Protein–RNA interactions for Protein: P53420

COL4A4, Collagen alpha-4(IV) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,690 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A4P53420 AC123595.1-201ENST00000440769 1046 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
COL4A4P53420 MIR3181-201ENST00000578512 73 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
COL4A4P53420 IGFBP3-201ENST00000275521 2262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
COL4A4P53420 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
COL4A4P53420 DCAF8-211ENST00000475733 1426 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
COL4A4P53420 AF117829.1-201ENST00000519655 1398 ntTSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
COL4A4P53420 ATG16L2-205ENST00000534905 1614 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
COL4A4P53420 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
COL4A4P53420 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
COL4A4P53420 PTRH1-205ENST00000423807 1570 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
COL4A4P53420 HIST2H2AC-201ENST00000331380 390 ntAPPRIS P1 BASIC24.35■■□□□ 1.49
COL4A4P53420 IL15RA-201ENST00000379971 588 ntTSL 3 BASIC24.35■■□□□ 1.49
COL4A4P53420 IGHV3-19-201ENST00000521488 291 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
COL4A4P53420 AICDA-202ENST00000537228 667 ntTSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
COL4A4P53420 AL358852.1-201ENST00000623174 1268 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
COL4A4P53420 TIMM50-201ENST00000314349 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
COL4A4P53420 CBWD3-213ENST00000618217 1611 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
COL4A4P53420 KRT72-201ENST00000293745 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
COL4A4P53420 ABHD16B-201ENST00000369916 1491 ntAPPRIS P1 BASIC24.35■■□□□ 1.49
COL4A4P53420 FAM47E-201ENST00000424749 1484 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
COL4A4P53420 PRDM13-202ENST00000369215 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
COL4A4P53420 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
COL4A4P53420 NME4-202ENST00000382940 766 ntTSL 3 BASIC24.34■■□□□ 1.49
COL4A4P53420 ATE1-AS1-201ENST00000437593 951 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
COL4A4P53420 H2AFB3-201ENST00000615853 591 ntAPPRIS P1 BASIC24.34■■□□□ 1.49
COL4A4P53420 AC243773.2-201ENST00000616341 490 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
COL4A4P53420 NME4-211ENST00000620944 1193 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
COL4A4P53420 CDCP1-202ENST00000425231 1416 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
COL4A4P53420 MME-202ENST00000382989 1319 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
COL4A4P53420 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
COL4A4P53420 ZMYND11-210ENST00000403354 1664 ntTSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
COL4A4P53420 SOCS1-201ENST00000332029 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
COL4A4P53420 DNAJC25-GNG10-201ENST00000374294 1448 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
COL4A4P53420 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
COL4A4P53420 POMZP3-202ENST00000310842 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
COL4A4P53420 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
COL4A4P53420 HOXB7-201ENST00000239165 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
COL4A4P53420 EVX1-201ENST00000222761 1500 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
COL4A4P53420 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
COL4A4P53420 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
COL4A4P53420 MFSD14C-201ENST00000375223 619 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
COL4A4P53420 TRIM2-212ENST00000632856 656 ntTSL 3 BASIC24.33■■□□□ 1.49
COL4A4P53420 AP1S1-201ENST00000337619 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
COL4A4P53420 SYNGR3-202ENST00000562045 1743 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
COL4A4P53420 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
COL4A4P53420 SUGCT-209ENST00000628514 1591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
COL4A4P53420 GALK1-201ENST00000225614 1445 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
COL4A4P53420 CCDC92-209ENST00000545891 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
COL4A4P53420 STYXL1-204ENST00000360591 1127 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
COL4A4P53420 POLE4-205ENST00000483063 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
COL4A4P53420 AC005775.1-201ENST00000592413 850 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
COL4A4P53420 PCMT1-202ENST00000367380 1628 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
COL4A4P53420 PCMT1-211ENST00000544496 1628 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
COL4A4P53420 FAM181A-204ENST00000557000 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
COL4A4P53420 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
COL4A4P53420 ST7L-221ENST00000490067 1780 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
COL4A4P53420 SLC35A2-205ENST00000376529 865 ntTSL 3 BASIC24.31■■□□□ 1.48
COL4A4P53420 AC092171.1-201ENST00000455866 753 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
COL4A4P53420 UBFD1-208ENST00000567264 642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
COL4A4P53420 DNAJB11-201ENST00000265028 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
COL4A4P53420 AP003733.4-201ENST00000623785 1697 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
COL4A4P53420 FEZ2-203ENST00000379245 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
COL4A4P53420 HAUS7-202ENST00000370211 1363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
COL4A4P53420 BRD2-214ENST00000496118 735 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
COL4A4P53420 ZNF503-AS2-201ENST00000425916 2026 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
COL4A4P53420 DLK2-202ENST00000372485 1572 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
COL4A4P53420 METTL21A-210ENST00000458426 1366 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
COL4A4P53420 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
COL4A4P53420 BBC3-203ENST00000439096 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
COL4A4P53420 MT2A-201ENST00000245185 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
COL4A4P53420 RASGRP2-203ENST00000377486 667 ntTSL 3 BASIC24.3■■□□□ 1.48
COL4A4P53420 AC006538.2-201ENST00000586572 543 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.3■■□□□ 1.48
COL4A4P53420 CSNK1G3-207ENST00000512718 1569 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
COL4A4P53420 PXK-201ENST00000302779 1974 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
COL4A4P53420 TLX3-201ENST00000296921 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
COL4A4P53420 PYCR1-202ENST00000337943 1890 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
COL4A4P53420 BTBD6-201ENST00000327471 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
COL4A4P53420 SAMD13-205ENST00000370673 1567 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
COL4A4P53420 C4orf19-202ENST00000381980 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
COL4A4P53420 CNN3-202ENST00000394202 1974 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
COL4A4P53420 PRKCQ-AS1-204ENST00000455810 920 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
COL4A4P53420 FAM66C-205ENST00000456135 1216 ntTSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
COL4A4P53420 TNIP2-206ENST00000510267 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
COL4A4P53420 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
COL4A4P53420 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
COL4A4P53420 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
COL4A4P53420 ANO8-204ENST00000630631 1905 ntTSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
COL4A4P53420 TAF9-201ENST00000217893 1283 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
COL4A4P53420 AC096887.1-203ENST00000607203 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
COL4A4P53420 TMEM191B-201ENST00000612978 1220 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
COL4A4P53420 GSR-204ENST00000537535 1323 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
COL4A4P53420 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
COL4A4P53420 MIR572-201ENST00000384983 95 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
COL4A4P53420 TERF1P2-201ENST00000583350 1212 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
COL4A4P53420 AL354811.1-201ENST00000610286 706 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
COL4A4P53420 VDAC2-203ENST00000332211 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
COL4A4P53420 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
COL4A4P53420 AL357033.1-201ENST00000370520 1933 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
COL4A4P53420 ABHD17AP1-201ENST00000358206 933 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
COL4A4P53420 CAMKMT-202ENST00000402247 665 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.6 ms