Protein–RNA interactions for Protein: Q38HM4

Trim63, E3 ubiquitin-protein ligase TRIM63, mousemouse

Predictions only

Length 350 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim63Q38HM4 Zcchc11-201ENSMUST00000043368 6054 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21,55■■□□□ 1,04
Trim63Q38HM4 Fam168b-203ENSMUST00000167518 5058 ntTSL 5 BASIC21,54■■□□□ 1,04
Trim63Q38HM4 Dyrk2-201ENSMUST00000004281 6129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21,53■■□□□ 1,04
Trim63Q38HM4 Neurl4-211ENSMUST00000177138 4886 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21,53■■□□□ 1,04
Trim63Q38HM4 Cnot6l-203ENSMUST00000122003 2089 ntTSL 1 (best) BASIC21,52■■□□□ 1,04
Trim63Q38HM4 9230104M06Rik-201ENSMUST00000180971 1963 ntBASIC21,52■■□□□ 1,04
Trim63Q38HM4 Gm960-202ENSMUST00000177696 2262 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21,5■■□□□ 1,03
Trim63Q38HM4 Ythdf1-202ENSMUST00000108876 2272 ntTSL 1 (best) BASIC21,49■■□□□ 1,03
Trim63Q38HM4 Kat2b-201ENSMUST00000000724 4653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21,48■■□□□ 1,03
Trim63Q38HM4 Snx24-202ENSMUST00000165032 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21,48■■□□□ 1,03
Trim63Q38HM4 Phf2-201ENSMUST00000035540 5494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21,48■■□□□ 1,03
Trim63Q38HM4 Wwc1-201ENSMUST00000018993 4531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21,46■■□□□ 1,03
Trim63Q38HM4 Zcchc2-202ENSMUST00000119166 6368 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21,46■■□□□ 1,03
Trim63Q38HM4 Cic-202ENSMUST00000163320 6096 ntTSL 1 (best) BASIC21,46■■□□□ 1,03
Trim63Q38HM4 Cic-201ENSMUST00000005578 6099 ntTSL 5 BASIC21,46■■□□□ 1,03
Trim63Q38HM4 Pou4f1-201ENSMUST00000053016 4445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21,44■■□□□ 1,02
Trim63Q38HM4 Smarcc1-201ENSMUST00000088716 5717 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21,44■■□□□ 1,02
Trim63Q38HM4 Gm6206-201ENSMUST00000133472 2199 ntBASIC21,43■■□□□ 1,02
Trim63Q38HM4 Ryk-201ENSMUST00000035142 2852 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21,42■■□□□ 1,02
Trim63Q38HM4 Prr3-201ENSMUST00000055454 2727 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21,41■■□□□ 1,02
Trim63Q38HM4 Hoxa13-203ENSMUST00000147595 2395 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21,4■■□□□ 1,02
Trim63Q38HM4 Smurf1-202ENSMUST00000100461 2725 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21,4■■□□□ 1,02
Trim63Q38HM4 Fam117a-201ENSMUST00000037502 2317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21,39■■□□□ 1,02
Trim63Q38HM4 Apcdd1-202ENSMUST00000163716 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21,37■■□□□ 1,01
Trim63Q38HM4 Azin2-201ENSMUST00000030581 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21,37■■□□□ 1,01
Trim63Q38HM4 Smc2os-201ENSMUST00000141473 626 ntTSL 1 (best) BASIC21,37■■□□□ 1,01
Trim63Q38HM4 Tmem189-201ENSMUST00000006587 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21,37■■□□□ 1,01
Trim63Q38HM4 Gm15045-201ENSMUST00000117359 883 ntBASIC21,36■■□□□ 1,01
Trim63Q38HM4 Mta3-202ENSMUST00000112349 1728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21,35■■□□□ 1,01
Trim63Q38HM4 Gm960-204ENSMUST00000225896 2202 ntAPPRIS ALT2 BASIC21,35■■□□□ 1,01
Trim63Q38HM4 Micu3-201ENSMUST00000068999 2219 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21,35■■□□□ 1,01
Trim63Q38HM4 Qk-202ENSMUST00000097414 4658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21,34■■□□□ 1,01
Trim63Q38HM4 Dcbld2-201ENSMUST00000046663 6561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21,33■■□□□ 1,01
