Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 AC006460.2-201ENST00000638173 4744 ntTSL 5 BASIC20.58■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 SLC35A3-221ENST00000640600 3341 ntTSL 5 BASIC20.58■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 MTA1-203ENST00000406191 2770 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 PSMD9-207ENST00000541212 2784 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 CDH7-203ENST00000536984 3766 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 RECQL5-218ENST00000584999 1922 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 MRPS9-201ENST00000258455 1500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 MANEA-AS1-201ENST00000564541 2268 ntBASIC20.57■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 RNF135-202ENST00000328381 2892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 MCF2L-232ENST00000535094 3752 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.57■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 MELTF-201ENST00000296350 3963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 PROZ-201ENST00000342783 1551 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 CST9-201ENST00000376971 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 KRT18P33-201ENST00000398525 1043 ntBASIC20.57■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 LINC01885-201ENST00000414300 609 ntTSL 4 BASIC20.57■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 RHOQP2-201ENST00000449922 579 ntBASIC20.57■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 MTHFD2P7-201ENST00000483867 983 ntBASIC20.57■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 AK2-208ENST00000487289 920 ntTSL 2 BASIC20.57■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 AC025171.3-201ENST00000509036 472 ntTSL 2 BASIC20.57■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 AC104964.1-201ENST00000520494 489 ntTSL 2 BASIC20.57■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 AC062028.1-201ENST00000536743 1422 ntTSL 5 BASIC20.57■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 MEIS2-215ENST00000559561 1442 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.57■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 AP003071.1-201ENST00000567925 622 ntTSL 3 BASIC20.57■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 AC003070.1-201ENST00000592389 457 ntTSL 2 BASIC20.57■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 CYP2B6-202ENST00000593831 1426 ntTSL 2 BASIC20.57■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 FER1L4-213ENST00000621044 2778 ntTSL 2 BASIC20.57■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 SNORA50D-202ENST00000627561 132 ntBASIC20.57■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 CLMP-201ENST00000448775 5072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 SGK1-205ENST00000413996 2686 ntTSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 NAALADL1-201ENST00000340252 2376 ntTSL 5 BASIC20.57■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 HTR3D-201ENST00000334128 1459 ntTSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 ADORA1-201ENST00000309502 2896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 C1orf87-202ENST00000450089 1307 ntTSL 5 BASIC20.57■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 AC020931.1-201ENST00000589622 1346 ntBASIC20.57■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 AC111188.1-201ENST00000525758 1833 ntTSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 HOXC4-202ENST00000430889 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 GGT1-201ENST00000248923 2326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 AL358781.1-202ENST00000321081 1360 ntBASIC20.57■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 PDHB-210ENST00000485460 1397 ntTSL 2 BASIC20.57■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 NNMT-203ENST00000535401 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 LDB3-204ENST00000372066 1598 ntTSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 GPATCH2L-202ENST00000312858 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.57■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 NOC2L-201ENST00000327044 2790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 TRAPPC4-214ENST00000533632 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 ADARB1-201ENST00000348831 6882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 KRTAP10-9-201ENST00000397911 1171 ntAPPRIS P2 BASIC20.56■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 AC093495.1-201ENST00000420253 1067 ntTSL 4 BASIC20.56■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 AP001258.1-201ENST00000501817 2110 ntTSL 5 BASIC20.56■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 BCDIN3D-AS1-202ENST00000549124 468 ntTSL 3 BASIC20.56■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 LINC00677-201ENST00000558224 486 ntTSL 3 BASIC20.56■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 CARHSP1-208ENST00000567554 598 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.56■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 HNRNPA1P16-201ENST00000575692 955 ntBASIC20.56■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 RN7SL602P-201ENST00000578326 324 ntBASIC20.56■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 RN7SL718P-201ENST00000581254 303 ntBASIC20.56■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 AC002985.1-201ENST00000596918 685 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.56■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 PRMT1P1-201ENST00000604252 1009 ntBASIC20.56■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 AC008906.2-201ENST00000606656 474 ntTSL 2 BASIC20.56■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 MCM8-AS1-201ENST00000613522 983 ntTSL 2 BASIC20.56■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 CTSH-218ENST00000615999 972 ntTSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 CNGB1-202ENST00000311183 1633 ntTSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 CA10-203ENST00000451037 3189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 FAM230C-201ENST00000623511 1970 ntTSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 FAM114A2-215ENST00000522858 3379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 ZNF277-201ENST00000361822 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 SMG9-211ENST00000601170 2387 ntTSL 2 BASIC20.56■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 PHF10-206ENST00000621772 1651 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 PCDHA13-202ENST00000409494 4884 ntTSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 RRAGD-202ENST00000369415 4900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 LINC00967-203ENST00000518035 1502 ntTSL 2 BASIC20.56■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 MST1-202ENST00000449682 2621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 RIOK1-202ENST00000379834 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 CARNS1-201ENST00000307823 3942 ntTSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 CYB561-201ENST00000360793 3001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 KIR2DL3-201ENST00000342376 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 TMEM173-201ENST00000330794 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 AC018904.2-201ENST00000561202 1757 ntTSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 NUTM2A-202ENST00000381707 3290 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 PATL2-201ENST00000434130 1950 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.56■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 DAG1-219ENST00000538711 5582 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.56■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 AC139749.1-202ENST00000617529 3139 ntBASIC20.56■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 TMEM97-201ENST00000226230 2568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 ADRA2A-201ENST00000280155 3745 ntAPPRIS P1 BASIC20.56■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 RALGDS-201ENST00000372047 3598 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 MED15-203ENST00000382974 2235 ntTSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 MLXIPL-203ENST00000354613 3215 ntTSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 IL37-204ENST00000352179 709 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 SH3BGR-202ENST00000380631 780 ntTSL 5 BASIC20.56■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 FAM197Y6-201ENST00000420524 766 ntBASIC20.56■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 TMEM14B-215ENST00000481240 1032 ntTSL 2 BASIC20.56■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 URB1-AS1-201ENST00000534991 831 ntBASIC20.56■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 AC140847.2-201ENST00000545923 501 ntTSL 3 BASIC20.56■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 ANKRD26P1-203ENST00000569528 966 ntBASIC20.56■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 AL591424.3-201ENST00000614278 872 ntBASIC20.56■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 RHPN1-AS1-201ENST00000518049 1918 ntBASIC20.55■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 FAM9B-201ENST00000327220 1340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 PATZ1-202ENST00000266269 3781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 PLA2G16-201ENST00000323646 2594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 HSD3B2-206ENST00000543831 1783 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.55■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 ANKRD24-202ENST00000318934 3906 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.55■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 SLC26A11-201ENST00000361193 2885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
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