Protein–RNA interactions for Protein: Q62318

Trim28, Transcription intermediary factor 1-beta, mousemouse

Predictions only

Length 834 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim28Q62318 Vstm2l-201ENSMUST00000109523 1363 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35,26■■■■□ 3,24
Trim28Q62318 Btf3-201ENSMUST00000022163 1091 ntTSL 1 (best) BASIC35,24■■■■□ 3,23
Trim28Q62318 Coq10a-207ENSMUST00000220227 1434 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35,23■■■■□ 3,23
Trim28Q62318 Fcho2-203ENSMUST00000109403 1523 ntTSL 5 BASIC35,23■■■■□ 3,23
Trim28Q62318 Gm26566-201ENSMUST00000181601 1038 ntAPPRIS P1 BASIC35,23■■■■□ 3,23
Trim28Q62318 Chrna5-202ENSMUST00000213960 1737 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35,23■■■■□ 3,23
Trim28Q62318 Zfp131-205ENSMUST00000223812 663 ntBASIC35,22■■■■□ 3,23
Trim28Q62318 Azin2-201ENSMUST00000030581 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35,19■■■■□ 3,22
Trim28Q62318 Crlf1-201ENSMUST00000008032 1644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35,19■■■■□ 3,22
Trim28Q62318 Dapk3-209ENSMUST00000219850 1482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35,17■■■■□ 3,22
Trim28Q62318 1700028N14Rik-201ENSMUST00000139621 747 ntTSL 1 (best) BASIC35,14■■■■□ 3,22
Trim28Q62318 Abhd17a-201ENSMUST00000003436 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35,13■■■■□ 3,21
Trim28Q62318 Pard6a-205ENSMUST00000212430 1261 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC35,12■■■■□ 3,21
Trim28Q62318 Cgref1-201ENSMUST00000031051 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35,1■■■■□ 3,21
Trim28Q62318 Srsf9-201ENSMUST00000031513 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35,1■■■■□ 3,21
Trim28Q62318 2210008F06Rik-201ENSMUST00000180805 1082 ntTSL 1 (best) BASIC35,09■■■■□ 3,21
Trim28Q62318 Gm42984-201ENSMUST00000195990 987 ntTSL 1 (best) BASIC35,08■■■■□ 3,21
Trim28Q62318 Gm16148-201ENSMUST00000119653 893 ntBASIC35,07■■■■□ 3,2
Trim28Q62318 Sh3glb2-203ENSMUST00000113620 1694 ntTSL 1 (best) BASIC35,05■■■■□ 3,2
Trim28Q62318 Syt7-201ENSMUST00000073899 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35,05■■■■□ 3,2
Trim28Q62318 Kcnmb4os2-201ENSMUST00000080943 1571 ntTSL 5 BASIC35,04■■■■□ 3,2
Trim28Q62318 Orai1-202ENSMUST00000121652 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35,04■■■■□ 3,2
Trim28Q62318 Gm5601-202ENSMUST00000207161 1437 ntTSL 1 (best) BASIC35,04■■■■□ 3,2
Trim28Q62318 Mocs3-201ENSMUST00000099071 1973 ntAPPRIS P1 BASIC35,03■■■■□ 3,2
Trim28Q62318 Stk24-201ENSMUST00000079817 2676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35,03■■■■□ 3,2
Trim28Q62318 Frs3-201ENSMUST00000113296 2144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34,99■■■■□ 3,19
Trim28Q62318 E2f4-201ENSMUST00000015003 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34,96■■■■□ 3,19
Trim28Q62318 Rbfox2-201ENSMUST00000048145 1720 ntTSL 1 (best) BASIC34,94■■■■□ 3,18
Trim28Q62318 Gm266-201ENSMUST00000010673 1215 ntAPPRIS P1 BASIC34,88■■■■□ 3,17
Trim28Q62318 Raly-203ENSMUST00000109701 1709 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34,88■■■■□ 3,17
Trim28Q62318 Ssbp3-203ENSMUST00000097934 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34,88■■■■□ 3,17
Trim28Q62318 Tnfsf12-202ENSMUST00000181810 1435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34,87■■■■□ 3,17
