Protein–RNA interactions for Protein: Q3UWA4

Trim40, Tripartite motif-containing protein 40, mousemouse

Predictions only

Length 246 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim40Q3UWA4 Bzw1-202ENSMUST00000186949 1492 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
Trim40Q3UWA4 Casp9-202ENSMUST00000097805 1498 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
Trim40Q3UWA4 Agap3-206ENSMUST00000212381 1191 ntTSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
Trim40Q3UWA4 Ppp1r3e-202ENSMUST00000177403 1957 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
Trim40Q3UWA4 Ppp1r14c-202ENSMUST00000217573 2013 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
Trim40Q3UWA4 Micu3-201ENSMUST00000068999 2219 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
Trim40Q3UWA4 Cldnd1-201ENSMUST00000023426 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
Trim40Q3UWA4 Tmem189-201ENSMUST00000006587 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
Trim40Q3UWA4 Lactb-201ENSMUST00000034929 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
Trim40Q3UWA4 Ric1-206ENSMUST00000162184 2157 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
Trim40Q3UWA4 Htra4-201ENSMUST00000084031 2180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
Trim40Q3UWA4 Iffo2-203ENSMUST00000174078 5716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
Trim40Q3UWA4 Crk-204ENSMUST00000108426 671 ntTSL 3 BASIC24.16■■□□□ 1.46
Trim40Q3UWA4 Dlg1-203ENSMUST00000100001 4711 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
Trim40Q3UWA4 Galnt10-202ENSMUST00000108846 1745 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
Trim40Q3UWA4 Grasp-201ENSMUST00000000543 2013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
Trim40Q3UWA4 Gm45716-202ENSMUST00000134929 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
Trim40Q3UWA4 Gsk3a-201ENSMUST00000071739 2260 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
Trim40Q3UWA4 Ywhah-201ENSMUST00000019109 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
Trim40Q3UWA4 Ctbp1-201ENSMUST00000079746 2279 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
Trim40Q3UWA4 Bod1-201ENSMUST00000058060 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
Trim40Q3UWA4 Gm43445-201ENSMUST00000198564 2091 ntBASIC24.12■■□□□ 1.45
Trim40Q3UWA4 Plekha3-201ENSMUST00000111920 2534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
Trim40Q3UWA4 Plin1-206ENSMUST00000205915 2817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
Trim40Q3UWA4 Nectin3-203ENSMUST00000096052 1746 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
Trim40Q3UWA4 Raly-204ENSMUST00000116389 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
Trim40Q3UWA4 Gltp-201ENSMUST00000012028 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
Trim40Q3UWA4 Cbln1-201ENSMUST00000034076 2800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
Trim40Q3UWA4 Kdm2a-203ENSMUST00000116571 2413 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
Trim40Q3UWA4 Chrna5-204ENSMUST00000217408 2446 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
Trim40Q3UWA4 Ebag9-203ENSMUST00000227691 1945 ntAPPRIS P1 BASIC24.08■■□□□ 1.44
Trim40Q3UWA4 Carnmt1-201ENSMUST00000025632 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
Trim40Q3UWA4 Hoxa13-203ENSMUST00000147595 2395 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
Trim40Q3UWA4 Fcho2-203ENSMUST00000109403 1523 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
Trim40Q3UWA4 Cldn10-203ENSMUST00000100314 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
Trim40Q3UWA4 Rab21-202ENSMUST00000218831 843 ntBASIC24.06■■□□□ 1.44
Trim40Q3UWA4 Zfp787-201ENSMUST00000094870 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
Trim40Q3UWA4 Arl2bp-201ENSMUST00000034228 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
Trim40Q3UWA4 Smad7-202ENSMUST00000168918 1882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
Trim40Q3UWA4 Tspan3-201ENSMUST00000034876 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
Trim40Q3UWA4 Ttc19-202ENSMUST00000101075 2193 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
Trim40Q3UWA4 Gpr137c-202ENSMUST00000147957 1395 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
Trim40Q3UWA4 Ube2q2-202ENSMUST00000121677 1680 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
Trim40Q3UWA4 Ssx2ip-202ENSMUST00000106149 2416 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
Trim40Q3UWA4 Crk-202ENSMUST00000093115 965 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
Trim40Q3UWA4 Ebf4-203ENSMUST00000110288 2982 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
Trim40Q3UWA4 Ring1-201ENSMUST00000025183 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
Trim40Q3UWA4 Rnf220-212ENSMUST00000221654 1949 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
Trim40Q3UWA4 Raly-201ENSMUST00000029120 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
