Protein–RNA interactions for Protein: Q04857

Col6a1, Collagen alpha-1(VI) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,025 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a1Q04857 Cdk2ap1-201ENSMUST00000031341 1315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29,45■■■□□ 2,31
Col6a1Q04857 2810459M11Rik-201ENSMUST00000027429 1225 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29,38■■■□□ 2,29
Col6a1Q04857 Mkrn1-202ENSMUST00000051671 1511 ntTSL 1 (best) BASIC29,38■■■□□ 2,29
Col6a1Q04857 Popdc3-202ENSMUST00000161803 1369 ntTSL 1 (best) BASIC29,37■■■□□ 2,29
Col6a1Q04857 Rab22a-202ENSMUST00000109110 849 ntTSL 5 BASIC29,35■■■□□ 2,29
Col6a1Q04857 Rab12-205ENSMUST00000167962 2010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29,35■■■□□ 2,29
Col6a1Q04857 Tcfl5-201ENSMUST00000037877 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29,33■■■□□ 2,29
Col6a1Q04857 Gm5987-201ENSMUST00000196433 1151 ntBASIC29,33■■■□□ 2,29
Col6a1Q04857 Mapkapk5-201ENSMUST00000031410 2234 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29,33■■■□□ 2,29
Col6a1Q04857 Cds2-203ENSMUST00000110158 1247 ntTSL 1 (best) BASIC29,32■■■□□ 2,28
Col6a1Q04857 Sept3-202ENSMUST00000116423 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29,31■■■□□ 2,28
Col6a1Q04857 Ppp1r14b-201ENSMUST00000070850 919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29,31■■■□□ 2,28
Col6a1Q04857 Carnmt1-201ENSMUST00000025632 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29,3■■■□□ 2,28
Col6a1Q04857 Dut-202ENSMUST00000082122 1020 ntTSL 1 (best) BASIC29,29■■■□□ 2,28
Col6a1Q04857 1110008F13Rik-201ENSMUST00000029165 1045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29,27■■■□□ 2,28
Col6a1Q04857 Gm5601-202ENSMUST00000207161 1437 ntTSL 1 (best) BASIC29,26■■■□□ 2,27
Col6a1Q04857 Gm20503-201ENSMUST00000174664 1294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29,22■■■□□ 2,27
Col6a1Q04857 Gm9397-201ENSMUST00000200125 605 ntBASIC29,22■■■□□ 2,27
Col6a1Q04857 Epcam-201ENSMUST00000053577 2040 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29,21■■■□□ 2,27
Col6a1Q04857 Spg7-201ENSMUST00000108868 845 ntTSL 2 BASIC29,21■■■□□ 2,27
Col6a1Q04857 Cenpv-201ENSMUST00000018653 1032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29,21■■■□□ 2,27
Col6a1Q04857 Ldb1-208ENSMUST00000185355 2088 ntTSL 1 (best) BASIC29,21■■■□□ 2,27
Col6a1Q04857 Aard-201ENSMUST00000090025 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29,2■■■□□ 2,27
Col6a1Q04857 Ube2e2-205ENSMUST00000150727 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29,2■■■□□ 2,27
Col6a1Q04857 Gm2018-201ENSMUST00000140754 478 ntTSL 2 BASIC29,2■■■□□ 2,26
Col6a1Q04857 Mthfd2l-203ENSMUST00000202781 688 ntTSL 1 (best) BASIC29,2■■■□□ 2,26
Col6a1Q04857 Gng13-201ENSMUST00000115108 347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29,18■■■□□ 2,26
Col6a1Q04857 Hoxa13-201ENSMUST00000047993 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29,18■■■□□ 2,26
Col6a1Q04857 Crip2-201ENSMUST00000084882 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29,15■■■□□ 2,26
Col6a1Q04857 Cib1-201ENSMUST00000065163 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29,15■■■□□ 2,26
Col6a1Q04857 Trp53i13-201ENSMUST00000060417 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29,14■■■□□ 2,26