Trim28Q62318 Dhrs13-203ENSMUST00000122342 1791 ntTSL 1 (best) BASIC34,87■■■■□ 3,17
Trim28Q62318 Gltp-203ENSMUST00000112214 944 ntTSL 3 BASIC34,86■■■■□ 3,17
Trim28Q62318 1700069B07Rik-202ENSMUST00000191155 939 ntBASIC34,84■■■■□ 3,17
Trim28Q62318 Fam60a-203ENSMUST00000111562 906 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC34,83■■■■□ 3,17
Trim28Q62318 Mapkapk5-201ENSMUST00000031410 2234 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34,81■■■■□ 3,16
Trim28Q62318 Pwwp2a-202ENSMUST00000094294 1814 ntTSL 5 BASIC34,81■■■■□ 3,16
Trim28Q62318 A530058N18Rik-201ENSMUST00000128469 646 ntTSL 2 BASIC34,79■■■■□ 3,16
Trim28Q62318 Fndc10-201ENSMUST00000099265 2140 ntAPPRIS P1 BASIC34,77■■■■□ 3,16
Trim28Q62318 Ctbp1-206ENSMUST00000201575 2091 ntTSL 1 (best) BASIC34,74■■■■□ 3,15
Trim28Q62318 Gm10762-201ENSMUST00000099385 1133 ntAPPRIS P1 BASIC34,74■■■■□ 3,15
Trim28Q62318 Msantd2-201ENSMUST00000048604 2291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34,74■■■■□ 3,15
Trim28Q62318 Tnfsfm13-202ENSMUST00000174159 1470 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC34,71■■■■□ 3,15
Trim28Q62318 Ccdc122-202ENSMUST00000095625 1195 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34,71■■■■□ 3,15
Trim28Q62318 Prelid3b-201ENSMUST00000016401 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34,68■■■■□ 3,14
Trim28Q62318 Gm26588-201ENSMUST00000181064 2098 ntTSL 1 (best) BASIC34,68■■■■□ 3,14
Trim28Q62318 Trp53rkb-202ENSMUST00000065753 1375 ntTSL 1 (best) BASIC34,66■■■■□ 3,14
Trim28Q62318 Mapk3-202ENSMUST00000057669 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34,66■■■■□ 3,14
Trim28Q62318 Tmeff1-202ENSMUST00000123476 1224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34,65■■■■□ 3,14
Trim28Q62318 CT030161.2-201ENSMUST00000218666 735 ntTSL 3 BASIC34,65■■■■□ 3,14
Trim28Q62318 Eif2ak3-204ENSMUST00000162950 927 ntTSL 1 (best) BASIC34,62■■■■□ 3,13
Trim28Q62318 Dlx4-201ENSMUST00000021241 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34,62■■■■□ 3,13
Trim28Q62318 Ppp2r2d-201ENSMUST00000041097 2081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34,61■■■■□ 3,13
Trim28Q62318 Gltp-201ENSMUST00000012028 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34,57■■■■□ 3,12
Trim28Q62318 Ubl4a-207ENSMUST00000178691 1038 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34,56■■■■□ 3,12
Trim28Q62318 Ube2f-202ENSMUST00000171112 1547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34,55■■■■□ 3,12
Trim28Q62318 Vsig8-202ENSMUST00000177086 1519 ntTSL 1 (best) BASIC34,53■■■■□ 3,12
Trim28Q62318 Tdp2-203ENSMUST00000223804 1136 ntBASIC34,52■■■■□ 3,12
Trim28Q62318 Gkap1-201ENSMUST00000091579 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34,51■■■■□ 3,12
Trim28Q62318 E330040D14Rik-201ENSMUST00000192299 1374 ntBASIC34,5■■■■□ 3,11
Trim28Q62318 1700016A09Rik-201ENSMUST00000192004 835 ntBASIC34,5■■■■□ 3,11
Trim28Q62318 Spata1-201ENSMUST00000029839 1920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34,49■■■■□ 3,11
Trim28Q62318 Mon2-207ENSMUST00000219203 1844 ntTSL 1 (best) BASIC34,48■■■■□ 3,11
Trim28Q62318 Aard-201ENSMUST00000090025 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34,48■■■■□ 3,11
Trim28Q62318 Hoxa13-201ENSMUST00000047993 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34,47■■■■□ 3,11
Trim28Q62318 Macrod2-205ENSMUST00000110063 845 ntTSL 5 BASIC34,45■■■■□ 3,11
