Protein–RNA interactions for Protein: Q6P8W9

Hmgb4, High mobility group protein B4, mousemouse

Predictions only

Length 181 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Hmgb4Q6P8W9 Mkrn1-202ENSMUST00000051671 1511 ntTSL 1 (best) BASIC27,39■■□□□ 1,98
Hmgb4Q6P8W9 Chrna5-202ENSMUST00000213960 1737 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27,38■■□□□ 1,97
Hmgb4Q6P8W9 Btf3-201ENSMUST00000022163 1091 ntTSL 1 (best) BASIC27,38■■□□□ 1,97
Hmgb4Q6P8W9 Peli2-204ENSMUST00000226513 1320 ntBASIC27,37■■□□□ 1,97
Hmgb4Q6P8W9 Fndc10-201ENSMUST00000099265 2140 ntAPPRIS P1 BASIC27,37■■□□□ 1,97
Hmgb4Q6P8W9 Mipep-204ENSMUST00000225043 1548 ntBASIC27,36■■□□□ 1,97
Hmgb4Q6P8W9 Cenpv-201ENSMUST00000018653 1032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,33■■□□□ 1,97
Hmgb4Q6P8W9 Sh3glb2-203ENSMUST00000113620 1694 ntTSL 1 (best) BASIC27,33■■□□□ 1,97
Hmgb4Q6P8W9 Gm26566-201ENSMUST00000181601 1038 ntAPPRIS P1 BASIC27,32■■□□□ 1,96
Hmgb4Q6P8W9 Ube2q2-202ENSMUST00000121677 1680 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27,32■■□□□ 1,96
Hmgb4Q6P8W9 Cadm4-201ENSMUST00000068023 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,31■■□□□ 1,96
Hmgb4Q6P8W9 1700028N14Rik-201ENSMUST00000139621 747 ntTSL 1 (best) BASIC27,31■■□□□ 1,96
Hmgb4Q6P8W9 Dlx4-201ENSMUST00000021241 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,28■■□□□ 1,96
Hmgb4Q6P8W9 Cgref1-201ENSMUST00000031051 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,27■■□□□ 1,96
Hmgb4Q6P8W9 Fam60a-203ENSMUST00000111562 906 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27,24■■□□□ 1,95
Hmgb4Q6P8W9 Eif2ak3-204ENSMUST00000162950 927 ntTSL 1 (best) BASIC27,23■■□□□ 1,95
Hmgb4Q6P8W9 Casp9-202ENSMUST00000097805 1498 ntTSL 1 (best) BASIC27,21■■□□□ 1,95
Hmgb4Q6P8W9 Rpl19-ps4-201ENSMUST00000167150 625 ntBASIC27,2■■□□□ 1,94
Hmgb4Q6P8W9 Tmeff1-201ENSMUST00000030032 2461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,2■■□□□ 1,94
Hmgb4Q6P8W9 Gm266-201ENSMUST00000010673 1215 ntAPPRIS P1 BASIC27,19■■□□□ 1,94
Hmgb4Q6P8W9 Gtf2a2-203ENSMUST00000119413 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,19■■□□□ 1,94
Hmgb4Q6P8W9 Gm42517-201ENSMUST00000197216 1850 ntAPPRIS P1 BASIC27,19■■□□□ 1,94
Hmgb4Q6P8W9 St3gal5-201ENSMUST00000069994 2258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27,18■■□□□ 1,94
Hmgb4Q6P8W9 Rab22a-202ENSMUST00000109110 849 ntTSL 5 BASIC27,17■■□□□ 1,94
Hmgb4Q6P8W9 Gm26859-201ENSMUST00000181743 1852 ntTSL 5 BASIC27,17■■□□□ 1,94
Hmgb4Q6P8W9 Syt7-201ENSMUST00000073899 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,16■■□□□ 1,94
Hmgb4Q6P8W9 Shf-201ENSMUST00000048635 1431 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27,16■■□□□ 1,94
Hmgb4Q6P8W9 Gm10762-201ENSMUST00000099385 1133 ntAPPRIS P1 BASIC27,14■■□□□ 1,94
Hmgb4Q6P8W9 Ccdc122-202ENSMUST00000095625 1195 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27,13■■□□□ 1,93
Hmgb4Q6P8W9 Kcnmb4os2-201ENSMUST00000080943 1571 ntTSL 5 BASIC27,1■■□□□ 1,93
Hmgb4Q6P8W9 CT030161.2-201ENSMUST00000218666 735 ntTSL 3 BASIC27,1■■□□□ 1,93
Hmgb4Q6P8W9 Slc25a28-201ENSMUST00000046038 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,1■■□□□ 1,93
Hmgb4Q6P8W9 Emx1-201ENSMUST00000045942 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,09■■□□□ 1,93
Hmgb4Q6P8W9 Ctbp1-206ENSMUST00000201575 2091 ntTSL 1 (best) BASIC27,09■■□□□ 1,93
