Protein–RNA interactions for Protein: P34223

SHP1, UBX domain-containing protein 1, yeast

Predictions only

Length 423 aa.

Protein		RNA				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	UniProt Accession	Gene	Ensembl Transcript ID	Length	Transcript Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
SHP1	P34223	LSO1	YJR005C-A	282 nt		4.84	□□□□□ -1.63
SHP1	P34223	REX3	YLR107W	1215 nt		4.84	□□□□□ -1.63
SHP1	P34223	YLR124W	YLR124W	345 nt		4.84	□□□□□ -1.63
SHP1	P34223	NDJ1	YOL104C	1059 nt		4.84	□□□□□ -1.63
SHP1	P34223	PDX3	YBR035C	687 nt		4.84	□□□□□ -1.63
SHP1	P34223	SKG3	YLR187W	3081 nt		4.84	□□□□□ -1.63
SHP1	P34223	KIN2	YLR096W	3444 nt		4.83	□□□□□ -1.64
SHP1	P34223	YJL206C	YJL206C	2277 nt		4.83	□□□□□ -1.64
SHP1	P34223	YDL183C	YDL183C	963 nt		4.83	□□□□□ -1.64
SHP1	P34223	NVJ1	YHR195W	966 nt		4.83	□□□□□ -1.64
SHP1	P34223	PAU17	YLL025W	375 nt		4.83	□□□□□ -1.64
SHP1	P34223	POS5	YPL188W	1245 nt		4.83	□□□□□ -1.64
SHP1	P34223	ISA2	YPR067W	558 nt		4.83	□□□□□ -1.64
SHP1	P34223	RPS4B	YHR203C	786 nt		4.82	□□□□□ -1.64
SHP1	P34223	RPS4A	YJR145C	786 nt		4.82	□□□□□ -1.64
SHP1	P34223	RAD17	YOR368W	1206 nt		4.82	□□□□□ -1.64
SHP1	P34223	PDR15	YDR406W	4590 nt		4.81	□□□□□ -1.64
SHP1	P34223	SEC39	YLR440C	2130 nt		4.81	□□□□□ -1.64
SHP1	P34223	YER187W	YER187W	426 nt		4.81	□□□□□ -1.64
SHP1	P34223	YFR035C	YFR035C	345 nt		4.81	□□□□□ -1.64
SHP1	P34223	YKE4	YIL023C	1041 nt		4.81	□□□□□ -1.64
SHP1	P34223	YIL086C	YIL086C	309 nt		4.81	□□□□□ -1.64
SHP1	P34223	FMP46	YKR049C	402 nt		4.81	□□□□□ -1.64
SHP1	P34223	CKS1	YBR135W	453 nt		4.81	□□□□□ -1.64
SHP1	P34223	CDC28	YBR160W	897 nt		4.81	□□□□□ -1.64
SHP1	P34223	snR3	snR3	194 nt		4.81	□□□□□ -1.64
SHP1	P34223	ADY3	YDL239C	2373 nt		4.8	□□□□□ -1.64
SHP1	P34223	SEG2	YKL105C	3399 nt		4.8	□□□□□ -1.64
SHP1	P34223	LHP1	YDL051W	828 nt		4.8	□□□□□ -1.64
SHP1	P34223	COQ4	YDR204W	1008 nt		4.8	□□□□□ -1.64
SHP1	P34223	MCM21	YDR318W	1107 nt		4.8	□□□□□ -1.64
SHP1	P34223	YDR445C	YDR445C	408 nt		4.8	□□□□□ -1.64
SHP1	P34223	YEL074W	YEL074W	339 nt		4.8	□□□□□ -1.64
SHP1	P34223	MOB2	YFL034C-B	864 nt		4.8	□□□□□ -1.64
SHP1	P34223	NKP2	YLR315W	462 nt		4.8	□□□□□ -1.64
SHP1	P34223	DCS2	YOR173W	1062 nt		4.8	□□□□□ -1.64
SHP1	P34223	snR17b	snR17b	332 nt		4.8	□□□□□ -1.64
SHP1	P34223	CTS2	YDR371W	1536 nt		4.8	□□□□□ -1.64
SHP1	P34223	YMR221C	YMR221C	1515 nt		4.8	□□□□□ -1.64
SHP1	P34223	IBA57	YJR122W	1494 nt		4.8	□□□□□ -1.64
SHP1	P34223	CLA4	YNL298W	2529 nt		4.8	□□□□□ -1.64
SHP1	P34223	UBP7	YIL156W	3216 nt		4.79	□□□□□ -1.64
SHP1	P34223	MET3	YJR010W	1536 nt		4.79	□□□□□ -1.64
SHP1	P34223	OCA4	YCR095C	1089 nt		4.79	□□□□□ -1.64
SHP1	P34223	PEX19	YDL065C	1029 nt		4.79	□□□□□ -1.64
SHP1	P34223	AUA1	YFL010W-A	285 nt		4.79	□□□□□ -1.64
SHP1	P34223	YKR104W	YKR104W	921 nt		4.79	□□□□□ -1.64
SHP1	P34223	RPS31	YLR167W	459 nt		4.79	□□□□□ -1.64