Col6a1Q04857 Gnai2-202ENSMUST00000192615 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29,13■■■□□ 2,25
Col6a1Q04857 A530058N18Rik-207ENSMUST00000152254 1211 ntTSL 1 (best) BASIC29,12■■■□□ 2,25
Col6a1Q04857 AC158592.1-201ENSMUST00000215560 1113 ntTSL 5 BASIC29,11■■■□□ 2,25
Col6a1Q04857 Mxra7-202ENSMUST00000047715 757 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29,1■■■□□ 2,25
Col6a1Q04857 Dedd-201ENSMUST00000064950 1618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29,09■■■□□ 2,25
Col6a1Q04857 C1qtnf5-201ENSMUST00000114815 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29,09■■■□□ 2,25
Col6a1Q04857 Jdp2-203ENSMUST00000177587 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29,09■■■□□ 2,25
Col6a1Q04857 C2cd4d-201ENSMUST00000169433 1321 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29,08■■■□□ 2,25
Col6a1Q04857 Glt8d1-201ENSMUST00000022476 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29,07■■■□□ 2,24
Col6a1Q04857 Capns1-201ENSMUST00000001845 1600 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC29,06■■■□□ 2,24
Col6a1Q04857 Fbxo6-203ENSMUST00000105706 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29,05■■■□□ 2,24
Col6a1Q04857 Qrich1-209ENSMUST00000194385 975 ntTSL 2 BASIC29,05■■■□□ 2,24
Col6a1Q04857 Evx2-202ENSMUST00000173623 1428 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29,04■■■□□ 2,24
Col6a1Q04857 A330023F24Rik-201ENSMUST00000181226 955 ntTSL 1 (best) BASIC29,04■■■□□ 2,24
Col6a1Q04857 AY074887-201ENSMUST00000054018 769 ntAPPRIS P1 BASIC29,04■■■□□ 2,24
Col6a1Q04857 Samd1-201ENSMUST00000095228 2071 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29,04■■■□□ 2,24
Col6a1Q04857 Orai1-201ENSMUST00000051016 1482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29,04■■■□□ 2,24
Col6a1Q04857 Ccm2l-201ENSMUST00000109800 2158 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29,03■■■□□ 2,24
Col6a1Q04857 Tsen34-203ENSMUST00000108629 1238 ntTSL 1 (best) BASIC29,02■■■□□ 2,24
Col6a1Q04857 Cetn4-202ENSMUST00000075537 762 ntTSL 3 BASIC29■■■□□ 2,23
Col6a1Q04857 Zfp131-207ENSMUST00000224946 1783 ntBASIC29■■■□□ 2,23
Col6a1Q04857 Gm26588-201ENSMUST00000181064 2098 ntTSL 1 (best) BASIC28,99■■■□□ 2,23
Col6a1Q04857 Kcnmb4os2-201ENSMUST00000080943 1571 ntTSL 5 BASIC28,99■■■□□ 2,23
Col6a1Q04857 Fbxo6-201ENSMUST00000030858 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28,96■■■□□ 2,23
Col6a1Q04857 BC037032-205ENSMUST00000187080 508 ntTSL 5 BASIC28,96■■■□□ 2,23
Col6a1Q04857 1810026B05Rik-202ENSMUST00000184554 782 ntTSL 3 BASIC28,95■■■□□ 2,22
Col6a1Q04857 Gm29254-202ENSMUST00000189302 883 ntTSL 1 (best) BASIC28,94■■■□□ 2,22
Col6a1Q04857 Syt7-201ENSMUST00000073899 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28,93■■■□□ 2,22
Col6a1Q04857 Gm42517-201ENSMUST00000197216 1850 ntAPPRIS P1 BASIC28,93■■■□□ 2,22
Col6a1Q04857 Gm12523-201ENSMUST00000148844 599 ntTSL 5 BASIC28,91■■■□□ 2,22
Col6a1Q04857 Macrod2-205ENSMUST00000110063 845 ntTSL 5 BASIC28,87■■■□□ 2,21
Col6a1Q04857 March2-205ENSMUST00000173015 1418 ntTSL 3 BASIC28,86■■■□□ 2,21
Col6a1Q04857 Bcl7c-207ENSMUST00000207019 654 ntTSL 3 BASIC28,86■■■□□ 2,21
Col6a1Q04857 Atp1b3-201ENSMUST00000034983 1994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28,85■■■□□ 2,21
Col6a1Q04857 Trp53rkb-202ENSMUST00000065753 1375 ntTSL 1 (best) BASIC28,83■■■□□ 2,21