Trim63Q38HM4 Emx1-201ENSMUST00000045942 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21,32■■□□□ 1
Trim63Q38HM4 Calm3-201ENSMUST00000019514 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21,32■■□□□ 1
Trim63Q38HM4 Mocs3-201ENSMUST00000099071 1973 ntAPPRIS P1 BASIC21,32■■□□□ 1
Trim63Q38HM4 Trabd-203ENSMUST00000165690 1941 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21,31■■□□□ 1
Trim63Q38HM4 Efna3-201ENSMUST00000029673 2363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21,3■■□□□ 1
Trim63Q38HM4 C530008M17Rik-201ENSMUST00000086909 1844 ntBASIC21,29■■□□□ 1
Trim63Q38HM4 St6galnac6-204ENSMUST00000095045 2536 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21,29■■□□□ 1
Trim63Q38HM4 Fam220a-205ENSMUST00000169329 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21,29■■□□□ 1
Trim63Q38HM4 Neurl4-201ENSMUST00000061837 5188 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21,28■■□□□ 1
Trim63Q38HM4 Rab21-201ENSMUST00000020343 4602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21,28■■□□□ 1
Trim63Q38HM4 Jdp2-203ENSMUST00000177587 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21,28■■□□□ 1
Trim63Q38HM4 Lemd2-201ENSMUST00000055117 2595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21,28■■□□□ 1
Trim63Q38HM4 C1galt1-201ENSMUST00000040159 6092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21,26■□□□□ 0,99
Trim63Q38HM4 1810037I17Rik-201ENSMUST00000106429 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21,24■□□□□ 0,99
Trim63Q38HM4 Rab7-204ENSMUST00000113598 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21,24■□□□□ 0,99
Trim63Q38HM4 Gm6658-202ENSMUST00000209493 1885 ntBASIC21,24■□□□□ 0,99
Trim63Q38HM4 Tbc1d24-201ENSMUST00000024931 4894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21,23■□□□□ 0,99
Trim63Q38HM4 Lrrc4b-201ENSMUST00000058667 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21,23■□□□□ 0,99
Trim63Q38HM4 Dazap1-203ENSMUST00000105362 2081 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21,23■□□□□ 0,99
Trim63Q38HM4 Gsk3a-201ENSMUST00000071739 2260 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21,22■□□□□ 0,99
Trim63Q38HM4 Lgi2-201ENSMUST00000039750 6456 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21,22■□□□□ 0,99
Trim63Q38HM4 G6pc3-202ENSMUST00000078975 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21,22■□□□□ 0,99
Trim63Q38HM4 Qk-201ENSMUST00000042296 6718 ntTSL 1 (best) BASIC21,22■□□□□ 0,99
Trim63Q38HM4 Gpr27-201ENSMUST00000101122 2388 ntAPPRIS P1 BASIC21,19■□□□□ 0,98
Trim63Q38HM4 Dmwd-201ENSMUST00000032570 2494 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21,19■□□□□ 0,98
Trim63Q38HM4 Cldnd1-201ENSMUST00000023426 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21,19■□□□□ 0,98
Trim63Q38HM4 Reep6-202ENSMUST00000105354 2208 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21,19■□□□□ 0,98
Trim63Q38HM4 Reep6-205ENSMUST00000105358 2208 ntTSL 1 (best) BASIC21,19■□□□□ 0,98
Trim63Q38HM4 Arhgdia-201ENSMUST00000067936 2150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21,18■□□□□ 0,98
Trim63Q38HM4 Egln2-201ENSMUST00000080058 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21,17■□□□□ 0,98
Trim63Q38HM4 Kdm2a-203ENSMUST00000116571 2413 ntTSL 1 (best) BASIC21,17■□□□□ 0,98
Trim63Q38HM4 Ssx2ip-202ENSMUST00000106149 2416 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21,15■□□□□ 0,98
Trim63Q38HM4 Igfbp3-202ENSMUST00000135887 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21,15■□□□□ 0,98
Trim63Q38HM4 Clk2-202ENSMUST00000121212 2154 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21,13■□□□□ 0,97