Trim40Q3UWA4 Phf10-201ENSMUST00000024657 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
Trim40Q3UWA4 Dyrk1a-202ENSMUST00000119878 5759 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.42
Trim40Q3UWA4 Slc25a28-201ENSMUST00000046038 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
Trim40Q3UWA4 Ssbp3-203ENSMUST00000097934 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
Trim40Q3UWA4 Ildr2-205ENSMUST00000193860 2320 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
Trim40Q3UWA4 Pfdn2-202ENSMUST00000135941 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
Trim40Q3UWA4 Gm12339-201ENSMUST00000127424 728 ntTSL 3 BASIC23.91■■□□□ 1.42
Trim40Q3UWA4 Rragc-201ENSMUST00000030399 2593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
Trim40Q3UWA4 Glrx5-203ENSMUST00000223244 793 ntTSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
Trim40Q3UWA4 Lemd2-201ENSMUST00000055117 2595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
Trim40Q3UWA4 Ppp2cb-201ENSMUST00000009774 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
Trim40Q3UWA4 Rhobtb3-202ENSMUST00000109606 1676 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
Trim40Q3UWA4 Arhgap22-201ENSMUST00000111955 2148 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
Trim40Q3UWA4 Amer2-203ENSMUST00000225247 2662 ntBASIC23.88■■□□□ 1.41
Trim40Q3UWA4 Fcho2-204ENSMUST00000179563 1586 ntTSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
Trim40Q3UWA4 Asmt-201ENSMUST00000178693 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
Trim40Q3UWA4 Cnnm3-201ENSMUST00000001166 5193 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
Trim40Q3UWA4 Fam122a-201ENSMUST00000099556 855 ntAPPRIS P1 BASIC23.82■■□□□ 1.4
Trim40Q3UWA4 Maf-201ENSMUST00000069009 3223 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
Trim40Q3UWA4 Prelid3b-201ENSMUST00000016401 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
Trim40Q3UWA4 Hnrnpd-203ENSMUST00000112939 1670 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
Trim40Q3UWA4 Clk2-203ENSMUST00000121931 2112 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
Trim40Q3UWA4 Mpp6-203ENSMUST00000166318 2222 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
Trim40Q3UWA4 Sec63-201ENSMUST00000019937 6032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
Trim40Q3UWA4 Tmem240-201ENSMUST00000127188 1308 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
Trim40Q3UWA4 Shf-201ENSMUST00000048635 1431 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
Trim40Q3UWA4 Fam220a-203ENSMUST00000118121 919 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
Trim40Q3UWA4 Reep6-202ENSMUST00000105354 2208 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
Trim40Q3UWA4 Reep6-205ENSMUST00000105358 2208 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
Trim40Q3UWA4 Uhrf2-202ENSMUST00000112552 1464 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
Trim40Q3UWA4 Tgfbr1-205ENSMUST00000126171 1829 ntTSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
Trim40Q3UWA4 Cnnm3-202ENSMUST00000097776 5292 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
Trim40Q3UWA4 Gm960-202ENSMUST00000177696 2262 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
Trim40Q3UWA4 St6galnac6-204ENSMUST00000095045 2536 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
Trim40Q3UWA4 Ccz1-201ENSMUST00000031621 1769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
Trim40Q3UWA4 Mypop-203ENSMUST00000131087 1951 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
Trim40Q3UWA4 Ino80b-202ENSMUST00000113935 1503 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
Trim40Q3UWA4 Hdgf-201ENSMUST00000005017 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
Trim40Q3UWA4 Mapk3-202ENSMUST00000057669 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
Trim40Q3UWA4 4921531C22Rik-201ENSMUST00000150145 1905 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
Trim40Q3UWA4 Gsk3a-202ENSMUST00000108411 2248 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
Trim40Q3UWA4 Raly-202ENSMUST00000058089 1747 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
Trim40Q3UWA4 Aes-201ENSMUST00000002518 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
Trim40Q3UWA4 Fcnaos-201ENSMUST00000127642 1351 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
Trim40Q3UWA4 Ryk-201ENSMUST00000035142 2852 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
Trim40Q3UWA4 Mipep-204ENSMUST00000225043 1548 ntBASIC23.69■■□□□ 1.38
Trim40Q3UWA4 Pabpn1-201ENSMUST00000022808 1030 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
Trim40Q3UWA4 2410017I17Rik-202ENSMUST00000090537 2053 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
Trim40Q3UWA4 Fezf2-202ENSMUST00000224023 1917 ntBASIC23.65■■□□□ 1.38
Trim40Q3UWA4 Klhl25-205ENSMUST00000206019 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
Trim40Q3UWA4 Mbd3-204ENSMUST00000105349 1566 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 12.7 ms