Trim28Q62318 C330011M18Rik-201ENSMUST00000071067 1849 ntTSL 1 (best) BASIC34,44■■■■□ 3,1
Trim28Q62318 Orai1-201ENSMUST00000051016 1482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34,42■■■■□ 3,1
Trim28Q62318 A530058N18Rik-207ENSMUST00000152254 1211 ntTSL 1 (best) BASIC34,41■■■■□ 3,1
Trim28Q62318 Lmo2-201ENSMUST00000111139 1434 ntTSL 5 BASIC34,4■■■■□ 3,1
Trim28Q62318 Ccz1-201ENSMUST00000031621 1769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34,39■■■■□ 3,1
Trim28Q62318 Ranbp1-202ENSMUST00000115645 1085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34,37■■■■□ 3,09
Trim28Q62318 Nectin3-203ENSMUST00000096052 1746 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34,36■■■■□ 3,09
Trim28Q62318 Nrtn-201ENSMUST00000044752 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34,35■■■■□ 3,09
Trim28Q62318 Tmem59-201ENSMUST00000030361 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34,35■■■■□ 3,09
Trim28Q62318 Ildr2-207ENSMUST00000195557 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34,35■■■■□ 3,09
Trim28Q62318 Gm2415-204ENSMUST00000190235 2004 ntBASIC34,35■■■■□ 3,09
Trim28Q62318 Sept11-208ENSMUST00000202308 1792 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC34,34■■■■□ 3,09
Trim28Q62318 Cds2-203ENSMUST00000110158 1247 ntTSL 1 (best) BASIC34,34■■■■□ 3,09
Trim28Q62318 Bok-201ENSMUST00000027499 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34,33■■■■□ 3,09
Trim28Q62318 1190005I06Rik-201ENSMUST00000123927 844 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34,31■■■■□ 3,08
Trim28Q62318 Rpl19-ps4-201ENSMUST00000167150 625 ntBASIC34,3■■■■□ 3,08
Trim28Q62318 Dedd-201ENSMUST00000064950 1618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34,3■■■■□ 3,08
Trim28Q62318 Dennd1b-209ENSMUST00000200533 1853 ntTSL 1 (best) BASIC34,29■■■■□ 3,08
Trim28Q62318 Gtf2a2-203ENSMUST00000119413 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34,29■■■■□ 3,08
Trim28Q62318 Bok-205ENSMUST00000201863 883 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34,29■■■■□ 3,08
Trim28Q62318 Hnrnpd-202ENSMUST00000072750 1537 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC34,29■■■■□ 3,08
Trim28Q62318 Ube2m-201ENSMUST00000005714 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34,28■■■■□ 3,08
Trim28Q62318 Gm527-203ENSMUST00000220993 1090 ntTSL 5 BASIC34,25■■■■□ 3,07
Trim28Q62318 Hspd1-201ENSMUST00000027123 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34,23■■■■□ 3,07
Trim28Q62318 Gm9397-201ENSMUST00000200125 605 ntBASIC34,21■■■■□ 3,07
Trim28Q62318 Sowahd-201ENSMUST00000060057 1574 ntAPPRIS P1 BASIC34,2■■■■□ 3,07
Trim28Q62318 BC037032-205ENSMUST00000187080 508 ntTSL 5 BASIC34,19■■■■□ 3,06
Trim28Q62318 Fbxo6-201ENSMUST00000030858 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34,19■■■■□ 3,06
Trim28Q62318 Tmco6-201ENSMUST00000007046 1817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34,18■■■■□ 3,06
Trim28Q62318 Ccm2-201ENSMUST00000000388 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34,16■■■■□ 3,06
Trim28Q62318 Phlda1-201ENSMUST00000164773 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34,14■■■■□ 3,06
Trim28Q62318 Gm45855-201ENSMUST00000212546 880 ntBASIC34,14■■■■□ 3,06
Trim28Q62318 Rnd2-201ENSMUST00000001347 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34,13■■■■□ 3,05
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 10,9 ms