Col6a1Q04857 Nemp1-202ENSMUST00000118612 1522 ntTSL 1 (best) BASIC28,82■■■□□ 2,2
Col6a1Q04857 Mipep-204ENSMUST00000225043 1548 ntBASIC28,79■■■□□ 2,2
Col6a1Q04857 Six3-202ENSMUST00000175898 2419 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28,79■■■□□ 2,2
Col6a1Q04857 Uba52-207ENSMUST00000140679 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28,79■■■□□ 2,2
Col6a1Q04857 Crlf1-201ENSMUST00000008032 1644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28,78■■■□□ 2,2
Col6a1Q04857 Stk24-201ENSMUST00000079817 2676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28,77■■■□□ 2,2
Col6a1Q04857 Vsig8-201ENSMUST00000061835 1801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28,76■■■□□ 2,19
Col6a1Q04857 1810026B05Rik-206ENSMUST00000187421 519 ntTSL 3 BASIC28,76■■■□□ 2,19
Col6a1Q04857 Zfyve21-201ENSMUST00000021714 1308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28,75■■■□□ 2,19
Col6a1Q04857 Gm24970-201ENSMUST00000175582 82 ntBASIC28,74■■■□□ 2,19
Col6a1Q04857 Lrrc1-204ENSMUST00000183734 2113 ntTSL 1 (best) BASIC28,7■■■□□ 2,19
Col6a1Q04857 Gm17110-201ENSMUST00000171248 735 ntTSL 3 BASIC28,7■■■□□ 2,18
Col6a1Q04857 Stard3nl-210ENSMUST00000222869 1030 ntTSL 5 BASIC28,67■■■□□ 2,18
Col6a1Q04857 Tmem243-201ENSMUST00000115365 1040 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28,65■■■□□ 2,18
Col6a1Q04857 Macrod1-201ENSMUST00000040261 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28,65■■■□□ 2,18
Col6a1Q04857 Ube2q2-202ENSMUST00000121677 1680 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28,64■■■□□ 2,18
Col6a1Q04857 Brsk2-203ENSMUST00000078200 2363 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28,64■■■□□ 2,18
Col6a1Q04857 Gm8503-201ENSMUST00000118131 455 ntBASIC28,64■■■□□ 2,18
Col6a1Q04857 Gm9939-201ENSMUST00000067161 1154 ntBASIC28,64■■■□□ 2,18
Col6a1Q04857 Shf-201ENSMUST00000048635 1431 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28,62■■■□□ 2,17
Col6a1Q04857 Fam241a-202ENSMUST00000199273 2234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28,62■■■□□ 2,17
Col6a1Q04857 Dapk3-209ENSMUST00000219850 1482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28,61■■■□□ 2,17
Col6a1Q04857 Naa20-201ENSMUST00000002805 1172 ntTSL 1 (best) BASIC28,59■■■□□ 2,17
Col6a1Q04857 Abhd17a-201ENSMUST00000003436 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28,57■■■□□ 2,16
Col6a1Q04857 4930542C12Rik-201ENSMUST00000171096 1203 ntBASIC28,56■■■□□ 2,16
Col6a1Q04857 Casp9-202ENSMUST00000097805 1498 ntTSL 1 (best) BASIC28,54■■■□□ 2,16
Col6a1Q04857 Stradb-202ENSMUST00000114296 1348 ntTSL 1 (best) BASIC28,54■■■□□ 2,16
Col6a1Q04857 Scx-201ENSMUST00000043089 1136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28,53■■■□□ 2,16
Col6a1Q04857 Dlx6os2-201ENSMUST00000178206 1354 ntBASIC28,5■■■□□ 2,15
Col6a1Q04857 Rnf215-201ENSMUST00000003677 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28,47■■■□□ 2,15
Col6a1Q04857 Snx24-202ENSMUST00000165032 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28,46■■■□□ 2,15
Col6a1Q04857 Ldb1-207ENSMUST00000156585 2014 ntTSL 1 (best) BASIC28,45■■■□□ 2,15
Col6a1Q04857 E330040D14Rik-201ENSMUST00000192299 1374 ntBASIC28,45■■■□□ 2,14
Col6a1Q04857 Eif5a-201ENSMUST00000043419 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28,43■■■□□ 2,14
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 12,1 ms