SHP1	P34223	SPS18	YNL204C	903 nt		4.79	□□□□□ -1.64
SHP1	P34223	YOR131C	YOR131C	657 nt		4.79	□□□□□ -1.64
SHP1	P34223	RPL19A	YBR084C-A	570 nt		4.79	□□□□□ -1.64
SHP1	P34223	AKL1	YBR059C	3327 nt		4.79	□□□□□ -1.64
SHP1	P34223	HOF1	YMR032W	2010 nt		4.79	□□□□□ -1.64
SHP1	P34223	CBP1	YJL209W	1965 nt		4.78	□□□□□ -1.64
SHP1	P34223	SIS2	YKR072C	1689 nt		4.78	□□□□□ -1.64
SHP1	P34223	YDL228C	YDL228C	642 nt		4.78	□□□□□ -1.64
SHP1	P34223	API2	YDR525W	330 nt		4.78	□□□□□ -1.64
SHP1	P34223	BUD25	YER014C-A	462 nt		4.78	□□□□□ -1.64
SHP1	P34223	SUP56	tL(CAA)A	82 nt		4.78	□□□□□ -1.64
SHP1	P34223	SUP53	tL(CAA)C	82 nt		4.78	□□□□□ -1.64
SHP1	P34223	tL(CAA)D	tL(CAA)D	82 nt		4.78	□□□□□ -1.64
SHP1	P34223	tL(CAA)G1	tL(CAA)G1	82 nt		4.78	□□□□□ -1.64
SHP1	P34223	SUP54	tL(CAA)G2	82 nt		4.78	□□□□□ -1.64
SHP1	P34223	tL(CAA)G3	tL(CAA)G3	82 nt		4.78	□□□□□ -1.64
SHP1	P34223	tL(CAA)K	tL(CAA)K	82 nt		4.78	□□□□□ -1.64
SHP1	P34223	tL(CAA)L	tL(CAA)L	82 nt		4.78	□□□□□ -1.64
SHP1	P34223	tL(CAA)M	tL(CAA)M	82 nt		4.78	□□□□□ -1.64
SHP1	P34223	ERG26	YGL001C	1050 nt		4.78	□□□□□ -1.64
SHP1	P34223	tL(CAA)N	tL(CAA)N	82 nt		4.78	□□□□□ -1.64
SHP1	P34223	DSD1	YGL196W	1287 nt		4.78	□□□□□ -1.64
SHP1	P34223	ECT1	YGR007W	972 nt		4.78	□□□□□ -1.64
SHP1	P34223	MRPL3	YMR024W	1173 nt		4.78	□□□□□ -1.64
SHP1	P34223	APM2	YHL019C	1818 nt		4.78	□□□□□ -1.64
SHP1	P34223	SWC3	YAL011W	1878 nt		4.77	□□□□□ -1.65
SHP1	P34223	GCR1	YPL075W	2358 nt		4.77	□□□□□ -1.65
SHP1	P34223	JHD2	YJR119C	2187 nt		4.77	□□□□□ -1.65
SHP1	P34223	YGL152C	YGL152C	678 nt		4.77	□□□□□ -1.65
SHP1	P34223	YGR273C	YGR273C	525 nt		4.77	□□□□□ -1.65
SHP1	P34223	YIL028W	YIL028W	399 nt		4.77	□□□□□ -1.65
SHP1	P34223	YAL047W-A	YAL047W-A	330 nt		4.77	□□□□□ -1.65
SHP1	P34223	SNO1	YMR095C	675 nt		4.77	□□□□□ -1.65
SHP1	P34223	NRG2	YBR066C	663 nt		4.77	□□□□□ -1.65
SHP1	P34223	KEX1	YGL203C	2190 nt		4.77	□□□□□ -1.65
SHP1	P34223	NOC4	YPR144C	1659 nt		4.77	□□□□□ -1.65
SHP1	P34223	DEG1	YFL001W	1329 nt		4.76	□□□□□ -1.65
SHP1	P34223	SUL2	YLR092W	2682 nt		4.76	□□□□□ -1.65
SHP1	P34223	PSE1	YMR308C	3270 nt		4.76	□□□□□ -1.65
SHP1	P34223	ASK10	YGR097W	3441 nt		4.76	□□□□□ -1.65
SHP1	P34223	CAB3	YKL088W	1716 nt		4.76	□□□□□ -1.65
SHP1	P34223	HLJ1	YMR161W	675 nt		4.76	□□□□□ -1.65
SHP1	P34223	DSC2	YOL073C	969 nt		4.76	□□□□□ -1.65
SHP1	P34223	BUB3	YOR026W	1026 nt		4.76	□□□□□ -1.65
SHP1	P34223	WTM2	YOR229W	1404 nt		4.76	□□□□□ -1.65
SHP1	P34223	ADP1	YCR011C	3150 nt		4.76	□□□□□ -1.65
SHP1	P34223	PAL1	YDR348C	1500 nt		4.76	□□□□□ -1.65
SHP1	P34223	YIL001W	YIL001W	1542 nt		4.76	□□□□□ -1.65
SHP1	P34223	YER084W	YER084W	387 nt		4.75	□□□□□ -1.65
SHP1	P34223	UTP11	YKL099C	753 nt		4.75	□□□□□ -1.65
SHP1	P34223	NTR2	YKR022C	969 nt		4.75	□□□□□ -1.65
SHP1	P34223	POP3	YNL282W	588 nt		4.75	□□□□□ -1.65

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