASIC23.34■■□□□ 1.33
LIMD1Q9UGP4 RNF208-202ENST00000392827 1135 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
LIMD1Q9UGP4 SSPN-204ENST00000535504 419 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
LIMD1Q9UGP4 AC011825.4-201ENST00000582233 473 ntTSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
LIMD1Q9UGP4 SLC35A3-213ENST00000638988 1286 ntTSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
LIMD1Q9UGP4 AL032819.3-201ENST00000640283 925 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
LIMD1Q9UGP4 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
LIMD1Q9UGP4 PPAN-201ENST00000253107 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
LIMD1Q9UGP4 TMEM41B-207ENST00000611268 1440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
LIMD1Q9UGP4 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC23.33■■□□□ 1.33
LIMD1Q9UGP4 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
LIMD1Q9UGP4 ZFYVE19-201ENST00000299173 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
LIMD1Q9UGP4 STYXL1-204ENST00000360591 1127 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
LIMD1Q9UGP4 NXNL2-201ENST00000375854 805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
LIMD1Q9UGP4 IDNK-204ENST00000454393 1210 ntTSL 3 BASIC23.33■■□□□ 1.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.8 ms