Hmgb4Q6P8W9 Tdp2-203ENSMUST00000223804 1136 ntBASIC27,09■■□□□ 1,93
Hmgb4Q6P8W9 Pradc1-201ENSMUST00000032080 1038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,09■■□□□ 1,93
Hmgb4Q6P8W9 Rpia-201ENSMUST00000066134 1829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,09■■□□□ 1,93
Hmgb4Q6P8W9 Crlf1-201ENSMUST00000008032 1644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,08■■□□□ 1,93
Hmgb4Q6P8W9 1700016A09Rik-201ENSMUST00000192004 835 ntBASIC27,07■■□□□ 1,92
Hmgb4Q6P8W9 Hoxd8-201ENSMUST00000019749 2634 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27,06■■□□□ 1,92
Hmgb4Q6P8W9 Tmeff1-202ENSMUST00000123476 1224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,06■■□□□ 1,92
Hmgb4Q6P8W9 Gm5601-202ENSMUST00000207161 1437 ntTSL 1 (best) BASIC27,05■■□□□ 1,92
Hmgb4Q6P8W9 Dapk3-209ENSMUST00000219850 1482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,05■■□□□ 1,92
Hmgb4Q6P8W9 Orai1-202ENSMUST00000121652 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,04■■□□□ 1,92
Hmgb4Q6P8W9 Egln2-201ENSMUST00000080058 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,02■■□□□ 1,92
Hmgb4Q6P8W9 Lactb-202ENSMUST00000215172 1806 ntTSL 1 (best) BASIC27,01■■□□□ 1,91
Hmgb4Q6P8W9 Calm3-201ENSMUST00000019514 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1,91
Hmgb4Q6P8W9 Gnai2-201ENSMUST00000055704 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1,91
Hmgb4Q6P8W9 A530058N18Rik-201ENSMUST00000128469 646 ntTSL 2 BASIC27■■□□□ 1,91
Hmgb4Q6P8W9 Dennd1b-209ENSMUST00000200533 1853 ntTSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1,91
Hmgb4Q6P8W9 Ap1ar-210ENSMUST00000200409 2580 ntTSL 5 BASIC26,98■■□□□ 1,91
Hmgb4Q6P8W9 1190005I06Rik-201ENSMUST00000123927 844 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26,96■■□□□ 1,91
Hmgb4Q6P8W9 Fcho2-203ENSMUST00000109403 1523 ntTSL 5 BASIC26,95■■□□□ 1,91
Hmgb4Q6P8W9 Hoxa13-201ENSMUST00000047993 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26,93■■□□□ 1,9
Hmgb4Q6P8W9 Gm527-203ENSMUST00000220993 1090 ntTSL 5 BASIC26,92■■□□□ 1,9
Hmgb4Q6P8W9 Nrtn-201ENSMUST00000044752 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26,92■■□□□ 1,9
Hmgb4Q6P8W9 Abhd17a-201ENSMUST00000003436 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26,91■■□□□ 1,9
Hmgb4Q6P8W9 Nrg3-202ENSMUST00000168810 2175 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26,88■■□□□ 1,89
Hmgb4Q6P8W9 Lsm4-204ENSMUST00000210071 575 ntTSL 5 BASIC26,87■■□□□ 1,89
Hmgb4Q6P8W9 Gm45855-201ENSMUST00000212546 880 ntBASIC26,87■■□□□ 1,89
Hmgb4Q6P8W9 Trp53rkb-202ENSMUST00000065753 1375 ntTSL 1 (best) BASIC26,85■■□□□ 1,89
Hmgb4Q6P8W9 Macrod2-205ENSMUST00000110063 845 ntTSL 5 BASIC26,85■■□□□ 1,89
Hmgb4Q6P8W9 A530058N18Rik-207ENSMUST00000152254 1211 ntTSL 1 (best) BASIC26,82■■□□□ 1,88
Hmgb4Q6P8W9 Fam196a-201ENSMUST00000171394 2490 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26,81■■□□□ 1,88
Hmgb4Q6P8W9 Dhrs13-203ENSMUST00000122342 1791 ntTSL 1 (best) BASIC26,79■■□□□ 1,88
Hmgb4Q6P8W9 Reps1-206ENSMUST00000154718 2402 ntTSL 5 BASIC26,78■■□□□ 1,88
Hmgb4Q6P8W9 Aard-201ENSMUST00000090025 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26,78■■□□□ 1,88
Hmgb4Q6P8W9 Tprgl-201ENSMUST00000030896 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26,78■■□□□ 1,88