Trim63Q38HM4 Mprip-202ENSMUST00000072031 8718 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21,12■□□□□ 0,97
Trim63Q38HM4 Hexdc-201ENSMUST00000038831 2378 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21,11■□□□□ 0,97
Trim63Q38HM4 Nisch-201ENSMUST00000022469 5559 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21,11■□□□□ 0,97
Trim63Q38HM4 C330011M18Rik-201ENSMUST00000071067 1849 ntTSL 1 (best) BASIC21,11■□□□□ 0,97
Trim63Q38HM4 Cacna2d2-205ENSMUST00000168532 5807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21,1■□□□□ 0,97
Trim63Q38HM4 Kcnc3-201ENSMUST00000107906 5062 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21,09■□□□□ 0,97
Trim63Q38HM4 Noxo1-201ENSMUST00000019464 2238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21,08■□□□□ 0,97
Trim63Q38HM4 Mon2-207ENSMUST00000219203 1844 ntTSL 1 (best) BASIC21,08■□□□□ 0,96
Trim63Q38HM4 BC005561-201ENSMUST00000096452 5409 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21,08■□□□□ 0,96
Trim63Q38HM4 Ppp1r3e-202ENSMUST00000177403 1957 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21,07■□□□□ 0,96
Trim63Q38HM4 Atoh7-201ENSMUST00000044059 1629 ntAPPRIS P1 BASIC21,06■□□□□ 0,96
Trim63Q38HM4 Scrt2-201ENSMUST00000064061 3395 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21,06■□□□□ 0,96
Trim63Q38HM4 Arx-202ENSMUST00000113947 2454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21,05■□□□□ 0,96
Trim63Q38HM4 Pou6f1-202ENSMUST00000073837 4953 ntTSL 1 (best) BASIC21,05■□□□□ 0,96
Trim63Q38HM4 Pon2-201ENSMUST00000057792 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21,04■□□□□ 0,96
Trim63Q38HM4 Arhgap22-201ENSMUST00000111955 2148 ntTSL 1 (best) BASIC21,04■□□□□ 0,96
Trim63Q38HM4 Fam193a-202ENSMUST00000180376 5536 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21,03■□□□□ 0,96
Trim63Q38HM4 Chrna5-202ENSMUST00000213960 1737 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21,03■□□□□ 0,96
Trim63Q38HM4 Adgrb1-203ENSMUST00000185682 2744 ntTSL 1 (best) BASIC21,03■□□□□ 0,96
Trim63Q38HM4 Arl2bp-201ENSMUST00000034228 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21,03■□□□□ 0,96
Trim63Q38HM4 Kras-201ENSMUST00000032399 4678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21,02■□□□□ 0,96
Trim63Q38HM4 Klhl2-205ENSMUST00000210166 5126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21,02■□□□□ 0,96
Trim63Q38HM4 Kcnq5-206ENSMUST00000173404 2775 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21,01■□□□□ 0,95
Trim63Q38HM4 Taf4-201ENSMUST00000041618 4416 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21,01■□□□□ 0,95
Trim63Q38HM4 Agap2-201ENSMUST00000039259 5633 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20,99■□□□□ 0,95
Trim63Q38HM4 Fam91a1-201ENSMUST00000037270 5560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20,99■□□□□ 0,95
Trim63Q38HM4 Lpcat4-201ENSMUST00000028554 2275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20,99■□□□□ 0,95
Trim63Q38HM4 Ccm2-201ENSMUST00000000388 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20,98■□□□□ 0,95
Trim63Q38HM4 Traf4-201ENSMUST00000017530 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20,98■□□□□ 0,95
Trim63Q38HM4 Tpst1-201ENSMUST00000040721 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20,98■□□□□ 0,95
Trim63Q38HM4 Dennd5a-201ENSMUST00000080437 5004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20,98■□□□□ 0,95
Trim63Q38HM4 Fam220a-206ENSMUST00000196487 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20,98■□□□□ 0,95
Trim63Q38HM4 Agap3-201ENSMUST00000024123 3207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20,98■□□□□ 0,95
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 21,3 ms