Protein–RNA interactions for Protein: Q04857

Col6a1, Collagen alpha-1(VI) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,025 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a1Q04857 Cdk2ap1-201ENSMUST00000031341 1315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.31
Col6a1Q04857 2810459M11Rik-201ENSMUST00000027429 1225 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
Col6a1Q04857 Mkrn1-202ENSMUST00000051671 1511 ntTSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
Col6a1Q04857 Popdc3-202ENSMUST00000161803 1369 ntTSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
Col6a1Q04857 Rab22a-202ENSMUST00000109110 849 ntTSL 5 BASIC29.35■■■□□ 2.29
Col6a1Q04857 Rab12-205ENSMUST00000167962 2010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
Col6a1Q04857 Tcfl5-201ENSMUST00000037877 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
Col6a1Q04857 Gm5987-201ENSMUST00000196433 1151 ntBASIC29.33■■■□□ 2.29
Col6a1Q04857 Mapkapk5-201ENSMUST00000031410 2234 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
Col6a1Q04857 Cds2-203ENSMUST00000110158 1247 ntTSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
Col6a1Q04857 Sept3-202ENSMUST00000116423 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
Col6a1Q04857 Ppp1r14b-201ENSMUST00000070850 919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
Col6a1Q04857 Carnmt1-201ENSMUST00000025632 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
Col6a1Q04857 Dut-202ENSMUST00000082122 1020 ntTSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
Col6a1Q04857 1110008F13Rik-201ENSMUST00000029165 1045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
Col6a1Q04857 Gm5601-202ENSMUST00000207161 1437 ntTSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
Col6a1Q04857 Gm20503-201ENSMUST00000174664 1294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.22■■■□□ 2.27
Col6a1Q04857 Gm9397-201ENSMUST00000200125 605 ntBASIC29.22■■■□□ 2.27
Col6a1Q04857 Epcam-201ENSMUST00000053577 2040 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.21■■■□□ 2.27
Col6a1Q04857 Spg7-201ENSMUST00000108868 845 ntTSL 2 BASIC29.21■■■□□ 2.27
Col6a1Q04857 Cenpv-201ENSMUST00000018653 1032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
Col6a1Q04857 Ldb1-208ENSMUST00000185355 2088 ntTSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
Col6a1Q04857 Aard-201ENSMUST00000090025 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.27
Col6a1Q04857 Ube2e2-205ENSMUST00000150727 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.27
Col6a1Q04857 Gm2018-201ENSMUST00000140754 478 ntTSL 2 BASIC29.2■■■□□ 2.26
Col6a1Q04857 Mthfd2l-203ENSMUST00000202781 688 ntTSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.26
Col6a1Q04857 Gng13-201ENSMUST00000115108 347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
Col6a1Q04857 Hoxa13-201ENSMUST00000047993 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.18■■■□□ 2.26
Col6a1Q04857 Crip2-201ENSMUST00000084882 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
Col6a1Q04857 Cib1-201ENSMUST00000065163 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
Col6a1Q04857 Trp53i13-201ENSMUST00000060417 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
Col6a1Q04857 Gnai2-202ENSMUST00000192615 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
Col6a1Q04857 A530058N18Rik-207ENSMUST00000152254 1211 ntTSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
Col6a1Q04857 AC158592.1-201ENSMUST00000215560 1113 ntTSL 5 BASIC29.11■■■□□ 2.25
Col6a1Q04857 Mxra7-202ENSMUST00000047715 757 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
Col6a1Q04857 Dedd-201ENSMUST00000064950 1618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
Col6a1Q04857 C1qtnf5-201ENSMUST00000114815 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
Col6a1Q04857 Jdp2-203ENSMUST00000177587 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
Col6a1Q04857 C2cd4d-201ENSMUST00000169433 1321 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.08■■■□□ 2.25
Col6a1Q04857 Glt8d1-201ENSMUST00000022476 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
Col6a1Q04857 Capns1-201ENSMUST00000001845 1600 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC29.06■■■□□ 2.24
Col6a1Q04857 Fbxo6-203ENSMUST00000105706 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
Col6a1Q04857 Qrich1-209ENSMUST00000194385 975 ntTSL 2 BASIC29.05■■■□□ 2.24
Col6a1Q04857 Evx2-202ENSMUST00000173623 1428 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
Col6a1Q04857 A330023F24Rik-201ENSMUST00000181226 955 ntTSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
Col6a1Q04857 AY074887-201ENSMUST00000054018 769 ntAPPRIS P1 BASIC29.04■■■□□ 2.24
Col6a1Q04857 Samd1-201ENSMUST00000095228 2071 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.04■■■□□ 2.24