Hmgb4Q6P8W9 Ccdc9-202ENSMUST00000118976 2175 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26,77■■□□□ 1,88
Hmgb4Q6P8W9 AC150314.2-201ENSMUST00000214135 834 ntTSL 5 BASIC26,74■■□□□ 1,87
Hmgb4Q6P8W9 Ssbp3-203ENSMUST00000097934 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26,72■■□□□ 1,87
Hmgb4Q6P8W9 Dtnbp1-201ENSMUST00000072329 1362 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26,71■■□□□ 1,87
Hmgb4Q6P8W9 4932443I19Rik-201ENSMUST00000166277 799 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26,71■■□□□ 1,87
Hmgb4Q6P8W9 Dedd-201ENSMUST00000064950 1618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26,7■■□□□ 1,86
Hmgb4Q6P8W9 Tnfsfm13-201ENSMUST00000108649 1049 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26,7■■□□□ 1,86
Hmgb4Q6P8W9 Fbxo6-201ENSMUST00000030858 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26,69■■□□□ 1,86
Hmgb4Q6P8W9 1110008F13Rik-201ENSMUST00000029165 1045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26,69■■□□□ 1,86
Hmgb4Q6P8W9 Cdk2ap1-201ENSMUST00000031341 1315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26,67■■□□□ 1,86
Hmgb4Q6P8W9 Tnfsf12-202ENSMUST00000181810 1435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26,67■■□□□ 1,86
Hmgb4Q6P8W9 Ube2f-202ENSMUST00000171112 1547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26,66■■□□□ 1,86
Hmgb4Q6P8W9 Azin2-201ENSMUST00000030581 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26,66■■□□□ 1,86
Hmgb4Q6P8W9 Gm9397-201ENSMUST00000200125 605 ntBASIC26,64■■□□□ 1,86
Hmgb4Q6P8W9 Mthfd2l-203ENSMUST00000202781 688 ntTSL 1 (best) BASIC26,62■■□□□ 1,85
Hmgb4Q6P8W9 Vsig8-202ENSMUST00000177086 1519 ntTSL 1 (best) BASIC26,61■■□□□ 1,85
Hmgb4Q6P8W9 Qrich1-209ENSMUST00000194385 975 ntTSL 2 BASIC26,61■■□□□ 1,85
Hmgb4Q6P8W9 Smarcc2-205ENSMUST00000218228 603 ntTSL 5 BASIC26,61■■□□□ 1,85
Hmgb4Q6P8W9 Capns1-201ENSMUST00000001845 1600 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26,61■■□□□ 1,85
Hmgb4Q6P8W9 Mocs3-201ENSMUST00000099071 1973 ntAPPRIS P1 BASIC26,59■■□□□ 1,85
Hmgb4Q6P8W9 BC037032-205ENSMUST00000187080 508 ntTSL 5 BASIC26,57■■□□□ 1,84
Hmgb4Q6P8W9 Frs3-201ENSMUST00000113296 2144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26,56■■□□□ 1,84
Hmgb4Q6P8W9 Cds2-203ENSMUST00000110158 1247 ntTSL 1 (best) BASIC26,55■■□□□ 1,84
Hmgb4Q6P8W9 Mxra7-202ENSMUST00000047715 757 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26,55■■□□□ 1,84
Hmgb4Q6P8W9 Crip2-201ENSMUST00000084882 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26,55■■□□□ 1,84
Hmgb4Q6P8W9 E330040D14Rik-201ENSMUST00000192299 1374 ntBASIC26,54■■□□□ 1,84
Hmgb4Q6P8W9 Ranbp1-202ENSMUST00000115645 1085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26,53■■□□□ 1,84
Hmgb4Q6P8W9 Ywhaz-204ENSMUST00000110362 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26,52■■□□□ 1,84
Hmgb4Q6P8W9 C2cd4d-201ENSMUST00000169433 1321 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26,52■■□□□ 1,84
Hmgb4Q6P8W9 March2-205ENSMUST00000173015 1418 ntTSL 3 BASIC26,5■■□□□ 1,83
Hmgb4Q6P8W9 Tnfsfm13-202ENSMUST00000174159 1470 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26,49■■□□□ 1,83
Hmgb4Q6P8W9 Ppp1r14b-201ENSMUST00000070850 919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26,48■■□□□ 1,83
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 30,7 ms