Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 NOX4-204ENST00000393282 560 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
LIMA1Q9UHB6 EPHA10-211ENST00000540011 720 ntTSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
LIMA1Q9UHB6 MRGPRF-AS1-203ENST00000569432 542 ntTSL 4 BASIC24.76■■□□□ 1.55
LIMA1Q9UHB6 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
LIMA1Q9UHB6 PHF11-202ENST00000378319 1359 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
LIMA1Q9UHB6 IKBKG-211ENST00000615874 1460 ntTSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
LIMA1Q9UHB6 IKBKG-215ENST00000619941 1463 ntTSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
LIMA1Q9UHB6 HTRA2-201ENST00000258080 2370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
LIMA1Q9UHB6 TERT-206ENST00000508104 2486 ntTSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
LIMA1Q9UHB6 CADM1-201ENST00000331581 1766 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
LIMA1Q9UHB6 SPINT2-201ENST00000301244 1802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
LIMA1Q9UHB6 FZD8-201ENST00000374694 4030 ntAPPRIS P1 BASIC24.75■■□□□ 1.55
LIMA1Q9UHB6 CT47A7-201ENST00000434883 1288 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
LIMA1Q9UHB6 MIR4281-201ENST00000580852 62 ntBASIC24.75■■□□□ 1.55
LIMA1Q9UHB6 SLC25A42-201ENST00000318596 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
LIMA1Q9UHB6 AUH-201ENST00000303617 1490 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
LIMA1Q9UHB6 GAS1-201ENST00000298743 2827 ntAPPRIS P1 BASIC24.75■■□□□ 1.55
LIMA1Q9UHB6 AC079630.1-202ENST00000618127 1840 ntBASIC24.75■■□□□ 1.55
LIMA1Q9UHB6 GUSBP5-202ENST00000510805 1989 ntBASIC24.74■■□□□ 1.55
LIMA1Q9UHB6 TPST2-203ENST00000403880 2084 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
LIMA1Q9UHB6 PPP1R12C-201ENST00000263433 2924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
LIMA1Q9UHB6 H2AFY-204ENST00000423969 924 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
LIMA1Q9UHB6 TBX2-AS1-203ENST00000590421 861 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
LIMA1Q9UHB6 LTB4R-201ENST00000345363 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
LIMA1Q9UHB6 GAL3ST1-202ENST00000401975 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
LIMA1Q9UHB6 CREG1-201ENST00000370509 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
LIMA1Q9UHB6 P2RX5-201ENST00000225328 2309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
LIMA1Q9UHB6 SAMD13-205ENST00000370673 1567 ntTSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
LIMA1Q9UHB6 AL136090.1-201ENST00000446849 366 ntTSL 3 BASIC24.73■■□□□ 1.55
LIMA1Q9UHB6 AC004448.1-201ENST00000458332 883 ntBASIC24.73■■□□□ 1.55
LIMA1Q9UHB6 DALRD3-206ENST00000441576 1706 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
LIMA1Q9UHB6 GBX1-201ENST00000297537 1092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
LIMA1Q9UHB6 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC24.72■■□□□ 1.55
LIMA1Q9UHB6 PYY2-202ENST00000441253 1076 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
LIMA1Q9UHB6 AC074183.2-201ENST00000623112 922 ntBASIC24.72■■□□□ 1.55
LIMA1Q9UHB6 ACTL10-201ENST00000330271 2028 ntAPPRIS P1 BASIC24.72■■□□□ 1.55
LIMA1Q9UHB6 MCMBP-202ENST00000369077 2465 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
LIMA1Q9UHB6 ASB6-201ENST00000277458 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
LIMA1Q9UHB6 AC093323.1-201ENST00000307533 2311 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
LIMA1Q9UHB6 LSR-202ENST00000354900 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
LIMA1Q9UHB6 DPEP2-204ENST00000572888 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
LIMA1Q9UHB6 SNHG7-201ENST00000414282 2357 ntTSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
LIMA1Q9UHB6 CDCA5-202ENST00000404147 1012 ntTSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
LIMA1Q9UHB6 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC24.71■■□□□ 1.55
LIMA1Q9UHB6 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC24.71■■□□□ 1.55
LIMA1Q9UHB6 TMEM235-205ENST00000586400 2272 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
LIMA1Q9UHB6 RNF39-201ENST00000244360 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
LIMA1Q9UHB6 COMT-203ENST00000403184 2217 ntTSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
LIMA1Q9UHB6 DENND1A-201ENST00000373618 3003 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
LIMA1Q9UHB6 NMI-201ENST00000243346 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