Col6a1Q04857 Orai1-201ENSMUST00000051016 1482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
Col6a1Q04857 Ccm2l-201ENSMUST00000109800 2158 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.03■■■□□ 2.24
Col6a1Q04857 Tsen34-203ENSMUST00000108629 1238 ntTSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
Col6a1Q04857 Cetn4-202ENSMUST00000075537 762 ntTSL 3 BASIC29■■■□□ 2.23
Col6a1Q04857 Zfp131-207ENSMUST00000224946 1783 ntBASIC29■■■□□ 2.23
Col6a1Q04857 Gm26588-201ENSMUST00000181064 2098 ntTSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
Col6a1Q04857 Kcnmb4os2-201ENSMUST00000080943 1571 ntTSL 5 BASIC28.99■■■□□ 2.23
Col6a1Q04857 Fbxo6-201ENSMUST00000030858 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
Col6a1Q04857 BC037032-205ENSMUST00000187080 508 ntTSL 5 BASIC28.96■■■□□ 2.23
Col6a1Q04857 1810026B05Rik-202ENSMUST00000184554 782 ntTSL 3 BASIC28.95■■■□□ 2.22
Col6a1Q04857 Gm29254-202ENSMUST00000189302 883 ntTSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
Col6a1Q04857 Syt7-201ENSMUST00000073899 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
Col6a1Q04857 Gm42517-201ENSMUST00000197216 1850 ntAPPRIS P1 BASIC28.93■■■□□ 2.22
Col6a1Q04857 Gm12523-201ENSMUST00000148844 599 ntTSL 5 BASIC28.91■■■□□ 2.22
Col6a1Q04857 Macrod2-205ENSMUST00000110063 845 ntTSL 5 BASIC28.87■■■□□ 2.21
Col6a1Q04857 March2-205ENSMUST00000173015 1418 ntTSL 3 BASIC28.86■■■□□ 2.21
Col6a1Q04857 Bcl7c-207ENSMUST00000207019 654 ntTSL 3 BASIC28.86■■■□□ 2.21
Col6a1Q04857 Atp1b3-201ENSMUST00000034983 1994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
Col6a1Q04857 Trp53rkb-202ENSMUST00000065753 1375 ntTSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
Col6a1Q04857 Nemp1-202ENSMUST00000118612 1522 ntTSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
Col6a1Q04857 Mipep-204ENSMUST00000225043 1548 ntBASIC28.79■■■□□ 2.2
Col6a1Q04857 Six3-202ENSMUST00000175898 2419 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
Col6a1Q04857 Uba52-207ENSMUST00000140679 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.79■■■□□ 2.2
Col6a1Q04857 Crlf1-201ENSMUST00000008032 1644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
Col6a1Q04857 Stk24-201ENSMUST00000079817 2676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
Col6a1Q04857 Vsig8-201ENSMUST00000061835 1801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
Col6a1Q04857 1810026B05Rik-206ENSMUST00000187421 519 ntTSL 3 BASIC28.76■■■□□ 2.19
Col6a1Q04857 Zfyve21-201ENSMUST00000021714 1308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
Col6a1Q04857 Gm24970-201ENSMUST00000175582 82 ntBASIC28.74■■■□□ 2.19
Col6a1Q04857 Lrrc1-204ENSMUST00000183734 2113 ntTSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.19
Col6a1Q04857 Gm17110-201ENSMUST00000171248 735 ntTSL 3 BASIC28.7■■■□□ 2.18
Col6a1Q04857 Stard3nl-210ENSMUST00000222869 1030 ntTSL 5 BASIC28.67■■■□□ 2.18
Col6a1Q04857 Tmem243-201ENSMUST00000115365 1040 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.65■■■□□ 2.18
Col6a1Q04857 Macrod1-201ENSMUST00000040261 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
Col6a1Q04857 Ube2q2-202ENSMUST00000121677 1680 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.64■■■□□ 2.18
Col6a1Q04857 Brsk2-203ENSMUST00000078200 2363 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
Col6a1Q04857 Gm8503-201ENSMUST00000118131 455 ntBASIC28.64■■■□□ 2.18
Col6a1Q04857 Gm9939-201ENSMUST00000067161 1154 ntBASIC28.64■■■□□ 2.18
Col6a1Q04857 Shf-201ENSMUST00000048635 1431 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
Col6a1Q04857 Fam241a-202ENSMUST00000199273 2234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
Col6a1Q04857 Dapk3-209ENSMUST00000219850 1482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
Col6a1Q04857 Naa20-201ENSMUST00000002805 1172 ntTSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
Col6a1Q04857 Abhd17a-201ENSMUST00000003436 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
Col6a1Q04857 4930542C12Rik-201ENSMUST00000171096 1203 ntBASIC28.56■■■□□ 2.16
Col6a1Q04857 Casp9-202ENSMUST00000097805 1498 ntTSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
Col6a1Q04857 Stradb-202ENSMUST00000114296 1348 ntTSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
Col6a1Q04857 Scx-201ENSMUST00000043089 1136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
Col6a1Q04857 Dlx6os2-201ENSMUST00000178206 1354 ntBASIC28.5■■■□□ 2.15
Col6a1Q04857 Rnf215-201ENSMUST00000003677 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
Col6a1Q04857 Snx24-202ENSMUST00000165032 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
Col6a1Q04857 Ldb1-207ENSMUST00000156585 2014 ntTSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.15
Col6a1Q04857 E330040D14Rik-201ENSMUST00000192299 1374 ntBASIC28.45■■■□□ 2.14
Col6a1Q04857 Eif5a-201ENSMUST00000043419 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 13.4 ms