LIMA1Q9UHB6 H2AFY2-201ENST00000373255 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
LIMA1Q9UHB6 SPRED3-204ENST00000587013 1539 ntTSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
LIMA1Q9UHB6 NRSN1-204ENST00000378491 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
LIMA1Q9UHB6 LINC00526-201ENST00000581067 1875 ntBASIC24.7■■□□□ 1.55
LIMA1Q9UHB6 TDRKH-206ENST00000440583 2296 ntTSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.55
LIMA1Q9UHB6 ZBTB22-208ENST00000431845 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.55
LIMA1Q9UHB6 ECEL1P1-201ENST00000373592 1742 ntBASIC24.7■■□□□ 1.54
LIMA1Q9UHB6 FAR2P4-203ENST00000560285 1739 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
LIMA1Q9UHB6 SAMD8-202ENST00000372690 1654 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
LIMA1Q9UHB6 ZNF444-201ENST00000337080 2042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
LIMA1Q9UHB6 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
LIMA1Q9UHB6 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC24.7■■□□□ 1.54
LIMA1Q9UHB6 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC24.7■■□□□ 1.54
LIMA1Q9UHB6 AC005551.1-201ENST00000641816 493 ntAPPRIS P1 BASIC24.7■■□□□ 1.54
LIMA1Q9UHB6 NAE1-202ENST00000359087 1825 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
LIMA1Q9UHB6 EYA2-203ENST00000357410 2465 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
LIMA1Q9UHB6 STK25-234ENST00000535007 2459 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
LIMA1Q9UHB6 COG8-201ENST00000562081 1731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.69■■□□□ 1.54
LIMA1Q9UHB6 STEAP2-207ENST00000402625 1372 ntTSL 5 BASIC24.69■■□□□ 1.54
LIMA1Q9UHB6 KIF2A-202ENST00000401507 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
LIMA1Q9UHB6 B3GALT6-201ENST00000379198 2777 ntAPPRIS P1 BASIC24.69■■□□□ 1.54
LIMA1Q9UHB6 NPHS2-201ENST00000367615 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
LIMA1Q9UHB6 DHRS11-215ENST00000618403 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
LIMA1Q9UHB6 PRELID1-201ENST00000303204 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
LIMA1Q9UHB6 RAB4B-203ENST00000594800 1173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.69■■□□□ 1.54
LIMA1Q9UHB6 YY1AP1-212ENST00000404643 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
LIMA1Q9UHB6 SETD9-201ENST00000285947 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
LIMA1Q9UHB6 AC145124.1-201ENST00000528514 1361 ntTSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
LIMA1Q9UHB6 AC073188.6-202ENST00000616616 2281 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
LIMA1Q9UHB6 IER5L-201ENST00000372491 2711 ntAPPRIS P1 BASIC24.68■■□□□ 1.54
LIMA1Q9UHB6 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
LIMA1Q9UHB6 BEX3-202ENST00000372634 753 ntTSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
LIMA1Q9UHB6 HAGHL-205ENST00000561546 1041 ntTSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
LIMA1Q9UHB6 DPH1-203ENST00000570477 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
LIMA1Q9UHB6 TARBP1-201ENST00000040877 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
LIMA1Q9UHB6 C19orf68-201ENST00000328759 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
LIMA1Q9UHB6 ZNF354A-201ENST00000335815 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
LIMA1Q9UHB6 LSR-203ENST00000360798 1963 ntTSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
LIMA1Q9UHB6 MCRIP1-210ENST00000576431 577 ntTSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
LIMA1Q9UHB6 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
LIMA1Q9UHB6 TSNARE1-208ENST00000524325 1963 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
LIMA1Q9UHB6 PDIA2-201ENST00000219406 1698 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
LIMA1Q9UHB6 ERO1A-211ENST00000629528 998 ntTSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
LIMA1Q9UHB6 AL591684.2-201ENST00000605970 1594 ntTSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
LIMA1Q9UHB6 CAPN12-212ENST00000601953 2381 ntTSL 5 BASIC24.65■■□□□ 1.54
LIMA1Q9UHB6 CELF5-201ENST00000292672 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
LIMA1Q9UHB6 NDUFA10-204ENST00000407129 699 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
LIMA1Q9UHB6 UBE3C-209ENST00000611269 1866 ntTSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
LIMA1Q9UHB6 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
LIMA1Q9UHB6 CLDN5-201ENST00000403084 2357 ntBASIC24.65■■□□□ 1.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.3 ms